2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가.청구인은 2002.6.26. 경기도 OOO OOO OOO O O OOOOO OO O OOO O O,OOOO(위 2필지를 합하여, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 김OO 등 2인에게 양도하는 것으로 하여 2002.6.22. 구 「소득세법」 제165조에 의한 부동산양도신고를 하면서, 기준시가(2001.1.1.을 기준일로 하여 2001.6.30. 고시된 개별공시지가)에 의하여 양도소득과세표준을 산정하여 양도소득세 10,169,230원을 자진납부하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 개별공시지가 고시후 양도전에 지목이 변경 되고 지분이 분할된 사실을 이유로 양도당시 그 개별공시지가가 없는 토지로 보아, 양도당시(소유권이전등기일 2002.7.8.)를 기준으로 한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가한 기준시가에 의하여 쟁점토지의 양도차익을 산정하여, 2008.4.8. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 57,419,480원을 경정⋅고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2008.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2002.6.26. 양도한 쟁점토지에 대하여 2002.6.22. 양도소득세 예정신고를 하였고, 당해 연도에 다른 양도물건이 없어 예정신고만으로 납세의무가 확정된 것이므로, 2008.4.8.에 한 이 건 양도소득세 부과처분은 실질적 확정신고일인 예정신고일(2002.6.22.)로부터 기산하여 소멸시효 5년을 경과하여 부과한 처분으로서 이를 납득할 수 없다.

(2)쟁점토지를 개별공시지가가 없는 토지를 보아 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 그 가액을 평가하여 양도차익을 산정함은 부당하다.

(3) 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」 제27조(국세징수권의 소멸시효) 및 같은 법 시행령 제12조의4(국세징수권 소멸시효의 기산일) 제1항 제1호는 과세표준과 세액이 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 국세에 있어서신고한 당해 세액에 대하여는그 법정신고납부기한의 다음 날이 소멸시효의 기산일인 바, 쟁점토지의 양도소득에 대한 국세징수권 소멸시효 기산일은 2002년 귀속분 확정신고기한(2003.5.31.)의 다음 날인 2003.6.1.로써이 건의 경우 국세징수권의 소멸시효완성일은 2008.5.31.이므로 청구인의 주장은 이유 없다.

(2) 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시(2002.6.26.) 고시되어 있던 쟁점토지의 개별공시지가는 그 지목이 임야였던 2001.1.1.을 기준으로 평가하여 2001.6.30. 고시된 것이었고, 쟁점토지 중경기도 OOO OOO OOO O O OOOO는 그 개별공시지가 고시후 양도되기 전인 2002.3.18. 그 지목이 임야에서 대로 변경되었으며, 쟁점토지 중같은 리 4-3 대 1,290㎡는 2002.3.18. 같은 리 산 4-2 임야 2,556㎡가 분할절차를 거쳐 같은 리 4-3 임야 2,220㎡로 변경된 뒤 양도되기 전에 지목이 임야에서 대지로 변경된 토지인 바, 이는 「소득세법 시행령」제164조 제1항 제3호 소정의 개별공시지가가 없는 경우에 해당하므로, 위 같은 항 본문의 규정에 의하여 2이상의 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가한 가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 경정⋅고지한 이 건 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 국세징수권의 소멸시효(5년) 완성으로 위법한 처분인지 여부

② 부과제척기간을 경과한 위법한 처분인지 여부(직권심리)

③쟁점토지를 개별공시지가가 없는 토지로 보아 감정평가기관의감정가액을 참작하여 평가한 가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분이 타당한지 여부

④ 신고 및 납부불성실가산세 부과처분의 당부

나. 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

(가) 국세기본법

제27조 【국세징수권의 소멸시효】① 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는이를 행사할 수 있는 때로부터 5년간행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다.

② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 의한다.

③ 제1항의 규정에 의한 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때는 대통령령으로 정한다.

제28조 【시효의 중단과 정지】① 제27조의 규정에 의한 소멸시효는 다음 각호의 사유로 인하여 중단된다.

1. 납세고지

2. 독촉 또는 납부최고

3. 교부청구

4. 압류

② 제1항의 규정에 의하여 중단된 소멸시효는 다음 각호의 기간이 경과한 때로부터 새로 진행한다.

1. 고지한 납부기한

2. 독촉 또는 납부최고에 의한 납부기한

3. 교부청구 중의 기간

4. 압류해제까지의 기간

③ 제27조의 규정에 의한 소멸시효는 세법에 의한 분납기간ㆍ징수유예기간ㆍ체납처분유예기간 또는 연부연납기간 중에는 진행하지 아니한다.

(나) 국세기본법 시행령

제12조의4 【국세징수권 소멸시효의 기산일】① 법 제27조 제3항에서 “국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때”라 함은 다음 각호의 날을 말한다.

