가. 청구인은 1997.1.30. OOO전 5,331㎡(이하 “쟁점취득토지”라 한다)를 박○호로부터 배우자 한○남(이하 “배우자”라 한다)과 공동으로 취득한 후 2003.10.1. 그 중 1,821㎡를 3개 필지로 분할 및 지목변경(같은 리 OOO대 1,264㎡, 같은 리 OOO대 399㎡, 같은 리 OOO대 158㎡, 이하 3필지를 “쟁점토지”라 한다)하고 그 지상에 2003.9.8. 1층 328.68㎡를 신축한 이후 네 차례 증축을 거쳐 총 1,098.9㎡의 건물(1층 음식점, 2～4층 다가구주택, 이하 “쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 건축하였다.

이후 쟁점부동산을 펜션업에 사용하다가 2012.11.16. 국가(환경부장관)에게 OOO양도하고 2013.1.31. 2012년 귀속 양도소득세 과세표준을 신고하면서 쟁점토지 취득가액 및 쟁점건물 건축비용 등 OOO필요경비(취득가액)로 공제하여 양도차손 OOO발생한 것으로 신고하였다.

나. 처분청은 2018.4.2.부터 2018.4.3.까지 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지 취득가액이 기준시가의 15배로 너무 크고 대금지급 증빙이 없으며 쟁점건물 신축비용도 신뢰하기 어렵다고 보아 쟁점부동산 취득가액을 환산가액으로 산정하여 2018.4.20. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.16. 이의신청을 거쳐 2019.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 양도소득세 조사시 쟁점부동산에 한번도 온 적이 없고, 양도소득세 신고서에 기재된 거래상대방에게 거래금액을 확인한 바도 없이 조사를 시작한 다음날 급히 조사를 종결하면서 세금계산서․금융자료 등의 증빙이 없다는 이유로 신고된 실지거래가액을 부인하고 환산취득가액으로 결정하는 등 조사가 심히 부실하였다.

처분청은 쟁점건물에 대한 공사비 등을 재조사하라는 이의신청 결정이 있은 후 실시한 재조사시에도 청구인이 제출한 계약서, 시방서, 견적서, 청구서, 송금명세서 등에 대하여 ‘증빙에 해당하나 필요경비 배분불가’라는 표현으로 이를 인정하지 않았다.

(2) 1997.1.30. 취득한 쟁점취득토지에 대한 매매계약서(이하 “쟁점매매계약서”라 한다) 원본은 화재로 소실되었으나 대출 등을 위하여 다른 기관에 제출하였던 것을 찾아 그 사본을 제출하였다. 그 거래금액 OOO만원에는 특약과 같이 석축공사 및 조경공사비 OOO만원이 포함된 것이며 순 토지가격은 평당 OOO만원으로 OOO만원이다. 중도금(토지대금으로는 잔금)을 지급한 후 1997.1.30. 소유권이전 등기를 하였다. 이미 20년 이상 지나서 금융자료는 도저히 확보할 수 없으나 당시 석재를 운반하고 중장비 작업을 했던 최○도, 석축공사를 했던 인부 3명 중 한명인 최○길, 성토작업을 했던 김○설을 만나서 각 확인서를 제출받았다.

(가) 처분청은 쟁점취득토지 거래가격이 기준시가에 비해 높아서 허위일 가능성이 있다고 하나, 취득당시 시세를 주변의 공인중개사 사무실에 문의하면 바로 확인이 가능할 것인데도 그러한 확인도 없이 심증만으로 쟁점취득토지 거래가액이 높다고 하는 것은 부당하다. 취득당시 북한강변 주변의 토지는 펜션 건설 붐이 일어나 부르는 것이 값일 정도로 거래가격이 폭등하였으므로 기준시가와의 차이는 사실상 별 의미가 없다.

(나) 쟁점취득토지 성토작업과 석축공사 등을 했던 최○도 등의 인적사항과 연락처가 적힌 확인서를 제출하였음에도 처분청이 이를 확인해 보지도 않고 단순히 전 소유자가 신고하였던 양도소득세 신고내용만으로 쟁점취득토지 거래금액의 진위 여부를 판단하는 것은 잘못이다.

