2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 어린이 선교를 위한 선교원 설립 및 어린이 목회자 양성 등을 목적으로 1968. 5. 5. 설립된 비영리단체이다.

나. 원고는 군포시 (주소 1 생략) 종교용지 7,505㎡[이하 ‘이 사건 토지’라 한다. 위 토지는 원고가 취득할 당시에는 (주소 1 생략) 종교용지 11141.4㎡이었으나, 2001. 11. 26. 이 사건 토지 및 (주소 2 생략) 종교용지 3,636.4㎡로 분할되었고, 위 분할된 (주소 2 생략) 토지에 관하여 2001. 11. 30. 재단법인 천주교수원교구유지재단 앞으로 2001. 11. 13.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다]를 1992. 12. 9. 매수하여 1995. 6. 30. 소유권이전등기를 마쳤고, 상당 기간 보유하다가 2011. 7. 15. 재단법인 순복음선교회에 매매대금 125억 원에 매도하고 2011. 10. 5. 위 재단법인 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 피고는 이 사건 토지의 양도차익 11,754,852,948원을 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제3조 제3항 제5호 의 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’으로 보아 2014. 3. 11. 원고에게 2011 사업연도 법인세 3,612,515,380원(가산세 포함)을 부과하였다.

라. 원고는 2014. 6. 11. 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 서울지방국세청장은 2014. 11. 20. ‘원고가 2011. 7. 15.부터 2011. 12. 31.까지 장학금 등 지원금으로 지출한 1,724,072,850원을 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 신청은 기각한다’는 취지로 결정하였으며, 피고는 위 결정의 취지에 따라 위 2011 사업연도 법인세를 3,077,707,980원(가산세 포함)으로 감액 경정하였다(위 2014. 3. 11.자 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 2. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2015. 6. 4. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제8, 9, 10호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 전문(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)은 비영리내국법인이 처분일 현재 고정자산을 3년간 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였으면 구체적인 사안에서의 부득이한 사정을 전혀 고려하지 않은 채 획일적으로 그 처분수입에 대하여 법인세를 과세하도록 규정함으로써 현저한 불합리를 초래하고 있는바, 이는 모법의 위임취지를 벗어난 것이고, 평등원칙 및 실질과세원칙에도 반하여 위헌 무효이다.

2) 원고는 당초 이 사건 토지 일대에 합계 면적 33,914㎡의 대규모 종교용지를 소유하면서 그 지상에 종교시설(교회)을 건축하여 사용하였고, 부근 토지도 주차장으로 사용하는 등 고유목적사업을 충실히 영위하고 있었으나, 2006. 1. 9. 군포시의 교육특구 공공사업 시행으로 인한 협의매수로 원고의 의사와 무관하게 대규모 종교용지 중 이 사건 토지 7,505㎡만이 남게 되는 바람에 고유목적사업에 더 이상 사용할 수 없게 되었다. 원고가 이 사건 토지를 고유목적사업에 사용할 수 없게 된 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 토지의 처분으로 인한 수입은 이 사건 시행령 조항에서 정한 비과세대상에 포함된다고 보아야 하고, 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

3) 가사 이 사건 토지의 처분수입이 법인세 과세대상이라 하더라도, 원고는 이 사건 토지를 2006. 1. 9.까지 고유목적사업에 사용하다가 이 사건 토지를 수익사업에 전입하였는바, 2006. 1. 9.까지는 법인세 과세대상이 아니었으므로, 피고가 1992. 12. 9. 당시 시가를 취득가액으로 본 것은 고유목적사업에 사용한 기간 동안의 평가이익까지 법인세 과세대상에 포함한 것이어서 위법하다. 따라서 법인세법 시행규칙 제76조 제3항 을 유추 적용하여 원고가 이 사건 토지를 수익사업에 전입한 시점인 2006. 1. 9. 이 사건 토지를 취득한 것으로 보아야 하고, 이 사건 토지의 양도가액에서 공제해야 할 금액은 1992. 12. 9.자 취득가액이 아니라 2006. 1. 9. 시점의 장부가액으로 보아야 한다.

4) 가사 원고에게 법인세 납부의무가 있다고 하더라도, 납세의무자인 원고 입장에서는 법인세 납세의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 보아야 하므로, 가산세를 신고·납부하지 아니한 것에는 정당한 사유가 있다고 할 것이어서, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 시행령 조항이 무효인지 여부

가) 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 는 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’을 비영리내국법인의 각 사업연도 소득의 하나로 규정하면서, 그 괄호 규정에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다.”라고 규정함으로써 비과세대상의 범위를 대통령령이 정하도록 위임하고 있다. 그 위임에 따른 이 사건 시행령 조항은 “ 법 제3조 제3항 제5호 에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업( 제1항 에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.”라고 규정하고 있다.

