가. OOOOOO주식회사(이하 “OOOOOO”이라 한다)은 1989.2.14. 골프장 등 운영을 목적으로 설립하여 골프장 조성공사를 진행하여 오다가 1998년 4월경 자금난으로 공사가 중단된 후, 2000.2.14. OOOOOO이 보유하던 OOO OOO OOO OOO OOOOOOO 등 11필지 3,230,533㎡(이하 “OOOOO”이라 한다)를 경매를 원인으로 OOOOO주식회사(이하 “OOOOO”이라 한다)에 소유권이전하였고, 2001.2.13. 처분청으로부터 직권폐업조치되었다.

나. 처분청은 2003.3.3. 건설중인 자산(건물·구축물)의 장부가액 3,797백만원에 대하여 폐업시 잔존재화로 보아 OOOOOO에게 2001년 제1기 부가가치세 546,330,380원(이하 “당초처분”이라 한다)을 경정고지하였다.

다. 이에 불복하여 OOOOOO은 2003.5.30. 심판청구(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)를 제기하였으나 기각결정되었다.

라. OO지방국세청장은 OOOOOO OOOOOOOOOOO 사건(입회금반환소송)과 관련하여 당초처분의 유지가 어려울 것으로 판단하여 재조사를 하였고, 재조사결과 2005년 7월 폐업시 잔존재화는 없는 것으로 보아 당초처분을 취소결정하였다.

마. 처분청은 2006년 12월 과세대상 부가가치세 과세표준 확인목적으로 현지확인을 한 결과 경락가액에는 면세재화인 토지가액뿐만 아니라 과세재화인 건물·구축물 등의 자산가액 4,846백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 포함되어 있고 동 자산이 경락으로 소유권이전된 것을 폐업전 사업용 고정자산의 양도로 보아 2007.6.7. OOOOOO에게 2000년 제1기분 부가가치세 1,151,070,800원을 재경정고지(이하 “재경정처분”이라 한다)하고, 주주명부상 80.25%의 지분을 소유하고 있는 청구인에게 2007.8.9. 923,734,310원을 납부하라는 제2차 납세의무 납부통지서를 통지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 경락가액을 산정하기 위하여 작성한 1998.9.16. 감정평가서를 보면 그 감정가액 59,224백만원 속에는 건물·구축물 등의 자산가액은 포함되지 않았고, 법원의 판결문에도 건축중인 자산이 임의경매와는 별도로 매수되었다고 되어 있어 경락가액 29,100백만원에는 건물·구축물 등의 자산가액은 포함되지 않은 것으로 되어 있으며, OOOOOO과 OOOOO은 1999.9.15. OOOOO 외에 ‘체육시설업양도·양수계약’을 체결하여 체육시설 사업권과 기타 영업자산 일체(건물· 구축물 포함)을 양도·양수하였으므로 이는 사업의 포괄양수도에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아님에도 처분청이 경락가액 29,100백만원에 건물·구축물 등의 자산이 포함된 것(클럽하우스 등 건축공사 1,845백만원, 클럽하우스설계비등 시설부대비 85백만원)으로 보아 과세한 처분은 잘못이어서 청구인에게 한 제2차 납세의무 납부통지는 부당하다.

