2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가.청구인은 OOOO OOO OOO OOO에서 부품소재용 냉간압연강판 및 포장용대강 등을 제조·판매하는 법인으로 2002.12.31. 청구인과 특수관계인 OOOOOO(주)로부터 A그룹기계설비인 가역압연기 및 B그룹기계설비(이하 “쟁점기계설비”라 한다)인 포장용대강설비 등 중고기계설비 전체를 30억원에 일괄취득하여 장부상 취득가액으로 A그룹기계설비는 627,525,851원을, 쟁점기계설비는 2,372,474,149원을 계상하고, 위 A·B그룹기계설비 전체에 대하여 내용연수 5년, 상각율 0.2(정율법)을 적용하여 2003 ～ 2006사업연도까지 감가상각비 1,922,050,912원을 손금산입하여 위 각 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나.2007년 7월 국세청장은 OOOO국세청장에 대한 종합감사시청구인의 쟁점기계설비에 대한 취득가액2,372,474,149원(이하 “쟁점취득가액”이라 한다)은 2002년 취득당시 감정평가 등 시가의 확인없이1998년 감정평가액 1,804,131천원을 참고하여 임의로 장부에 계상한 것이므로 쟁점기계설비의 매도자의 장부상 잔존가액 628,643,568원을시가로 보아야 한다며, 이에 대하여 특수관계자로부터 부당하게 자산을고가매입한 경우로 보아 「법인세법」제52조(부당행위계산의 부인)의 규정에 따라 과세할 것을 지적하였다.

다.처분청은 위 국세청장의 감사지적 내용에 따라 쟁점취득가액2,372,474,149원과 매도자의 장부상 잔존가액인 628,643,568원의 차액1,743,830,581원에 대한 감가상각비 과다계상 상당액 1,450,359,693원을손금불산입하여 2007.10.10. 청구인에게 2003 ～ 2006사업연도의 법인세433,040,260원을 과세예고 통지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.22. 과세전적부심사를 청구하였고, 이에 처분청은 쟁점기계설비의 취득가액을 당초 과세예고 통지시의 628,643,568원(매도자의 장부상 잔존가액)에서 1,316,000천원으로변경하여 결정함에 따라, 쟁점취득가액 2,372,474,149원에서 위 결정금액1,316,000천원을 차감한 금액 1,056,474,149원에 대한 감가상각비 과다계상 상당액 887,360,306원을 손금불산입하여 2008.1.14. 청구인에게2003사업연도 법인세 33,196,030원, 2004사업연도(3월말법인) 법인세93,108,210원, 2004사업연도(12월말법인) 법인세 66,209,430원 및 2005사업연도 법인세 75,698,630원을 경정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)청구인은 2002.12.31. OOOOOO(주)으로부터 A그룹기계설비는2002.5.21. 감정한 OOOOO의 감정가액 1,338,024천원, 쟁점기계설비는1998년 7월 감정한 OOOOOOOO의 감정가액 1,804,131천원, 합계3,142,155천원을 참작하여 A그룹 및 B그룹 구분없이 30억원에 일괄구입하여 장부상 취득가액은 매도자의 취득가액(A그룹기계설비 630백만원,B그룹기계설비 2,380백만원)의 비율에준하여 A그룹기계설비는 627,526천원을, 쟁점기계설비인 B그룹기계설비는 쟁점취득가액 2,372,474천원을 계상하였는 바, 2007년 6월쟁점기계설비에 대한 OOOOO의 감정평가액이 1,315,809천원으로동 감정가액은 9년전인 1998년 감정가액 1,804,131천원과 비교하더라도상당한 가치가 존재함을 알 수있고, 2007년 6월 OOOOO의 감정평가서를 기준으로 쟁점기계설비 중주요기계인 고인장용 포장대강설비의 매매시점(2002년 12월)의 가격을추정하여 보면, 신품조달가 60억원, 내용연수 20년, 감정시 잔존연수 6년, 감정평가액 12억원인점을 감안할 때 2002년 12월의 추정가격은2,139,000천원(잔존연수 11년,잔존율 0.355)이 산출되는 점을 감안하여야하며, 처분청이 A그룹기계설비의 감정평가액 1,338,024천원을 시가로인정한다면 청구인이 신고한A그룹기계설비의 장부가액 627,526천원은저가매입한 가격이라 할 수있어 그 과소계상한 감가상각비는 손금산입되어야 함을 감안할 때 청구인이 조세부담을 부당하게 감소한 것이아니므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(2)처분청은 이 건에 대한 과세전적부심사청구(2007.10.22.)의 결정에서 쟁점기계설비의 취득당시 시가로 1,316,000천원을 인정하면서쟁점기계설비의 2007년도 감정가액 1,315,809천원을 기준으로 2007년 쟁점기계설비의 신품조달가액 66억원, 2002년 A그룹기계설비의 신품조달가액은 79억원 및 2002년도 감정평가한 A그룹기계설비이 감정가액1,338,024천원 등을 참고하였는 바, 쟁점기계설비의1998년 7월 감정가액은 1,804,131천원이고 2007년 6월 감정가액은1,315,809천원이므로 쟁점기계설비의 취득당시인 2002년 12월은 1998년7월 및 2007년6월의 전후 4년 6개월로 중간시점임을 감안하여 쟁점기계설비의 시가는위 1998년 7월 및 2007년 6월 감정가액의 평균가액인 1,559,970천원〔(1,804,131천원 + 1,315,809천원) ÷ 2〕으로 보는 것이 합리적이며,이 경우 동 평균가액과 2002.5.21. A그룹기계설비의 감정가액 1,338,024천원을 합한 금액은 2,897,994천원으로 이를 감안하면 청구인이 당초 A그룹기계설비 및 쟁점기계설비를 30억원에 구입한 것은 이를 고가매입한 것으로 볼 수 없으므로 위 30억원에 대하여 A그룹기계설비의2002년 5월 감정평가액 1,338백만원과 쟁점기계설비의 1998년 7월감정평가액 1,804백만원을 기준으로 안분계산(A그룹기계설비 1,277,490천원,쟁점기계설비 1,722,510천원)을 하든지(제1안), A그룹기계설비 가액은2002년 5월 감정평가액 1,338,024천원으로, 쟁점기계설비는 나머지금액인 1,661,976천원으로 안분계산(제2안)하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