나) 조세감면의 혜택 범위를 결정하는 문제는 재정수입의 확보라는 목적 이외에도 국민경제적·재정정책적·사회정책적 목적과 조세 부담의 형평성 등을 종합적으로 고려하는 가운데 입법자가 광범위한 형성의 자유를 행사할 수 있는 영역에 속한다고 할 것이므로, 입법자가 명백히 입법형성의 재량범위를 벗어난 자의적인 입법을 한 경우에 한하여 평등원칙에 위반되어 위헌이라고 할 것이다( 헌법재판소 2000. 1. 27. 선고 98헌바6 전원재판부 결정 , 헌법재판소 2005. 2. 24. 선고 2003헌바72 전원재판부 결정 등 참조). 그리고 조세우대조치의 남발은 그에 의하여 조세감면을 받는 특정한 납세자군의 조세부담을 다른 납세자군에게 전가하는 결과를 가져와 조세평등의 이념에 반하고 일반 납세자들의 납세의식을 저하시킬 수 있기 때문에, 입법자가 조세감면 대상을 설정함에 있어 되도록 신중한 입장을 취하여 그러한 조세감면이 가장 절실하거나 시급하다고 생각되는 집단으로 그 범위를 한정하고 사회·경제적 상황의 변화에 따라 그 범위를 조절하는 것이 허용된다고 할 것이므로, 비록 면세규정의 기본 취지에 비추어 볼 때에는 면세대상이 과소포함되었다 하더라도, 입법자가 자신의 재량 범위 내에서 합리적인 기준에 의하여 면세대상을 선정하고 있는 이상, 이는 정당화된다고 할 것이다( 위 헌법재판소 2003헌바72 전원재판부 결정 참조).

이 사건 시행령 조항은 법인세 비과세대상의 범위를 정하고 있는 조세감면규정에 해당하는바, 법률의 위임에 따라 비과세대상의 범위를 합리적인 기준에 의하여 제한하고 있다고 판단되고, 조세감면의 혜택범위를 정하면서 부득이한 사정을 고려하는 예외규정을 두고 있지 않더라도 이로써 평등원칙이나 실질과세원칙에 위반된다고 볼 수는 없다.

다) 어느 시행령의 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부를 판단함에 있어서 중요한 기준 중 하나는 예측가능성인바, 이는 당해 시행령의 내용이 이미 모법에서 구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 그 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것이어야 함을 의미하고, 이러한 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하여 관련 법조항 전체를 유기적·체계적으로 종합하여 판단하여야 한다( 대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).

이 사건 시행령 조항의 위임규정인 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 괄호 규정이 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산’이라고 규정함으로써 그 문언상으로도 비과세대상이 될 수 있는 범위를 어느 정도 한정하고 있는 점, 일정한 범위 내에서 비영리내국법인의 고정자산 처분 수입에 대하여 비과세하도록 규정한 것은 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하는 데에 그 취지가 있는 점, 조세특례제한법·지방세특례제한법 등도 비영리단체의 자산에 관하여 비과세를 규정하는 경우 일정한 기간 동안 그 고유목적사업에 직접 사용할 것을 요건으로 하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 괄호 규정의 위임에 의하여 대통령령에서 정하여질 내용은 고정자산의 처분 당시 그 고유목적사업에 직접 사용한 기간 등과 같은 사항이 될 것임을 충분히 예측할 수 있고, 이 사건 시행령 조항도 그러한 위임의 범위 내에서 비과세소득의 대상이 될 수 있는 고정자산의 요건 등을 규정하고 있으므로, 이 사건 시행령 조항은 모법의 위임범위나 한계를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 비과세대상 여부를 판단함에 있어 해당 고정자산을 고유목적사업에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지를 고려할 수 있는지 여부

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다( 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나) 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 이 사건 시행령 조항은 비영리내국법인의 고정자산 처분수입에 대하여 원칙적으로 법인세 과세대상으로 하되, 일정한 요건을 갖춘 경우 예외적으로 비과세대상에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 비과세대상에 해당하는지에 대하여는 법문대로 엄격하게 해석하여야 한다.

