가. 청구인은 OOO그룹의 회장으로 2002.11.19.부터 OOO에서 주거용건물 건축업을 영위하는 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)이 발행한 주식 5,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하던 중, OOO부동산과다보유법인(80% 이상)으로 「상속세 및 증여세법 시행령」제54조 제4항 제4호 등에 따라 순자산가치에 의하여 평가할 대상으로 보아 쟁점주식의 1주당 가액을 OOO원으로 평가하고 2015.8.20. 쟁점주식 1주당 거래가액을 OOO으로 하여 손자 OOO(차남 OOO자녀들로 이하 OOO등”이라 한다)에게 양도하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.9.10.부터 2018.9.27.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 쟁점주식의 1주당가액을 OOO으로 평가{OOO건설한 김포 13블럭 민간공공임대아파트 1,470세대(이하 “쟁점리스임대주택”이라 한다)가 운용리스자산이 아닌 금융리스자산에 해당하고 이에 따라 OOO부동산과다보유법인에 해당하지 아니하여 순자산가치와 순손익가치의 가중평가방법으로 산정하면서 영업권평가액을 자산에 가산하고 OOO법인세부채를 부채에서 차감하였음}하여 청구인이 특수관계인에게 주식을 저가로 양도하였다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2018.11.16. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO2015년 7월분 증권거래세 OOO경정․고지하였다.

한편, 조사청은 2017.8.16. OOO대한 통합조사를 개시한 이후에 OOO등에 대한 주식변동조사(관련세목 : 증여세)를 2017.10.25.부터 2018.1.31.(조사중지기간 : 2017.12.9.～2018.1.16.)까지 실시하였고, OOO대한 증여세 고지세액이 없는 것으로 세무조사 결과 통지를 한 바가 있다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.31. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조사청은 당초 OOO대한 주식변동조사시에는 쟁점리스임대주택을 운용리스 유형자산으로 봄이 타당하다고 조사 종결하였다가 동일한 자료와 특별한 사정 변화도 없었음에도 불구하고, 청구인에 대한 양도소득세 조사시에는 쟁점리스임대주택에 대하여 금융리스자산으로 보아 양도소득세 등을 과세하였으나, 다음과 같은 사정을 살펴보면 쟁점리스임대주택은 운용리스로 처리하는 것이 타당하다.

(가) 일반기업회계기준에 따르면, 리스자산의 소유에 따른 위험과 보상의 대부분을 이전하는 리스는 금융리스로 분류하고, 반면 리스자산의 소유에 따른 위험과 보상의 대부분을 이전하지 않는 리스는 운용리스로 분류하며, 리스를 운용리스로 할 것인지 금융리스로 할 것인지는 리스실행일에 분류되고, 추정의 변경이나 상황의 변경에도 한번 선택한 리스는 특별한 사정이 없는 한 분류를 변경하지 않는다.

구체적으로 리스임대주택을 금융리스로 보는 경우에는 소유에 따른 위험과 보상 비용, 예를 들어 자산소유에 따른 취득세·재산세 등의 각종 제세공과금, 자산의 하자보수비용·관리비용·수선충당금, 화재보험료 등 리스자산의 구입, 등록, 유지 사용 및 등록 말소, 파손, 자산손실 등과 관련하여 리스료에 포함되지 않는 제비용과 제세공과금(과태료, 범칙금 포함)등을 사실상 소유주로서 임차인이 부담하는 경우라 할 것이다.

(나) 쟁점리스임대주택의 경우 조사청의 주장대로 금융리스자산이라면 임차인이 부담하여야 할 비용(취득세, 재산세, 특별수선충당금, 화재보험료, 손해보험료, 강화마루보상금 등 각종 하자보수비용 등)을 모두 OOO전부 부담하였고, 쟁점리스임대주택은 기본적으로 10년 임대기간 종료 후 분양전환되는 민간건설 임대주택으로 임대의무기간 2분의 1경과시 분양전환 가능한 특약조건이 있어 최소 5년 임대기간 종료 후 분양전환 할 수 있는 등, 내용연수(50년)에 비하여 임대의무기간(5년)이 차지하는 비율이 매우 낮아 준공시점인 2012년 이후 줄곧 운용리스로 분류하여 회계처리하였다.

