가. 청구인은 OOO교회(이하 “쟁점교회”라 한다)로부터 발급받은 OOO천원(2007년 OOO천원, 2008년 OOO천원, 2009년 OOO천원, 이하 “쟁점기부금”이라 한다)의 기부금영수증에 근거하여 2007년~2009년 귀속 근로소득세 연말정산시 기부금 소득공제를 받았다.

나. OOO세무서장은쟁점교회에 대하여 2011.1.21.부터 2011.5.31.까지 조사를 실시하여, 쟁점기부금 영수증이 기부금 소득공제 대상에 해당되지 아니한다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 쟁점기부금을 소득공제하지 아니하고, 2011.10.7. 청구인에게 종합소득세 2007년 귀속분 OOO원, 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점교회는 1984.3.14. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립되었고, 종교단체로서 문화관광부 종무국의 관리ㆍ감독을 받아 왔으며, 1993.10.15. 관할구청인 OOO구청에 종교단체로 등록OOO하였고, 1993년 관할세무서인 OOO세무서장으로부터 「국세기본법」제13조 제2항에 의한 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았으므로 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 열거하고 있는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당한다.

(2) 설령, 쟁점교회가「법인세법 시행령」에서 정한 적격 기부금단체에 해당하지 아니하더라도 청구인은 교회에 헌금한 기부금이 당연히 소득공제가 되는 것으로 알고 있었고, 과세관청도 오랜 기간 동안 청구인이 제출한 쟁점교회의 기부금영수증에 대하여 아무런 지도나 제재조치가 없었으므로 처분청이 갑자기 청구인의 기부금 소득공제가 부당하다며 과세한 처분은 신의칙에도 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점교회가 1993.10.15. OOO구청에 종교단체로 등록하였다고 주장하나, 이는「부동산등기법」에서 정한 부동산 등기시 필요한 법인격 없는 단체의 등기용 등록번호 부여절차에 불과하므로 쟁점교회를 주무관청에 등록된 종교단체로 보기는 어렵다.

(2) 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하고, 신의칙도 납세자의 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 언동인 공적인 견해표시가 있어야 하나, 쟁점기부금 공제와 관련하여 과세관청이 공적인 견해를 표명한 적이 없으므로 이 부분에 대한 청구주장도 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점교회를 주무관청에 등록된 지정기부금 대상 단체로 볼 수 있는지 여부

(2) 신의성실 원칙 위배 여부

나. 관련법령

〈쟁점(1) 관련〉

(1) 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

(2) 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제3조【설립허가의 신청】 「민법」제32조의 규정에 의하여 법인의 설립허가를 받고자하는 자(이하 "설립발기인"이라 한다)는 별지 제1호 서식에 의한 법인설립허가신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 문화체육관광부장관 또는 문화재청장(권한의 위임이 있는 경우에는 그 위임을 받은 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사 및 특별자치도지사를 말한다. 이하 "주무관청"이라 한다)에게 제출하여야 한다. 이 경우 주무관청은 「전자정부법」제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 재산목록에 기재된 재산 중 토지 또는 건물의 등기부 등본을 확인하여야 한다.

1. 설립발기인의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소 및 약력을 기재한 서류(설립발기인이 법인인 경우에는 그 명칭, 주된 사무소의 소재지, 대표자의성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소와 정관을 기재한 서류) 1부

2. 정관 1부

3. 재산목록(재단법인에 있어서는 기본재산과 운영재산으로 구분하여 기재하여야 한다) 및 그 입증서류와 출연의 신청이 있는 경우에는 그 사실을 증명하는 서류 각 1부

4. 당해 사업연도분의 사업계획 및 수지예산을 기재한 서류 1부

5. 임원 취임예정자의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소 및 약력을 기재한 서류와 취임승낙서 각 1부

6. 창립총회회의록 (설립발기인이 법인인 경우에는 법인설립에 관한 의사의 결정을 증명하는 서류) 사본 1부

(3) 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조【설립허가】① 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 다음 각 호의 기준에 적합한 경우에 한하여 이를 허가한다.

1. 법인의 목적과 사업이 실현 가능할 것

2. 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어있거나 확립될 수 있을 것

3. 다른 법인과 동일한 명칭이 아닐 것

② 주무관청은 법인설립허가신청을 받은 때에는 특별한 사유가 없는 한 20일 이내에 이를 심사하여 허가 또는 불허가의 처분을 하고, 이를 서면으로 신청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 허가를 하는 때에는 별지 제2호 서식에 의한 법인설립허가증을 신청인에게 교부하고, 법인설립허가대장에 필요한 사항을 기재하여야 한다.

③ 주무관청은 법인의 설립허가를 하는 때에는 필요한 조건을 붙일 수 있다.

(4) 소득세법 제34조【기부금의 필요경비 불산입】① 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 당해년도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 필요경비에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 제2항의 규정에 의하여 필요경비에 산입하는 기부금과 제45조의 규정에 의한 이월결손금을 차감한 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "필요경비산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 사업자의 소득금액의 계산에 있어서 이를 당해년도의 필요경비에 산입하지 아니한다.

(5) 소득세법 시행령 제80조【지정기부금의 범위】법 제34조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 「법인세법 시행령」제36조 제1항 각 호의 것

(6) 법인세법 시행령 제36조【지정기부금의 범위 등】① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체

〈쟁점(2) 관련〉

(1) 국세기본법 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(2) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 OOO세무서장으로부터 쟁점교회가 2005년부터 2009년까지 발행한 기부금영수증이 소득공제 대상에 해당되지 아니한다는 내용의 과세자료를 통보받고 청구인이 2007년~2009년 근로소득세 연말정산시 공제받은 쟁점기부금을 부인하여 종합소득세를 과세하였다.

(2) 쟁점교회는 1984.3.14. 창립되었고, OOO세무서장은 1993.10.15. 쟁점교회를 법인으로 보는 단체로 하여 면세법인사업자로 직권등록하였다.

(3) 쟁점교회는 2010.12.31. 「민법」제32조,「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제3조에 의하여 주무관청인 OOO도지사에게 비영리법인 설립허가 신청을 하였으나, 공익을 해하고 법인 설립 허가시 종교·사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 설립 허가가 불허된 것으로 심리자료에 의하여 확인된다.

(4) 먼저, 청구인은 쟁점교회가 주무관청에 등록된 지정기부금 대상 단체에 해당한다고 주장하므로 살피건대, 「소득세법」제34조 및 같은 법 시행령 제80조, 「법인세법 시행령」제36조에 의하면 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 지출하는 금액을 지정기부금으로 규정하고 있는바, 쟁점교회가 주무관청에 비영리법인 설립허가를 신청하였으나 종교·사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 설립 허가가 불허된 사실이 확인되는 반면, 청구인의 주장을 뒷받침할만한 객관적인 입증자료는 제출되지 못하고 있으므로 쟁점교회가 주무관청에 등록된 지정기부금 대상 단체에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 다음, 청구인은 처분청의 과세처분이 신의칙에도 위배된다고 주장하므로 살피건대, 신의측의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용하는 것으로, 그 적용을 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고, 그에 따라 행위를 하였을 것, 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 할 것이나, 처분청이나 과세관청이 쟁점교회가 발급한 기부금영수증에 대하여 과세를 하지 아니하겠다는 의사표시를 한 사실이 달리 확인되지 아니하므로 신의칙에 위배된다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.