1. 청구인의 심판청구 중 2012.11.27. 기경정된 납부불성실가산세 OOO원 부과처분에 관한 청구부분은 각하한다.

2. 청구인이 OOO아파트 101동 901호를 취득(사용승인)한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가. 청구인은 1991.6.24. OOO아파트 A동 102호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축을 통해 1999.5.17. OOO아파트 101동 901호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인)한 후 2006.11.23. 신축주택을 양도하고, 양도소득금액을 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원 중 OOO원이 「조세특례제한법」(2006.4.28. 법률 제7949호로 개정된 것, 이하 같다) 제99조 제1항에 의하여 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액에 대하여는 위 규정에 따른 감면대상 소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(1991.6.24.)부터 신축주택 취득일 전일(1999.5.16.) 까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면 적용을 배제하여 2012.4.23. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실 가산세액 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.20. 이의신청을 거쳐 2012.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 감면대상 양도소득금액 산정 관련

신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도시 양도소득금액 계산과 관련하여, 「조세특례제한법 시행령」 제40조, 같은 법 시행규칙 별지 제37호 서식의 작성요령에 따르면 별지 서식에 “종전 주택의 기준시가”라고 규정되어 있지 않고 분자와 분모 모두에 “취득당시의 기준시가” 라고만 규정되어 있으므로, 위 규정은 취득 후 5년 전·후 양도소득금액만 구분하지 신축주택 취득일 전 양도소득금액 계산에 대해서는 고려하지 않는 것으로 보아야 할 것으로, 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도할 때 과세대상 소득금액에서 차감되는 5년 이내 발생한 양도소득금액은 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가로 해석하여 산정할 수 없고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액도 모두 감면소득에 포함시켜야 한다.

(2) 납부불성실 가산세 관련

처분청은 2012.4.19. 양도소득세 결정 결의서에서 청구인의 농어촌특별세 과다납부액(OOO원)을 고려하지 아니하고 납부불성실 가산세를 OOO원으로 산정하였으나, 청구인에게 양도소득세를 경정 고지할 때 양도소득세 차감고지세액에서 과다납부한 농어촌특별세를 공제한 금액(OOO원)을 고지하였어야 하고, 납부불성실가산세는 양도소득세 본세 미납부액에서 농어촌특별세 과다 납부액을 차감한 순수 미납세액을 기초로 계산해야 하므로, OOO원[(OOO원 - 과다납부 농특세 OOO원)×1,789일×0.03%]이 되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 감면대상 양도소득금액 산정 관련

「조세특례제한법」제99조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않으므로, 양도소득금액 산정시 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 계산한 당초 처분은 정당하다.

(2) 납부불성실 가산세 관련

납부불성실 가산세는 과다고지된 점을 인정하는 바, 2012.11.27. 과다고지된 납부불성실 가산세 OOO원을 OOO원으로 OOO원을 감액 경정하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 「조세특례제한법」 제99조에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감해야 한다는 청구주장의 당부

② 납부불성실 가산세 산정시 양도소득세 미납부액에서 기납부한 농어촌특별세 과다 납부액을 차감하여 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인 제출의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서, 처분청 제출의 양도소득세 결정결의서(2012.4.19), 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 등에 따르면, 청구인은 1991.6.24. 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축을 통해 1999.5.17. 신축주택을 취득(사용승인)한 후 2006.11.23. 신축주택을 양도하였고, 종전주택과 신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표1>과 같으며, 청구인 신고 및 처분청 경정 결정시 신축주택의 양도소득금액은 OOO원이고, 양도소득세 과세표준은 OOO원이며, 그 산출세액은 OOO원으로 산정한 사실이 인정된다.

<표1> 기준시가 내역

(나) 청구인의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서 등에 따르면 청구인은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식의 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”를 모두 신축주택 취득당시의 기준시가인 OOO원으로 하여 아래 <표2>와 같이 감면되는 양도소득금액을 112,911,100원으로 산정한 후 신축주택의 양도소득세를 OOO원으로 신고한 것으로 나타나고,

OOOOOOOOOOOOOO OOOOOO O OOOO OOOO

(다) 처분청의 이 건 양도소득세 결정결의서(2012.4.19)에 따르면 처분청은 이 건 양도소득세 경정시 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식의 분자의 “취득당시의 기준시가”를 “신축주택의 취득당시 기준시가”로, 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전주택의 취득당시 기준시가”로 하여 아래 <표3>과 같이 감면되는 양도소득금액을 OOO원으로 산정한 후 신축주택의 양도소득세를 계산하여 2012.4.23. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(양도소득세액 OOO원, 납부불성실 가산세액 OOO원 및 기납부세액 공제액 OOO원)을 경정·고지한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOOOOOOO OOOOOO OOOO

(2) 먼저, 쟁점①에 관하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) 제1항 본문 및 제1호에서 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 「조세특례제한법」제99조의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) 제1항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 해당 양도소득금액(감면소득금액)을 계산하도록 규정하고 있다.

(나) 위 산식에서 분자와 분모 모두에 “취득당시의 기준시가”로 규정하고 있으나, 이는 같은 법 제99조, 같은 법 시행령 제99조의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정이 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하다고 볼 것이다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임).

(다) 다음으로, 이 건 감면세액이 적정한지 여부에 관하여 살펴보면, 「조세특례제한법」 제99조제1항에서 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하고 있는 바,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 「조세특례제한법」제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와그 이후에 양도하는 경우를구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고,후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 「조세특례제한법」제99조 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이므로(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻),

이 건 양도소득세 과세처분에서 처분청은 감면세액을 산정하면서 “산출세액×(감면대상 양도소득금액-기본공제)/과세표준”의 산식을 사용하여 감면세액을 산정하였으나, 이 건 양도소득세 과세처분은 양도소득세 과세대상 소득금액에서 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살펴보면, 처분청 제출의 양도소득세결정결의서(2012.11.27.)에 따르면 처분청은 이 사건 심판청구가 계속된 이후에 청구인에 대한 납부불성실 가산세가 과다고지된 사실을 확인하고, 2012.11.27. 과다고지된 납부불성실가산세 OOO원(당초 납부불성실 가산세 OOO원 - 감액 경정한 납부불성실 가산세 OOO원)을 감액 경정한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 부분은 심판청구의 실익이 존재하지 아니하여 부적법한 청구로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.