가. 청구인은 2008.8.28. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 2008.11.5. OOO에 소재한 연면적 695.33㎡의 지하1층, 지상4층(옥탑 포함) 주택상가복합건물과 270㎡의 부속토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 배우자인 OOO으로부터 상속받아 2019.1.4. 매매를 원인으로 2019.3.28. OOO(이하 “주택조합”이라 한다)에 양도가액을 OOO으로 하여 양도하였다.

나. 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점부동산의 양도가액을 쟁점부동산의 지상4층 연면적 125.46㎡의 주택 및 54.4826㎡의 부속토지(이하 “주택부분”이라 한다) OOO, 쟁점부동산의 지하1층～지상3층 연면적 569.87㎡의 상가 및 215.5174㎡의 부속토지(이하 “상가부분”이라 한다) OOO으로 구분·산정하여 2019.5.20. 처분청에 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다.

OOO

다. 처분청은 청구인이 신고한 주택부분 및 상가부분 양도가액은 청구인이 임의로 계상한 가액으로서 그 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분(주택부분 양도가액 OOO, 상가부분 양도가액 OOO)한 후 상가부분 양도분에 대하여 2019.12.2. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.21. 이의신청을 거쳐 2020.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 주택부분과 상가부분의 양도가액을 각 OOO으로 구분한 것에 대하여 합리적 기준이 없다는 이유로 부인하였는바, 다수의 자산을 양도하는 경우 각 자산별 양도가액은 매매당사자간 사적자치의 영역으로서 당사자 간 합의를 통하여 자유롭게 결정할 수 있고, 자유민주주의 시장경제체제 하에서 당사자 간 합의된 양도가액을 단지 세법에서 규정한 계산금액과 다르다 하여 합리적인 이유 없이 그 양도가액을 부인하는 것은 부당하다 할 것이다. 처분청이 매매가액을 부인하려면 그 매매가액이 경제적 실질을 위반하여 세법의 혜택을 부당하게 받았는지에 대한 입증을 하여야 하나, 처분청은 이에 대한 입증책임도 지지 않고 과세하였다.

「국세기본법」제14조에서 규정한 실질과세원칙은 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 처분하도록 하였고, 주택조합이 쟁점부동산의 인근 주택을 매입한 가액과 비교하여 보면 쟁점부동산의 양도가액이 시장거래가액에서 크게 벗어나지 않고 있음을 알 수 있다. 이처럼 청구인은 경제적 실질을 위반하여 쟁점부동산을 거래하지 아니하였다.

쟁점부동산이 위치한 지역은 제3종 주거지역이고, 상권이 발달되어 있지 않아 상가 가치가 형성되지 않았기에 쟁점부동산의 주택부분 양도가액은 시가에 준해서, 상가부분 양도가액은 비교적 싼 가격으로 양도하기로 주택조합과 합의하여 매매하였다. 다수의 자산을 양도하는 경우 어떤 자산을 싸게 팔지는 매도자의 권리이고, 성실한 납세자의 권리는 반증이 없는 한 보호되어야 하는바, 처분청이 별다른 반증도 없이 단지 청구인의 실지 양도가액과 이를 기준시가로 안분한 가액이 현저한 차이(30% 이상)가 난다는 이유만으로 시가조사도 없이 무리한 과세를 함으로써 성실하게 납세의무를 이행한 청구인의 권리를 침해하였다.

