가.청구인은 배우자 OOO(OO OOOO”이라 한다)과 공동소유로 되어 있는 OOOO OOOOOO OOOO 대지 2,051㎡ 및 그 지상건물 3,856.77㎡(이하 “전체부동산”이라 한다) 중 대지 1,495㎡, 건물 3,856.7㎡(이하 “양도부동산”이라 한다)를 2008.11.7. 사회복지법인 OOOOOOO(이사장은 청구인이고, 이하 “OOOOOOO”라 한다)에 양도하고, 청구인 지분에 해당하는 대지 769.5㎡ 및 그 지상건물 1,776.02㎡(이하“쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 2008.11.28. 양도소득세 예정신고시 취득가액은 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의한 환산가액인 12억 2,460만원으로, 양도가액은 13억 8,498만원으로 하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산 양도에 대하여 양도소득세 실지조사를 실시한 결과 취득당시의 실지매매계약서에 의하여 확인된 9억 9,000만원을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아 2009.12.5. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 49,633,810원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.5. 이의신청을 거쳐 2010.3.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)청구인은 쟁점부동산의 취득 당시 매매대금의 일부를 부동산으로지급하였고, 위 대물변제한 부동산의 평가액은 검인계약서에 가액을 낮게 작성하기 위한임의평가액이며, 취득 당시 쟁점부동산의 매매계약서상에 표기된 매매금액 9억 9,000만원은 편의상 표기된 금액에 불과하고, 실지거래가액은 평가가액보다 훨씬 높아 매매계약상의 금액을 취득원가로 보는 것은 부당하므로 취득가액이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 기준시가로 환산하여 적용하는 것이 타당하다.

(2) 쟁점부동산의 매매계약서상의 금액을 취득원가로 본다면, 전체부동산 면적과 양도부동산의 차이분 대지 556㎡(청구인 256㎡, OOO 300㎡)는 OOOOOOOO 강제기부하는 조건으로 매매가 승인되어 같은 날짜에 증여 및 매매로 소유권이전된 것이므로 위 증여면적을 포함한 전체 지분을 OOOOOOOO 양도한 것으로 보아 증여분에 해당하는 취득가액도 필요경비로 인정하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」제96조에서 규정하는 실지거래가액이란 객관적인 교환가치나 시세가 아니라 실지로 반대급부로 약정된 가액 또는 지급된 가액으로 매매계약서 및 기타 증빙서류에 의하여 객관적으로 확인되는 가액을 의미하므로 청구인의 주장과 같이 대물변제된 부동산의 거래시세가 매매계약서상의 평가금액보다 높다고 하더라도 이것이 「소득세법」제114조 제7항에서 규정하는 취득가액이 불분명한 경우의 사유가 되어 환산취득가액의 적용대상이라고 보기는 어렵다.

(2) 청구인이 전체 부동산의 일부를 OOOOOOOO 기부한 것은 증여한 재산으로 양도 부동산과는 무관한 것이고, 부산광역시는 OOOOOOOO 기본재산을 유지하기 위해 청구인 및 OOOO 전체 부동산 중 일부를 기부하는 조건으로 양도부동산을 OOOOOOOO 양도하는 것을 승인하였으므로 이는「소득세법」에서 규정하는 필요경비에도 해당하지 아니하므로 쟁점부동산의 매매계약서상의 금액을 취득가액으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에의한 환산가액으로 취득가액을 산정하여 신고한데 대하여 실지거래가액을 기준으로 과세한 처분의 당부

(2) 사회복지법인에 증여한 일부 부동산의 취득가액을 쟁점부동산의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1.토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의양도로 인하여 발생하는 소득

제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1.취득가액

가.제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것)

제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서“취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1.제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2.취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 동 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액 계산시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한자본적 지출액

2.양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의 2.「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의 3.「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 "양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것" 이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 「증권거래세법」에 의하여 납부한 증권거래세

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 재정경제부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산을 1999.5.25. OOO로부터 취득하여 2008.11.7. OOOOOOOOO 양도한 후 양도가액 13억 8,498만원(감정가액), 취득가액 12억 2,460만원(환산취득가액)으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 예정신고를 한데 대하여 처분청은 9억 9,000만원을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 고지한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(2) 양도부동산의 매매계약서 및 등기부등본을 보면, 양도부동산은 청구인과 OOOO 공동소유분으로 청구인과 OOOO 2008.9.11. 양도부동산을 OOOOOOO에게 29억 4,606만원에 양도하기로 매매계약을 체결하였고, 그 양도부동산의 현황은 아래 <표>와 같은 바, 전체부동산과 양도부동산의 면적 차이분 대지 556㎡(청구인 256㎡, OOO 300㎡)는OOOOOOOO 증여하고 건물은 증축 후 양도한 사실이 나타난다.

(OO O O)

(3) 쟁점부동산의 취득시 매매계약서를 보면, 청구인은 1999.4.23. 쟁점부동산을 OOO로부터 9억 9,000만원(계약금 5,000만원, 중도금 5,000만원, 잔금 8억 9,000만원)에 취득하기로 하면서 잔금 중 9,000만원은 아래 <표>의 부동산으로 대물변제하기로 매매계약을 체결한 사실이 나타나고, 한편 OOO가 세입자의 부동산임대차 계약해지에 따른 세입자 전세보증금, 시설비, 비품대 등의 제반비용을 부담하고, 소유권 이전 및 청구인의 사업자등록 발급을 위한 검인계약서는 별도로 작성하기로 한다고 약정되어 있다.

