청구인은 1974.12.19. 취득한 OOO OOO OOO OOO OO번지 외 26필지 토지 24,159.75㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006.10.19. 양도하고 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 양도차익을 산정하여 2007.5.31. 2006년 귀속 양도소득세 178,916,910원을 신고·납부하였다가 2008.9.19. 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 기 납부한 양도소득세 70,261,800원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

처분청은 국세청의 유권해석(OOOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에 따라 양도소득세 과세표준을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 기준시가로 경정청구를 할 수 없는 것이라고 하여 2008.10.20. 청구인의 경정청구를 거부통지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 소득세법시행령 제168조의 14 제3항 제2호에 규정된 “비사업용토지로 보지 아니하는 토지”에 해당되어 실지거래가액이 아닌기준시가로 신고하는 것이 청구인에게 유리하였으나 이를 알지 못하여 실지거래가액으로 신고하였다가추후 이러한 사실을 알게 되어기준시가로 양도차익을 산정하여 경정청구한 것인데도 처분청이 실지거래가액으로 신고하였다가 기준시가로 경정청구하는 것은 경정청구대상이 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

거주자가 양도소득과세표준 및 세액을 실지거래가액으로 소득세법 제105조 및 제110조의 규정에 의하여 각각 예정신고 및 확정신고한 경우, 확정신고기한 후에는기준시가로 경정등의 청구를 할 수 없는 것(OOOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)이므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

당초 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 신고하였다가 기준시가로 산정하여 경정청구한데 대하여 경정청구대상이 아니라고 보아 이를 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

(2) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지의 경우

(3) 소득세법시행령 제168조의 14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니한 토지의 판정기준 등】③ 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각호의 어느 하나에 해당되는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 2006.10.13. 양도하고 아래표와 같이 2007.5.31. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2006년 귀속 양도소득세 확정신고를 하였다가 2008.9.19. 기준시가로 양도차익을 산정하여 기납부한 양도소득세 70,261,800원의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

OOOOOOOOO OOOO OO O OOOO OOOOOO

(OOOOO)

(2) 청구인이 제시하는 당초 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 신고한 경위서에 의하면, 청구인은 쟁점토지의 소재지에서 실제 거주 및 경작하지 아니하여 비사업용토지로 판단하였고 비사업용토지는 무조건 실지거래가액으로 신고하여야 하는 것으로 알고 있었으나 쟁점토지 양도후 실지거래가액으로 양도소득세를 계산한 결과 납부할 세금이 주민세 포함 약 2억원이 되어 예정신고를 하지 못하였고, 확정신고기한인 2007년 5월경 신고안내문을 받고 서둘러 신고를 하면서 실지거래가액으로 착오신고하게 된 것이며, 그 후 당초 신고한 양도소득세를 여러 차례 분납으로 2008년 4월에 완납하면서 비사업용토지라고 하더라도 일정요건을 갖춘 경우 2006.12.31.까지 양도한 경우에는 기준시가에 의하여 신고할 수 있다는 사실을 알게 되어 경정청구를 하였다는 내용이 나타난다.

(3) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 경정청구 처리결과통지 공문(2008.10.17)에 의하면, 거주자가 양도소득세 과세표준 및 세액을 실지거래가액으로 소득세법 제105조 및 제110조의 규정에 의하여 각각 예정신고 및 확정신고한 경우 확정신고기한 후에는 기준시가로 경정등의 청구를 할 수 없는 것이며, 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하는 것(OOOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)이라는 내용으로 청구인이 2008.9.1. 제기한 경정청구를 국세기본법 제45조의 2 제3항에 의거 경정할 이유가 없다고 통지한 사실이 확인된다.

(4) 먼저, 쟁점토지가 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는 토지에 해당되는지를 살펴보면, 2005.12.31. 관련법령인 소득세법 제96조 등의 개정으로 2006년부터 양도소득세 과세방법이 기준시가 과세원칙에서 실지거래가액 과세원칙으로 전환되었으나, 2006.12.31. 이전에 양도하는 부동산에 대하여는 한시적으로 기준시가로 신고할 수 있도록 규정하면서 종전의 실지거래가액 신고대상인 고가주택, 미등기 양도, 취득후 1년내 양도, 양도자가 실지거래가액으로 신고한 경우, 지정지역의 부동산 양도 등 뿐만 아니라 비사업용토지의 양도 등에 대하여도 실지거래가액으로 신고하도록 규정하였는 바, 이 건의 경우 쟁점토지는 20년 이상 소유한 토지(농지 및 임야)로서 소득세법시행령 제168조의 14 제3항 제2호의 규정에 의하여 비사업용토지에서 제외되어 기준시가로 신고할 수 있는 토지에 해당됨에도 청구인이 비사업용토지에 해당하는 것으로 관련법령을 잘못 알고 실지거래가액으로 신고하였다고 판단된다.

(5) 다음으로, 실지거래가액으로 신고하였다가 기준시가로 경정청구할 수 있는지에 대하여 살펴보면, 부동산의 양도에 따른 과세표준 및 세액을 기준시가에 의하여 산정하여 신고할 수 있는 경우에는 당초 실지거래가액에 의하여 신고한 과세표준 및 세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 해당하여 그 경정을 청구할 수 있다고 할 것(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO)이고, 다만 실지거래가액으로 신고하였다가 기준시가로 신고방법을 변경하는 경정청구를 허용하지 않겠다고 하는 것은 당초 양도자가 기준시가로 신고할 수 있음에도 기준시가보다 낮은 허위의 실지거래가액으로 신고한 다음 과세관청이실제 거래한 실지거래가액을 확인하여 기준시가보다 높은 양도가액으로 과세하는 경우 기준시가로의 경정청구를 허용하게 되면 당초부터 성실하게 기준시가로 신고한 납세자와 형평이 맞지 아니하고, 실제 거래한 양도가액 등의 조사를 위한 막대한 행정력 낭비를 초래하게 되므로 이를 방지하기 위한 차원으로 해석하는 것이 합리적이라고 판단된다.

따라서, 이 건과 같이 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 신고할 수 있는 경우로서 청구인이 관련법령을 잘못 알고 실지거래가액으로 신고하였다면 경정청구를 허용하는 것이 국세기본법 제45조의 2의 규정에 의한 경정청구 취지 및 문리해석에 부합하는 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.