피고가 2008. 11. 1. 원고에게 한 2005 사업 연도 법인세 2,836,170,480원, 2006 사업 연도 법인세 1,662,988,750원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

소송총비용은 피고가 부담한다.

이 사건 처분의 경위, 원고의 주장, 관련 법령(별지 참조) 및 인정사실에 관하여, 이 법원이 설시할 이유는 제1심 판결문 제2면 4행부터 제5면 16행까지의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 법원의 판단

가. 다음과 같은 사정 등을 종합하면, 이 사건 발전설비는 이 사건 별표 규정 중 1.

나. (1) (가) 2)항의 '연소폐열 ・ 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기 ㆍ 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비'로서 '에너지이용시설'에 해당한다.

(1) 조세특례제한법 제2조 제3항에 의하면 업종의 분류는 통계청 고시 한국표준산업분류에 따르도록 규정하고 있고, 한국표준산업분류에 의하면 '화력, 원자력, 수력, 풍력, 태양력, 조력 및 기타 에너지원으로 발전설비를 이용하여 전기를 직접 생산하는 사업체의 산업활동'을 '발전업'으로 분류하고 있는바, 1차로 가스터빈에서 전기를 생산한 후 발생된 배기열을 이용하여 다시 2차로 전기를 생산하는 이 사건 발전설비는 '산업' 부문에 속하는 시설로 봄이 상당하다.

(2) 이 사건 별표 규정 중 '폐열'의 개념에 관하여 보건대, 조세특례제한법 등 법령에는 '폐열'의 정의규정을 두고 있지 않은바, '폐열'의 사전적 의미는 '쓰고 난 열' 또는 '목적한 일에 쓰고 난 나머지 열'을 말하고, '폐열보일러'의 사전적 의미는 '다른 공정에서 생기는 배기가스의 남은 열을 이용하는 보일러'를 일컬으며, 일반적으로 '복합발전'이라 함은 에너지(발전연료)의 연소과정에서 발생하는 가스를 이용하여 가스터빈을 구동하는 발전과정(1차 발전)을 거친 뒤, 가스터빈에서 배출되는 폐열을 이용하여 보일러를 가열 하고 여기에서 발생하는 증기를 이용하여 다시 발전(2차 발전)하는 화력발전방식으로서, 일반 화력발전의 효율이 40% 정도인데 비해 열효율을 50%까지 올릴 수 있다고 설명되고 있다,

이와 같은 사정 등에 비추어 '폐열'이란 단순히 쓸모가 없어 버려야 하는 열이 아니라 '다른 공정에서 특정목적을 수행한 후 남은 열'을 의미한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 복합화력발전소에서 1차로 가스터빈을 이용하여 전기를 생산한 후 발생된 배기열은 '폐열'에 해당한다고 보아야 할 것이고, 복합화력발전시설이 1차 발전 후 배출 되는 증기를 이용하여 2차 발전을 하는 시설 전체를 가리킨다 하더라도 1차 발전 후 배출되는 배기열이 '폐열'이 아니라고 볼 수 없으며, 그 폐열의 온도가 500°C에 달한다하여 이와 달리 볼 아무런 근거가 없다.

(3) 또한 구 에너지이용 합리화법 제2조, 구 에너지기본법(2010. 1. 13. 법률 제9931호 에너지법으로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조에 의하면, 에너지를 사용하는 공장 ・ 사업장 등의 시설이나 에너지를 전환하여 사용하는 시설을 '에너지사용시설' 이라 하고, 에너지를 생산 ・ 전환 ㆍ 수송 또는 저장하기 위하여 설치하는 설비를 '에너지 공급설비'라고 하여 이를 구분하여 규정하고 있으나, 이 사건 별표 규정은 '연소폐열 ・ 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기 ・ 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비' 또는 '기타 폐기되는 자원을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비' 등을 '폐기에너지회수설비'라 하여 '에너지이용시설'의 하나로 규정하고 있는바, 에너지를 발생시키는 설비라 하더라도 일정한 경우 이를 '에너지이용시설'로 보고 있으므로, 설령 이 사건 발전설비가 전기를 발생시키는 시설로서 구 에너지이용 합리화법 제2조, 구 에너지이용법 제2조의 '에너지공급설비'에 해당한다고 하더라도 이 사건 별표 규정의 '에너지이용시설'에 해당될 수 있다.

그리고 이 사건 별표 규정에서 '에너지이용합리화시설'을 '에너지 발생 및 공급 시설'과 '에너지이용시설'로 구분하고, '에너지 발생 및 공급시설'에는 '보일러, 요 ・ 로, 집단에너지시설'을 규정하고 있다 하더라도, 앞서 본 바와 같이 '에너지이용시설'에는 연소폐열 등을 이용하여 증기, 온수, 열 또는 전기 등 유효한 에너지를 발생시키는 시설도 포함되어 있으므로, 에너지를 발생시키는 시설로서 위 '보일러, 요 ・ 로, 집단에너지시설'에 해당하지 않더라도 이 사건 별표 규정의 '에너지이용시설'로서의 요건을 갖추면 '에너지이용시설'에 해당한다고 할 것인바, 이 사건 발전설비는 연소폐열을 이용 하여 전기를 발생시키는 설비로서 비록 이 사건 별표 규정의 '에너지 발생 및 공급시설'에는 해당하지 않더라도 '에너지이용시설'에는 해당한다고 봄이 상당하다.

(4) 한편, 이 사건 발전설비가 당초부터 에너지 발전을 목적으로 하되 발전과정에서의 열효율 제고를 염두에 두고 1차 전기생산시설인 가스터빈과 결합된 사실상 단일 설비형태로 설계가 된 것이라 하더라도, 단순화력발전의 경우 가스터빈에서 나온 배기열은 그대로 폐기되는 점, 가스터빈을 구동하여 전기를 생산하는 발전설비와 이 사건 발전설비는 그 시설과 기능면에서 분리 가능한 별개의 설비인 것으로 보이는 점, 당초 가스터빈 발전설비만을 설치하여 배출되는 폐열을 그대로 폐기하다가 에너지 효율증대의 목적으로 그러한 폐열을 이용하기 위하여 증기터빈 발전시설을 추가로 설치하는 경우에는 조세특례제한법상 에너지이용시설에 해당하여 세액공제의 대상이 될 수 있을 것으로 보이는 반면, 처음부터 가스터빈과 증기터빈을 함께 설계하여 설치하는 경우에는 세액공제의 대상이 될 수 없다고 해석하는 것은 심히 형평에 반하는 부당한 결과가 초래되는 점 등의 사정을 종합하면, 이 사건 발전설비 부분만을 따로 떼어 에너지이용시설로 봄이 상당하다.

나. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 과세처분은, 원고의 나머지 주장(소급과 세금지 원칙 및 신의성실의 원칙 위배)에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 받아들일 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 이 사건 과세처분을 취소 하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.