(OO O O, OOO)

(4) 처분청의 조사복명서를 보면, 청구인이 OOO로부터 쟁점부동산을 취득하고 지급한 매매대금 및 그에 대한 자금원천현황은 아래 <표>와 같이 나타난다.

(OO O OO)

(5) 청구인은 위 (3)의 표에서와 같이 쟁점부동산 취득시 매매계약서상 잔금 중 대물로 변제한 부동산 평가금액이 2억 4,300만원으로 낮게 평가되어 매매대금을 9억 9,000만원으로 기재하였으나, 대물변제한 부동산의실질적인 평가금액은 4억 5,000만원이 되어야한다고 주장하면서그 근거로 OOOOOO 103호, 303호의 1996년도 분양가액(각각 1억 5,000만원), OOO OO OOOOOOO 인근필지의 2004년도 시세를 감안한 금액인 1억 5,000만원을 제시하고 있는 바, 청구인이 위 매매사례로 제시한 부동산의 매매가액을 살펴보면, OOOOOO OOOO(OOOO), OOOO(43평형)은 청구인이 1996년 7월에 (O)OOOO로부터 1억 1,500만원, 1억 2,000만원에 각각 매입한 것으로 나타나고, 또한 OOOO OO OOOOOOOOO(대지 157㎡, 건물 166.86㎡)의 인근필지인 933-93 및 94번지 대지 2필지(면적 320㎡)는 2004년 9월에 OOO 외 1인이 OOO로부터 1억 4,000만원에 매입한 것으로 나타난다.

(6) 이 건 과세전적부심사결정서를 보면, 쟁점부동산 취득시 대물변제된 OOOOO OOOO OO 인근의 부동산중개업소에 문의한 바, OOOOOO의 경우 2003년 이후에는 평당 3백만원 정도로 시세변동이 거의 없었고, OOOO OO OOOOOOOOO의 주택의 경우 평당 2～3백만원 정도이나 쟁점부동산의 양도시점인 1999년은 외환위기 당시라 시세가 2003년과 많은 차이가 발생할 수 있다고 확인한 내용이 기재되어 있다.

(7) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점부동산의 취득당시 매매계약서상의 잔금 중 일부로 지급된 대물변제분에 대한 평가액은 그 당시의 시세를 반영하지 못하고 저평가된 매매계약서상 금액을 취득원가로 보는 것은 부당하고, 취득가액이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산 취득가액을 기준시가로 환산하여 적용하는 것이 타당하다고 주장하나, 실지거래가액에 의하여 부동산의 양도차익을 계산함에 있어 실지취득가액이라 함은 취득당시 거래당사자간에 실지거래된 가액으로서 매매계약서, 영수증 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 가액을 말하는 것인 바,

청구인과 OOOO 쟁점부동산의 거래가액을 9억 9,000만원으로 계약을 체결한 사실이 매매계약서에 나타나고, 매매계약서상 매매대금 9억 9,000만원 중 대물변제분을 제외한 9억원에 대한 금융증빙이 확인될 뿐만 아니라 검인계약서를 별도로 작성하기로 약정한 사실이 있으며, OOO 또한 당해 매매계약서가 실지계약서라고 인정한 것으로 보아 위 매매계약서가 매매 쌍방간의 합의가 이루어진 실지계약서로 보이는 점, 청구인은 쟁점부동산 취득시 대물변제한 부동산의 가격이 저평가되었다고 주장하면서 대물변제분 부동산에 대한 평가액이 시세를 반영하지 못한 것이라는 근거를 제시하고 있지만 취득 당시인 1999년은 외환위기 사태 직후라 전반적으로 부동산 가격이 급격하게 하락한 시기였으므로 청구인이 대물변제된 부동산을 낮은 가격으로 취득하였으리라 예상된 점, 설사 대물변제된 부동산의 거래시세가 쟁점부동산 매매계약서상 약정된 평가금액보다 높다고 하더라도 이것이 「소득세법」제117조 제7항에서 규정하는 취득가액이 불분명한 경우의사유가 되어 환산취득가액의 적용대상이라고 보기는 어렵다고 하겠다.

따라서, 처분청이 취득당시의 실지매매계약서에 의하여 확인된 금액을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

한편, 청구인은 전체부동산 중 일부를 기부하는 조건으로 매매가 승인되어 동일자에 증여 및 매매로 소유권이 이전된 것이므로 증여분을 포함한 전체부동산을 양도한 것으로 보아 증여분에 해당하는 취득가액도 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」제97조에 의하면, 취득가액은 양도한 자산의 취득을 위해 실제로 발생한 비용인 것이므로 전체부동산 중 일부를 OOOOOOO에게 증여한 것은 증여자산으로 양도와는 무관하여 쟁점부동산의 필요경비를 구성할 수 없는 것이고, 청구인이 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 토지평가액을 감정가액의 평균액에서 증여분 토지를 제외한 실질적인 양도분 토지에만 적용된 평가액으로 양도가액을 산정한 사실이 확인되므로 증여분을 포함한 전체부동산을 양도한 것으로 보아 증여분에 해당하는 취득가액도 필요경비로 인정하여 달라는 청구인 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.