가. 청구인은 2003.11.11. 취득한 OOO 토지 1,120.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 2011.3.23. 그 지상에 신축한 건물 1,036.68㎡를 함께 2017.2.22. OOO원에 양도한 후, 쟁점토지의 취득가액은 환산가액OOO으로 산정하고, 그 지상 건물은 실지취득가액OOO을 적용하여 이에 대한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다.

나. OOO장은 2018.9.3.부터 2018.10.10.까지의 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인에게 쟁점토지를 양도한 전소유자인 OOO가 2003.10.29. 사망한 후, 상속세 과세가액에 산입되는 쟁점토지의 매매가액에 대한 조세소송에 따른 법원의 판결문(OOO 2008.8.13. 선고 2007구합44443 판결, OOO 2009.7.23. 선고 2008누26987 판결, OOO 2009.12.10. 선고 2009두14804 판결, 이하 “쟁점판결문”이라 한다)에 의하여 확인되는 OOO와 청구인 간의 쟁점토지 매매대금 OOO원을 청구인의 쟁점토지 실지취득가액으로 적용하고 그 필요경비에 취․등록세 등을 산입하여 작성한 과세자료를 청구인의 주소지 관할인 처분청에게 통보하였고, 이에 처분청은 2018.12.6. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.3.5. 이의신청을 거쳐 2019.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 쟁점토지 실지취득가액이 불분명하므로 그 취득가액을 환산가액에 의하여 산정하여야 한다.

(1) 쟁점토지는 원래 청구인의 아버지 OOO의 소유였는데 1991년경 OOO이 쟁점토지를 OOO에게 매도하면서 그 매매대금 명목으로 쟁점토지 지상에 신축될 상가 중 33개를 분양받기로 하였고, OOO은 위 분양권을 사돈이였던 OOO를 포함한 다수인에게 재분양하고 분양대금을 수령하였다.

(2) 그러던 중 OOO가 위 상가 신축공사를 부도내고 도주하였고, OOO은 위 분양권을 재분양받았던 피해자들에게 쟁점토지를 담보로 1992.8.24.경부터 1992.9.4.경까지의 기간 동안 근저당권을 설정해주었으며, OOO에게는 1992.9.18. 소유권이전담보가등기를 설정하였다가 2000.10.5. 이에 기한 소유권이전등기를 경료하였다.

(3) OOO는 2001.4.25.부터 2001.5.8.까지의 기간 동안 기존에 설정되어 있던 재분양 받았던 피해자들 중 일부의 근저당권설정등기 등을 말소하면서 2001.5.23. OOO 앞으로 채권최고액 OOO원의 근저당권을 설정해주었다.

(4) 1993년9월경 OOO이 사망한 이후, 아들인 청구인이 쟁점토지를 실질적으로 점유하여 왔는데, 청구인은 쟁점토지의 되메우기 공사를 하고, 주차장을 개설하여 OOO와 함께 쟁점토지를 주차장으로 운영하면서 분양 피해자들에게 이자 등을 지급하여왔으나, OOO는 채무부담이 커지자 2001.10.31. 쟁점토지를 청구인에게 매매예약[매매대금 : OOO원, 특약사항 : OOO 융자금(OOO 앞으로 설정된 근저당권이 이전된 것) OOO원을 승계하는 조건]을 원인으로 한 소유권이전청구권가등기를 하였다가 2003.11.11. 청구인에게 소유권이전등기가 경료되었다.

(5) OOO가 2003.10.29. 사망한 후, OOO(피상속인)의 상속세 과세가액 산정에 있어 쟁점토지의 양도대금이 얼마인지에 대해 OOO의 상속인과 과세관청(OOO)간 다툼이 발생하였는데, 이와 관련한 쟁점판결문에 의하면, OOO가 청구인으로부터 현금으로 지급받은 대금 OOO원에 청구인이 승계한 잔여 분양 피해자들 OOO(이하 “쟁점분양피해자들”이라 한다)에 대한 채무 OOO원과 OOO 융자금 OOO원을 합한 쟁점토지 매매대금이 OOO원임을 확인하고 있으나, 검인된 OOO와 청구인 간의 2001.10.31.자 쟁점토지 매매계약서(이하 “쟁점검인계약서”라 한다)상 매매가액은 OOO원으로 되어 있으므로 이를 부인할 수 없다고 판시하였으므로 그 매매대금이 OOO원인지 아니면 OOO원인지 여부는 명확하지 않은 것으로 보아야 한다.