(다) 쟁점리스임대주택이 일반기업회계기준의 금융리스자산으로 분류하는 각 항목별 기준에 해당하는지 살펴보면, 다음과 같이 금융리스자산의 분류기준에 해당하지 않는 반면, 리스자산의 소유에 따른 위험과 보상의 대부분을 이전하지 않는 운용리스 분류기준에 부합한다.

1) ‘리스기간 종료시 또는 그 이전에 리스자산의 소유권이 리스이용자에게 이전되는 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 당초 계약시 소유권 이전 약정계약이 없어서 종료 시나 그 이전에 임대차 계약을 해지할 수도 있고, 5년 임대종료 후 소유권이전 계약으로 이어질지는 계약당시 신뢰성 있게 예측할 수 없으므로 이 항목에 해당하지 않는다.

2) ‘리스실행일 현재 리스이용자가 염가매수선택권을 가지고 있고, 이를 행사할 것이 확실시 되는 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 분양전환가는 의무임대기간 종료 후 분양전환시점 감정평가를 실시하여 감정평가금액과 분양전환조건가액 중 낮은 금액으로 결정되고, 즉 분양전환일 기준 감정평가금액에 따라 분양전환가가 최종 결정되므로, 분양전환조건가격으로 임차인이 분양전환을 신청할 수 있을지 여부는 임대개시일에 알 수 없으며, 실제로 리스실행일 이전에 100여건이 넘는 세대가 계약을 해제하는 등 리스실행일에는 염가매수선택권을 행사할 것이 확실시 되지 않아 이 항목에 해당하지 않는다.

3) ‘리스자산의 소유권이 이전되지 않을지라도 리스기간이 리스자산 내용연수의 상당부분을 차지하는 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 최소 의무임대기간 5년은 임대주택의 내용연수 50년의 10%에 불구하여 상당부분(75%)을 차지하지 않아 이 항목에 해당하지 않는다.

4) ‘리스실행일 현재 최소리스료를 내재이자율로 할인한 현재가치가 리스자산 공정가치의 대부분을 차지하는 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 당해 임대주택의 최소리스료의 현재가치는 극히 미미하여 공정가치의 대부분(90%)에 미달하여 이 항목에 해당하지 않는다.

5) ‘리스이용자만이 중요한 변경 없이 사용할 수 있는 특수한 용도의 리스자산인 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 일반인 누구나 임차계약을 하면 이용할 수 있는 용도로 특수한 용도의 리스자산에 해당하지 아니하여 이 항목에 해당하지 않는다.

(라) 덧붙여 임대후 분양 목적으로 임대주택을 건설·임대·분양하여 임대차성격과 건설·분양 성격을 동시에 가지고 있는 경우 회계처리 방법이 무엇인지에 대한 질의에 금융감독원(2006-105, 2006.12.31.)은 “질의는 해석[56-90(임대주택건설사업자의 임대후 분양주택에 관한 회계처리]의 적용대상이 아니며 리스회계처리준칙에 따라 회계처리하는 것이 타당하고, 본 질의의 경우 운용리스로 회계처리 하는 것이 타당하며 임대주택은 운용리스자산으로 임대보증금 총액은 별도의 부채로 계상하는 것이 타당하다”고 답변하였다.

사정이 비슷한 OOO등도 임대주택을 운용리스자산으로 분류하고 있는 등, 이러한 유권해석과 업계 관행에 따라 OOO쟁점리스임대주택을 준공시점에 운용리스로 분류하여 계속하여 운용리스자산으로 회계처리하였던 것이다.