2018년부터 2019년까지 부동산 가격이 폭등한 OOO지역에는 20평대의 주택도 OOO대의 매물이 없다. 쟁점부동산 인근 주택의 매매사례를 살펴보면 OOO 주택(20평형)은 2018.9.30. 주택조합에 OOO에 매도되었는데, 그 옆 102호 주택은 1년도 채 지나지 않은 2019.8.8. OOO에 매도되었을 정도로 매매가가 급등하였다. 또한, 청구인이 위 102호 주택과 쟁점부동산의 주택부분에 대한 감정평가를 의뢰한 결과, 102호 주택의 감정가액은 OOO, 쟁점부동산의 주택부분 감정가액은 OOO으로 나왔는데, 102호 주택은 감정가액의 112.8%에 해당하는 OOO에 매매되었고, 쟁점부동산의 주택부분은 감정가액의 116%에 해당하는 OOO에 매매되었다. 또한 주택조합에서 매수한 인근 주택의 매매가액을 보면, 주택공시가격의 3배에서 4배까지의 금액으로 거래되었음을 확인할 수 있다. 이처럼 청구인의 주택부분 양도가액이 거래 당시 시장거래가액을 벗어나지 않음에도 40평이 넘는 쟁점부동산의 주택부분 양도가액을 OOO으로 결정하여 과세한 처분은 납득할 수 없고, 처분청이 결정한 양도가액은 경제적 실질이 왜곡된 현실과 동떨어진 터무니없는 가격인 것이다.

(2)「소득세법」제100조 제2항은 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우” 각각 구분하여 기장하는 것을 원칙으로 하고 있고, 그 구분가액이 불분명할 때에는 토지와 건물 등의 기준시가로 안분하도록 하고 있다.

(가) 위 규정은 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 그 토지가액과 건물 등의 가액이 불분명할 때 기준시가로 안분하도록 한 것으로서 청구인의 경우는 토지와 건물의 가액이 불분명한 경우가 아니라 주택부분과 상가부분의 가액이 불분명한 경우에 해당하므로 위 규정이 규율하는 범위에 해당하지 아니하고, 쟁점부동산 인근 주택의 매매사례가액을 기준으로 한 시가로 쟁점부동산의 주택부분 및 상가부분 양도가액을 구분한 것이므로 그 구분이 불분명한 경우에도 해당하지 아니한다.

(나) 국세청 양도소득세 집행기준 104-167의3-4(다가구주택의 주택 수 계산)는 “다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 해당 다가구 주택을 하나의 매매단위로 하여 취득하는 때에는 거주자가 선택하는 경우에 이를 단독주택으로 본다.”라고 규정하고 있어 구분등기되지 아니한 다가구주택의 경우에도 원칙적으로 각각의 가구를 하나의 거래로 보고 있고, 이를 하나의 매매단위로 거래했을 경우 그 구분가액이 모호한 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 기준시가 등을 기준으로 안분하도록 하고 있다. 하물며 청구인의 경우는 구분등기된 각각의 용도(주택, 사무실, 상가)가 다른 쟁점부동산을 보유하고 있었고, 이를 원칙대로 주택부분과 상가부분으로 구분하여 각각 양도하였으며, 쟁점부동산 양도 시 주택부분 양도가액으로 청구인과 청구인의 자녀 4명에 대한 조합원 주택 분양계약금을 납입하기로 하였고, 상가부분 6개 호실에 대하여는 현금으로 청산하였다. 이처럼 청구인은 각 용도별로 구분등기되어 있는 쟁점부동산을 원칙대로 주택부분과 상가부분으로 구분하여 양도하였는바, 일괄양도를 전제로 하고 있는 위 규정을 적용할 수 없다.

(다) 따라서 처분청이 위 규정에 근거하여 기준시가로 안분계산한 처분은 처분청이 세법을 확대·유추해석하여 청구인의 자유의사결정권을 침해한 것이다.

(3) 쟁점부동산에 오랫동안 거주하며 1주택만을 보유해온 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 성실히 세금을 신고·납부하였고, 자녀들이 조합원으로 받을 주택의 계약금 정산분에 대한 증여세도 성실히 납부하였다. 그럼에도 처분청은 쟁점부동산의 주택부분에 대한 시가조사도 없이 정당한 제3자와의 거래사실을 부인하였는바, 이는 세법을 확대·유추해석하지 않아야 하는 근거과세원칙, 경제적 실질을 반영해야 하는 실질과세원칙을 위반한 과세이고, 청구인의 거래가 부당한 것임을 입증하여야 하는 과세관청의 입증책임을 간과한 위법한 처분이다.