(2) 연못조성공사, 진입도로, 폭포, 교량공사 등의 부대시설은 토지의 자본적 지출로서 부가가치세 신고당시 매입세액공제를 받지 않았으므로 연못조성공사 등 부대시설 2,934백만원에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이어서 청구인에게 한 제2차 납세의무 납부통지는 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 경매 감정평가서상 감정가액은 골프장 편입토지 및 편입제외 토지의 시산가격으로 평가하였는바, 골프장 편입토지 시산가격 결정은 사업장 인근 또는 동일수급권 내의 임야, 골프장, 골프예정지를 표준지로 하여 소지가격 결정 후 토목공사 등 투자공사비를 더한 값으로 평가하였고, 골프장 편입제외 토지는 인근토지를 비교표준지로 하여 토지현황, 지역요인을 감안하여 결정하였으며, 경락받은 OOOOO이 장부가액 산정을 위한 계산내역은 감정가액 중 토지가액 평가액을 계산하여 먼저 토지가액을 산정하고 잔여가액을 시설투자 자산으로 계상하였고 이는 당초 OOOOOO이 OOOO에 제출한 사업장별 투자비 세부명세서를 기준으로 작성한 것이며, 강제집행절차에 의하여 자산이 양도·양수되는 경우 모든 채권과 채무관계가 단절되는 것이어서 사업에 관한 모든 권리과 의무를 포괄적으로 승계하였다고 보기 어려우므로 건물·구축물 등의 양도가 사업의 포괄양도에 해당하여 부가가치세가 과세되지 않아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2)연못조성공사 등의 부대시설은 감사상각대상자산으로서 매입세엑공제 여부와 관계없이 부가가치세 과세대상이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① OOOOOO의 자산인 건물·구축물의 양도가 사업의 포괄양도에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니므로 청구인에게 한 제2차 납세의무 납부통지가 잘못이라는 청구주장의 당부

② 연못조성공사, 진입도로 공사 등의 부대시설이 토지의 자본적 지출에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니므로 청구인에게 한 제2차 납세의무 납부통지가 잘못이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. (이하 생략)

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. (단서생략)

제13조【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

(2) 부가가치세법 시행령 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

⑤ 제4항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

제14조【재화공급의 범위】 ① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

4.공매ㆍ경매ㆍ수용ㆍ현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것

제17조【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말한다.

(3) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】① 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 과점주주 중 다음 각목의 1에 해당하는 자

가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를실질적으로 행사하는 자

나. 명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무ㆍ상무ㆍ이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의경영을 사실상 지배하는 자

다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와생계를 같이하는 직계존비속

② 제1항 제2호에서 “과점주주”라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들(이하 “과점주주”라 한다)을 말한다.

(4)법인세법 시행규칙【별표 5】

건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표(제15조 제3항 관련)

┌──┬────────┬─────────────────────────┐

│구분│기준내용연수 및 │ 구 조 또는 자 산 명 │

│ │내용연수범위 │ │

│ │(하한∼상한) ││

├──┼────────┼─────────────────────────┤

│ 1 │ 5년(4년∼6년)│차량 및 운반구(운수업, 기계장비 및 소비용품 임대업│

│ │ │에 사용되는 차량 및 운반구를 제외한다), 공구, 기구 │

│ │ │및 비품 (2000. 3. 9 개정) │

│ 2 │12년(9년∼15년) │선박 및 항공기(어업, 운수업, 기계장비및 소비용품 │

│ │ │임대업에 사용되는 선박 및 항공기를제외한다) │

│ │ │(2000. 3. 9 개정) │

│ 3 │20년(15년∼25년)│연와조, 블럭조, 콘크리트조,토조, 토벽조, 목조, 목 │

│ │ │골모르타르조, 기타조의 모든 건물(부속설비를 포함 │

│ │ │한다)과 구축물 │

│ 4 │40년(30년∼50년)│철골ㆍ철근콘크리트조, 철근콘크리트조, 석조, 연와 │

│ │ │석조, 철골조의 모든 건물(부속설비를 포함한다)과 │

│ │ │구축물 │

└──┴────────┴─────────────────────────┘

다. 사실관계 및 판단

(1) OOOOOO이 보유하던 OOOOO은 아래 <표1>과 같이 2000.2.14. 경매를 원인으로 OOOOO에 소유권이전되었고, 이에 대하여 처분청은 경락가액에는 면세재화인 토지가액뿐만 아니라 과세재화인 건물·구축물 등의 자산가액 4,846백만원이 포함되어 있고 동 자산이 경락으로 소유권이전된 것을 폐업전 사업용 고정자산의 양도로 보아 이 건 경정고지하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

<표1> 경락관련 주요내용

(2) 처분청의 조사서 내역은 다음과 같다.

(가) 직권폐업일인 2001.1.13.이전 경매에 의하여 토지·건물 및 건설중인 자산이 소유권이전된 것으로 확인되므로 폐업시 잔존재화는 없고, 경락자산에 대해 사업용 자산의 양도로 보아 과세하여야 할 것으로 판단된다.