(마) 조사청은 OOO주식의 순손익가치 평가시 쟁점리스임대주택의 감가상각비(2014사업연도 OOO)를 부인하여 이를 각 사업연도소득에 가산하였으나, 순손익액은 「법인세법」제14조에 따른 ‘각 사업연도소득’을 기준으로 계산한 것으로「법인세법 시행규칙」 별지 제3호 서식의 ‘법인세과세표준 및 세액조정계산서’ (107)란의 금액을 말하며(국세청 상속증여-105, 2013.5.9. 참조), 법인에 대한 법인세 경정으로 각 사업연도 소득금액이 변동이 생긴 때에는 법인세 경정으로 인한 소득금액으로 계산하는 것으로(‘상속증여세법 기본통칙’ 63-56…10), 즉 순손익가치의 소득금액에 감가상각비 부인액을 반영하기 위해서는 OOO대한 쟁점리스임대주택 분류 오류로 인한 법인세경정고지가 선행되고 난 후 그 금액을 순손익가치 소득금액에 반영할 수 있는 것이나, OOO대한 위법한 중복조사에 해당하기 때문에 OOO법인세 경정고지는 생략한 채, 감가상각비가 「상속세 및 증여세법 시행령」제56조 제4항 제1호의 가산항목도 아님에도 불구하고, 적법한 절차없이 소득금액에 가산하여 순손익가치를 평가한 중대한 잘못이 있다.

(바) 조사청의 2015.8.20. 기준 OOO1주당 평가액 OOO당시 동일업종의 대기업 상장주식의 1주당 평균시세 OOO것에 비하여 약 129배에 이르러 적정시세를 반영한 평가액으로 도저히 볼 수 없다.

(사) 처분청의 답변에 대한 항변내용은 다음과 같다.

1) 처분청은 금융감독원[해석 56-90]을 적용하여 쟁점리스임대주택을 금융리스자산으로 보아야 한다는 의견이나, 임대자산 OOO임대보증금 OOO국민주택기금 OOO인 경우에 부채비율(부채총액/자기자본)이 운용리스로 회계처리시 400%, 금융리스로 회계처리시 0%로 나타나므로 금융감독원[해석 56-90]은 기업의 재무건전성을 높이기 위하여 장기임대자산을 금융리스자산으로 분류하여 순액계상할 수 있도록 한 것으로 이는 공공건설임대주택의 회계처리에만 엄격하게 적용하여야 하는 것으로 국민주택기금의 융자를 받지 아니한 쟁점리스임대주택의 경우에는 동 해석의 적용대상이 아니다.

2) 설령 조사청의 의견처럼 금융감독원[해석 56-90]을 적용받는다고 하더라도 사업시행 단지별로 입주비율이 90% 이상인 조건은 임대개시 시점부터 충족하여야 하는데, 쟁점리스임대주택의 입주비율은 2012년 6월 임대개시 시점에 82%에 불과하여 금융리스로 회계처리할 수 없다.

(2) 청구인이 OOO등에게 쟁점주식을 양도한 거래에 대하여는 조사청이 OOO대한 세무조사시 이미 같은 세목, 같은 과세기간에 대하여 조사하였음에도 청구인에 대한 세무조사시 위법하게 다시 조사한 것이므로 취소되어야 한다.

(가) 쟁점주식을 거래한 경위는 다음과 같다.

OOO창립 초기부터 OOO계열로부터 독립을 목표로 OOO브랜드를 론칭하고 2014년부터 대대적인 광고선전을 하는 등 독립성장을 추진하였으나, 광주광역시에 기반을 두고 있는 OOO계열사로 분류되어 2015년부터 상호출자제한기업집단에 편입되었다.

상호출자제한기업집단 편입에 따라 각종 공시의무 발생 및 소규모 법인에 대한 법정감사 등 다양한 정부기관의 규제로 아파트 사업을 원활하게 시행하기 위한 자금조달 등에 어려움과 불편함이 발생하여이의 해소와 위에서 언급한 브랜드와 계열사의 실질적·경제적인 완전한 독립이라는 두 가지 목적 달성을 위하여 OOO계열 주주들과의 지분정리와 연대보증, 자금거래 관계 해소가 필수적인 상황이었다.