(다) 따라서 쟁점취득토지 취득가액 OOO및 농지전용부담금 OOO합계액에서 쟁점토지 면적(1,821㎡)이 쟁점취득토지 면적(5,331㎡)에서 차지하는 비율로 안분한 OOO을 쟁점토지의 취득가액으로 인정하여야 한다.

(3) 쟁점취득토지를 청구인과 배우자가 공유로 취득한 후 쟁점토지를 분할하였고, 쟁점토지 지상에는 청구인의 펜션용 건물인 쟁점건물을, 쟁점취득토지 원 지번에는 배우자의 펜션용 건물을 아래 ＜표1＞과 같이 건축하였다.

＜표1＞ 청구인 및 배우자 각 건물 건축현황

(단위 : ㎡)

(가) 청구인과 배우자는 수 년에 걸쳐 총 1,971.01㎡를 건축하면서 건축비를 절감하기 위하여 건설회사에 일괄 도급을 주지 않고 청구인이 직접 분야별로 도급을 주고 일부 자재는 직접 구입하였다. 그래서 체계적이고 조직적인 회계처리도 못하고 쟁점건물과 배우자 건물의 건축비를 구분하여 경리하지도 못하였으나, 견적서․청구서․계약서 등 대부분의 증빙을 보관하였고 각 공사대금은 계약당일 지급하게 되는 계약금이나 인건비만 현금으로 지급하고 대부분의 금액을 청구인의 계좌를 통하여 송금하였다. 그런데 그 증빙들을 보관하던 중 2008년 4월초에 쟁점건물에 화재가 발생하여 대부분 소실되었고 다행히 따로 보관했던 일부 증빙과 은행에서 출력한 예금거래내역을 참조하여 입증이 가능한 부분만 쟁점건물의 건축비용으로 제출하였다. 여기에는 증빙을 찾지 못하고 현금으로 지출한 것은 상당부분 제외하였다.

(나) 쟁점건물과 배우자 건물에 공동으로 소요된 건축비 OOO에서 쟁점건물 면적(1,098.9㎡)과 배우자 건물(가동) 면적(783.1㎡) 비율로 안분한 OOO이 쟁점건물의 신축비용이며 여기에 쟁점건물 리모델링 비용 OOO을 더한 OOO을 쟁점건물의 취득가액으로 인정하여야 한다.

(4) 청구인은 쟁점부동산에서 OOO이란 상호로 숙박업을 하였으나 심한 경기불황으로 은행부채를 감당하기 어려워 부득이 많은 손해를 감수하고 환경부장관에게 매각신청하여 양도하였다. 쟁점부동산 양도가액 OOO에서 쟁점토지 취득가액 OOO및 쟁점건물 취득가액 OOO차감하면 OOO양도차손이 발생하였다. 따라서 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인에게 쟁점매매계약서 원본과 대금지급 증빙을 요청하였으나 제출하지 않았고 전 소유자 박○호는 양도가액을 기준시가로 신고하였으며, 청구인이 신고한 실거래가액 OOO은 기준시가OOO의 15배에 이른다. 청구인이 주장하는 석축공사, 조경공사 금액을 구분할 수 있는 근거가 없고 이를 인정한다 하더라도 쟁점취득토지 가액OOO은 기준시가의 8.7배에 이르는 큰 금액이다.

청구인이 제출한 최○도 확인서에 공사기간이라고 기재한 1998년 6월부터 11월말까지 기간에 최○도가 OOO라는 중기 대여업을 하고 있었으나, 박○호에게 매출로 신고한 내역이 없다. 최○길은 사업자등록도 하지 않아 청구인이 주장하는 공사가 실제로 진행되었는지 확인이 되지 않는다.

(2) 청구인은 당초 조사시 건물 신축 및 증축 관련 공사비 명세서, 건물 다가구주택공사비 계약서 등 이외에 이를 입증할 계약서, 대금증빙, 세금계산서, 현금영수증 등을 제출하지 않았으며, 재조사시 제출한 증빙을 검토해보면 건물 취득과는 무관한 자료 및 대금을 지급받은 자에 대한 인적사항 및 사업자번호가 확인되지 않는 것이 많으며 실제로 대금이 지급된 것도 쟁점건물 신축을 위해 사용되었다고 볼 수 있는 것은 많지 않다. 쟁점건물 증축에 쓰인 것으로 보이는 OOO및 쟁점건물과 배우자의 건물 증축에 공동으로 쓰인 OOO중 증축면적으로 안분한(2004.12.8. 증축한 총 면적 1,418.39㎡중 청구인 증축면적 656.81㎡) OOO쟁점건물의 취득가액으로 인정할 수 있다.