(4) 청구인이 제출한 항변서에서 처분청은 청구인이 임의로 쟁점부동산의 주택부분과 상가부분의 양도가액을 산정하였다는 의견이나, 청구인과 주택조합과의 거래는 법률상·계약상으로, 경제적 실질로도 하자가 없는 계약으로서 주택, 사무실, 상가로 구분등기되어 있는 쟁점부동산에 대하여 주택부분과 상가부분으로 구분하여 매매계약을 하면서 주택부분의 양도가액을 OOO으로, 상가부분의 양도가액을 OOO으로 합의한 것이다.

「민법」상 계약자유의 원칙의 구성요소는 계약체결의 자유, 상대방 선택의 자유, 내용결정의 자유, 방식의 자유이다. 쟁점부동산의 매매계약은 주택조합이 청구인이 제시한 계약내용을 승낙하여 체결된 것으로 처분청이 계약서의 법률적 효력을 부인하려면 다른 계약서를 증거로 제시하여야 함에도 임의로 부인하여 청구인의 계약자유의 사적자치의 권리를 침해하고 있다. 시가조사도 하지 않고, 입증책임을 다하지도 않은 채 청구인의 하자 없는 계약을 처분청이 임의로 부인한 것이다.

또한, 처분청은 쟁점부동산의 주택부분과 상가부분의 계약이 같은 날 체결되었고, 그 계약금액의 합이 OOO으로 딱 떨어지는 금액이라는 이유로 쟁점부동산의 매매가액을 일괄양도한 가액으로 추정하여 합리적 근거 없이 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분계산하였는바, 법률적 효력이 있는 별개로 작성된 두 개의 계약서를 부인하고 쟁점부동산을 일괄양도하였다고 추정할 수는 없다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 쟁점부동산의 매수인인 주택조합에 문의한바, 쟁점부동산은 재개발을 위하여 철거할 예정으로 상가와 주택을 구분할 필요가 없고, 청구인이 주변 시세 및 사례를 들어 주장함에 따라 쟁점부동산의 주택부분과 상가부분을 나누어 부동산 매매계약서를 작성하였으며, 그 매매대금 역시 주택부분과 상가부분의 구분 없이 일괄 지급하였다고 회신하였다. 이에 따라 처분청은 청구인이 객관적 평가 근거 없이 주택부분과 상가부분의 양도가액을 임의로 구분하여 부동산 매매계약서를 작성한 것으로 판단하였다.

(2) 청구인은 쟁점부동산이 각 호실별로 구분등기되어 있고, 원칙대로 주택부분과 상가부분으로 구분하여 양도하였으며, 해당 지역의 매매사례가액을 기준으로 합리적인 양도가액을 산정하였으므로「소득세법」제100조 제2항에 따른 구분가액이 불분명한 때에 해당되지 아니하고, 기준시가에 의한 안분계산의 대상이 아니라고 주장하나, 같은 법 제3항은 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.”라고 규정하고 있는바, 쟁점부동산의 옥탑 부분을 주택으로 인정하여 기준시가로 안분계산한 주택부분 양도가액 OOO은 청구인이 주택부분의 양도가액으로 신고한 OOO 대비 100분의 90 가까이 차이가 발생하므로 그 구분가액이 불분명한 때에 해당하고, 이에 대해 기준시가로 안분계산한 금액을 주택부분의 양도가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다.