당시 이러한 지분 정리과정에서 독립적으로 사업을 할 수 없는 비주력법인인 OOO주식을 OOO등이 취득하게 되었다.

(나) 조사청은 OOO대한 법인통합조사시 OOO주식변동에 대한 1차 세무조사를 다음과 같이 실시하였다.

1) 조사청은 쟁점주식 거래에 대하여 특수관계인 간의 저가거래 혐의로 조사선정하여, OOO대한 법인통합조사를 하면서 주주들의 주식변동에 대하여 2017.8.16.부터 2018.1.31.까지 2개의 조사팀이 2차례에 걸쳐 세무조사를 중지․재개 반복하면서 무려 168일 동안이라는 긴 기간 동안 여러 관점에서 면밀히 조사하였다.

조사청은 청구인과 특수관계인인 OOO등에게 쟁점주식을 낮은 가액으로 거래한 혐의에 대하여 조사선정하여, 주식변동조사 착수와 동시에 동 주식가액을 평가하기 위하여 2015년 8월 회계법인이 작성한 OOO주식가치평가보고서, 평가일 가결산자료와 주식매매계약서 등 쟁점주식거래 관련한 자료를 요청하였고, 청구인 등은 이들 자료를 전산과 서류로 제출하였다.

한편, 쟁점주식의 거래는 특수관계인 간의 매매거래로서「상속세 및 증여세법」상 평가액이 높게 평가될 때, 양도자가 법인일 경우에는 그 법인에게 법인세가, 양수인에게 법인의 소득처분으로 인한 기타소득세가 과세되고, 양도자가 개인인 경우에는 양도인은 양도소득세가 양수인은 증여세가 부과되는 것으로 마치 놀이기구 시소와 같이 한 쪽 양도인에게 법인세와 양도소득세가 부과된다면 반대쪽 양수인에게는 소득세와 증여세가 한 세트 형태로 부과된다.

2) 조사청은 2017.10.25. “법인정기조사관련 관련인 주식변동조사”를 조사사유로 하여 쟁점주식을 취득한 OOO등에 대하여 증여세 세목조사로 분류하여 세무조사를 실시하면서 ‘OOO분양계약서’, ‘분양금 수령내역’, ‘분양진행내역’ 등을 제출 요구하여 청구인 등은 동 자료를 전산과 서류로 제출하였다.

조사청이 OOO등을 별도의 증여세조사 대상으로 선정한 사유는 쟁점주식의 양도일 당시 주식평가가액이 OOO인 경우 쟁점주식 거래와 관련한 주주들의 당초 신고는 적법하여 과세할 수 없으므로, 미성년자인 OOO등에게 「상속세 및 증여세법」제42조의3에 따른 ‘재산 취득후 재산가치 증가에 따른 이익의 증여’ 규정으로 과세할 수 있는지를 추가로 검토하기 위한 것으로 보인다. 그 근거는 쟁점주식의 평가가 잘못되었다면, 청구인 등에게 2017.8.16.∼2017.10.25.(70일) 기간 동안 실시한 주식변동조사만으로도 양수인 OOO 등에게 기타소득세와 증여세를 부과하기에 충분하고 적법하기 때문이다.

한편, 조사청은 2018년 1월에 인사이동하였고, 이에 따라 조사팀장 및 조사담당자가 교체되어 청구인 등은 새로운 조사반에 앞서 조사받은 사항에 대하여 또 다시 중복하여 설명을 하였다.

3) 조사청은 2018.1.18. OOO등에 대한 증여세 과세여부에 대한 과세사실판단 자문위원회를 개최하고 주식 평가에 문제가 있어 재계산할 필요가 있으나, 납세자들은 일반인이 획득할 수 없는 OOO향후 개발이익, 성장가능성 및 경영상태 등에 대한 내부정보를 이용하여 쟁점주식을 취득한 것으로 볼 수 있으므로 증여세 부과가 타당하다는 사유로 납세자 의견을 불채택하여 통보하였다.

