청구법인은 서울특별시 영등포구 OOO O가 OOOOOOO에 본점을 두고 부동산임대업을 주업으로 하는 회사로서 1990.10.19～1991.3.15까지 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO, OOOOOO, OOOOOO, OOOOOO, OOOOOO, OOOOOOOO 합계 6필지(이하 “쟁점외토지”라 한다)를 취득하여 1995.7월 쟁점외토지상에 지하7층 지상19층 건축연면적 22,471.24㎡(이하 “OO빌딩”이라 한다)를 신축하여 이를 청구외 OO중공업(주)에 임대하였으며 1991.9.17 쟁점외 토지와 연접해 있는 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO, OOOOOOOO 대지 567.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 1995.11.30 쟁점토지상에 옥외주차장을 축조하고 이를 OO빌딩의 임차인 OO중공업(주)에게 임대하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년이내에 정당한 사유없이 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이를 비업무용부동산으로 판정하고 각사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 쟁점토지와 관련된 지급이자(92사업년도 1,193,804,605원·93사업년도 1,082,540,192원·94사업년도 1,357,137,688원·95사업년도 946,882,100원·96사업년도 1,126,745,827원)와 공과금 등을 손금불산입하고 1998.4.1 청구법인에게 94사업년도 법인세 1,741,490,010원 및 농어촌특별세 71,347,810원, 95사업년도 법인세 43,057,980원, 96사업년도 법인세 321,609,670원 및 농어촌특별세 10,216,710원을 결정고지하였다가, 1998.5월 96사업년도에 대한 농어촌특별세 10,216,710원을 결정취소하였으며, 1998.7.24자 이 건 국세심사결정에 따라 94사업년도 법인세는 1,452,687,540원으로, 농어촌특별세는 54,140,030원으로 각각 감액경정결정하였고, 처분청은 또 청구법인이 OO빌딩을 청구외 OO중공업(주)에 임대하고 받은 임대보증금 중 계약금과 중도금에 대하여도 부가가치세법상 간주임대료를 계산하고 1998.4.1 청구법인에게 95년 제1기 부가가치세 10,922,030원, 95년 제2기 부가가치세 2,558,530원을 결정고지하였다가 1998.7.24자 이 건 국세심사결정에 따라 95년 제1기 부가가치세를 7,675,620원으로 감액경정결정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.5.8 심사청구를 거쳐 1998.8.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구법인은 주업이 부동산임대업으로서 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 테헤란로 대로변 일대에 업무용(OO)빌딩을 신축할 목적으로 먼저 1990.12.19부터 1991.3.15 사이에 쟁점외토지를 취득한 후 1991.9.17 쟁점토지를 취득하였으나, 쟁점외토지와 쟁점토지 소재지역이 도시계획법에 의한 미관지구 및 건축법에 의한 도시설계구역에 해당되어 쟁점토지와 인접토지인 OOOOOO, OOOO 4필지 및 쟁점외토지 6필지를 각각 공동개발하도록 도시설계가 되어 있어 쟁점외토지에 대하여는 1991.5.27 건축설계를 마치고 1992.10.2 건축허가를 받아 1995.7월 준공하여 1995.7.11 강남구청장으로부터 임시사용허가를 받아 이를 청구외 OO중공업(주)에게 임대하였는바, 인접토지 OOOOOO, OOOO와 공동개발하도록 도시설계된 쟁점토지는 인접토지 소유자의 비협조 및 소유권분쟁으로 청구법인이 이를 매수하거나 공동개발이 불가능하여 OO빌딩의 신축기간동안 시공자인 청구외 OO건설(주)가 쟁점토지상에 현장사무실용 가건물을 설치하고 건축자재의 보관장소 등으로 사용하다가 OO빌딩 준공시점인 1995.7.1 토목공사등 부대공사에 착공하여 높이 5미터의 옹벽과 주변도로공사, 조경 및 주차장공사를 하여 1995.11월 완공하고 OO빌딩과 함께 이를 청구외 OO중공업(주)에 임대하였으므로 쟁점토지는 OO빌딩의 부속토지로 보아야 할 뿐만 아니라 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 나목의 규정에 의한 기타 건축물의 기준면적 이내에 해당하므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정함은 부당하다