위 법령의 문언에 의하면, 비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과하여야 하고, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부에 따라 달리 본다는 규정은 두고 있지 아니하므로, 원고가 이 사건 토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부는 살필 필요가 없다고 할 것이다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장에 관하여는 나아가 살필 필요 없이 받아들이지 아니한다.

3) 취득가액의 산정기준에 대하여

가) 구 법인세법 제41조 제1항 제1호 , 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제1호 에 의하면, 내국법인이 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세, 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

한편, 구 법인세법 제62조의2 의 규정에 의하면, 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인이 토지 또는 건물 등 자산의 양도로 인한 소득이 있는 경우 소득세법을 준용하여 계산한 양도차익에서 일부 금액을 공제한 액수를 과세표준으로 하여 산출한 세액을 법인세로 납부할 수 있는데(비영리내국법인에게 자산양도소득에 대한 법인세 계산에 있어서 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세방식이나 양도소득세의 과세방식 중 하나를 선택할 수 있도록 한 과세특례 규정이다), 그 양도차익을 계산하기 위해 준용되는 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제97조 의 규정에 의하더라도, 자산 취득에 든 실지거래가액이 확인되는 경우 그 실지거래가액을 취득가액으로 한다.

따라서 이 사건 토지의 처분수입, 즉 양도차익을 산정하기 위해서는 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제하여 계산하여야 하고, 그 취득가액은 이 사건 토지를 실제 취득한 시점에 이 사건 토지의 취득에 든 실지거래가액으로 하여야 한다.

나) 갑 제6호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1992. 12. 9. 대한주택공사와 환매특약부 존치 건축물부지 매매계약을 체결하였는데, 그 계약의 내용은, 대한주택공사가 원고 소유의 토지 31,651㎡(취득부지)를 취득하고, 대한주택공사는 원고에게 이 사건 토지를 포함한 토지 22,499.8㎡(공급부지)를 양도하는 방식으로 교환하되, 원고가 대한주택공사에게 공급부지의 대금 2,233,932,000원과 취득부지의 대금 74,297,750원의 차액 2,159,634,250원을 납부하여 정산하기로 한 사실, 피고는 이 사건 토지의 2011. 7. 15. 양도가액 12,500,000,000원에서 위 1992. 12. 9. 취득 당시 가액인 745,147,052원(= 2,233,932,000원/22,499.8㎡ × 7,505㎡)을 차감한 11,754,852,948원을 과세표준으로 하여 원고의 2011 사업연도 법인세액을 산출한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 피고는 이 사건 토지에 대한 양도차익을 산출하면서 이 사건 토지를 실제 취득한 1992. 12. 9. 실제 지출한 거래가액을 취득가액으로 보고 이를 양도가액에서 공제하였음을 알 수 있는바, 그와 같은 산정방식에 어떤 잘못이 있다고 할 수 없다.

다) 한편, 원고는 비영리내국법인이 처분일 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하고 있지 않아 비과세혜택을 받지 못하는 경우라도, 과거 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 제공한 이상 그 기간만큼의 평가이익은 비과세될 수 있도록 취득가액을 산정하여야 한다는 취지로 주장한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 이 사건 시행령 조항에 의하면, 문언상 비영리내국법인의 고정자산처분수입은 원칙적으로 과세대상이 되나, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우에 비과세대상으로 삼겠다는 취지이고, 과세표준을 정함에 있어서 과거 고유목적사업에 사용한 기간 동안의 평가차익 부분을 손금으로 반영하여 공제할 수 있다는 취지가 아님이 명백하다. 원고의 주장과 같은 해석은 문언의 한계를 넘는 것이고, 법령상 근거가 없는 것으로서 허용되지 아니한다고 볼 것이다. 또한, 법인세법 시행규칙 제76조 는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 구 법인세법 제113조 제1항 에 의하여 각각 다른 회계로 구분하여 기록하도록 한 구분경리에 관한 규정이므로, 이 사건 토지의 처분수입(양도소득)을 산출함에 있어 유추 적용할 수 있는 성질의 규정이 아니다.

라) 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

4) 가산세 부과의 적법 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다( 대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 , 대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두3714 판결 등 참조).

원고가 이 사건 토지를 양도하여 소득을 실현하였음에도 그로 인한 법인세를 신고·납부하지 않은 것은 이 사건 시행령 조항에 대한 법률적 부지나 오해에 불과하다고 할 것이므로, 그 의무이행을 게을리 한 것이 가산세를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 윤경아(재판장) 김세현 민병국

심급 사건

본문참조판례

본문참조조문