(3) 청구인이 제출한 ‘주택조합의 쟁점부동산 주택부분 및 인근 주택 매입가격’을 살펴보면, 인근 주택은 대부분 주택전용으로서 매입가격이 건물면적에 비례하지 않고 토지면적에 비례하며, 토지면적(㎡)당 약 OOO 정도에 매매가액이 형성된 것으로 보이는 반면, 쟁점부동산 주택부분의 양도가액은 토지면적(㎡)당 OOO으로 인근주택에 비해 월등히 높은 가격으로 산정되었고, 상가부분의 토지면적(㎡)당 가액은 OOO으로 인근 지역에 비해 현저히 낮은 가액으로 산정되었는바, 청구인이 신고한 쟁점부동산의 주택부분, 상가부분의 양도가액을 합리적인 시장거래가액으로 인정할 수 없다.

(4) 청구인은 쟁점부동산의 주택부분에 대한 소급감정평가서(평가금액OOO, 2020.6.26. 작성)를 제출하였으나, 쟁점부동산 전체에 대한 감정평가와 함께 각 층과 각 호실에 대한 평가가 동시에 이루어져야 주택부분과 상가부분에 대한 구분의 의미가 있는 것이고, 쟁점부동산의 일부분에 대한 감정평가는 의미가 없다할 것이다.

(5) 청구인은「국세기본법」제14조의 실질과세원칙에 있어서 “세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라...”라는 예시를 들어 청구인은 그러한 경우에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구인은 쟁점부동산의 주택부분 가액을 현저히 높임으로써 1세대1주택 비과세 부분과 장기보유특별공제 한도가 높아져 결과적으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 볼 수밖에 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인에게「소득세법」제100조에 따른 안분계산 규정을 적용할 수 있는지 여부

② 주택부분과 상가부분의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 상가양도분에 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 2019년 귀속 양도소득세 신고 및 경정내역에 의하면, 청구인은 아래 ＜표2＞와 같이 양도가액을 OOO, 취득가액을 OOO, 양도차익을 OOO으로 하여 2019.5.20. 처분청에 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 신고하였고, 처분청은 아래 ＜표2＞와 같이 청구인이 신고한 주택부분 및 상가부분 양도가액을 부인하고 그 구분이 불분명한 것으로 보아 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분OOO한 후 상가부분 양도분에 대하여 2019.12.2. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지한 것으로 나타난다.

OOO

(2) 청구인은 청구인의 경우에「소득세법」제100조에 따른 안분계산 규정을 적용할 수 없다고 주장하고 있는바, 이와 관련한 법령, (대)법원 판례, 조세심판원 선결정례는 다음과 같다.

(가)「소득세법」제100조 제2항 및 제3항, 같은 법 시행령 제166조 제6항,「부가가치세법 시행령」제64조 제1호는 “양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 안분계산하고,「소득세법」제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하며, 이 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.”라고 규정하고 있다.

(나) 대법원은 “안분계산 조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 과세대상 자산들 상호간에 적용됨은 물론이고, 과세대상 자산과 비과세대상 자산 상호간에도 유추적용된다(대법원 2012.1.26. 선고 2010두21402 판결).”라고 판결하였고, “「소득세법」제100조 제3항에서 ‘토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.’라고 규정하고 있는바, 동 규정은 토지와 건물은 물론 토지와 토지, 건물과 건물 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우에 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 그 입법취지가 있다[OOO행정법원 2010.1.13. 선고 2009구단11174 판결(대법원 심리불속행)].”라고 판결하였다.

(다) 조세심판원은 “양도차익을 계산함에 있어 토지 및 건물뿐 아니라 주택 및 상가도 양도가액의 구분이 불분명할 때에는「소득세법」제100조 제2항 및 관련 위임법령인「부가가치세법」시행령 제48조의2 제4항의 규정을 적용하여 안분 계산할 수 있다(조심 2009서58, 2009.4.20.).”라고 결정하였다.

(라) OOO지방법원은 “토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우라 함은, 토지와 건물을 일괄하여 취득하거나 양도하면서 그 가액을 구분하여 정하지 아니한 경우 또는 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 각각의 객관적인 가치와 거래목적, 공시가격 등에 비추어 신빙성이 없는 경우, 위 가액의 구분이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 조세회피를 의도하는 것 이외에는 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함한다고 할 것이다(OOO방법원 2014.9.17. 선고 2014구단87 판결).”라고 판결하였다.

