청구법인은 65.12.24 법인설립하여 부산 중구 OO동 OO OOOO에서 극장업을 영위하던 법인으로서 청구법인이 65.12.30 취득한 같은곳 소재 극장건물과 부수되는 토지(면적은 건물 1,749.19평방미터, 대지 1,097.0평방미터이고 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89.6.29 부산지방법원 강제경매에 의해서 양도하고 양도가액은 양도당시의 기준시가로 하고 취득가액은 77.1.1 현재의 기준시가를 적용하여 양도차익을 계산하여 90.3.30 특별부가세분 법인세 835,185,630원 및 동 방위세 213,371,670원을 환급신고(청구법인은 처분청의 수시부과에 의하여 89.6.30 특별부가세분 법인세 1,203,369,780원 및 동 방위세 300,842,440원을 기납부한 바 있음)한데 대하여 처분청은 양도가액은 경락대금에 의해서 확인되는 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 토지에 대하여는 77.1.1 현재의 지방세법상의 과세시가표준액을, 건물에 대하여는 법인세법 시행령 부칙(대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의거 취득당시의 장부가액에 보유기간동안의 물가상승율을 감안하여 산출한 가액(이하 “물가상승율감안가액”이라 한다)을 적용하여 이 건 양도차익을 계산하고 90.8.6 89사업년도분 특별부가세분 법인세 250,555,680원을 추가고지(동 방위세는 208,796,400원을 청구법인의 환급세액에서 공제)하였고 청구법인은 위 처분에 불복하여 90.9.1 심사청구를 거쳐 90.11.8 이 건 심판청구를 제기하기에 이르렀다.

2. 청구법인 주장

쟁점부동산은 청구법인이 76.12.31 이전에 취득한 것이고 77.1.1 현재의 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 양도가액은 양도당시의 기준시가로 하고, 취득가액은 77.1.1 현재의 기준시가 또는 물가상승율 감안가액으로 하여 이 건 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 국세청장 의견

법인세법 제59조의 2 제3항, 동법 시행령 제124조의 2 제6항, 동법 시행령 부칙(대통령령 제7464호) 제7조, 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목 및 소득세법 시행규칙 제56조의 5 제5항 제1호의 규정들을 모두어 볼 때 실질거래에 의한 장부의 기장의무가 있는 법인의 특별부가세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의하여 계산하는 것이고, 이 건의 경우 취득가액은 환산가액에 의하여 계산하여야 할 것이므로 당초처분은 잘못이 없다고 판단된다는 의견이다(국세청장 의견은 취득가액은 전시 소득세법 규정을 준용하여 “환산가액”으로 함이 옳다고 판단하였으나 앞에서 살펴본 바와 같이 처분청은 이 건 취득가액을 위 “환산가액”에 의하지 아니하고 77.1.1 현재의 토지에 대한 과세시가표준액 및 건물에 대한 물가상승율 감안가액에 의하여 이 건 양도차익을 계산하였음).

4. 쟁점

이 건은 청구법인이 76.12.31 이전에 취득한 부동산을 89.6.29 양도한데 대한 특별부가세 과세표준의 계산에 있어서 취득가액을 77.1.1(의제취득일) 현재의 기준시가 또는 물가상승율 감안가액으로 할 경우 양도가액을 실지거래가액으로 할 것인지, 기준시가로 할 것인지 여부를 가리는데 다툼이 있다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건의 처분경위와 청구주장을 살펴보면, 청구법인은 76.12.31 이전 취득한 쟁점부동산을 89.6.29에 일괄양도하고 법인세 특별부가세분 법인세 및 방위세를 신고하였으나 처분청은 취득가액은 77.1.1 현재의 과세시가표준액 및 물가상승율감안가액에 의하고, 양도가액은 실지거래가액에 의하여 양도차익을 경정하여 청구법인에게 과세하였고, 청구법인은 법인세법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호 개정) 제7조의 규정에 의하여 77.1.1 현재의 기준시가 또는 물가상승율감안가액을 취득가액으로 할 것이며, 이 경우의 취득가액은 법인세법 제59조의 2 제3항 단서 규정의 불분명한 가액에 해당하므로 이 건 양도가액도 기준시가에 의한 금액으로 하여 특별부가세분 과세표준을 경정하여야 한다고 주장하고 있다.

이 경우 양도차익계산에 대한 관계법령규정을 보면, 법인세법 제59조의 2(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서 동법 시행령 제124조의 2 제6항에서는 “법 제59조의 2 제3항에서 규정하는 기준시가는 소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의 2에 규정하는 토지등으로서 76.12.31 이전에 취득한 것은 77.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 “76.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 77.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 77.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 76.12.31이전의 장부가액에 76.12.31 이전의 취득일로부터 76.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정함으로써 76.12.31 이전 취득자산에 대하여 특례규정을 두고 있다.

그렇다면 이 건 청구법인의 양도차익을 계산함에 있어서 전시한 법인세법 시행령 부칙 제7조의 규정에 의거 77.1.1 현재의 기준시가 또는 물가상승율 감안가액을 적용함에는 다툼이 없고, 이때 77.1.1 현재의 기준시가 또는 물가상승율감안가액을 적용하는 것은 77.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우 즉, 취득가액이 불분명한 경우를 의미하는 것이라고 볼 수 있으며, 전시한 법인세법 제59조의 2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우도 포함된다고 보는 것이 대법원판례나 최근의 심판결정례의 견해이며(동지 대법원 86누201, 88.11.22 및 국심 90중809, 90.7.28등), 한편 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서에서는 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 동령 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가(환산가액)에 의하여 결정하도록 규정하고 있으나 이 건 양도당시(89년)의 법인세법과 그 시행령에는 어느 조항에도 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 거래(국가·지방자치단체와의 거래, 부동산투기거래) 유형에 따른 양도차익계산방법을 규정한 동법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은(환산가액 적용) 조항이나 또는 같은 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 법인세 특별부가세의 양도차익계산방법을 규정한 전시 법인세법 및 그 시행령의 해석적용에 있어서는 비록 그 거래유형이 위 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 위 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다(동지 대법원 88누6269, 88.12.13 및 국심88서1359, 89.2.3 등).

그러므로 이 건의 경우 양도당시의 실지거래가액만이 밝혀졌을 뿐 그 취득가액인 77.1.1 현재의 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 양도가액과 취득가액 모두를 전시한 법인세법 시행령 제124조의 2 제6항 및 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호의 규정에 의하여 산정한 기준시가에 의하여야 하고 다만, 취득가액의 경우 77.1.1 현재의 기준시가보다 물가상승율감안가액이 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다는 것이 전시한 관계법령 및 판례등의 취지에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이나(동지 대법원 86누671, 87.10.26 및 국심 88전1653, 89.3.22등) 이 건의 경우 양도가액은 기준시가에 의하고 취득가액은 물가상승율 감안가액에 의하여 양도차익을 계산한다면 청구법인이 90.3.30 신고한 환급세액을 초과하여 환급하게 되는 바, 자진신고한 세액이 착오되었다는 이유로 하는 환급청구는 행정심판의 대상이 될 수 없으므로(동지 국심 89서2215, 90.1.25) 이 건은 청구법인의 신고시 적용한 양도차익 계산방법대로 양도가액 및 취득가액을 각각 기준시가에 의하여 그 과세표준과 세액을 재경정하는 것이 적법하다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.