(6) 부동산의 양도차익을 산정함에 있어 실지거래가액이라 함은 취득당시 거래당사자 간에 실제로 거래된 가액으로서 매매계약서, 영수증 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 가액을 말하는 것이므로, 검인계약서의 경우에도 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 보기 어려운 특별한 사정이 있다면 그 거래가액을 실지거래가액으로 확정하기는 어렵다 할 것인바(조심 2011서244, 2011.3.8. 등, 같은 뜻임), 처분청은 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점검인계약서상 매매가액을 실지거래가액으로 보았으나,청구인이 쟁점토지를 2003년에 취득한 후 14년 이상 보유하다가 양도하였고, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시 여러명의 근저당권자가 존재하였음에도 쟁점검인계약서상에는 근저당권 승계 여부가 기재되어 있지 않으며, 그 매매대금이 기준시가의 약 OOO%에 불과하여 실지거래가액으로 보기 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인의 쟁점토지의 실지취득가액을 정확히 산정할 수 없는 것으로 보아야 한다.

(7) 검인계약서는 당시 관행상 공시지가 수준이거나 낮게 작성하는 것이 일반적이었고, 청구인이 쟁점토지를 취득한 2003년은 기준시가로 양도소득세를 신고하던 시기였기 때문에 동 시기에 부동산을 취득하여 오래 보유하다가 양도한 사람들은 대부분은 그 취득가액을 환산가액으로 산정하여 양도소득세 신고를 하였다.

(8) 쟁점검인계약서상 쟁점토지의 매매가액이 OOO원으로 되어 있으나, 청구인이 전술한 쟁점분양피해자들이자 쟁점토지에 대한 근저당설정권자인 OOO원을 지급하였는바, 동 금액과 쟁점검인계약서상 매매가액을 합한 금액은 OOO원이고, 상기 분양 피해자들에게 이자도 지급하였으므로 청구인의 쟁점토지 실지취득가액을 확인할 수 없는 것으로 보아 그 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인의 쟁점토지 실지취득가액이 쟁점판결문 등에 의하여 확인되므로 그 양도소득 산정에 있어서 환산취득가액을 적용할 수 없다.

(1) 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성 되었다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 하는 것인데, 청구인은 객관적인 증거자료에 의하여 이러한 반증을 하지 못하고 있다.

(2) 반면, 청구인에게 쟁점토지를 매도한 OOO의 상속세에 대한 조세소송에서 OOO가 청구인에게 쟁점토지를 양도한 가액이 얼마인지를 다투었고, 이에 대한 쟁점판결문(OOO 2009.12.10. 선고 2009두14804 판결)에 의하면, OOO가 청구인에게 쟁점토지를 양도한 대금이 OOO원이라고 판결한 내용이 나타난다.

(3) 따라서, 청구인의 쟁점토지 실지취득가액이 OOO원임이 쟁점판결문에 의하여 확인되므로 그 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없고, 처분청이 이 건 청구주장을 받아들여 「민사소송법」제216조 및 제218조에 따른 쟁점판결문의 기판력에 위배되는 경정을 할 수도 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인의 쟁점토지 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 의제취득일 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조【양도자산의 필요경비】⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가(괄호생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003.11.11. 쟁점토지와 2011.3.23. 그 지상에 신축한 건물 1,036.68㎡를 함께 2017.2.22. OOO원에 양도한 후, 쟁점토지의 취득가액은 환산가액OOO으로 산정하고, 그 지상 건물은 실지취득가액OOO을 적용하여 이에 대한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다.