(마) 국세청 양도소득세 집행기준 104-167의3-4(다가구주택의 주택 수 계산)에 따르면, “다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 해당 다가구 주택을 하나의 매매단위로 하여 취득하는 때에는 거주자가 선택하는 경우에 이를 단독주택으로 본다.”라고 규정하고 있다.

이에 대해 청구인은 구분등기되지 아니한 다가구주택도 각각의 가구를 하나의 거래단위로 하여 매매하는 것이 원칙인데, 용도별, 호수별로 구분등기되어 있는 쟁점부동산을 원칙대로 주택부분과 상가부분으로 구분(구분등기되어 있는 각 호실별로 계약하는 것이 원칙이나, 편의상 주택부분과 상가부분으로 구분)하여 양도한 것은 원칙에 부합하는 지극히 당연한 거래이고, 주택부분과 상가부분에 대하여 각각 부동산매매계약서를 작성하고 양도하였으므로 주택부분과 상가부분을 일괄양도하였다고 볼 수 없으며, 위 규정이 일괄양도를 전제로 하고 있는 이상 위 규정을 청구인에게 적용할 수 없다고 주장하고 있다.

(3) 쟁점부동산의 집합건축물대장 및 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점부동산은 지하1층, 지상4층(옥탑 포함) 연면적 695.33㎡의 건물과 270㎡의 토지로서 건축물의 현황은 아래 ＜표4＞와 같이 각 호수별·용도별로 구분등기되어 있고, 청구인은 2008.11.5. 배우자 OOO으로부터 쟁점부동산을 상속받아 소유하다 2019.1.4. 매매를 원인으로 2019.3.28. 주택조합에게 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

OOO

(4) 청구인이 제출한 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 청구인은 주택부분과 상가부분에 대하여 각각 부동산 매매계약을 체결하는바, 그 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2019.1.4. 주택부분의 매매대금을 OOO으로 하고, 잔금으로 매매대금 전액을 2019.3.30. 지급하는 것으로 하여 매수인인 주택조합 조합장 OOO와 부동산 매매계약을 체결하였고, 특약사항에 “본 계약은 매도인, 매수인 쌍방합의에 의한 계약임”이라고 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(나) 청구인은 2019.1.4. 상가부분의 OOO은 2019.3.30. 지급하는 것으로 하여 매수인인 주택조합 조합장 OOO와 부동산 매매계약을 체결하였고, 특약사항에 주택부분 계약서상 특약사항과 동일한 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

위와 같이 각 부동산매매계약서 상 주택부분과 상가부분의 계약일, 잔금지급일은 동일하나, 계약금, 중도금, 잔금 지급방식은 상이한 것으로 나타난다.

(5) 청구인이 제출한 부동산매매대금 상계합의서에 따르면, 청구인과 주택조합 조합장 OOO는 2019.1.4. 청구인 본인과 4명의 자녀OOO를 조합원으로 하여 각각의 조합원이 주택조합에 납부하여야 할 금액 OOO의 합계액인 OOO을 쟁점부동산의 주택부분 매매대금으로 상계하고, 쟁점부동산 소유권 이전등기와 함께 정산 완료하기로 한다는 내용의 합의서를 작성한 것으로 나타난다.

청구인은 위 상계합의서 상 조합원 분담금 등 합계액 OOO을 주택부분 매매대금에서 상계하기로 하였으나, 주택조합이 부동산 매매계약서 작성 시 위 금액을 상가부분의 중도금으로 대체하였고, 쟁점부동산 소유권 이전 등기 후 조합원 분담금 등 금액을 제외한 매매대금 잔금을 청구인에게 일괄 지급하였는바, 주택조합이 처분청에 “매매대금 역시 주택부분과 상가부분의 구분 없이 일괄 지급하였다.”라고 답변한 것은 이와 같은 이유 때문이라고 주장하고 있다.