(3) 위와 같이 쟁점토지 및 쟁점건물의 취득시 실지거래가액이 확인되지 않아 양도가액에서 양도시점 및 취득시점의 기준시가를 기준으로 환산하여 취득가액을 적용한 당초 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액으로 취득가액을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

제114조【양도소득과세표준의 세액의 결정․경정 및 통지】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액・매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제67조【즉시상각의 의제】② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

⑥ 법 제97조 제3항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 토지

취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

2. 건물

가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 ＜표2＞와 같이 당초 신고시, 이의신청 청구시, 이 건 심판청구 후 항변서 제출시에 쟁점부동산의 취득가액을 조금씩 수정하여 주장하였고, 처분청은 조사시 기준시가로 취득가액을 환산하여 이 건 양도소득세를 경정․고지하였다.

＜표2＞ 청구인 및 처분청의 쟁점부동산 취득가액 각 산정 내역

(단위 : 원)

한편, 위 농지조성비 OOO1997.1.4. 쟁점취득토지 공유자인 배우자가 납부한 것이고, 같은 날 청구인은 OOO따로 납부하였음이 농지조성비 자진납부영수증으로 확인된다.

(2) 처분청은 2018.4.2.부터 2018.4.21.까지 20일간 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하고자 착수하였다가 그 다음날 2018.4.3. 조사를 종결하였다.

(3) 쟁점매매계약서에 의하면 박○호는 석축 토목공사, 토지 성토 및 조경완료된 상태로 5,331㎡를 총 거래가액 OOO청구인(2,911㎡) 및 배우자(2,420㎡)에게 양도하는 것으로 1996.10.30. 계약하였다.

(가) 박○호는 쟁점취득토지 양도(1997.1.30.)에 따른 1997년 귀속 양도소득세 신고시 실지거래가액이 아닌 기준시가OOO로 그 양도가액을 신고하였다.

한편, 양도가액을 실지거래가액으로 의무적으로 신고하도록 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 「소득세법」제96조 제1항이 시행되기 이전에는 기준시가로 양도가액을 신고하는 것이 원칙이고, 1년 이내 단기 양도 또는 양도자가 실지거래가액으로 신고하기를 원하는 경우 등에 예외적으로 실지거래가액으로 양도가액을 신고하였다.

(나) 청구인은 ‘1998년 6월부터 같은 해 9월까지 박○호의 의뢰를 받고 본인 차량을 투입하고 다른 중기업자도 알선하여 쟁점취득토지에 4m 높이로 성토할 수 있도록 15톤 덤프트럭 약 4,000대 분량의 흙을 운반해주고 약 OOO받았다’라는 취지로 작성된 김○설의 확인서와,

‘1998년 6월부터 같은 해 11월까지 박○호의 의뢰로 쟁점취득토지에 10굴삭기, 8w굴삭기, 6w굴삭기로 토지 정리와 석축공사를 하고 장비 대여비로 OOO받았고, 석재운반비로 덤프트럭 250대 분량의 운반비 OOO받았다’라는 취지로 작성된 최○도의 확인서 및

‘1998년 9월부터 3개월간 박○호의 부탁으로 다른 석공 2명과 함께 쟁점취득토지에 석축쌓기 작업을 하고 3명 인건비로 약 OOO을 받아 각자 나누었다’라는 취지로 작성된 최○길의 확인서를 각 제출하였다.

(다) 처분청이 박○호를 상대로 쟁점매매계약서의 진위 여부, 최○도 등을 상대로 각 확인서 내용의 진위 여부, 쟁점취득토지 인근 중개업소 등을 상대로 취득당시 토지 거래시세 등을 조사한 기록은 없다.

