가. OOO주택조합(이하 “청구외조합”이라 함)은 조합원 231명으로 구성되어 서울특별시 OOO으로부터 2002.5.15. 설립인가를 받고, 2002.9.9. 사업승인을 받아 주택 231세대를 신축하였으며, 신축된 주택은 「조세특례제한법」제99조의3의 신축주택취득기간이 경과한 2005.4.12. 사용승인되었다.

나. 청구인은 청구외조합에 가입하여 조합원 자격으로 서울특별시 OOO2(건물면적 84.98㎡이고, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2005.6.24. 취득한 뒤 2009.10.29. 양도하고, 「조세특례제한법」제99조의3에 따라 산출세액 전액을 감면받는 것으로 하여 2009.11.30. 양도소득과세표준 예정신고를 하였다.

다. OOO세무서장은 청구외조합이 신축주택취득기간 내에 조합원 이외의 자에게 일반분양한 사실이 없으므로, 쟁점주택 양도에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3의 양도소득세 감면규정 적용대상이 아니라는 과세자료를 처분청에 통보하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.6. 이의신청을 거쳐 2011.4.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 조합원 이외의 일반분양이 없었다고 하나, 청구외조합이 잔여주택을 일반분양한 주택수가 13세대이고 이 중 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2002.12.31.)내에 조합원 외의 자에게 분양한 주택수가 8건으로 확인되는바, 주택조합이나 재개발조합이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합으로부터 취득하는 소위 조합원 공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 양도소득세 감면대상인 신축주택에 포함되므로 쟁점주택 양도에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3의 양도소득세 감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO이 2005.4.25. 교부한 주택조합설립(변경)인가필증에 의하여 확인되는 청구외조합의 변경이력은 다음 표와 같은바, 당초 조합원이 231명에서 218명으로 13명이 감소하였으나, 신축주택취득기간을 경과한 2차 변경인가일인 2003.8.28.까지는 조합원수 231명이 그대로 유지되었음이 확인되고, 2003.8.26. 청구외조합이 OOO에게 발송한 “변경처리인가요청건”에 의하면, 당초 조합원 37명을 변경하기로 하였다가 무자격자 13명을 제외하고 24명을 신규 조합원으로 변경한 사실이 확인되는바, 청구외조합은 2002.9.9. 사업승인 당시 조합원 231명으로 구성된 지역주택조합으로서 사업승인 이후 총 6차례에 걸쳐 조합원 중 일부가 탈퇴·추가모집 등으로 변경이 있었으나, 이는 조합원간 권리의무의 승계에 의한 것이고, 신축주택취득기간을 경과한 2003.8.28.까지는 조합원수 231명이 그대로 유지된 사실로 볼 때 청구외조합이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 직접 매매계약을 체결하였다고 볼 수 없으므로 신축주택에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분은 정당하다.

<청구외조합 설립 및 변동내역 >

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구외조합이 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2002.12.31.) 내에 조합원 외의 자에게 주택을 일반분양하였으므로, 청구인들이 양도한 주택에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). (단서 생략)

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합

또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령(2001.12.31, 대통령령 제17458호로 개정된 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1.「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는「도시재개발법」에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1호의 규정에 의한 신축주택 취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 「도시재개발법」 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택건설촉진법」 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). (단서 생략)

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

(4) 주택건설촉진법 시행령(2002.12.5. 대통령령 제17793호로 개정되기 전의 것)

제42조【주택조합의 설립등】① 법 제44조 제1항의 규정에 의하여 주택조합설립인가·변경인가 또는 해산인가를 받고자 하는 자는 인가신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 가장 많은 수의 조합원이 거주하는 지역(직장조합인 경우에는 직장소재지를 말한다) 또는 조합주택건설예정지를 관할하는 시장 등에게 제출하여야 한다. (각호 생략)

