가. 청구인은 1999.8.28.OOO를 취득하여 2000.4.12. 같은 리 717-1 임야 8,407㎡로 등록전환한 후 2000.4.12. 576㎡를 717-2로 분할하였고, 2000.6.12. 같은 리 717-1에 공장건물 1,616.91㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축한 후 2000.6.21. 지목을 공장용지로 변경하였으며, 2009.11.11. 같은 리717-1 7,831㎡에서 2,970㎡를 717-4(이하 “쟁점토지”라 한다)로, 381㎡를717-5로 각 분할하였고, 2000.5.23. 위 717-2 임야 576㎡(이하 “쟁점기부채납토지”라 한다)를 OOO에 증여하였고, 이 토지는 2000.7.5. 도로로 지목변경되었다.

나. 청구인은 2013.6.26. 쟁점토지 및 쟁점건물을 수용을 원인으로OOO에 양도하였고, 2013.8.30. 양도소득세 신고를 하면서,쟁점토지에 대하여는 취득시 개별공시지가가 없는 토지로 보아 임야에서 공장용지로 형질변경 후 2000.12.29. 공시된 개별공시지가 OOO을 적용하여 계산한 환산가액 OOO을, 쟁점건물에 대하여는 환산가액 OOO을 각 취득가액으로 하여 신고하였다.

다. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 위 OOO의 취득당시인 1999.6.30. 공시된 개별공시지가가 OOO임을 확인하고 이를 토대로 계산한 환산가액 OOO을 쟁점토지의 취득가액으로, 쟁점건물에 대하여는 당초 신고한 환산가액에서 사업소득의 필요경비로 기 산입한 감가상각비 OOO을 차감한 OOO을 쟁점건물의 취득가액으로 하여 2014.7.7. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.17. 이의신청을 거쳐 2014.12.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 쟁점토지의 취득가액을 취득당시 개별공시지가에 근거하여 환산가액OOO으로 산정하였으나, 청구인의 사업체인 OOO의 장부에 반영된 장부가액, 실지 법원의 판결에 의하여 지급이 확인된 금액 및 관할 지방자치단체에 납부한 대체산지 조성비를 합한 금액OOO이 확인되는바 이를 실지취득가액으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

당초 실지취득가액을 알 수 없다는 이유로 취득가액을 환산가액으로 신고한 상태에서 심판청구 중에 객관적인 근거 없이 임의기장한 표준합계잔액시산표상 금액만으로 실제 취득가액으로 보기가 어렵고, 법원의 판결에 의하여 지급한 금액을 쟁점토지 취득가액으로 인정해 달라는 주장 또한 토지·건물구분이 불명확한 상태에서 단지 공사대금과 관련된 소송으로 쟁점토지에 국한된 금액이라 보기 어려워 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 실지취득가액이 존재하므로 환산가액이 아닌 실지취득가액을 인정하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 양도소득세 조사종결보고서 등 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다.

(가)청구인은 1999.8.28. OOO를 취득하여 2000.4.12. 같은 리 717-1 임야 8,407㎡로 등록전환한 후 2000.4.12. 576㎡를 717-2로 분할하였고, 2000.6.12. 같은 리 717-1에 공장건물 1,616.91㎡(쟁점건물)를 신축한 후 2000.6.21. 지목을 공장용지로 변경하였으며, 2009.11.11. 같은 리 717-1 7,831㎡에서 2,970㎡를 717-4(쟁점토지)로, 381㎡를 717-5로 각 분할하였고, 2000.5.23. 위 717-2 임야 576㎡(쟁점기부채납토지)를 OOO에 증여하였고, 이 토지는 2000.7.5. 도로로 지목변경되었다.

(나)쟁점토지의 모번지인 OOO의 취득당시 공시된 개별공시지가(공시일자 1999.6.30.)는 OOO이고, OOO로 등록전환되어 2000.6.21. 공장용지로 지목 변경된 이후 2000.12.29. 공시된 OOO의 개별공시지가는 OOO으로 나타난다.

