2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 시흥시 신천동 000-18에서 폐자원 수출업을 영위하는 업체로서, 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ☆☆환경개발(이하 '☆☆환경개발'이라 한다) 및 주식회사 ◎◎자원(이하 '◎◎자원'이라 한다)으로부터 각 공급가액 2,011,917,000원과 529,167,000원 합계 2,541,084,000원 상당의 폐자원을 매입하였다는 내용의 세금계산서 18매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 피고에게 위 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 보아 위 매입세액을 불공제하여 2008. 12. 5. 원고에게 2008년 제1기 분 부가가치세 418,434,500원을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2009. 10. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 6. 11. 위 청구는 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 ☆☆환경개발 내지 ◎◎자원으로부터 폐자원을 실제 매입하는 정상적인 거래를 하였으므로, 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없고, 가사 그렇지 않다 하더라도, 원고는 이 사건 세금계산서의 명의가 위장된 사실을 알지 못하였고 그러한 데 과실이 없는 선의의 사업자에 해당한다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

부가가치세법상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에도 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다.

을 제1 내지 12호증의 각 전부 또는 일부 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 세금계산서상 원고의 매입처인 ☆☆환경개발은 2009. 1.경 중부지방국세청장의 조사결과 매입액의 99.6%, 매출액의 98.6%가 가공거래인 것으로, ◎◎자원은 2009. 4.경 부산지방국세청장의 조사결과 매입액 및 매출액의 100%가 가공거래인 것으로 각 조사되어 자료상으로 고발조치된 사실, ☆☆환경개발은 2008. 3.부터 시흥시 정왕동 0000-4 시흥빌딩 3층 정AA의 사무실 일부를 임차하여 사용하였으며, 2008. 4. 16. 비철금속도소매업을 업종에 추가하여 사업자등록을 변경하였고, 2008. 7. 31. 직권폐업한 사실, ☆☆환경개발의 대표이사인 황BB은 세무조사를 받으면서 일관되게 정AA의 요청에 따라 ☆☆환경개발 명의의 세금계산서를 교부하여 주었고 이후 정AA이 임의로 ☆☆환경개발 명의를 이용하여 허위의 세금계산서를 발급하였다고 진술하고 있는 사실(황BB이 정AA에게 허위의 세금계산서 발급을 중단하라고 요청하였으나 정AA이 이에 응하지 않자 세무당국에 제보하기에 이르렀다), (주)□□리싸이클링 소속의 경리사원인 이CC은 정AA의 지시에 따라 △△이십일(주) 명의의 가공세금계산서 및 허위 계근표를 작성하였다고 진술하고 있는 사실, ◎◎자원은 송EE이 정FF 등의 명의를 빌려 실제 운영한 회사인데, 송EE은 세무조사시 서울ㆍ경기 지역은 정AA 등에게 ◎◎자원의 명의를 빌려주고 3%의 수수료를 받았다고 진술한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 ☆☆환경개발 내지 ◎◎자원이 아닌 정AA 등으로부터 비철금속 등 폐자원을 공급받았다고 보이고, 달리 정AA이 ☆☆환경개발이나 ◎◎자원의 동업자나 법적인 대리인으로 볼 증거도 없으므로, 이 사건 세금계산서는 공급자가 허위로 기재된 세금계산서에 해당한다 할 것이다.

(2) 원고가 선의ㆍ무과실인지 여부

실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 본문에서 규정하는 '그 내용이 사실과 다른 경우'에 해당하여 공급받은 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 몰랐다는 특별한 사정이 없는 한 매입세액은 공제 내지 환급받을 수 없다고 보아야 하고, 이 경우 공급하는 사업자는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 하며, 특히 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결, 대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결).

갑 제2 내지 6호증의 각 기재에 의하면, 원고가 ☆☆환경개발의 대표라고 기재된 황BB의 명함이나 ☆☆환경개발, ◎◎자원의 사업자등록증을 소지하고 있고, 이들 회사 명의의 계좌로 대금을 입금한 사실 등은 인정된다.

그러나, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 이 사건 과세기간 전부터 ☆☆환경 등과 관계 없이 정AA과 친분을 갖고 폐자원 거래를 하여 왔던 점, 비철금속 거래에는 흔히 자료상이 개입되는 것이 일반적이었고 비철금속업에 종사하는 원고도 그와 같은 사정을 알 수 있었을 것으로 보이는 점, 당초 폐기물처리업을 하던 ☆☆환경개발이 원고와 거래 개시 직전 비철금속 도소매업도 추가하여 사업자등록을 변경한 점, 원고는 2008년경 정AA을 상대로 폐동대금 3억 원에 대하여 가압류신청을 하면서 정AA이 ☆☆환경개발의 사업자명의를 빌려 폐구리 등을 납품하였다고 스스로 기재한 바 있는 점 등을 종합하여 보면, 위 인정사실 내지 갑 제8 내지 23호증의 각 기재 등 원고가 제출한 증거들만으로는, 원고가 명의위장 사실을 알지 못하였고 여기에 과실이 없다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 소결

결국 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.