「법인세법 시행령」제89조(시가의 범위 등)에 의하면, 특수관계자와의 거래에 있어 기계장치의 시가는 불특정 다수인과 계속적으로거래한 가액 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 하고, 불분명한 경우 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액,「상속세 및 증여세법」의 재산평가 규정에 의하여 평가한 금액을 순차적으로 적용하도록 되어 있고, 「상속세 및 증여세법 시행령」제52조(기타 유형재산의 평가) 제1항에서 재취득가액(처분할 경우 다시 취득할 수 있다고 예상되는 가액)으로 하되, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우는 장부가액(취득가액에서감가상각비를 차감한 금액)에 의하여 평가한다고 규정하고 있는 바,청구인이 취득한 쟁점기계설비의 취득가액은 시가에 해당하는 매도자의장부가액 626,612천원(과세전적부심사 결정에서 2007년 6월 감정가액과유사한 금액 1,316,000천원으로 변경하여 결정)으로 함이 타당함에도, 청구인이 특수관계자인 OOOOOO(주)로부터 쟁점기계설비를 2002년도에 취득하면서 감정평가 등 시가를 확인하지 아니하고 1998년자산재평가신고시 감정평가액을 기준으로 그 매매금액을 1,804,131천원으로 결정하여 거래하였고 실제 장부에 기장한 금액은 2,372,474천원으로 과다계상하고 동 금액으로 감가상각비를 계산하여 법인세를신고하였으므로 「법인세법」제52조의 규정에 의하여 “내국법인의 행위또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨것으로 인정되는 경우”라 할 것이며, 이에 따라 청구인의 각 사업연도소득금액을 경정·고지한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①청구인이 특수관계자인 OOOOOO(주)로부터 쟁점기계설비를부당하게 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산부인한 처분의 당부

②청구인이 A그룹기계설비 및 쟁점기계설비를 일괄취득한 가액인30억원을 그 시가로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

②-2(예비적 청구) 청구인이 A그룹기계설비 및 쟁점기계설비를일괄취득한 가액인 30억원을 그 시가로 인정하는 경우, A그룹기계설비및 쟁점기계설비 각각의 시가를 감정가액 등으로 안분계산하여 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령(2003.11.29. 대통령령 제18146호로 개정되기 전의 것)

제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2.주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3.법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

④ 제2항 단서 및 제3항에서 “특수관계에 있는 자”라 함은 당해 주주 또는 출자자와 다음 각호의 관계에 있는 자를 말한다.

1. 당해 주주 또는 출자자가 개인인 경우에는 다음 각목의 1에 해당하는 관계에 있는 자

가. 친족

나. 제1항 제1호의 관계에 있는 법인

다. 당해 주주 또는 출자자와 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 출자하고 있는 법인

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1.자산을 시가보다 높은 가액으로 매입또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

(3) 상속세 및 증여세법(2003.12.30. 법률 제7010호로 개정되기전의 것)

제62조 【선박 등 기타 유형재산의 평가】① 선박ㆍ항공기ㆍ차량ㆍ기계장비 및 「입목에 관한 법률」의 적용을 받는 입목에 대하여는 대통령령이 정하는 시가표준액에 의하여 평가한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령(2003.9.29. 대통령령 제18108호로 개정되기 전의 것)

