청구인의 부 OOO(92.9 사망)은 경기도 OOO시 OOO동 OOOO O 대지 1,337.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 92.4.27 청구외 OOO에게 소유권이전등기(등기원인일 92.4.20)하였다.

처분청은 위 소유권이전등기일을 양도시기로 보아 쟁점토지의 양도에서 발생한 소득에 대해 92.12.15 양도소득세 1,624,149,170원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.2.13 심사청구를 거쳐 93.5.21 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인의 父 OOO은 청구외 OOO로부터 쟁점토지의 양도대금 중 계약금만 받은 상태에서 92.4.27 쟁점토지의 소유권이전등기를 해주고, 나머지 대금은 청구외 OOO가 쟁점토지와 인근 1필지 토지에 건물을 지어 완공하면 건물의 일부를 받기로 하였으나, 청구외 OOO가 건물을 사기분양하고 도피하여 나머지 대금을 받지 못했으므로 쟁점토지의 매매계약은 무효이고 이를 위한 “소유권이전등기말소 등 청구의 소”를 제기 중에 있음에도 쟁점토지가 양도된 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하며,

처분청이 이 건 양도소득세 결정시 쟁점토지 위에 건물이 있었음에도 장기보유특별공제를 하지 않은 것은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

청구외 OOO가 매매계약을 위반하여 쟁점토지가 양도되지 않았다는 주장은 구체적 증빙서류의 제시가 없어 인정하기 어렵고 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 하였으므로 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기 접수일로 보아 양도소득세를 결정고지한 당초처분은 정당하며

쟁점토지의 양도시기에 청구외 OOO가 쟁점토지소재지에 91.10.5 사업자등록(건물신축판매업)을 하고 건물을 신축 중에 있었고, 따라서 양도시점에 쟁점토지는 구건물이 철거된 나대지 상태로 양도되었으므로 장기보유특별공제를 하지 않고 양도소득세를 결정고지한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 계약금만 받은 상태에서 쟁점토지의 소유권이전등기를 해주었으나 나머지 대금을 받지 못했음에도 소유권이전등기접수일을 양도시기로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부와

(2) 장기보유특별공제를 하지 않고 이 건 양도소득세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 쟁점 (1)에 대하여 본다.

청구인의 父 OOO은 쟁점토지와 인근 1필지 토지를 청구외 OOO에게 130억원에 양도하기로 91.6.7 부동산매매계약을 체결하고 같은 날짜에 계약금 20억원을 수수하였으며, 92.3.31에는 위 쟁점토지와 인근 1필지 토지의 매매계약을 분리하여 각각 재계약을 체결하였는 바 92.3.31 재계약한 쟁점토지의 매매계약내용은 쟁점토지의 양도대금을 4,704,000,000원으로 하고, 계약금은 91.6.7 당초 계약시 계약금으로 받은 20억원으로 대체하며, 잔금 2,704,000,000원은 91.11.4에 지급된 것으로 되어있어 재계약체결(92.3.31) 이전에 쟁점토지의 양도대금은 이미 청산된 것으로 청구인의 父 OOO과 청구외 OOO 양자가 인정하고 92.4.27 소유권이전등기를 한 것으로 보인다.

또한 청구인의 父 OOO이 청구외 OOO가 쟁점토지와 인근 1필지 토지 위에 신축분양하는 건물의 상가를 분양받기로 한 분양계약서 및 분양대금영수증에 의하면, 쟁점토지의 잔금 2,704,000,000원은 위 상가분양대금과 상계지급된 것으로 보이나(청구인은 쟁점토지의 계약금으로 받은 20억원중 10억원은 상가분양계약금으로 다시 청구외 OOO에게 지급하였다고 주장하고 있다), 청구외 OOO가 위 건물을 사기분양하고 도피함으로써 위 건물신축이 중단되었고, 『소유권이전등기말소의 소』를 제기 중에 있다는 사실만으로 쟁점토지의 매매계약이 당연히 무효라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서 쟁점토지는 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기한 경우에 해당하므로 소득세법시행령 제53조 제1항 제2호의 규정에 의해 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 보아 쟁점토지의 양도소득에 대해 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.

다. 쟁점 (2)에 대하여 본다.

소득세법시행령 제46조의 3에서 나대지는 장기보유특별공제대상에서 제외하도록 규정하고 있는 바,

이 건 쟁점토지의 건축물관리대장에 의하면 쟁점토지 위에 청구외 OOOO주식회사 소유의 건물 167.07㎡가 있었음이 확인되나 청구인의 父 OOO과 청구외 OOO가 91.6.7 체결한 쟁점토지와 인근 1필지 토지의 부동산매매계약서 제4조 『매도인(창구인의 父 OOO) 의무』를 보면 제2항에 “위 대지에 주차장으로 설치되어 있는 건물을 계약즉시 멸실하여야 한다. 단, 멸실비용은 매수인(OOO)이 부담하고 민원은 매도인(OOO)의 책임으로 한다”고 계약되어 있고,

또한 쟁점토지소재지에 청구외 OOO가 91.10.5 건물신축판매업으로 사업자등록을 하고 92.1 예정(92.1월～3월) 부가가치세 신고시 매입세금 계산서 141,384,510원을 처분청에 제출하였으며, 위 상가건물의 시공자인 청구외 OO건설주식회사에 의하면 91.12.20 건물신축공사가 착공되었고, 92.4.20 현재 1차 공사기성금액이 814,000,000원인 사실 등에 비추어 쟁점토지 위에 있던 건물은 당초 부동산매매계약(91.6.7)조건에 따라 청구인의 부 OOO의 책임 하에 멸실되었던 것으로 보이는 바 쟁점토지는 나대지 상태에서 양도되었다고 하여야 할 것이므로 이 건 양도소득세 결정시 장기보유특별공제를 배제한 것은 정당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.