가. 청구법인은 2009.1.7. 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 비영리내국법인으로 2016.4.18. OOO를 OOO에 OOO에 양도하고 2017년 3월 2016사업연도 법인세 OOO을 신고하였다가 2017년 8월 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 사용하였으므로 과세소득에서 제외하여야 한다는 사유로 위 법인세의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 이에 따라 청구법인의 경정청구를 검토한 결과, 청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 쟁점토지를 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다 하여 2017.10.17. 청구법인에게 경정청구를 거부통지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.25. 이의신청을 거쳐 2018.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업(제실 및 묘지)에 3년 이상 사용한 후 양도하였으므로 쟁점토지의 양도로 인한 소득은 과세제외 대상에 해당한다. 쟁점토지는 당해 종중이 임진왜란 당시부터 소유하며 선조들의 묘지터로 사용하였고, 1937년경부터 종중의 제실을 쟁점토지 지상에 건축하여 사용하였으나, 1997.10.31. 토지구획정리사업이 시행되어 부득이하게 제실은 2006년 5월경 OOO로, 묘지는 같은 군 OOO로 각각 이전하게 되었다.

(2) 「소득 세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호에서 토지를 취득한 후 사용이 금지 또는 제한된 토지는 그 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 고유목적사업 사용기간의 기산일은 토지구획정리사업 시행일인 1997.10.31. 이전으로 보아야 하고, 1997.10.31. 현재 쟁점토지는 청구법인의 고유목적사업에 계속하여 3년 이상 사용하였으므로 과세소득에서 제외하여야 한다. 따라서 쟁점토지는 부득이한 사유로 인하여 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당하므로 1997.10.31. 당시부터 소급하여 3년 이상 종중의 제실 및 묘지로 사용되어 온 것으로 보아 과세제외 대상으로 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지가 1997년 10월 토지구획정리사업 등으로 본래의 목적대로 사용하는 것이 제한된 상태라서 불가피하게 쟁점토지 상에 존재하던 제실 및 묘지를 다른 곳으로 이전하였으므로 ‘처분일 현재 3년 이상 고유목적사업’에 사용여부를 판단할 때에는 불가피한 사유를 고려하여 1997년 10월 이전부터 소급하여 3년 이상 고유목적사업에 사용했는지 여부를 판단하여야 한다고 주장하나, 「법인세법」 제3조 제3항 제5호 단서규정에서 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인한 수입 중 대통령령이 정한 것은 과세제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조에서는 본법에 정한 대통령령이 정한 것은 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 말한다고 규정하고 있는바, ‘처분일 현재 3년 이상’이라 함은 처분일 현재에도 비영리내국법인의 고유목적사업에 사용되고 있음을 말하며, 비영리내국법인의 과세제외 양도소득은 처분일부터 소급하여 3년 이상 중단 없이 고유목적사업에 직접 사용된 경우를 의미하고, 고정자산을 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부는 현재시점을 기준으로 판정하여야 한다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 1800년 이후 선조를 추모하기 위한 제실 등을 건축하여 사용하다가 1990년 토지구획정리사업 시행으로 위 지상에 있던 제실과 묘지를 OOO와 같은 곳 OOO로 이전하였다고 주장하나, 쟁점토지 처분일(2016년 4월)부터 소급하여 3년 이상의 기간 동안 위 지상에 건축된 건축물 또는 묘지를 전혀 확인할 수 없고, 항공사진(2006년, 2010년, 2013년 및 2015년)에 의해서도 청구법인이 쟁점토지를 고유목적에 사용하였는지 여부를 객관적으로 확인할 수 없다. 따라서 고정자산의 처분일 현재부터 소급하여 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 것이 입증되지 아니하므로 과세제외 대상에 해당한다고 보기 어렵다.

(3) 청구법인은 「소득 세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호를 적용하여 비영리내국법인의 고유목적사업 사용 여부 판단에 부득이한 사유를 고려하여야 한다고 주장하나, 위 규정은 거주자의 양도자산에 대한 비사업용 토지 해당 여부를 판정하는 기준으로, 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였는지 여부를 판단함에 있어서 고려할 요소가 아니고, 「법인세법」 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항은 비영리내국법인이 보유자산을 처분할 경우 과세대상이 원칙이고 다만, 그 처분일 기준으로 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 객관적 사실이 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 취지이며, 모든 비과세·감면 규정은 엄격하게 해석해야 하는 것으로 「법인세법」에서는 비영리내국법인이 고정자산을 양도한 경우에는 기장능력이 취약한 점을 고려하여 「소득세법」 제105조 내지 제107조를 준용하여 양도소득에 대한 계산방식을 준용토록 한 것이지, 고유목적사업 판정 여부에 「소득세법」을 준용할 것을 법문에 규정하고 있지는 않다. 따라서 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부에 따라 과세 또는 과세제외 등 달리 본다고 규정하고 있지 아니하므로 ‘부득이한 사유’ 존부 여부를 「법인세법」 제3조 제3항 제5호의 적용기준으로 삼기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제13조[법인으로 보는 단체] ① 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