(6) 청구인은 쟁점부동산의 주택부분, 상가부분 양도가액에 대하여 주변 시세를 고려하여 당초 주택조합에 OOO을 매매대금으로 제시하였으나, 협의 과정에서 청구인이 제시한 매매대금에서 OOO을 깍는 것으로 합의되어 처분청에 신고한 주택부분, 상가부분의 양도대금이 결정되었는바, 주택부분 양도대금 OOO, 상가부분 양도대금

OOO가 인근 주택의 개별공시지가OOO보다 높은 것으로 나타난다.

이에 대해 청구인은 쟁점부동산 주택부분의 개별공시지가가 인근 주택의 개별공시지가보다 높음에도 인근 주택보다 비슷하거나 낮은 비율의 금액으로 매도한 것이라고 주장하고 있다.

OOO

이에 대해 처분청은 재개발 특성상 건물의 가치는 중요하지 않아 주택조합이 토지면적에 따라 인근 주택의 매매가액을 산정하여 매수한 것으로 보이는바, 아래 ＜표6＞과 같이 쟁점부동산 주택부분의 토지면적(㎡)당 매매가액은 21,207천원으로서 인근 주택의 토지면적(㎡)당 매매가액OOO보다 높아 청구인이 구분한 양도가액을 인정할 수 없다는 의견이다.

OOO

(8) 청구인이 제출한 감정평가서에 의하면 청구인은 2020.6.26. OOO에 위 ＜표6＞의 OOO 주택과 쟁점부동산의 주택부분에 대한 감정평가를 의뢰한 결과, 위 B동 102호 주택의 감정평가액은 OOO으로, 쟁점부동산의 주택부분은 OOO으로 평가된 것으로 나타난다.

이에 대해 청구인은 위 감정평가액이 주택의 종류(연립, 겸용주택 등), 주변환경 등 주택의 가치에 영향을 미치는 모든 요인을 검토하여 평가한 금액으로서 위 102호 주택은 감정가액의 112.8%에 해당하는 OOO에 매매되었고, 쟁점부동산의 주택부분은 감정가액의 116%에 해당하는 OOO에 매매되었는바, 청구인이 신고한 주택부분의 양도가액을 주변시세와 비교할 때 결코 비합리적이거나 청구인이 아무런 기준 없이 임의로 산정한 가격이 아니라고 주장하고 있고, 처분청은 쟁점부동산 전체에 대한 감정평가와 함께 각 층과 각 호실에 대한 평가가 동시에 이루어져야 주택부분과 상가부분에 대한 구분의 의미가 있는 것으로서 쟁점부동산의 일부분에 대한 감정평가는 의미가 없다는 의견이다.

(9) 처분청은 주택조합에게 부동산 매매가액 산정 근거를 요청하였고, 주택조합은 다음과 같이 회신하였다.

OOO

이에 대해 처분청은 청구인이 객관적 평가 근거 없이 주택부분과 상가부분의 양도가액을 임의로 구분하여 쟁점부동산의 매매계약서를 작성한 근거라는 의견이고, 청구인은 재개발을 위하여 주택을 매입한 주택조합 입장에서는 주택과 상가의 구분이 중요하지 않으나, 재산권을 행사하는 청구인 입장에서는 그 구분이 중요할 뿐만 아니라, 계약자유의 원칙에 따라 매도자가 자산의 매매가액을 제시하고, 매수자가 이를 승낙하여 합의하게 되면 계약이 이루어지는 것으로서 처분청이 법률적 효력이 있는 주택부분, 상가부분에 대한 각각의 부동산 매매계약서를 부인한 것은 위법하다고 주장하고 있다.