4) 이에 조사청은 2018.1.22. 증여세 주식변동조사 관련하여 쟁점주식의 주식평가의 문제점을 발견하고자 “OOO민간임대아파트 계약체결 및 대금납부내역(엑셀)”, OOO민간공공임대아파트 계약조건 및 계약서 사본 샘플 3부”, OOO민간공공임대아파트의 운용리스 회계처리 근거자료”등의 자료를 청구인 등으로부터 제출받고, 쟁점리스임대주택을 운용리스로 회계처리한 것에 대하여 금융리스로 처리할 수 없는지 면밀히 조사하였으나, 금융리스로 처리하는 것은 적법하지 않다고 내부 결정하여 2018.2.12. 쟁점주식의 거래에 대하여 저가거래의 혐의가 없다는 내용의 조사결과 통지를 하였다.

(다) 조사청은 청구인에 대한 양도소득세 조사시 OOO의 주식변동에 대한 2차 세무조사를 다음과 같이 실시하였다.

1) 조사청은 2018.9.10. 청구인에 대한 양도소득세 조사시 쟁점주식 평가에 관한 서류를 제출할 것을 요구하였고, OOO대한 세무조사시 고지세액이 없다고 통지받았기에 아무런 걱정없이 자료를 다시 제출하였다.

2) 조사청은 1차 세무조사와 달리 쟁점리스임대주택을 운용리스자산이 아닌 금융리스자산으로 보는 것이 타당하다고 보았다.

(라) 중복조사 금지의 원칙과 관련한 세법 규정 및 대법원 판례의 입장은 다음과 같다.

1) 「국세기본법」제81조의4는 제1항에는 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”라고 규정하는 한편, 같은 조 제2항에는 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다,”라고 규정하면서, 그 각 호에서 재조사가 허용되는 경우로 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 제65조 제1항 제3호 단서 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우, 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우, 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우, 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 들고 있다.

2) 최근 법원(대법원 2015.9.10.선고 2013두6206 판결, 대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 참조)은 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 「국세기본법」제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니라고 판시하여 뒤에 이루어진 세무조사결정통지 또는 세무조사가 중복조사금지의 원칙에 반하여 위법하다고 보는 등 금지되는 재조사의 범위를 폭넓게 인정하고 있으며, 반면 예외적으로 허용되는 재조사의 범위는 엄격하게 제한하여 해석하고 있다.

또한, 법원(대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결 참조)은 증여세에 대한 후속 세무조사가 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료 등에 비추어 종전 세무조사와 실질적으로 같은 과세요건 사실에 대한 것에 불과할 경우에는, 구 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 판결하여, 비록 세무조사통지서상 조사대상기간이 종전세무조사와 후속세무조사가 다르다 할지라도 후속세무조사가 종전 세무조사와 실질적으로 같은 과세요건사실에 대한 것에 불과할 경우에는 위법한 중복조사에 해당한다고 보았다.

3) 2018.5.2. 국세청훈령 제2253호로 개정한 ‘조사사무처리규정’ 제12조 제3항에서는 “부분조사를 실시한 납세자에 대하여 전부조사를 실시하는 경우 부분조사를 받은 부분에 대해서는 조사한 것으로 본다.”고 규정하면서 부분조사를 제외한 부분에 대한 전부조사는 적법하다는 점을 명시하였다. 즉 납세의무자의 어느 세목의 과세기간의 특정 항목에 대하여 부분조사를 실시한 경우 추후 납세의무자의 그 과세기간에 대한 동일세목 조사를 하기 위해서는 당초 실시하였던 부분조사를 제외한 부분에 한하여 세무조사를 할 수 있는 것으로 하는 반면 뒤에 이루어진 조사가 앞서 실시한 부분조사를 포함하여 전부조사를 하는 것은 위법한 재조사에 해당한다고 한 것이다.