제52조【기타 유형재산의 평가】① 법 제62조제1항에서 “대통령령이 정하는 시가표준액”이라 함은 당해 선박·항공기·차량·건설기계 및 입목에관한법률의 적용을 받는 입목을 처분할 경우 다시 취득할 수 있다고 예상되는 가액을 말하되, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말하며, 이하 이 조에서 같다) 및 지방세법시행령 제80조제1항의 규정에 의한 시가표준액에 의한 가액을 순차로 적용한 가액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)2002.10.31. 청구인과 OOOOOO(주)가 작성한 기계기구 매매계약서의 사본에 의하면, 청구인이 계약서에 첨부된 매매대상 기계기구에 대하여 OOOOOO(주)로부터 총 30억원(부가가치세 별도)에 매수하는 것으로 계약을 체결하였으며, 위 계약서에 첨부된 매매대상 기계기구의 내역을 보면 30개의 매매대상 기계설비를 A그룹과 쟁점기계설비인 B그룹으로 구분하여, 가역압연기 등 15개 기계설비인A그룹기계설비의 매매대상 가격은 2002년 5월 감정가액인 1,338,024천원으로, 포장용대강설비인 쟁점기계설비(B그룹기계설비)의 매매대상가격은 1998년 7월 감정가액인 1,804,131천원으로 하여 합계 3,142,155천원이 기재된 것으로 나타난다.

(2)A그룹기계설비 및 쟁점기계설비에 대한 감정평가서의 사본에의하면, 아래 <표1>과 같이 A그룹기계설비에 대하여 OOOOO에서1997.7.15. 및 2002.5.21.각각 1,352,794천원 및 1,338,024천원의 감정평가액을 제시하였고, 쟁점기계설비에 대하여는 1998.7.1.OOOOOOOO에서 1,804,131천원, 2007.6.25. OOOOO에서 1,315,809천원의 감정평가액을 제시한 것으로 확인되며, 이에 따른 청구인의 A그룹기계설비및 쟁점기계설비 취득원가는 아래의 <표2>와 같이 나타난다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOO OOO

(OO O OO)

O」OOOOOOOOOO OOOOO OOOO

O」OOOOOOOOO OOOOOOOO OOOO

(3)이 건과 관련한 청구인의 과세전적부심사청구에 대한 처분청의결정(2007.12.26.) 내용에 의하면, 2007년 쟁점기계설비(B그룹기계설비)의신품조달가액이 66억원이고, 2002년 A그룹기계설비의 신품조달가액은79억원인 바, 2002년도 감정평가한 A그룹기계설비 가액이 1,338백만원임에 비추어 볼 때 쟁점기계설비의 가액은 1,338백만원 보다는 높지아니한것으로 추정되고, 쟁점기계설비에 대한 1998년도 감정평가액이1,804백만원으로 되어 있으며, 쟁점기계설비에 대하여 취득 당시인2002년의 감정평가액은 없으나 2002년 이후 자본적 지출(약 5억원)을 지속적으로 하였고, 사후평가이기는 하나 2007년 감정평가한 가액이1,315,809천원인 점을 감안하면 2002년 취득당시 시가는 최소한 1,316,000천원은 유지되어야 할 것으로 보이므로 쟁점기계설비의 취득가액에 대한평가액을 매도자의 장부가액인 628,643,568원이 아니라 실질가치를 반영한1,316,000천원으로 변경한다는 취지의 결정을 한 것으로 확인된다.

(4)또한, 위 과세전적부심사결정과 관련한 처분청의 사실관계 조사내용에 의하면,1988년 제3의 법인(청산)이 쟁점기계설비를 취득하여1997년 OOOOOO(주)에 매도하였고, 2002년 청구인이 이를 취득하여이후 2006년까지 쟁점기계설비에 대하여 약 5억원의 자본적 지출을하였으며,쟁점기계설비를 최초 취득한 법인이 청산함에 따라 쟁점기계설비의 감가상각비를 정확히 알 수 없어 세법상 그 재취득가액을 산정할 수 없다는 내용과 함께, 2007년 6월 쟁점기계설비에 대한 OOOOO의 감정평가서에 의하면, 쟁점기계설비를 신품으로 조달한다면 66억원정도이며, 특히 그 주요설비인 포장용 대강설비는 그 신품조달가액이60억원으로 2007년 10월을 기준하여 잔존연수가 6년(잔존율 0.2)인 점을고려할 때 그 감정평가액은 12억원(신품조달가액 60억원 × 잔존율 0.2)으로 상당한 가치가 존재한다는 내용이 나타난다.