④ 지역조합이나 직장조합은 그 설립인가를 받은 후에는 당해 조합의 구성원을 교체하거나 신규로 가입하게 할 수 없다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 결원이 발생한 범위 안에서 충원하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조합원의 사망

2. 법 제33조의 규정에 의한 주택건설사업계획의 승인이후에 입주자로 선정된 지위(당해 주택에 입주할 수 있는 권리·자격 및 지위 등을 말한다)가 양도·증여 또는 판결 등으로 변경된 경우

3. 조합원이 확정판결 등의 사유로 다른 주택을 소유하게 되어 조합원 자격을 상실하는 경우

4. 조합원이 전산조회 등으로 무자격자로 판명되어 자격을 상실하는 경우

5. 기타 제1호 내지 제4호에 준하는 경우로서 건설교통부장관이 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 서울지방국세청장이 정기 종합감사를 실시하고 청구외조합이 신축한 OOO아파트 관련 양도소득세 부당감면에 대하여 OOO세무서장에게 현지시정을 요구한 공문에 의하면, 청구외조합이 신축한 주택은 일반분양이 없고, 신축주택취득기간이 경과한 2005.4.12. 사용승인이 되어 양도소득세 감면대상이 아니며, 관련 추징대상자는 24명으로 총 추징세액은 1,071백만원으로 되어 있다.

(2) 서울특별시 OOO이 2003.8.29. 청구외조합에게 교부한 주택조합설립(변경)인가필증에 의하면, 청구외조합은 조합원 수가 231명이고, 최초 인가(2002.5.15.), 1차 변경인가(2003.2.27.), 2차 변경인가(2003.8.28.) 당시에도 조합원 수는 계속 231명이었음이 확인된다.

(3) 청구외조합이 전산조회 결과 무자격자로 확인되어 2003.8.26. 서울특별시 OOO에게 보고한 13명의 명단은 다음 표와 같다.

<무자격자 명단(2003.8.26.) >

(4) 청구인은 조합원이 아닌 김OOO 등이 신축주택취득기간(서울, 과천 등의 지정지역은 2001.5.23～2002.12.31.) 내에 매매계약을 체결하여 청구외조합으로부터 김OOO을 포함한 8명이 분양받았다고 주장하면서, 5명의 부동산 등기내역을 제출하였는바, 그 주요내역은 다음 표와 같다.

<청구인 제시 일반분양 내역 >

(5) 청구인과 동일한 사유로 양도소득세 감면이 배제되어 2010.11.4. 과세전적부심사를 청구한 홍OOO에 대한 OOO세무서장의 결정서에는 “일반분양자로 제시된 윤OOO, 지OOO, 최OOO에게 유선확인한 결과, 이들은 일반분양받은 것이 아니라 당초 조합원 중 결격사유가 있어 자격을 상실하거나 조합을 탈퇴한 지위를 승계하여 조합원이 되었다고 진술하였고, 특히 지OOO은 등기부등본상 등기원인은 2001.11.9. 매매로 되어 있으나, 청구외조합과 조합원계약서를 작성한 시점은 2004년이라고 진술하였다”라고 되어 있으며, 2010.9.9. 과세전적부심사를 청구한 강OOO에 대한 OOO세무서장의 결정서에는 “일반분양자로 제시된 김OOO의 경우 실제로는 신구환의 조합원 지위를 승계한 것으로 확인되었다”라고 되어 있다.

(6) 살피건대, 청구인은 조합원이 아닌 김OOO 등이 신축주택취득기간 내에 청구외조합과 매매계약을 체결하여 일반분양한 사실이 있다고 주장하나, 서울특별시 OOO이 교부한 주택조합설립(변경)인가필증에 의하면 조합원 수가 신축주택 수와 동일한 231명으로 확인되고, 청구인들이 일반분양자로 제시한 윤OOO, 지OOO, 최OOO, 김OOO의 경우 모두 조합원의 지위를 승계한 것으로 나타나므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2011서1077, 2011.5.11. 외 다수 같은 뜻임).

(7) 따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.