청구법인은 1995.7.21. 설립하여 해상화물운송업을 영위하는 법인(OOOOOOO OOOOO OOOO OOOOOO OOOO)으로2002.11.25. 선적항 OOOOO에 등기한 OO OOO(O,OOOO)O OOOOOOOOOO OOO OOOOOO OOO OO OOO(O,OOOO)(이하 위 선박들을 “쟁점선박”이라 한다)의 구입과 관련하여 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 쟁점선박 취득에 따른 임시투자세액공제(1,218,032,119원)를 적용하여 법인세신고를 하였다.

처분청은 OOOO국세청장으로부터 1990.1.1.이후 수도권 과밀억제권역 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시한 법인에 대하여는 사업용 고정자산 취득에 따른 임시투자세액공제를 배제하여야 한다는 감사지적에 따라 청구법인이 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 공제받은 임시투자세액공제를 배제하여 2008.12.15. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 1,713,162,170원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2009.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청의견

가. 청구법인 주장

쟁점선박들은 국제해상을 운항하는 외항선박이고, 실제 수도권내에서 운항한 적이 없어 수도권과밀억제권역안에서 교통난, 주택난, 환경난을 유발할 가능성이 없으며, 쟁점선박은 OOOOO O OOOOO에서 건조하여 취득하였고, 영업활동은 그 선박건조시점부터 운항기간 전반에 걸쳐 선적항을 중심으로 일어나고, 선박등기등록지도 선적항이었으며, 선박건조 및 운항과 관련된 인력들은 대부분 현지인력회사를 통하여 조달하였고, 과세관청이 수도권과밀억제권역 내에서 사용하지 않는 사업용자산인 경우 일관되게 조세감면을 적용 받을 수 있다고 의견을 표명하여 왔던 사실 등에 비추어 볼 때 처분청이 청구법인의 조세감면을 배제하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청의견

청구법인은 외항화물 및 내항화물운송을 주업으로 하여 수도권과밀억제권역인 OO에서 1990.1.1. 이후 사업을 개시한 법인으로 모든 거래에 관련한 수주활동을 OO 본점에서 총괄하고 매출처의 대부분이 OO에 소재하고 있는 점, 선적항에서 실제 수주활동 하는 등의 거래내역이 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니하는 점 등으로 볼 때 실질적인 사업장에 해당하는 선적항에서 직접 사용하기 위하여 취득한 선박이라고 볼 수 없으며, OOO OOOOOOOOO(OOOOOOOOO)의 판결에서 조세특례제한법 제130조 제1항【수도권 과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면 배제】의 입법 취지가 수도권 안의 투자에 대하여 조세감면의 혜택을 배제함으로써 산업시설과 기업활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하고 수도권 소재 기업의 지방이전을 촉진하고자 하는 데 있는 것으로 판시하고 있는 바, 위 조항에 규정된 “수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산”의 해석에 있어서, 청구법인과 같이 해상화물운송에서 사용되는 쟁점선박의 경우에는 “당해 쟁점선박 자체가 수도권 안에 소재하는 것을 의미하는 것이 아니라 당해 고정자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권 안에 소재하는 경우를 의미한다.” 라고 보아야 할 것이다. 따라서, 청구법인이 취득한 쟁점선박이 부산 및 울산항, 해외에서 사용된다 하더라도 그 업무를 주관하는 사업장인 본점소재지가 수도권 과밀억제권역 안에 있는 경우에는 수도권 과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제규정을 적용하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

수도권과밀억제권역안에 사업장을 두고 화물운송을 영위하는 기업이 수도권외의 선박항에 사용하기 위하여 기선(쟁점선박)을 증설투자한 경우 임시투자세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제26조【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법 제130조【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제】① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권 과밀억제권역안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 “1990년 이후 중소기업 등”이라 한다)이 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비 및 대통령령이 정하는 정보통신장비를 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 제5조 제1항 제1호·제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호·제2호, 제25조(동조 제1항 제2호·제7호 및 제9호를 제외하며, 1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다) 및 제26조(1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다)의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 산업단지 또는 공업지역안에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 조세특례제한법시행령 제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화사업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원애 한한다), 의료업에 의한 의료기관을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2005년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

(4) 조세특례제한법시행령 제124조【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등】① 법 제103조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 증설투자”라 함은 다음 각호의 1의 구분에 따른 투자를 말한다.