(다)환산취득가액 외 필요경비 공제와 관련하여, 취득가액을 환산가액으로 하는 경우 「소득세법」 상 취득당시 기준시가의 3%(이하 “개산공제금액”이라 한다)를 환산취득가액에 더하여 필요경비로 공제하도록 하고 있으며, 처분청은 청구인이 쟁점토지에 대해 지목변경 후의 개별공시지가 OOO을 적용하여 신고한 개산공제금액 OOO을 부인하고, 쟁점토지를 취득당시 공시된 개별공시지가 OOO을 적용하여 계산한 개산공제금액 OOO을 환산취득가액에 더하여 쟁점토지의 필요경비로 공제한 것으로 나타난다.

(2) 청구인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구인 주장의 사실관계는 다음과 같다.

1) 청구인은 OOO에서 공장을 임차하여 OOO를 운영하던 자로 청구인 소유의 공장이 필요하여 공장의 신축이 가능한 공장용지를 물색하던 중 1999.8.28. 쟁점토지의 등록전환 전 토지인 OOO를 취득하였다.

2) 청구인은 토지의 소유권 이전일인 1999.8.28. 이전부터 취득한 토지가 공장용지로 형질변경이 가능하다는 것을 인지하고서 전 소유주와 지방자치단체에 즉시 공장용지로의 형질변경 등이 가능하도록 사전 작업을 해두었고, 이러한 과정에서 1999.10.27. OOO의 허가를 득하여 벌목 및 토목공사에 착공하여 1999년 12월 사실상 취득한 토지를 임야에서 공장용지로 형질을 변경하여 1999.12.29. 공장건물의 건축허가를 받아 2000.3.21. 공장건물을 착공하였으며 2000.6.21. 건축물 준공과 동시에 임야에서 공장용지 및 도로로 지목을 변경하였다.

3) 청구인은 2000.4.11. OOO로 등록전환하였고, 2000.5.23. 같은 리 717-2 도로 576㎡(쟁점기부채납토지)를 OOO에 기부채납하였다.

(나) 청구인의 사업체인 OOO의 장부에 반영된 장부가액, 실지 법원의 판결에 의하여 지급이 확인된 금액 및 관할 지방자치단체에 납부한 대체산지 조성비를 합한 금액을 쟁점토지의 취득가액으로 하여야 한다.

1) 2005년 12월 현재의 표준합계잔액시산표에 의하면 쟁점토지의 장부상 취득가액은 OOO으로 되어있는바, 이는 토지의 원시취득가액이 OOO임을 장부에 반영된 것이다.

2) 2002.11.4. OOO 공사대금에 대한 조정조서상의 OOO 주식회사(원고)가 청구인(피고)에게 제기한 공사대금지급 청구소송에서 원고가 기수령한 공사대금으로 법원에 제시한 OOO이 쟁점토지의 공사비로 우선 변제되었고, OOO을추가로 지급하라고 되어 있는바 이는 법원의 판결에 의하여 지급하여야할 금액으로써 당연히 쟁점토지의 취득가액으로 보아야 할 것이다.

3) 쟁점토지를 포함한 8,407㎡의 전체 취득가액은 OOO이고, 1㎡당 OOO으로 계산하면 쟁점토지(2,970㎡)의 취득가액은 OOO이 되어야 한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 당초 실지취득가액을 알 수 없다는 이유로 취득가액을 환산가액으로 신고하였던 점, 표준합계잔액시산표상 금액을 실지 취득가액으로 인정할만한 객관적 근거가 제시되지 아니한 점, 청구인이 제시한 법원의 조정조서는 공사대금과 관련된 소송에 관한 것으로 쟁점토지의 취득원가를 구성한다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 소득세법

제97조 【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득당시의실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률부칙제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라한다)전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의전날까지의보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한가액에 의하는경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

제99조 【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한가액으로 한다.

(2) 소득세법 시행령

제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항에 따른 비교표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 해당 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 그 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」 제4조 제1항 단서에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 그 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다.

1. 「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 의한 신규등록토지

2. 「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「측량ㆍ수로조사 및 지적에관한 법률」상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)

② 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은각종 개발사업 등으로 지가가 급등하거나 급등우려가 있는 지역으로서국세청장이 지정한 지역을 말한다.

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.