(2) 93.12.31 삭제된 구 법인세법시행령 제33조 제6항은 차입금이 사업용 고정자산의 건설 등에 소요된 여부가 분명하지 아니한 경우에 자본적 지출로 계산할 금액은 재무부령이 정하는 바에 따라 안분계산토록 규정하였다가, 93.12.31 개정된 법인세법시행령 제33조 제1항은 고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금에 대한 지급이자는 건설자금이자 계산대상에서 제외하도록 개정되었으나, 청구법인은 1994사업년도 결산시 착오로 종전의 규정에 의하여 총차입금의 지급이자 2,782,286,460원을 안분계산한 건설자금이자 297,230,233원을 자본적 지출로 보아 손금불산입하고 건설가계정에 계상하였는바, 청구법인이 착오로 건설자금이자로서 자산에 계상하여 신고한 지급이자 297,230,233원에서 개정법령에 의하여 정당하게 계상되어야 할 건설자금이자 2,573,610원을 차감한 294,656,623원(이하 “쟁점건설자금이자”이라 한다)을 94사업년도 소득금액계산시 손금에 산입하여야 한다.

(3) 청구법인은 OO빌딩을 청구외 OO중공업(주)에게 임대함에 있어서 그 임대보증금으로 1995.5.4 계약금 4,433,000,000원, 1995.5.31 중도금 5,000,000,000원, 1995.7.11 잔금 12,734,890,000원을 수령하고 위 잔금수령일자에 강남구청장으로부터 OO빌딩의 임시사용허가를 받은 후에 비로소 임차인이 이를 점유사용하였는바, 임대보증금에 대한 부가가치세 과세표준은 임차인이 사용하기로 하거나 사용하기로 한 때를 기준으로 계산하는 것이므로 강남구청장으로부터 임시사용허가를 받아 임차인이 점유하여 사용수익하기 시작한 1995.7.11을 임대용역개시일로 보아 95년제1기, 제2기 부가가치세 과세표준을 계산하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 도시설계지구로 지정된 쟁점외토지를 1990.12월 취득하여 OO빌딩의 부속토지로 사용한 외에 1991.9.17 쟁점토지를 추가로 취득하였는바, 쟁점토지는 인접토지와 공동개발하도록 도시설계가 되어 있어 단독개발이 불가능한 건축규제지역의 토지에 해당되고, OO빌딩의 건축허가시 쟁점토지는 부속토지에서 제외되어 있는 점에 비추어 볼 때 쟁점토지는 취득전부터 도시설계지역으로서 건축법 제12조의 규정에 의거 건축허가의 제한을 받는 사용이 제한된 부동산에 해당하고 청구법인은 이를 취득하여 1년 이내에 직접 업무에 사용하지 아니하였으므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판OO 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 구 법인세법시행령 제33조 제6항의 규정에 따라 차입금이 사업용 고정자산의 건설에 소요된 여부가 분명하지 아니한 것으로 보고 1994사업년도에 대한 결산시 총지급이자 중 건설자금이자를 계산하여 자산에 잘못 계상하였으므로 1993.12.31 개정된 법인세법시행령 제33조 제1항의 규정에 의하여 잘못 계상된 쟁점건설자금이자를 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 스스로 건설자금이자를 계상하여 결산조OO 후 지급이자계정에서 차감하였으므로 쟁점건설자금이자는 경정대상이 아니다.

(3) 청구법인은 1995.7.11 강남구청장으로부터 OO빌딩의 임시사용허가를 받았으나 임차인 OO중공업(주)로부터 1995년 6월 관리비 122,354,460원을 지급받은 사실이 있으므로 임대차계약서상 임대개시일인 1995.6.1을 임대용역개시일로 보아 부가가치세 과세표준을 계산함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 (1) 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당하는지 여부 (2) 청구법인이 94사업년도에 대한 결산시 착오로 과다계상한 쟁점건설자금이자를 94사업년도의 소득금액계산시 손금에 산입할 수 있는지 여부 (3) OO빌딩의 임대용역개시일이 언제인지 여부를 가리는데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

법인세법 제18조의 3(지급이자의 손금불산입) 제1항은 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서 그 제1호는 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제43조의 2 제1항은 법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 부동산 취득후 일OO 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제1호는 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지로서 취득한 후 1년이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 비업무용부동산으로 규정하고 있다.

(2) 사실 및 판단

(가) 청구법인이 1991.9.17 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지는 도시계획법상 미관지구 및 건축법상 도시설계구역내 토지로서 인접토지인 OOOOOO, OOOOOOOO와 공동개발하도록 지정되어 있었으며, 쟁점외토지 또한 취득당시부터 도시설계구역으로서 6필지를 공동개발하도록 지정되어 있었던 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 달리 다툼이 없다.