(나) 경매 감정평가서상 감정가액 59,223백만원은 골프장 편입토지 및 편입토지의 시산가격으로 평가하고 있고, 골프장 편입토지는 소지가격 결정 후 토목공사 등 투자공사비(장비, 집기용품 금융비용 등 제외)를 더한 값으로 평가하고 있다.

(다) 투자공사비의 결정은 OOOOOO의 1996년 9월부터 1997.12.31.까지의 투자비에 의하여 결정된 것으로 되어 있다.

(라) 경락받은 OOOOO의 경락자산 총자산 배부내역을 보면 경락자산 감정평가서상 골프장 편입토지의 소지가격 및 골프장 편입 제외토지의 시산가격 기준으로 토지가액 산정 후 잔여가액(시설투자)에 대하여 OOOOOO이 OOOO에 제출한 사업장별 투자비 세부명세서를 기준으로 작성된 것으로 되어있다.

(마) 따라서 경매의 원인으로 소유권이 이전된 자산의 경락가액 29,100백만원에는 토지와 건물·구축물, 건설중인 자산이 포함된 것으로 자산별(토지관련 매입세액 제외) 배부한 내역은 <표2>의 배부내역서와 같다.

<표2> 자산별 배부내역서

(OO O OO)

(3) OOOOOO의 자산인 건물·구축물 등은 OOOOO 외에 별도의 사업양수도에 의하여 양도되어 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장하면서 OOOOOO이 제시하는 증빙은 다음과 같다.

(가) OOOOO에 대한 감정평가서 내역은 다음과 같다.

1) 감정평가서 제2항 평가개요에서 ‘본 건 토지는 미완공 골프장 또는 골프장 부지 예정지이므로 단순토지가격에 토공 등 투자비를 더한 값으로 평가하며, 그 결과를 인근의 평가선례와 비교하여 적정성을 검토하며 건물은 제시되지 않았으므로 평가에서 제외함’으로 기재되어 있고, 제4항 제시목록 외의 물건란에 ‘OOO OOO OOO OOO OOOOOOO 토지상에 공사중인 클럽하우스 1동, 그늘집 1동, 관리동 및 창고 2동이 있으며 기타 임시건물이 수동 있음’이라고 기재되어 있다.

2) 투자공사비의 결정란에는 ‘골프장 건설투자비는 크게 ①토공 ②부대시설(진입도로 등) ③조경공사 ④부대시설(설계비 등) ⑤관리운영비 ⑥제세공과금으로 대별되고 투자비는 OOOOOO의 골프장 건설에 투자되었으며 그 내역 및 기간은 착공시점인 1996년 9월부터 사업중단시점인 1997.12.31.까지의 투자비(제2차 회원모집 계획신고서 내용기준)에 의한다’라고 되어 있다.

(나) OOOOOO과 OOOOO간에 체결된 체육시설업(골프장업) 양도·양수계약서(1999.9.15.)에는 ‘건설중인 OOOOO골프장 등에 대한 체육시설의 사업권(인·허가권)을 체육시설의 설치 이용에 관한 법률 제30조 및 시행규칙 제32조의 규정에 의하여 양도·양수계약을 체결한다’라고 되어 있다.

(다) OOOO이 OOOOO을 상대로 제기한 골프회원권 예탁금(입회보증금) 반환에 대한 OOOOOO(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)에는 ‘OOOOO은 체육시설의 설치공사를 완성하여 체육시설업을 등록한 것을 목적으로 단일한 의도 아래, 영업용자산의 일부는 임의경매 절차에서 낙찰받은 방법으로 취득하는 한편 나머지 영업용자산, 영업권 등은 종전 영업자와 사이에 별도 계약에 의해 취득함으로써 사회통념상 전체적으로 종전의 영업이 동일성을 유지한 채 일체로서 이전한 것과 마찬가지로 볼 수 있다’라고 되어 있다.