1. 재정경제부령이 정하는 공장인 사업장인 경우 : 사업용고정자산을 새로이 설치함으로써 당해 공장의 연면적이 증가되는 투자

2. 제1호의 공장외의 사업장인 경우 : 사업용고정자산을 새로이 설치함으로써 사업용고정자산의 수량 또는 사업장의 연면적이 증가되는 투자

(5) 부가가치세법시행령 제4조【사업장의 범위】① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 규정하는 장소를 사업장으로 한다. (각호생략)

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 직접 판매하기 위하여 특별히 판매시설을 갖춘 장소(이하 “직매장”이리 한다)는 사업장으로 보며, 사업자가 재화의 보관·관리만을 갖추고 다음 각호의 사항을 기재한 하치장설치신고서를 하치장 관할세무서장에게 제출한 장소(이하 “하치장”이라 한다)는 사업장으로 보지 아니한다.(각호생략)

③ 제1항 및 제2항에 규정하는 사업장 이외의 장소도 사업자의 신청에 의하여 추가로 사업장으로 등록할 수 있다.

④ 사업장을 설치하지 아니한 경우에는 사업자의 주소 또는 거소를 사업장으로 한다.

⑤ 비거주자 또는 외국법인의 경우에는 소득세법 제120조 또는 법인세법 제94조에 규정하는 장소를 사업장으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점선박의 2003년 운행표를 제출하면서 쟁점선박이 국제해상을 운행하는 외항선박이고, 수도권내에서 운항한 적이 없으며, 선적항은 그 사업장 등록여부와 관계없이 실질적인 사업장의 의미를 갖는다 할 것이어서 이러한 선적항에서 사용하기 위하여 취득한 쟁점선박들은 수도권과밀억제권역이외의 것으로서 임시투자세액 공제대상이라고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 외항화물 및 내항화물운송을 주업으로 하여 수도권과밀억제권역인 OO특별시에서 1990.1.1.이후 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시한 법인으로 모든 거래에 관련한 수주활동을 OOOO에서 총괄하고 매출처의 대부분이 OO에 소재하고 있는 것으로 심리자료에서 나타난다.

(나) 청구법인이 제시한 쟁점선박의 운행표를 보면 OOO, OO, OO, OOO 등을 운행한 도착일자와 출발일자가 명시되어 있을 뿐, 쟁점선박들이 선적항에서 실제 수주활동을 하는 등의 영업활동내역이 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니한다.

(다)「2003 간추린 개정세법」해설책자의 조세특례제한법 제130조에 대한 개정이유에 의하면, 중소기업의 투자를 지원하기 위하여 ‘1990년이후 수도권과밀억제권역내에 설치한 사업장이라고 하더라도 과밀억제를 유도하는 증설투자는 계속 적용을 배제하되, 기존시설을 단순히 대체하는 투자에 대해서는 세액공제를 적용한다’는 내용이 나타난다.

(2) 조세특례제한법 제130조 제1항은 “내국인이 1990. 1. 1.이후 수도권 안에서 창업하는 경우, …수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산에 대하여는 …제26조의 규정을 적용하지 아니 한다”라고 규정하여 임시투자세액공제에 대한 예외를 정하고 있는 바, 법 제130조 제1항의 입법 취지가 수도권 안의 투자에 대하여 조세감면의 혜택을 배제함으로써 산업시설과 기업 활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하고 수도권 소재 기업의 지방이전을 촉진하고자 하는 데 있음에 비추어 볼 때, 위 조항에 규정된 “수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산”의 해석에 있어서, 건설업·운수업에서 사용되는 건설기계나 자동차 등과 같은 기계류의 경우에는 당해 고정자산인 기계류 자체가 수도권 안에 소재하는 것을 의미하는 것이 아니라 당해 고정자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권 안에 소재하는 경우를 의미한다고 함이 타당하다 할 것이다(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O)O

(3) 살피건대, 청구법인은 모든 거래에 관련한 수주활동을 OO OO에서 총괄하고 매출처의 대부분이 OO에 소재하고 있는 점, 선적항에서 실제 수주활동 하는 등의 거래내역이 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니하는 점을 볼 때 청구법인이 취득한 쟁점선박이 수도권 밖에 있는 부산 및 울산항, 해외에서 사용된다 하더라도 그 업무를 주관하는 사업장인 본점소재지가 수도권 과밀억제권역 안에 있는 경우에는 수도권 과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제규정을 적용하는 것이 타당한 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 청구법인의 사업장이 수도권 과밀억제권역안인 OO특별시에 있다고 보아 쟁점선박 구입액에 대한 임시투자세액공제를 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.