청구인은 1988.5.6 취득한 서울특별시 구로구 OO동 OOOOOOO 대지 126㎡상의 주택 80.93㎡를 멸실하고 그 지상에 1992.6.5 주택 299.97㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 보유하다가 1997.5.12 양도한데 대하여, 처분청은 쟁점주택 양도당시 청구인이 쟁점주택 이외에 충청남도 당진군 당진읍 OO리 OOOOO 소재 주택 66.12㎡(이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 보유하고 있다 하여 쟁점주택의 양도를 1세대 2주택의 양도로 보아 1999.7.6 청구인에게 1997년도 양도소득세 21,980,500원을 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.9.17 심사청구를 거쳐 1999.12.13 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

쟁점외주택은 청구인이 1970.1월부터 농사를 짓기 위하여 주위에 있는 전·답 약 4,000평과 임야 약 3,000평을 취득하면서 부수적으로 취득한 무허가 건물로서 주로 곡물창고로 사용하면서 여름에는 일시거주도 하던중 1997.9월 청구인이 거주하던 같은곳 OO리 OOOO 소재 농가주택(조상 대대로 물려받은 주택으로 종중 명의로 되어 있음)이 개축되면서 쟁점외주택을 보수(보일러 설치 등)하여 청구인과 청구인의 처 두 사람이 거주하고 있고, 쟁점주택은 자녀들의 교육을 위하여 1988.5.6 구입하여 4남매가 거주하였다가 양도하였는 바, 쟁점외주택은 장기간 곡물보관 및 건조용으로 사용하다가 쟁점주택 양도후인 1997.9 보수하여 현재 거주하고 있고 또한 소득세법에서 규정하고 있는 “귀농주택”의 1세대 1주택의 특례규정은 농어민들이 소형주택을 부득이하게 대도시에서 보유하다 양도할 경우 재산가치가 없는 농촌주택 때문에 양도소득세가 과세되는 반면 대도시 거주자는 수억원대 주택을 양도하더라도 비과세되는 등 공평과세에 대한 농어민의 불만을 해소코저 입법된 것으로 국세청 재산세과에서도 귀농주택이라 함은 대도시에서 농촌으로 이사하는 경우에만 해당되는 것이 아니라 영농을 목적으로 취득하여 현재 농사를 짓고 있다면 대도시의 일반주택을 양도하는 경우에도 1세대1주택으로 보아 비과세된다는 유권해석이 있어 쟁점주택을 양도하였음에도 처분청에서 양도소득세 법규해석을 달리하여 과세함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 이건의 쟁점은 쟁점외주택이 소득세법 시행령 제155조 제7항에서 규정하는 귀농 목적으로 1세대 1주택 판정시 제외되는 주택에 해당하는지의 여부를 가리는데 있는 바, 이에 대하여 살펴보면,

첫째, 청구인의 주민등록등본에 의하면, 청구인은 충청남도 당진군 당진읍 OO리 OOOO에서 청구인의 처와 함께 거주한 것으로 등재되어 있으나, 실제로는 쟁점외주택에서 계속 거주하였고, 쟁점주택의 양도일까지 다른 지역으로 거주 이전한 사실 없음이 처분청의 현지 확인조사 및 사진 등에 의하여 확인되며 쟁점외주택에서 계속하여 거주하는 동안 쟁점주택을 취득하였다가 양도하는 경우에는 영농을 위하여 “귀농”을 하였다고는 보기 어렵다.

둘째, 수도권지역외 1주택을 소유하고 있는 1세대가 영농에 종사할 목적으로 수도권 외의 지역중 읍지역(도시계획구역 안의 지역 제외) 또는 면지역에 소재하는 주택으로서 소득세법 시행령 제155조 제10항 각호의 요건을 모두 갖춘 “귀농주택”을 취득(귀농이전에 취득한 것을 포함)하여 거주하다가 수도권 지역의 주택을 양도한 경우, 그 귀농주택은 주택으로 보지 아니하는 것이므로 해당 양도주택이 소득세법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택 요건을 갖춘 경우에는 양도소득세가 과세되지 아니하는 것이나, 농어촌지역에 계속하여 거주하면서 수도권지역의 주택을 취득하여 보유하다가 양도하는 경우에는 동 규정이 적용되지 아니하여 양도소득세가 과세되는 것으로 해석하고 있다(재일 46014-1483, 1997.6.18).