(4) 청구인의 세무대리인 OOO은 2008.7.3. 심판관회의에 참석하여 “클럽하우스 등의 건물·구축물은 경매부동산과는 별도로 사업양수도 되었고, 골프회원권양수도계약서 제11조에 사업양수도 금액이 나타나고, 연못, 폭포 등은 조경목적으로서 구축물이 아니므로 과세대상이 아니다”라는 진술을 하였으나, OOOOOO 대표이사 OOO과 OOOOOO주식회사(OOOOO 이전 상호) 대표이사 OOO간에 체결한 계약서 제11조에는 ‘본 회원권 양도양수계약과 동시에 OOO은 김태식에게 체육시설업(골프장업) 사업권 승계를 하기로 하며, 본 계약 이후 OOO은 본 사업이 원할히 추진되도록 최대한 협조한다. 또한, 본 사업을 진행하는 동안 제반 서류가 필요할 시에는 OOO은 즉시 협조한다’라고만 되어 있고, 클럽하우스 등의 건물·구축물 등에 대한 양도금액 및 내역은 확인되지 않는다.

(5) 위와 같은 사실관계 하에서 쟁점①에 대하여 본다.

OOOOOO은 처분청이 부가가치세 과세대상으로 본 건물· 구축물 등은 OOOOO 외에 별도의 사업양수도에 의하여 양도되어 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장하고 있으나, 동 건물·구축물 등이 OOOOO에 양도된 사실에는 다툼이 없고, OOOOOO이 제시하는 OOO판결문은 회원권 일부의 승계여부에 대하여 판단하면서 사회통념상 영업이 동질성을 유지한 채 이전된 것으로 보았으나 동 판결문에는 양수도 자산의 내역 및 금액이 명시되지 않아 부가가치세법에서 규정하고 있는 사업의 포괄양수도로 본 것인지가 확인되지 않으며, OOOOOO이 양수도 자산의 금액이 확인된다고 제시한 골프장회원권양수도 계약서 제11조에도 클럽하우스 등의 건물·구축물 등에 대한 양도 내역 및 금액은 확인되지 않는 점 등으로 보아 처분청이 부가가치세 과세대상으로 본 건물·구축물 등은 OOOOO 외에 별도의 사업양수도에 의하여 양도되어 부가가치세 과세대상이 아니라는 OOOOOO의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단되므로 위 처분의 잘못을 이유로 청구인에게 한 제2차 납세의무 납부통지가 부당하다는 청주주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(6) 위와 같은 사실관계 하에서 쟁점②에 대하여 본다.

OOOOOO은 연못조성공사, 진입도로, 폭포, 교량공사 등의 부대시설은 토지의 자본적 지출로서 부가가치세 신고당시 매입세액공제를 받지 않았으므로 연못조성공사 등 부대시설 2,934백만원에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다는 주장이나, 골프장 위 연못은 골프장 부지 내의 각종 배수관을 통해 흘러 들어오는 물을 모으기 위해 철근콘크리트로 외벽을 설치하고 연못 밑부분에는 맹암거공사(연못주위에서 스며드는 물로 인하여 지반이 침하하는 것을 방지하기 위하여 연못 밑부분에 부직포를 깔고 그 위에 구멍이 뚫린 유공관을 매설하고 자갈, 모래를 깐 다음 부직포로 마무리공사)를 한 후에 연못 밑바닥과 측면에는 방수시트를 설치하는 공사로서 이는 단순히 일반 저지대에 물이 고여 형성되는 자연적 연못과는 달리 저수지에 해당되는 구축물로 보이고, 진입도로를 설치하기 위하여는 지반공사 없이 포장공사만으로 이루어질 수 없으므로 포장공사용역과 그 지반공사용역을 분리하여 보는 것보다는 이를 하나의 구조물로 보는 것이 타당하다 하겠으며, 폭포, 교량공사 등도 법인세법 시행규칙 [별표5]의 “건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표” 상의 감가상각 대상자산에 해당하는 것으로 보이므로 연못조성공사 등 부대시설 2,934백만원이 토지의 자본적지출에 해당하여 매입세액을 공제받지 않았다는 이유로 부가가치세 과세대상이 아니라는 OOOOOO의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단되므로(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO O OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO OO) 위 처분의 잘못을 이유로 청구인에게 한 제2차 납세의무 납부통지가 부당하다는 청주주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.