(마) 청구인에 대한 양도소득세 조사시 쟁점주식의 거래에 대한 조사는 부분조사를 실시한 납세자에 대하여 전부조사를 실시하는 경우로 이는 재조사에 해당한다.

1) 법인통합조사란 통합조사대상 과세기간에 주식변동사항에 대한 탈루혐의가 있는 경우에는 주식변동조사를 동시에 실시하는 것으로서(국세청 ‘조사사무처리규정’ 제50조 제2항) 당초 OOO에 대한 세무조사사전통지서에 조사대상세목 ‘통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 모든 세목)’, 조사대상기간 ‘2015.1.1.∼2015.12.31.’으로 쟁점주식의 거래에 대한 주식변동조사를 포함하여 법인세통합조사를 실시하였고, 168일이라는 조사기간 대부분의 시간을 쟁점주식의 거래에 있어서 주식평가가액의 적법여부와 과세여부를 판단하는데 쏟았음을 앞서서 살펴보았다.

OOO법인통합조사시 쟁점주식의 거래에 대한 주주들의 주식변동조사가 동시에 실시되었다는 것은 조사청과 다툼이 없는 사안으로, 이러한 주식변동조사가 청구인의 OOO주식거래에 대한 부분조사에 해당한다는 것을 넉넉히 이해할 수 있다.

2) 국세청 훈령 제2253호 ‘조사사무처리규정’ 제3조 제17호에는 “주식변동이란 출자, 증자, 감자, 매매, 상속, 증여, 신탁, 주식배당, 합병, 전환사채・신주인수권부사채・교환사채・기타 유사한 사채의 출자전환(전환・인수・교환 등) 등에 따라 주주 또는 출자자가 회사에 대하여 갖는 법적지위권 또는 소유지분율 및 소유주식수・출자지분이 변동되는 것을 말한다.”규정하고 있고, 같은 조 제30호에는 “주식변동조사란 제17호에 정한 주식변동 과정에서 관련 주주 및 해당 법인의 제세 탈루 여부를 확인하는 세무조사를 말한다.”고 규정하고 있다.

또한 국세청 훈령 제2270호 ‘상속세 및 증여세 사무처리규정’ 제39조에서 “주식변동조사는 조사대상 주주의 납세지관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다”고 규정하고 있고, 같은 규정 제40조 제1항에 주식변동조사 대상자의 선정 사유로 “법인세조사 중 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우(2호), 상속세 및 증여세를 조사결정할 때 상속 또는 증여받은 주식과 관련하여 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우(3호), 주식변동과 관련한 각종 세금을 누락한 혐의가 발견되어 해당법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우(4호)”로 규정하고 있는 것으로 보아 주식변동조사의 조사대상은 기본적으로 주주임을 알 수 있다.

한편 세무조사의 조사방법으로 전부조사와 부분조사가 있는데 ‘전부조사’란 조사대상 과세기간의 신고사항에 대한 적정 여부를 전반적으로 검증하는 세무조사를 말하고(조사사무처리규정 제3조 제24호), ‘부분조사’란 「국세기본법」 제81조의11 제1항 및 제2항에 따른 통합조사 또는 세목별조사에 의하지 아니하고 특정 사업장, 특정 항목･부분 또는 거래 일부 등에 한정하여 적정 여부를 검증하는 세무조사를 말한다고 규정하고 있으며, 「국세기본법 시행령」제63조의 12 부분조사의 사유로 “법인이 주식 또는 출자지분을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 거래한 구체적인 혐의가 있는 경우로서 해당 혐의에 대한 확인이 필요한 경우”를 규정하고 있다.

따라서 위 규정을 종합하여 비추어 보면 주식변동조사의 경우 조사대상은 주식변동과정에서 관련 주주의 탈루여부를 확인하는 세무조사로서 주주를 조사대상으로 하는 것이며 조사방법으로는 특정항목 또는 거래 일부에 한정하여 적정여부를 검증하는 세무조사인 부분조사로 볼 수 있다. 즉 청구인은 쟁점주식의 거래에 대한 특수관계인간의 저가양도 혐의에 대한 부분조사를 이미 받았다고 할 수 있다.