(라) 1996년 항공사진에는 아래와 같이 쟁점취득토지가 농지로 보여지나 1999년 사진에는 공사차량의 잦은 통행으로 인해 형성된 것으로 보이는 남북방향으로 난 두 갈래의 길과 장차 쟁점건물 및 배우자 건물이 신축될 정착면적 부분이 높게 성토되어 지표상에서 직사각형으로 도드라져 있음이 확인된다.

1) 1996년 항공사진

2) 1999년 항공사진

(마) 인터넷 포털사이트에서 검색되는 쟁점취득토지 로드뷰 사진에서 건물이 정착된 면적은 주위 땅보다 3미터 이상 더 높고 큰 석재를 사용하여 석축을 쌓아 대지화하였음이 확인된다.

(4) 청구인이 위 ＜표2＞와 같이 항변서에서 주장하는 쟁점건물 및 배우자 건물의 공동 건축공사비 OOO내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점건물과 배우자 건물의 공동 건축공사비 주장내역

(단위 : 원)

* ‘일자’ : 계약일 등 주요일자이며, 거래금액 지급일자는 항변서상 다수인 경우 있음

(가) 위 거래내역 중 OOO청구인의 OOO이하 “쟁점1계좌”라 한다)에서 각 공사업자에게 송금하였고, OOO배우자의 OOO에서 송금하여 총 OOO계좌를 통하여 지급하였다.

(나) 현금으로 지급한 것으로 주장한 금액은 OOO으로서 각 공사별 계약일자에 계약금으로 지급한 OOO이고, 연번 1의 OOO계약서․송금내역 등의 입증자료가 없다.

(다) 나머지 차액(항변서의 총 거래금액-계좌송금액-현금지급액) OOO계좌내역을 항변자료로 중복 제출하는 등(2003.8.11. 쟁점1계좌에서 김○숙에게 송금한 OOO위 연번 3과 연번 13의 각 일부로 중복하여 제출, 연번 21 중 일부 2004.5.7. 송금액은 OOO인데 OOO으로 착오 제출, 연번 21 중 일부 2005.7.26. OOO은 송금내역이 없는데 송금하였다고 제출함) 그 지급사실이 확인되지 않는다.

(라) 연번 6(거래금액 OOO만원)은 해당 계약서에 의하여 쟁점건물의 건축공사비가 OOO만원임이 확인된다.

(마) 연번 14(거래금액 OOO)는 쟁점건물 건축에 대한 고용산재보험료임이, 연번 15(거래금액 OOO)는 배우자 건물 건축에 대한 고용산재보험료임이 확인된다.

(5) 청구인이 위 ＜표2＞에서 주장하는 쟁점건물의 리모델링공사에 개별적으로 소요된 공사비 OOO 내역은 아래와 같다.

(가) 2007.9.19. 유○영이 작성한 견적서 등에 의하면 쟁점건물 리모델링비로 쟁점1계좌에서 OOO을, 청구인의 OOO“쟁점3계좌”라 한다)에서 OOO을, 배우자의 OOO“쟁점4계좌”라 한다)에서 OOO각 송금하고, 현금으로 사○길에게 OOO만원을 지급하여 총 OOO지급하였다.

다만, 위 견적서에 의하면 객실 페인팅, 욕실 개조, 가구, 소품 등으로서 「소득세법 시행령」제67조 제2항에 규정한 자본적 지출에는 해당하지 않는다.

(나) 2008년 4월 발생한 쟁점건물 화재에 대한 복구공사비로서 2008.4.7. OOO전기공사비 OOO2008.4.8. OOO에게 국선단자함공사비 OOO2008.4.16. OOO에게 설비 및 벽체공사비 OOO2008.4.20. 캐리어공조시스템 황○진OOO에게 보일러공사비 OOO2008.4.25. OOO에게 철거 및 판넬공사비 OOO등 합계 OOO을 현금으로 지급하였음이 각 견적서에 나타난다.

(다) 2010.2.26. OOO박○철․차○순의 리모델링공사 견적서OOO2010.2.27. OOO권○완의 창호공사 견적서OOO2010.4.20. OOO권○희의 월풀․수온조절기공사 청구서OOO2010.4.2. OOO한○순의 스파욕조공사 계약서OOO및 직영공사OOO내역에 의하면, 쟁점건물 리모델링 공사비로 쟁점1계좌에서 OOO쟁점3계좌에서 OOO쟁점4계좌에서 OOO각 송금하고, 현금으로 OOO지급하여 총 OOO지급하였다.