1. 과세표준과 세액의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 국세에 있어서 신고한 당해 세액에 대하여는 그 법정신고납부기한의 다음 날

(다) 소득세법

제105조 【양도소득과세표준예정신고】① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자(제165조의 규정에 의한 부동산양도신고를 한 거주자를 제외한다)는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월.(단서 생략)

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다

제110조 【양도소득과세표준 확정신고】① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다.

④예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다.다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제165조 (부동산양도 신고 등) ① 다음 각호의 1에 해당하는 사유로부동산의 소유권을 이전하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 부동산의 거래내용을 납세지 관할세무서장에게 신고(이하 이 조에서 “부동산양도신고”라 한다)하여야 한다.(단서 생략)

1. 매매 또는 교환

② 제1항의 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 따라 부동산양도신고확인서를 교부하여야 한다.(단서생략)

③부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 납세의무자로부터 납부세액에 관한 안내서의 교부신청을 받은 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 교부한다.

④제3항의 규정에 의한 안내서에 따라제105조의 규정에 의한예정신고기한내에 세액을 자진납부하는 때에는제69조의 규정에 의한 토지 등 매매차익예정신고자진납부 또는 제106조의 규정에 의한예정신고자진납부를 한 것으로 본다.(단서 생략)

(라) 소득세법 시행령

제173조 【양도소득과세표준 확정신고】④ 법 제110조 제4항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 법 제107조 제2항의 규정에 따라 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우

2. 법 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 토지, 건물, 부동산에 관한 권리 및 기타자산을 2회 이상 양도한 경우로서 법 제103조 제2항의 규정을 적용할 경우 당초 신고한 양도소득산출세액이 달라지는 경우

3. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등을 2회 이상 양도한 경우로서 법 제103조 제2항의 규정을 적용할 경우 당초 신고한 양도소득산출세액이 달라지는 경우

(2) 사실관계 및 판단

(가) 이 건 쟁점토지 양도, 양도소득세 신고기한, 청구인 및 처분청주장 소멸시효완성일, 처분청의 양도소득세 과세 경위 등을 그 일자별로 나열하면 다음과 같다.

ㅇ 2002.6.22. : 부동산양도신고⋅납부(양도전신고, 예정신고)

ㅇ 2002.6.26. : 쟁점토지 양도

ㅇ 2002.8.31. : 양도소득세 예정신고납부기한

ㅇ 2003.5.31. : 양도소득세 확정신고납부기한

ㅇ 2007.6.22. : (청구인 주장)국세징수권 소멸시효(5년) 완성일

ㅇ 2008.4.8. : 이 건 양도소득세 과세(57백만원)

ㅇ 2008.5.31. : (처분청 의견) 국세징수권 소멸시효 완성일

(나) 청구인은 2002.6.26. 양도한 쟁점토지에 대하여 2002.6.22. 양도소득세 예정신고를 하였고, 당해 연도에 다른 양도물건이 없어 예정신고만으로 납세의무가 확정된 것이므로, 2008.4.8.에 한 이 건 양도소득세 부과처분은 실질적 확정신고일인 예정신고일(2002.6.22.)로부터 기산하여 소멸시효 5년을 경과하여 부과한 처분으로서 위법한 처분이라고 주장하나, 국세징수권의 소멸시효는 신고, 결정, 경정 등으로 조세채권이 확정된 당해 세액에만 한하여 진행되는 것인바, 이 건 과세처분의 경우 청구인이 2002.6.22. 양도소득세를 신고⋅납부하였고, 처분청이 양도소득세 신고시 누락한 과세표준과 세액을 경정⋅고지한 것으로서, 그 누락된 세액에 대한 징수권의 소멸시효 기산일은 그 납세고지에 의한 납부기한(2008.4.30.)의 다음날인 2008.5.1.로 보이므로 이 건 과세처분일(2008.4.8.) 현재 소멸시효가 완성되었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다. 쟁점②에 대하여 살펴본다(직권심리).

(1) 관련법령

(가) 국세기본법

제26조의2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

③제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다

(나) 국세기본법 시행령

제12조의3 【국세부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음 날.이 경우 중간예납ㆍ예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

(2) 사실관계 및 판단

청구인의 쟁점토지 양도일은 2002.6.26.로서, 위 나.(1)(다)의 「소득세법」 제110조 제1항의 규정에 의하여 그 양도소득세 과세표준확정신고기한은 2003.5.31.이고, 위 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 단서 외의 본문의 규정에 의하여 양도소득세 부과제척기간의 기산일은 2003.6.1.이 되고, 그 부과제척기간 만료일은 2008.5.31.이므로, 2008.4.8. 경정⋅고지한 이 건 부과처분은 부과제척기간 이내에 이루어진 적법한 처분으로 판단된다.