3) 최근에는 과세관청도 법인통합조사에서 주식변동조사를 실시하는 경우 업무지침에 따라 조사착수와 동시에 주주를 법인조사대상자와 동일하게 조사대상자로 보아 ‘납세자권리헌장’과 ‘청렴서약서’를 징취하고 조사관련 준수사항을 안내하고 있으며, 게다가 얼마 전까지 주식변동조사 서면확인조사가 있었으나, 서면확인 결과 실지세무조사로 이어질 경우 또는 주주들에 대한 세목별조사를 실시하는 경우 위법한 중복조사 문제가 발생하므로(서울고법 2017.11.15. 선고 2017누40145 판결 참조), 2018년 1월 이후에는 주식변동 서면확인조사를 삭제하였다. 이러한 점은 주식변동조사는 주주를 조사대상으로 하는 조사임을 반증하는 것으로, 상기 판결의 영향이 국세행정 조사업무를 변화시켰다고 볼 수 있으며, 금지되는 재조사의 범위를 폭넓게 인정하고 있는 반면 예외적으로 허용되는 재조사의 범위는 엄격하게 제한하여야 한다는 점을 사법부와 국세청 모두 인식하고 있는 정황이다.

(바) 조사청은 OOO등이 청구인으로부터 쟁점주식을 저가로 취득한 혐의에 대하여 위법한 중복조사에 해당한다고 보아 증여세 과세자료를 통보하지 아니하였다.

(사) 처분청의 답변에 대한 항변내용은 다음과 같다.

1) 조사청은 OOO대한 세무조사시 청구인에 대하여는 주식변동과 관련하여 자료를 요구하거나 별도의 조사대상자로 선정하여 세무조사를 실시하지 아니하였다는 의견이나, 「국세기본법」제81조의11 및 ‘조사사무처리규정’ 제50조에서 법인의 세무조사는 사업과 관련하여 신고ㆍ납부의무가 있는 세목에 대하여 통합조사를 실시함을 원칙으로 하며, 법인에 대한 통합조사를 실시함에 있어 조사대상 과세기간에 주식변동사항이 있는 경우에는 주식변동조사를 동시에 실시하도록 하고 있다. 이를 근거로 조사청은 법인의 조사대상 과세기간에 주식변동사항이 있는 경우 그 법인에 대하여 법인통합조사로 조사대상과 조사방법을 선정한 후 세무조사사전통지를 법인에게만 하고 주식변동조사 대상자인 주주들에게는 개별적인 세무조사사전통지 등 일반적인 세무조사 절차를 생략한 채 주주에 대한 주식변동조사를 동시에 실시하고 있다.

OOO재경부 회계담당자의 ‘사실확인서’에 의하면, 조사청의 조사반장은 2017.8.16. 조사 착수 날에 서울사무실에 내방하여 OOO법인세 조사대상 사업년도에 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)과 청구인이 특수관계자인 OOO등에게 OOO주식을 매우 낮은 가액으로 거래한 혐의가 있으므로 이 부분 주식거래에 대한 확인은 반드시 하여야 한다고 하면서 ‘주식가치평가보고서’와 ‘평가일 가결산자료’, ‘주식매매계약서’, ‘OOO매도가능증권 전표내역’, ‘양도대금 입금통장 사본’, ‘OOO양도세신고서’ 등 쟁점주식을 양도한 주주들의 신고자료와 평가자료를 요청하였고 OOO등은 이들 자료를 전산과 서류로 제출하였음을 알 수 있는바, 어떠한 자료제출 요구나 질문 등을 한 적이 없다는 조사청의 주장은 사실과 다르다.