(2) 부동산등기부등본에 의하면, 쟁점토지는 당초 청구인의 부친 OOO이 1961.8.29.부터 소유하고 있다가 이를 사돈인 OOO가 OOO으로부터 매수하여 2000.10.5. 취득하였고, 청구인은 쟁점토지를 장인인 OOO로부터 매수하여 2003.11.11. 취득하였으며, 청구인은 이를 2017.2.22. 양도한 것으로 나타난다.

(3) 청구인에게 2003.11.11. 쟁점토지를 양도한 OOO는 이에 대한 양도소득세를 무신고하여 과세관청이 이를 기준시가에 의하여 결정OOO하였다.

(4) OOO와 청구인 간의 2001.10.31.자 쟁점토지 매매계약서(쟁점검인계약서)를 보면, 2003년 11월에 의정부시장으로부터 검인을 받고 OOO 등기과에 접수된 것으로 나타나며, 쟁점토지의 매매대금은 OOO원이고, 계약금 OOO원은 계약시 지급하며, 1차〜5차 중도금으로 2002.7.20., 2002.7.20., 2003.1.20., 2003.4.20., 2003.7.20.에 각 OOO원을 지급하고, 잔금은 2003.10.20.에 OOO원을 지급하기로 되어 있으며, 특약사항에 OOO 융자금 OOO원을 매수인이 승계하여 매매대금과 상계한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(5) OOO는 2003.10.29. 사망하였고, 당시 관할인 OOO장은 OOO(피상속인)에 대한 상속세 결정시 쟁점토지의 개별공시지가OOO를 그 과세가액에 산입하였으나, OOO의 상속인들이 이를 OOO와 청구인 간의 쟁점토지에 대한 쟁점검인계약서상 매매가액OOO으로 경정할 것을 구하는 조세소송을 제기하였고, 이에 따른 쟁점판결문(OOO 2008.8.13. 선고 2007구합44443 판결, OOO 2009.7.23. 선고 2008누26987 판결, OOO 2009.12.10. 선고 2009두14804 판결)에 아래과 같이 OOO와 청구인 간의 쟁점토지 매매대금이 OOO원이라고 판결한 내용이 나타난다.

(6) 쟁점판결문에 판시된 OOO와 청구인 간의 쟁점토지 매매대금 수수내역을 요약한 내용은 다음 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 청구인의 쟁점토지 매수대금 지급내역 요약

(7) 쟁점판결문 중 청구인이 OOO에게 현금으로 지급한 쟁점토지 매매대금에 대한 부분을 보면, 그 지급일자 및 금액이 2001.10.31. OOO원인 것으로 판시되어 있다.

(8) 쟁점토지의 개별공시지가 변동현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점토지의 개별공지지가 변동현황

(9) 청구인은 2019.9.30. 우리 원에 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하고, 부과세액을 납부할 경제적 여력이 없다는 등의 내용을 기재한 탄원서와 청구인이 주식투자 등으로 손실이 발생한 내역을 확인할 수 있는 자료 등을 제출하였다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 실지취득가액이 불분명한 경우로 보아 그 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다고 주장하나, OOO(양도자)와 청구인(양수자) 간의 쟁점토지 실지거래가액이 얼마인지를 다툰 조세쟁송에 따른 쟁점판결문(OOO 2009.12.10. 선고 2009두14804 판결)상 그 매매대금을 OOO원으로 판결한 것으로 나타나고, 그 이유 부분에 OOO와 청구인 간에 쟁점토지의 매매대금을 수수한 일시 및 금액, 쟁점토지 매매와 관련한 채무 승계 및 정산 내역이 구체적으로 판시되어 있으며, 이와 부합하는 쟁점검인계약서를 실제와 달리 작성된 것으로 보아 배척할 수 없다는 취지의 설시도 되어 있는 점, 청구인은 위 매매대금을 쟁점토지의 실지취득가액으로 보지 아니하여야 한다고 주장할 뿐, 이를 뒷받침하는 객관적인 증거자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점토지의 실지취득가액이 불분명하다고 보기 어려우므로 「소득세법」제97조 제1항 제1호 단서를 적용하여 청구인의 쟁점토지 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.