(5) 청구인에 대한 처분청의 조사내용에 의하면, 청구인은 비상장법인으로 대주주 및 그 특수관계자가 100%의 지분을 보유하고 있고, OOOOOO(주)는 상장법인으로서 청구인의 대주주 및 그 특수관계자가 43%의 지분을 보유하고 있으며, 청구인은 외환위기 이후 매출감소 및 금융비용 부담 등으로 1998.9.7. 당좌거래부도 및 화의인가신청을 하여 1999.2.19. 화의인가 결정을 받았다가 2002.11.7. 화의 보고의무를 면제받은 사실이 있는 바, 청구인은 화의 보고의무 면제 이후 경영합리화를 위하여 OOOOOO(주)와 각자 전문영역으로 사업을전환하기로 합의함에 따라 생산설비의 증설이 불가피하였고, 이에 OOOOOO(주)가 가동하던 일부 기계설비를 구입하여 A그룹기계설비의주요설비인 냉간압연제품 생산용 기계설비는 성능을 개조하여 청구인의포항공장에 설치·가동중이며, 쟁점기계설비의 주요설비인 포장용 대강제품 생산용 기계설비(100% 수입제품)는 매년 수선비를 지출하면서 현재 본점 소재지인 OO공장에서 가동중임을 확인하고 있다.

(6)이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점①과관련하여서는 청구인이 당초 신고한 쟁점취득가액 2,372,474천원은 청구인이A그룹기계설비와 쟁점기계설비(B그룹기계설비)를 구매할 당시 이를일괄하여 30억원에 매수하였다는 이유로 OOOOOO(주)가당초 취득한 가액 비율로 단순히 안분계산하여 산출한 것으로 그 타당성을 인정하기 어려운 점, 쟁점기계설비의 2007년 6월 감정가액이1,315,809천원이고 1998년 7월 감정가액은 1,804,131천원인 점 등에비추어 과다하게 산정된 것으로 보여 이를 적정한 가격으로 보기어려운 반면, 이 건과 관련한 과세전적부심사청구에 대하여 국세청장이결정한 바, 처분청이 당초 과세예고 통지시 쟁점기계설비의 시가로인정한 OOOOOO(주)의 장부상 잔존가액 628,643,568원을 부적정한것으로 보아 이를 1,316,000천원으로 변경하여 결정한 것에 한하여는 쟁점기계설비의 감정가액을 감안하여 위 매도자의 장부상 잔존가액이쟁점기계설비의 시가를 반영하는 것으로 보기 어려운 점 및 A그룹기계설비와 쟁점기계설비의 감정가액 및 신품조달가액 등을 종합적으로고려할 때 청구인이 특수관계자로부터 쟁점기계설비를 부당하게 고가매입한 것으로 본 것은 타당한 것으로 판단된다.

(7) 한편, 쟁점②와 관련하여 살펴보면, 여러 자산을 포괄적으로 매입한 것으로 인정되는 경우 개개의 자산별로 그 거래가격과 시가를 비교하여 고가매입에 해당하는지 여부를 판단하기 보다는 그 자산들의 전체 가격과 시가를 비교하여 포괄적 거래 전체로서 고가매입에 해당하는지 여부를 판단함이 타당하다 할 것인 바(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OO), 이 건의 경우 청구인이 A그룹기계설비 및 쟁점기계설비를 OOOOOO(주)로부터 30억원에 일괄구매한 것으로 나타나므로 A그룹기계설비와 쟁점기계설비에 대하여 포괄적 거래 전체로서 판단하는 것이 합리적으로 보이며, 또한, 국세청장이 과세전적부심사청구에 대한 결정에서 쟁점기계설비에 대하여 1998년 7월 감정가액인 1,804,131천원, 2007년 6월 감정평가액인 1,315,809천원 등을 기준으로 쟁점기계설비의 시가를 1,316,000천원으로 결정하였음에 비추어 A그룹기계설비에 대하여도 같은 기준을 적용하여 A그룹기계설비 취득 당시인 2002년 5월의 감정가액 1,338,024천원을 그 시가로 인정하는 것이 타당하다고 판단되는 바, 이 경우 청구인이 특수관계자인 OOOOOO(주)로부터 취득한 기계설비 중 A그룹기계설비에 대하여 2002년 5월 OOOOO의 감정가액인 1,338,024천원, 쟁점기계설비에 대하여는 처분청의 경정가액 1,316,000천원을 그 취득가액으로 하여 그 합계 2,654,024천원을 청구인이 OOOOOO(주)로부터 A그룹기계설비 및 쟁점기계설비를 일괄구매한 금액인 30억원에서 차감한 금액인 345,976천원에 대하여 청구인이 OOOOOO(주)로부터 고가매입한 것으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 보인다.

(8)쟁점②-2에 대하여는 쟁점②에서 청구주장의 일부를 인정하는 것으로 판단하였으므로 쟁점②와 관련하여 청구주장 전체가 인정되는것을 전제로하는 청구주장은 그 심리의 실익이 없는 것으로 판단되므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.