한편, OOO등의 경우와 같이 법인통합조사와 관련하여 관련인 주식변동조사를 별도로 선정하여 실시 할 수 있는데, 이 경우는 주식변동 조사대상 과세기간이 법인통합조사의 과세기간과 다르거나 그 기간을 연장하기 위한 경우, 주주에 대한 자금출처조사, 기왕의 주식변동 주주와 다른 증여세 조사 등, 주식거래 이외의 부분을 폭넓게 조사 할 필요가 있는 경우에는 법인통합조사와 별도로 조사대상자를 추가 선정하여 주식변동조사를 실시하는 것이다. 조사청이 OOO등을 별도의 증여세조사로 선정한 사유는 쟁점주식의 양도일 당시 주식평가가액이 OOO원인 경우 쟁점주식의 거래 관련하여 청구인 등의 당초 신고는 적법하여 과세할 수 없으므로, 미성년자인 OOO 등이 「상속세 및 증여세법」제42조의3에 따른 ‘재산 취득후 재산가치 증가에 따른 이익의 증여’규정이 적용하여 증여세를 과세하기 위한 것으로 동 규정에 의하면 증여시기가 2016년으로 법인세통합조사의 조사대상기간 2015년과 다르므로 조사대상자를 별도로 선정한 것에 불과하다.

결국, 과세기간을 달리하는 등 특별한 사정이 없는 한 법인통합조사와 같은 과세기간에 주식변동 사항이 있는 경우 그 주식거래에 대하여는 개별주주에게 사전통지 없이 주식변동조사를 시행하고 있는 것이 대부분의 실무 관행이며, 이와 달리 OOO청구인에 대한 주식변동조사를 하지 않고 법인통합조사를 하였다는 특별한 사정에 대하여는 조사청이 이를 입증하여 증명하여야 하나, 단지 세무조사선정이 안되었다는 주장 뿐 특별한 사정을 입증할 증거자료는 부족하다.

2) 조사청은 OOO등의 자금출처와 양수가액 조사를 위하여 조사대상자 선정하여 이 부분 주식변동조사만 하였다는 주장이나, OOO등의 주식거래금액은 각각 OOO매우 적은 금액으로, 조사청이 자금출처 조사할 만한 금액이 아니며, 쟁점주식의 적법한「상속세 및 증여세법」상 평가가액이 결정되면 양도자나 양수자의 주식가액이 결정되므로 별도로 양수자의 양수가액을 선정하기 위하여 조사 선정할 이유가 없어 보이므로 자금출처와 양수가액 조사를 위해 조사대상자 선정하였다는 조사청의 주장은 신빙성이 부족하다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 쟁점리스임대주택을 금융리스자산으로 보아 쟁점주식을 주당 OOO으로 평가하여 과세한 처분은 정당하다.

(가) 금융감독원은 1999.12.29. [해석56-90]을 통하여 금융리스 및 운용리스로 분류하는 기준을 제시하고 있고, 회계연구원 질의회신 02-197 ‘임대주택자산에 대한 회계처리’(2002.11.26.)에 의하면 민간건설임대주택도 [해석56-90]에 따라 회계처리하도록 되어 있다.

[해석56-90]이 나온 배경은 공공건설임대주택의 경우 분양률과 관련하여 불확실한 요소가 많고, 염가매수선택권 여부가 불확실하여 공공건설임대주택사업자가 경제적 실질상 금융리스임에도 불구하고 운용리스로 분류하여 부채비율이 왜곡되는 현상을 개선할 목적으로 제정된 것으로 그 기준이 상당히 엄격하다고 할 수 있다.

(나) [해석56-90]에서 임대주택을 금융리스자산으로 분류하는 조건은 ① 사업시행 단지별로 입주비율이 90%이상일 것, ② 임대개시 시점 또는 대차대조표일 현재의 당해 임대주택의 공정가액(감정평가금액 또는 주위시세)과 산정가격 중 낮은 가격이 입주자 모집 시점의 당해 주택가격보다 높을 것이다.

1) 쟁점리스임대주택은 2012.12.31. 입주율이 아래 ＜표3＞과 같이 지속적으로 90%를 초과하였으므로 조건 ①이 충족되었다.

＜표3＞ 쟁점리스임대주택의 연도별 입주율 현황