가. 처분청은 청구인이 2007.4.20. OOO 외 23필지 토지 84,075㎡ 및 그 지상의 건축물 3,216.48㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 청구인의 대표자 OOO으로부터 취득(무상증여)하고, 2007.4.23. 취득세 등을 비과세 신청한 데대하여, 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의것, 이하 같다) 제107조제1항 및 제127조제1항제1호의 규정에의거 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산으로보아 취득세 등을 비과세 하였다.

나. 이후, 처분청은 2011.1.31. 현지 확인결과,청구인이이 건 부동산 중 OOO 외 13필지 토지 67,666㎡ 및 그 지상의 건축물 1,506.7㎡(이하 “이 건 쟁점 부동산”이라 한다)을 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 쟁점 부동산의 취득가액 OOO원에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원,합계 OOO원(가산세 포함)을 2011.4. 21. 부과고지 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점 부동산 중 제1부동산(토지 3,963㎡, 건축물 1,430.9㎡)은금식기도원의 지리적 위치와 새벽·철야기도회로 인해 숙소가 필요하여 종교활동에 필요불가결한 교역자 및 직원 숙소로 이용되고 있어종교목적에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 하고,

(2) 제2부동산(토지 575㎡, 건축물 75.8㎡)은 현재 담임목사의 사택으로 사용 중이며,

(3) 제3부동산(토지 56,338㎡)과 제4부동산(토지 172㎡)은 종교시설 등의 허가를 신청하였으나 OOO 상수원 특별대책 1권역 규제로 건축허가가 제한되어 허가를 받지 못한 사정이 있고,

(4) 제5부동산(토지 6,618㎡)또한 위 (3)과 같은 사정으로 허가를 받지 못하여 일부만 주차장으로 허가받아 사용하고 있어 정당한 사유 없이 사용하지 아니한 것은 아니므로,

이 건 쟁점 부동산에 대한 취득세 등 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의하면 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대해서는 취득세 등을 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득ㆍ등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

(2) 이에 대하여, 청구인은 쟁점 부동산 중 제1·2부동산은 종교활동에 필요불가결하게 이용되는 부동산으로 종교목적에 직접 사용하는부동산이고, 제3·4·5부동산은 종교시설을 건축하지 못한 정당한 사유가 있으므로 이 건 쟁점부동산의 취득세 등 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나,

(3) 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.10.11.선고, 2001두878 판결 참조)으로, 종교단체가 취득·등기하는 부동산이라 하더라도취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이고,특히, 비영리단체가 구외에 소재하는 주거용부동산을 취득하는 경우는일반인과의 조세형평을 고려하여 목적사업 수행에 중추적인 역할을 하는 자가 사용하며 불가피한 사유로 인하여 당해 사업장외에 숙박시설 등을 설치하는 경우에 한하여 극히 한정적으로 비과세 대상으로 인정하여야 할 것이므로,비록 국내 선교 및 구호활동에 중요한 역할을 담당한다 하더라도 부목사, 강도사, 전도사 등은 모두 교회의 목적사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 존재라 할 수 없다할 것(대법원 1986.2.25. 선고 85누824 판결 / 행정안전부 심사결정2008-12호, 2008.01.28. 참조.)이다.

(가) 제1부동산의 경우, 처분청의 2011.1.31. 현지출장사진에 의하면,종교집회시설 구외에 소재하는 교역자(목사, 전도사 등) 및 직원의숙소로 사용되고 있고, 교회 구외의 주택은 현실적으로 주택으로 사용되고 있어 종교집회시설 등 종교용으로 직접 사용된다고 볼 수 없다(대법원 1986.2.25.선고 85누824 판결 참조)할 것이고,

(나) 제2부동산의 경우, 당회장 청구외OOO이 사택으로 사용을 한다면 비과세 대상에 해당한다 할 것이나, 주민등록정보에 의하면 당회장 OOO의 주소지는 1990.3.13.부터 OOO OOOOOO OOOOO이었다가 이 건 쟁점부동산의 취득세 등의 부과처분(2011.4.21.)이후인 2011.5.11. 제2부동산으로 전입하였고,처분청의 제2부동산에 대한 거주자 확인결과 2009.7.6.부터 2011.8.29.까지 OOO외OOO이 거주하고 있는 사실이 확인된 것으로 볼 때,담임목사가 부정기적으로 사용하거나 담임목사이외의 사람이 거주하는숙소를 담임목사의 사택이라고 할 수 없다(대법원 1997.12.12.선고 97누14644 판결 참조)할 것이다.

(4) 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 토지취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이며, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지못한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2002.4.26. 선고, 2000두10038 판결 참조)할 것으로,

(가) 제3·4·5부동산(이하 “제3부동산”이라 한다) 지역은 1990.7.19.OOO 상수원 특별대책 1권역으로 지정되었으며 2006.11.23. OOO 상수원 수질보전 특별대책지역 지정 및 특별종합대책OOO에 의하면 기도원을 제외한 종교시설은 지역주민의 공공복리시설에 해당하여 건축이 가능하게 되었던 바,

(나) 청구인이 이 건쟁점부동산을 취득하기 전부터 기도원을 제외한종교 시설은 건축이 가능하였으므로 건축허가를 받지 못해 종교시설을 건축하지 못하여 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이고,

(다) 설사, 청구인이 제3부동산에 기도원을 건축하기 위하여 건축허가를 받지 못하였다 하더라도, 제3부동산에 기도원과 관련한 건축허가를 받을 수 없을 것이라는 장애가 있었음을 알고있었고, 취득일(2007.4.20.)부터 3년 이내에 종교용에 직접 사용하지못한 사유가 취득당시부터 알 수 있었던 사유라면 이러한 사유만으로는 청구인이 취득일부터 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있었다고 인정하기 어렵다 할 것이다.