(라) 2012.2.12. 길○식의 계단시공 견적서에 의하면 쟁점건물 증축공사비(목구조 창고 2.21.㎡)로 쟁점1계좌에서 OOO송금하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 취득 매매계약서가 사본이며 금융증빙이 없고 기준시가의 15배에 이르며, 쟁점건물 신축공사의 세금계산서를 수취하지 않았고 쟁점건물과 배우자 건물의 공사비를 구분 경리하지 않아 쟁점부동산의 취득가액을 인정할 수 없다는 의견이나,

쟁점매매계약서는 2008년 4월 화재로 원본이 소실되어 금융기관에 보관된 사본을 구하여 제출하였는데 금융기관이 보관하던 것이므로 오히려 계약서의 존재 자체가 입증된 것으로 볼 수 있는 점, 항공사진 및 로드뷰 사진으로 보아 하천에 연접한 논으로 사용되던 쟁점취득토지를 대지로 변경하기 위하여 많은 양의 성토작업․석축공사 등이 이루어졌음이 확인되는 점, 성토용 흙을 차량으로 운반한 사람․석재를 차량으로 운반하고 굴삭기 작업을 한 사람․석축공사를 한 인부의 각 확인서가 제출된 점 등에 비추어 청구인이 주장하는 취득가액이 사실로 보이는 측면이 있는 반면, 처분청은 쟁점취득토지의 전 소유자에게 쟁점매매계약서의 진위 여부를 조사한다거나, 공인중개사 또는 인근 토지를 거래한 자들을 찾아서 취득당시 토지 거래시세를 조사하여 비교하는 등의 확인도 없이 세무조사 시작 이틀만에 조사를 종결하면서, 20년 이상 지난 거래의 금융증빙이 없고 전 소유자가 기준시가로 신고한 양도가액보다 청구인의 취득가액이 15배 이상 크다는 이유만으로 이를 부인한 것은 무리가 있어 보이는 점, 쟁점건물과 배우자 건물의 건축비를 절감하기 위하여 건설회사에 건축공사를 일괄 도급하지 않고 청구인이 직영으로 공사하였고, 세금계산서는 수취하지 않았으나 각 공사도급계약서․견적서 등에서 공사내역 및 공사금액과 공사업자의 인적사항이 확인되는 점, 그 공사대금을 청구인의 계좌에서 공사업자의 계좌로 송금하여 지급하였음이 예금거래내역서에 나타나는 점, 쟁점건물과 배우자 건물에 공동으로 투입된 공사비는 동일한 자재를 사용하였으므로 각 건물의 건축면적의 비율로 안분하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액으로 취득가액을 산정하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

다만, 쟁점취득토지 취득가액으로 청구인이 제시한 OOO누락된 농지조성비 OOO추가한 금액에서 쟁점토지 면적이 쟁점취득토지 면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 OOO쟁점토지의 실지거래 취득가액으로 산정하는 것이 타당하고,

쟁점건물과 배우자 건물에 공통된 건축공사비로서 청구인이 제시한 OOO에서 각 건물별로 구분이 가능하거나 지급사실이 확인되지 않는 OOO(＜표3＞ 연번 1의 OOO연번 6의 OOO연번 13 중 OOO연번 14의 OOO연번 15의 OOO연번 21 중 OOO의 합계액)을 차감한 후 쟁점건물 면적이 쟁점건물․배우자 건물 면적의 합에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 OOO과, 쟁점건물의 개별 건축공사비로서 청구인이 제시한 OOO에서 OOO[＜표3＞ 연번 6에 대하여 (4)-(라) 기재 OOO연번 14의 OOO]을 더하고, 자본적 지출에 해당하지 않는 OOO[(5)-(가) 기재]을 차감하여 계산한 OOO합한 OOO(공통 건축공사비 안분 OOO+개별 건축공사비 OOO)으로 쟁점건물의 실지거래 취득가액을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.