가.청구인은 1996.10.9. OOO 토지 400㎡ 및건물 959.68㎡을 취득하였다가 1997.8.26. 기존 건물을 철거하고새로운 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하였고, 2014.11.12. 토지와 쟁점건물 양도시 양도대금 OOO억원중 토지가액을 OOO원, 쟁점건물가액을 OOO원으로구분신고하여 계약하였고,양도소득세 신고시 취득가액(OOO원) 중 토지는 기준시가 환산취득가액 OOO원으로, 쟁점건물은건축비용에서 감가상각비를 차감한 가액 OOO원으로하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 세무조사를 실시하여 청구인의 토지와 쟁점건물의구분기재에 대한 기준이 명확하지 않아 합리적 기준을 요구하였으나 청구인이 이를 제시하지 못하였다 하여 양도가액OOO을 기준시가 비율로 안분OOO하고, 취득가액OOO 을 토지는 기준시가로 환산한 취득가액 OOO원으로, 쟁점건물은 건물신축에 따른 증빙에 따른 실지거래가액 OOO원으로 각 계산하여 2015.9.16. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 추가 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여2015.12.14.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)토지와 건물가액을 당사자가 구분하지 않았을 경우에 조세법상 토 지가액과 건물가액을 토지 및 건물의 기준시가 비율로 안분하도록 되어있는 규정은 당사자가 계약으로 구분한 경우에는 적용할 수 없음에도 처분청은 이에대하여 부과처분을 하였는바 이는 사법상 계약을 존중해야 하는 조세법의 이념과 맞지 않다.

(2) 이 건 양수인은 토지 건물매매에서 언제 철거할 수 있는 쟁점건물가격은별로 쳐주지 않는다고 주장하여 임대사업에 공급하던 쟁점건물은 2013년 말 현재 감가상각 후의 미상각잔액이 OOO원이었으므로 이에 근접한 OOO백만원으로 건물가격을 정한 것이다.

(3) 일부 자본적 지출에 대한 서류가 누락되어 건물취득가액에 반영하지 못하여 건물취득가액이 명백하지 않다는 이유로서, 당초에 신고한 쟁점건물에 대하여 실지거래가액이나 환산가액 중 선택하여 신고를 하여야 하고, 토지 및 건물의 양도가액을 기준시가비율로 경정한다면 취득가액도 기준시가로 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1)청구인이 영위한 부동산 임대사업(토지 및 쟁점건물에 해당)에 대하여 장부에 기장하여 제출한 표준대차대조표를 확인한 결과, 쟁점건물은 OOO원, 토지는 OOO원으로 표시되어 있어 건물가액의 비율이토지와 건물을 합한 가액의 36.3%에 해당하나, 청구인이 신고한 쟁점건물의 가액인 8.1%보다 훨씬 높다. 이는 취득할 당시의 금액을 입증할 매매계약서 등의 증빙을 제시하지 아니하면서 토지는 환산한 취득가액으로 하고 건물은 장부가액에 근접한 가액으로 하여 양도소득을 산출하였기 때문으로 토지와 쟁점건물의 양도가액을 임의로 구분 기재한 것으로 보인다.

(2) 기준시가는 토지가 OOO억원, 쟁점건물이 OOO만원이므로 전체 기준시가 OOO만원 중 쟁점건물의 기준시가가 약 19.2%를 차지함에도 청구인은 쟁점건물의 가액비율을 훨씬 낮게 신고하였다. 2012년부터 2014년(양도시점)까지 재산세(지방세) 납부내역을 확인한 결과 쟁점건물 납부세액이 전체의 24%를 차지함에도 건물가액을 OOO만원으로 산정한 이유에 대하여 소명을 요구하였으나 이에 응하지 아니하였다.

(3) 따라서 청구인은 매매계약서상 임의 기재하여 신고한 쟁점건물가액에 대하여 토지와 건물가액을 기준시가 비율로 안분하여 계산하고그에 따른 토지취득가액은 환산취득가액, 쟁점건물취득가액은 건물신축에 따른 증빙에 따른 가액으로 계산하여 경정한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

매매계약서상에 구분된 토지와 건물의 가액을 부인하고 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제100조【양도차익의 산정】①양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액, 감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액, 감정가액 등으로 포함한다)에 따를때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액, 감정가액, 환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 등을 포함한다)에따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분 계산한다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정▪결정 및 통지】⑦ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 [부가가치세법 시행령] 제64조에 따라 안분계산 한다.

(3) 부가가치세법 시행령

제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제2조 제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만,감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료를 보면, 청구인은 아래의 <표1>과 같이 2014.11.12. 토지와 쟁점건물을 양도할 때 매매계약서상 양도대금 OOO억원중 토지가액을 OOO원, 쟁점건물가액을 OOO원으로구분신고하면서취득가액OOO중 토지는 양도당시 기준시가에 의한 환산취득가액 OOO원으로,쟁점건물은신축당시 실지취득가액인 OOO원(신축공사가액 OOO원에서 건물감가상각누액을차감한 가액)으로 산정한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 종결복명서 등을 보면, 처분청은 청구인이 매매계약서상 토지 OOO원과 쟁점건물의 양도가액 OOO원으로 구분 기재된 근거를 합리적으로 설명하지 못하고 임의 기재한 것으로 보아 아래 <표2>와 같이 양도가액OOO은 양도시점의 기준시가OOO로 안분하여 토지가액을 OOO원으로, 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 결정하고, 취득가액OOO 중 토지는 실지거래가액을 확인할 수 없다 하여 환산취득가액 OOO원, 건물은 실지거래가액 OOO원으로 하여 경정한 것으로 나타난다.

(3)이 건 양도 및 취득시 토지 및 건물의 기준시가는 아래 <표3>과 같다.

(4) 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하여 살펴본다.

(가)「 소득세법」 제100조의 규정에 의하면, 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항에서 정하는 바에 따라 안분계산하도록 되어 있다.

(나) 당사자 간 사적자치에 의한 의사결정은 존중되어야 할 것인데, 쟁점건물은 신축된 지 17년이 경과하였고, 청구인이 양수인과 작성한 매매계약서(양도가액 OOO억원) 상에토지와 쟁점건물의 가액을 구분한 점, 쟁점건물가액 OOO원은 2013년 말 청구인의 장부상 미상각잔액 OOO원에 근접한 가액으로 이를 불합리한 가격으로 볼 수 없는 점 등에 비추어이 건을 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우로 단정하기는 어렵다.

따라서 가액구분이 불합리하거나 조세회피목적이 있다는 입증이 없이 토지와 건물가액의 가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.