(5) 따라서, 처분청에서 청구인이 쟁점 부동산을 취득한 후 3년 이내에 종교목적에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 기 비과세한 취득세 등을 부과처분한 것은 적법하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인의 대표자 OOO의 증여로 취득한 쟁점부동산을 유예기간(3년)내에 종교용에 직접 사용하였는지 여부

① 종교용으로 취득한 부동산의 일부를 교역자 및 직원숙소, 당회장사택으로 사용한 경우 종교용으로 직접사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부

②종교용으로 취득한 부동산의 일부가 수질보전특별대책지역 1권역에 해당되어 종교용으로 사용하지 못한 것이 정당한 사유에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것)

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 이 건 쟁점부동산이 종교용으로 직접 사용되고 있는지 처분청의 2011.1.31. 현지 조사한 바에 의하면 제1부동산은 종교집회시설 구외에 소재하는 주택으로 목사, 전도사 및 직원숙소로 사용되고 있고, 제2부동산은 OOO의 거주자 확인 공문OOO과 주민등록초본과 등에 의하면 OOO외 OOO이 2009.7.6.부터 2011.8.29.까지 거주한 것으로확인된다.

(나) 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의하면 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대해서는 취득세 등을 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득ㆍ등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

(다) 관련 법령과 사실관계를 살피건데, 청구인은 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의거 이 건 쟁점부동산을 취득한 날부터 종교용으로 직접 사용하여야 함에도 처분청의 현지출장조사와 OOO의 거주자 확인 공문 등에 의하면, 제1부동산은 목사, 전도사 및 직원숙소로 사용되고 있고, 제2 부동산은 OOO외 OOO이 2009.7.6.부터 2011.8.29.까지 거주한 것으로확인되고 있는 바, 이는 종교단체에 대한취득세 등의 비과세 대상이 되는 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 해당된다고 보기에는 무리가 있다 할 것이고,특히, 비영리단체가 구외에 소재하는 주거용부동산을 취득하는 경우는일반인과의 조세형평을 고려하여 목적사업 수행에 중추적인 역할을 하는 자가 사용하며 불가피한 사유로 인하여 당해 사업장외에 숙박시설 등을 설치하는 경우에 한하여 극히 한정적으로 비과세 대상으로 인정하여야 할 것이므로,비록 국내 선교 및 구호활동에 중요한 역할을 담당한다 하더라도 부목사, 강도사, 전도사 등은 모두 교회의 목적사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 존재라 할 수 없다할 것(대법원 1986.2.25. 선고 85누824판결 / 행정안전부 심사결정2008-12호, 2008.01.28. 참조.)이다.

따라서, 처분청이 제1·2부동산에 대하여 기 면제된 취득세와 등록세 등을 추징한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 이 건 부동산은 당초 청구인 소유의 것을 2007.4.20. OOO 대표자 OOO(청구인)에게 증여되었으며, 이 건 부동산 소재지 지역은 1990.7.19. 수질보전특별대책지역 1권역으로 지정되었고, 동 지역에서의 종교시설의 건축이 가능하다는 것이 OOO의 공문OOO에 의해 확인되고 있다.

(나) 살펴보면, 청구인은 제3부동산을 종교용으로 사용하지 못한 이유가 동 지역이 OOO 상수도특별대책지역 1권역의 규제로 건축허가가 제한되어 불가피하게 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 정당한 사유가 있는지에 대하여 보면, 지방세법 제107조 및 제127조 본문 단서에서 규정하고 있는“정당한 사유”라 함은 취득한 부동산을 그 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 납세자의 고의 또는 과실이 아닌 타당성 있는 객관적인 사정으로 법령에 의한 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 부동산을 그 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없는 경우를 말한다 할 것(대법원 1996.1.26.선고 95누13104 판결 참조)인바, 이 건 부동산 소재지 지역은 청구인이 이 건 부동산을 취득(2007.4.20.)하기 이전인 1990.7.19.부터 수질보전특별대책지역 1권역으로 지정되어 있어 청구인이 이 사실을 알고 있었거나 설령, 몰랐다 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 알 수 있는 상태에서 취득한 것으로 보여지고, OOO의 공문OOO에서도 동 지역에서의 종교시설의 건축이 가능하다고 하고 있으므로 제2 부동산 소재지 지역이 수질보전특별대책지역 1권역에 해당되어 종교용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었던 것으로 보기도 어렵다 할 것이다.

그렇다면, 제3부동산이 종교용으로 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하여 취득세 및 등록세가 비과세대상이라는 청구인의 주장은 법리를 오해한 것으로써 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조제1항제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.