(2) 법인세법

제3조[과세소득의 범위] ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제62조의2[비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례] ① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

(3) 법인세법 시행령

제2조[수익사업의 범위] ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

(4) 소득세법 시행령

제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 당초 쟁점토지의 양도가액을 OOO으로, 취득가액을 OOO으로 하여 쟁점토지의 양도소득에 대한 법인세를 신고·납부하였다가 쟁점토지를 3년 이상 청구법인의 고유목적사업에 사용하였으므로 과세소득에서 제외하여야 한다는 사유로 아래 <표1>과 같이 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다 하여 2017.10.17. 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

OOO

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2009.1.7. 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리내국법인에 해당한다.

(나) 쟁점토지의 토지대장 및 토지등기사항증명서 등에 의하면, 토지구획정리사업에 의하여 쟁점토지의 지번, 지목 및 면적이 아래 <표2>와 같이 각각 변경된 것으로 나타난다.

OOO

(다) 쟁점토지의 지번 변경 전 토지대장OOO상에는 “1990년 7월 2일 구획정리 시행신고” 및 “2013년 7월 12일 구획정리되어 폐쇄”라는 내용이 기재되어 있고, 처분청이 OOO에 OOO에 대하여 의뢰한 결과, 공사착공일은 1990.6.27., 개발계획 및 환지계획 변경처분인가일은 2013.6.13.로 각각 회신받은 것으로 확인되는 점 등을 감안하면 이 건 토지구획정리사업은 실질적으로 2013.7.12. 완료되었음을 알 수 있다.

(라) 청구법인이 2006년 5월경 쟁점토지에 있던 제실과 묘지를 이전하였다고 주장하는 OOO의 등기사항전부증명서에 의하면, 위 OOO 임야는 2006년 5월 현재 청구법인이 소유(1991.10.24. 양수)하고 있었으나, OOO 대지는 2006년 5월 이후(2009.12.14.)에 양수한 것으로 확인된다.

(마) 그 밖에 2008년 및 2014년에 촬영된 쟁점토지의 위성사진에는 묘지와 제실의 모습이 발견되지 아니하고, 쟁점토지의 처분일 현재 그 지상에 묘지 및 제실 등이 존재하지 아니한다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(3) 청구법인은 쟁점토지를 1800년대 이후부터 제실 및 묘지 등으로 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하였으나, 1997년 토지구획정리사업 시행으로 부득이하게 사용이 금지 또는 제한되어 2006년 5월경 위 제실 및 묘지 등을 OOO 등으로 이전하였으므로 토지구획정리사업 시행일(1997.10.31.)을 기준으로 소급하여 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부를 판단하여야 한다고 주장하며 제실을 촬영한 것으로 보이는 사진 및 환지증명원 등을 제시하고 있다.

(4) 한편, 처분청은 청구법인이 양도일(2016.4.18.) 현재 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하지 아니한 사실이 객관적으로 확인되고, 「소득 세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호는 거주자의 양도자산에 대한 비사업용 토지 해당 여부를 판정하는 기준으로 비영리내국법인의 고유목적사업 사용 여부를 판단함에 있어서 준용할 것은 아니며, 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 따라 달리 볼 것은 아니라는 의견 등을 제시하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 1800년대 이후부터 제실 및 묘지 등으로 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하였으나, 1997년 토지구획정리사업 시행으로 부득이하게 사용이 금지 또는 제한되어 다른 토지로 이전하였으므로 토지구획정리사업 시행일(1997.10.31.)을 기준으로 소급하여 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 경우는 그 자산양도소득을 과세소득에서 제외하여야 한다고 주장하나, 조세법규 엄격해석의 원칙상 조세법규는 과세요건은 물론 비과세 요건이나 감·면세요건을 막론하고 법문대로 엄격하게 해석하여야 하고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것OOO인바,

「법인세법 시행령」 제2조 제2항은 “고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여”라고 하여 현재시점을 기간계산의 기준시점으로 규정하고 있으므로, 고정자산을 고유목적에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부는 현재시점을 기준으로 하여 그 이전 3년 이상을 계속하여 사용하는 자산으로 해석함이 문리해석상 타당하다고 할 것이고, 과거 청구법인이 3년 이상을 계속하여 고유목적에 사용하여 왔다 하더라도 그 후 오랜 기간 고유사업 목적에 사용하지 아니한 경우까지 비과세를 적용하기는 어려운 점, 「법인세법」 제62조의2 제2항에서 비영리내국법인이 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다고 규정하고 있으나, 거주자의 양도자산에 대한 비사업용 토지 해당 여부를 판정하는 기준인 「소득 세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호는 준용하지 아니하는 점, 쟁점토지에 1997년까지 제실 및 묘지 등이 소재하고 있었다 하더라도 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인받은 것은 2009.1.7.로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점토지의 양도소득을 과세대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.