또한 청구인은 쟁점부동산이 위치한 지역은 제3종 주거지역이고, 상권이 발달되어 있지 않아 상가 가치가 형성되지 않았으며, 주택조합도 위 답변서를 통하여 이를 확인하고 있는바, 쟁점부동산의 주택부분 양도가액은 시가에 준해서, 상가부분 양도가액은 비교적 싼 가격으로 양도하기로 주택조합과 합의하여 매매하였다고 진술하였다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 주택과 상가를 양도한 쟁점부동산의 양도소득에 대하여「소득세법」제100조 제2항에 따른 기준시가에 의한 안분계산 규정을 적용하여서는 아니된다고 주장하나,「소득세법」제100조 제2항은 “제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다.”라고 규정하고 있는바, 동 규정은 토지와 건물은 물론 토지와 토지, 건물과 건물 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우에 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 그 입법취지가 있고, 안분계산 조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 과세대상 자산들 상호간에 적용됨은 물론이고, 과세대상 자산과 비과세대상 자산 상호간에도 유추적용되는 것(대법원 2012.1.26. 선고 2010두21402 판결, 같은 뜻임)이므로 양도차익을 계산함에 있어 토지 및 건물뿐 아니라 주택 및 상가도 양도가액의 구분이 불분명할 때에는「소득세법」제100조 제2항의 규정을 적용하여 안분계산할 수 있다 할 것이다(조심 2009서58, 2009.4.20., 같은 뜻임).

또한 청구인은 쟁점부동산의 양도를 일괄양도로 볼 수 없다고 주장하나, 청구인이 각각 작성한 주택부분과 상가부분의 매매계약서 상 계약일자, 매수인, 잔금 지급일이 모두 동일한 것으로 나타나는 점, 부동산을 매입한 후 철거하는 재개발 사업의 특성상 주택조합이 주택과 상가를 구분하여 매입할 이유가 없어 보이는 점, 주택조합이 쟁점부동산 매매계약 시 청구인의 주장에 따라 주택부분과 상가부분으로 나누어 매매계약서를 작성하였다는 답변서를 제출한 점 등에 비추어 청구인이 단순히 주택부분과 상가부분의 매매계약서를 각각 작성하였다는 사유만으로 쟁점부동산을 일괄양도한 것이 아니라고 할 수 없는 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 청구인이 신고한 주택부분과 상가부분의 양도가액이 쟁점부동산 인근 주택의 매매사례에 비추어 비합리적이거나 청구인이 임의로 구분한 가액이라고 할 수 없다고 주장하나,「소득세법」제100조 제3항은 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.”라고 규정하고 있는바, 동 조항의 신설(2015.12.15.) 취지가 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 것임을 고려할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에 기준시가 등 대통령령으로 정하는 기준과 비교하여 30%의 형식적인 차이가 있으면 일률적으로 그 가액의 구분이 불분명한 때로 간주하고, 기준시가 등 대통령령으로 정하는 방법으로 안분계산하는 것인 점, 청구인이 신고한 주택부분의 양도가액OOO이 기준시가로 안분계산한 주택부분의 양도가액OOO과 100분의 90 가까이 차이가 나고, 이러한 사실에 대하여 처분청과 청구인 간 이견이 없는 점, 청구인이 제시한 쟁점부동산 인근 주택의 매매사례가액은 쟁점부동산과 같은 겸용건물에 대한 것이 아니고, 상가와 주택 또는 주택과 주택을 함께 양도한 경우도 아니어서 이 건 과세처분의 근거가 되는「소득세법」제100조 제2항 및 제3항이 적용되는 사례에 해당되지 아니하므로 쟁점부동산 인근 주택의 매매사례가액과 쟁점부동산의 주택부분 양도가액을 비교하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 처분청이 주택부분과 상가부분의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분하여 상가부분 양도분에 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법

제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

제96조[양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실지거래가액에 따른다.

제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

(3) 소득세법 시행령

제166조[양도차익의 산정 등] ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(4) 부가가치세법 시행령

제64조[토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산] 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액