셋째, 청구인은 농촌주택을 곡물보관창고로 사용하였다고 주장하나, 처분청에 농촌주택을 현지 출장하여 거주사실을 확인하였고 주택으로 사용하고 있는 사실이 사진에 의하여 확인된다.

(2) 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 농어촌주택을 1세대 1주택 판정시 주택에서 제외하도록 개정한 취지는 고향과의 지속적인 유대관계 유지 및 도농간 교류를 촉진하여 농어촌 주택에 관한 수요를 유지하고 농어촌주택의 정비를 유지하기 위함이며 세법개정 내용은 상속·이농·귀농으로 인하여 수도권을 제외한 읍지역으로서 도시계획구역밖과 면지역에 소재한 농어촌주택은 1세대 1주택 판정시 주택으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우, 청구인은 농촌주택에서 계속하여 거주하면서 서울소재 쟁점주택을 취득하여 보유하다가 양도하였으므로 위의 법규정이 정하는 귀농목적에 해당되지 않아 1세대 1주택 판정시 제외되는 주택에 해당되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 양도가 1세대 2주택의 양도에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

소득세법 제89조 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외함)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 비과세 한다고 규정하고, 같은법 시행령 제154조 제1항에서는 위에서 언급하고 있는 1세대 1주택을 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해주택의 보유기간이 3년이상인 경우로 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제155조 제7항 에서는 다음 각호의 1에 해당하는 주택으로서 수도권정비계획법 제2조 제1호에 규정된 수도권외의 지역중 읍지역(도시계획구역안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택( 이하 “농어촌 주택”이라 함) 과 그외의 주택(이하 “일반주택” 이라 함)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고, 각호중 제1호에서 상속받은 주택(피상속인이 취득후 5년이상 거주한 사실이 있는경우에 한함), 제2호에서 이농인(어업에서 떠난자를 포함함)이 취득일후 5년이상 거주한 사실이 있는 이농주택, 제3호에서 영농 또는 영어의 목적으로 취득하는 귀농주택을 들고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점외주택을 주로 곡물창고로 사용하다가 청구인이 쟁점주택을 양도한 후인 1997.9월에 보수하여 거주하고 있다고 주장하고 있으나, 처분청 조사내용에 의하면 청구인은 충청남도 당진군 당진읍 OO리 OOOO를 주소지로 하면서 쟁점외주택에서 계속 거주하고 있었음을 현지 확인하였고, 쟁점외주택의 재산세 과세대장에 의하면 쟁점외주택은 1952년도에 신축된 목조·함석 농어가주택으로 청구인이 납세의무자로 되어있음이 확인되고 있어 쟁점외주택은 청구인의 농어가주택임이 확인된다.

(2) 청구인은 1세대 1주택의 특례규정을 적용받는 귀농주택을 대도시에서 농촌으로 이사하는 경우 이외에 영농을 목적으로 취득하여 현재 농사를 짓고 있다면 대도시의 일반주택을 양도하는 경우에도 1세대 1주택으로 보아 비과세 하여야 한다고 주장하고 있으나, 1세대 1주택의 특례규정을 적용받는 귀농주택은 영농 또는 영어에 종사하는자가 취득(귀농이전에 취득한 것을 포함) 하여 거주하고 있는 주택으로서 소득세법시행령 제155조 제10항 각호에 규정하는 요건(본적지 또는 총리령이 정하는 연고지에 소재하고 고급주택이 아니며 대지면적이 660㎡이내이고 990㎡이상의 농지를 소유하는자 또는 총리령이 정하는 어업인이 영농 또는 영어의 목적으로 취득하는 것) 을 모두 갖춘 주택으로 엄격하게 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제155조 제11항에서 귀농으로 인하여 세대전원이 농어촌주택으로 이사하는 경우에는 귀농후 최초로 양도하는 1개의 일반주택에 한하여 비과세 규정을 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인은 귀농을 한 것이 아니고 농어촌지역에 계속하여 거주하면서 쟁점외주택을 보유하는 상태에서 쟁점주택을 취득하여 보유하다가 양도한 것이므로 쟁점주택의 양도와 관련하여 1세대 1주택의 특례를 인정하는 귀농주택의 규정을 적용하지 아니하고 과세한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.