라. 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

(가) 소득세법

제99조 【기준시가의 산정】① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토 지

지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다).다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

(나) 소득세법 시행령

제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서“대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(괄호 생략)이 평가한 가액을 말한다.이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 지적법에 의한 신규등록토지

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)

(2) 사실관계 및 판단

(가) 쟁점토지는 2001년도 및 2002년도 개별공시지가 기준일(1월 1일) 현재 그 지목이 ‘임야’이었으나2002.3.18. ‘대’로 변경된 사실이등기부등본에 의하여 확인되고, 쟁점토지의 양도일이 2002.6.26.인 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(나) 청구인은 2002.6.22. 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고시 2001.6.30. 고시된 2001년도 개별공시지가(OOO OOO OOO OOO O OO OOOOO OO OO,OOOOOO, OO O OOO OO O,OOOOO OO OOO,OOOOOO)에 의하여 양도차익을 산정하여 부동산양도신고를 한 사실이 이 건 심판청구서 및 처분청의 과세자료에 의하여 확인된다.

(다) 처분청이 OOOOO O OOOOOOOOO에 쟁점토지 2필지에 대한 평가를 의뢰한 결과 2개 감정평가기관의 평가액이 2필지 모두 237,000원/㎡(평가기준일 : 2002.7.8.)으로 동일하였고, 위 평가액을 양도당시 쟁점토지의 기준시가로 하여 양도차익을 산정하였음이 처분청의 과세자료에 의하여 확인된다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 쟁점토지는 개별공시지가 고시(2001.6.30.)후 양도(2002.6.26.)전에 그 지목이 변경(2002.3.18.)됨으로써 위 「소득세법 시행령」 제164조 제1항 제3호의 규정에 의하여 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당된다 할 것이고, 이에 따라 처분청이 2개 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가한 가액에 의하여 쟁점토지의 양도차익을 산정하여 양도소득세를 경정⋅고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

마. 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

(가) 소득세법

제105조 【양도소득과세표준예정신고】① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자(제165조의 규정에 의한 부동산양도신고를 한 거주자를 제외한다)는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월.(단서 생략)

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다

제110조 【양도소득과세표준 확정신고】① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다.

④예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다.다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제111조 【확정신고자진납부】① 거주자는 당해 연도의 과세표준에 대한 양도소득산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제110조 제1항(제118조의 규정에 의하여 준용되는 제74조 제1항 내지 제4항을 포함한다)의 규정에 의한 확정신고기한까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부는 이를 확정신고자진납부라 한다.

③ 확정신고자진납부에 있어서 제107조의 규정에 의한 예정신고산출세액, 제114조의 규정에 의하여 결정ㆍ경정한 세액 또는 제82조 및 제118조의 규정에 의한 수시부과세액이 있는 때에는 이를 공제하여 납부한다.

제115조 【양도소득세에 대한 가산세】① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

(나) 소득세법 시행령

제178조 【양도소득세에 대한 가산세의 계산】③ 법 제115조 제2항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 5의 율을 말한다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 위 라.에서 살펴본 바와 같이 청구인은 기준시가에 의하여 쟁점토지의 양도차익을 산정하여 신고함에 있어서 그 당시 고시되어 있는 개별공시지가(OOO OOO OOO OOO O OO OOOOO OO OO,OOOOOO, OO O OOO OO O,OOOOO OO OOO,OOOOOO)를 적용하였고, 처분청은 쟁점토지의 개별공시지가가 없는 경우로 보아 감정평가기관이 평가한 감정가액(위 2필지 모두 237,000원/㎡)을 적용하여 산출된 양도소득세 42,328,967원에 신고불성실가산세 2,506,280원과 납부불성실가산세 28,380,967원을 가산하여 이 건 양도소득세를 청구인에게 부과하였다.

(나) 신고불성실가산세는 납세의무자가 신고의무를 위반하거나 해태한 데 대한 제재적 성격의 가산세인 바, 청구인이 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 신고함에 있어서 감정평가기관이 평가한 감정가액 등이 아닌 신고당시 고시되어 있는 개별공시지가에 의하여 양도차익을 산정하였다 하여 이를 신고의무의 위반 내지 해태로 보기 어렵다 할 것이므로, 이 건 신고불성실가산세 2,506,280원의 부과처분이 부당하다는 청구인의 주장은 이유 있다고 판단된다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO O OO OO O).

(다)한편, 납부불성실가산세는 제재적 성격 외에 지연이자 성격도 포함되어 있다 할 것이므로, 청구인이 납부의무를 불이행한 것에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO O OO OO O).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.