(나) 청구법인은 쟁점토지를 취득할 당시 도시설계안대로 쟁점토지와 인접토지를 공동개발하기 위해 1991.10.28～1992.3.2까지 7회(4회는 청구법인이 발송, 3회는 청구법인이 수신)에 걸쳐 인접토지의 소유자인 청구외 OOO과 우편으로 협의한 사실이 있으며, 1991.10월 청구법인이 쟁점토지를 쟁점외토지(쟁점토지의 인접토지로서 청구법인의 소유이다)와 공동개발하기 위하여 서울특별시에 도시설계안 조정심의신청을 하는 등 쟁점토지를 업무용으로 사용하기 위하여 노력한 사실은 있으나, 청구법인은 쟁점토지를 취득할 당시에 이미 쟁점토지가 건축법상 도시설계구역내 토지로서 인접토지와 공동개발하도록 지정되어 있음을 알고 있었던 점등으로 보아 이러한 노력만으로는 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년이내에 업무에 직접 사용하지 아니한 것에 대하여 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등의 정당한 사유가 있었던 것으로는 인정되지 않는다 할 것이다.

(다) 청구법인은 90.12.19～91.3.15까지 쟁점외토지를 취득하여 1년이내인 91.12.5 건축허가(쟁점토지는 그 부속토지에 포함되어 있지 않다)를 신청하였으나 건축규제로 반려됨에 따라 1992.10.2 다시 건축허가를 받아 1992.10.5 착공한 후 1995.7월 준공하고 1995.7.11 강남구청으로부터 임시사용허가를 받았으며, 위 OO빌딩의 준공전인 1995.5.4 OO빌딩을 청구외 OO중공업(주)에 임대하는 임대차계약을 체결한 사실이 등기부등본과 건축물대장, 임대차계약에서 확인된다.

(라) 쟁점토지에 대한 공작물축조신고서 및 신고필증과 공작물관리대장에 의하면 1995.11.30 쟁점토지상에 옥외주차장이 축조되어 OO빌딩의 주차장으로 사용되고 있음을 알 수 있다.

(마) 위 사실관계를 모아보면, 청구법인이 1991.9.17 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지는 인접토지와 공동개발하여야 하는 도시설계구역인 점과 OO빌딩의 건축허가서상 쟁점토지는 그 부속토지에서 제외되어 있는 점, OO빌딩의 신축당시 일시적으로 쟁점토지가 현장사무실 등으로 사용되다가 OO빌딩의 준공후인 1995.11.30 옥외주차장이 축조되었으나 청구법인은 당초 쟁점토지를 옥외주차장으로 사용하기 위하여 취득한 것이 아닌 점등에 비추어 볼 때 청구법인은 쟁점토지의 당초 취득목적이 OO빌딩의 부속토지로 사용하기 위한 것으로는 인정되지 아니할 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년이내에 건축허가를 받는 등 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후부터 1995.11.30 쟁점토지상에 옥외주차장을 축조하기 전까지는 비업무용부동산으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

다. 쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

법인세법 제16조 제11호 가목에서 법인의 차입금 중 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자는 손금불산입한다고 규정하고 있고, 구 법인세법시행령 제33조 제6항(93.12.31 삭제)은 차입금이 사업용고정자산의 건설 등에 소요된 여부가 분명하지 아니한 경우에 제2항의 규정에 의한 자본적 지출로 계산할 금액은 재무부령이 정하는 바에 따라 안분계산한다고 규정하고 있는 반면 1993.12.31 대통령령 제14080호로 개정된 법인세법시행령 제33조 제1항은 법 제16조 제11호 가목에서 “대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 지급이자”라 함은 그 명목여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 건설에 소요되는 차입금(고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 지출금을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 사실 및 판단

(가) 청구법인은 93.12.31 삭제된 구 법인세법시행령 제33조 제6항의 규정에 따라 1994사업년도에 발생한 총차입금의 지급이자 2,782,286,460원 중 구 법인세법시행규칙 제12조 제3항(94.3.12 삭제)이 정하는 바에 따라 안분계산한 297,230,233원을 자본적 지출로 보아 자산인 건설가계정에 계상한 후 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의하여 동 금액을 손금불산입한 후 1994사업년도의 법인세 과세표준과 세액을 신고한 사실이 법인세신고서 등 관련기록에서 확인된다.

(나) 1995.3.30 청구법인은 1994사업년도의 법인세 과세표준과 세액을 23,671,659원으로 신고하였으나, 1998.4.1 처분청은 청구법인의 1994사업년도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 1,741,490,013원을 증액경OO 사실이 이 건 법인세경정결의에 의하여 확인된다.

(다) 청구법인이 1993.12.31 삭제된 구 법인세법시행령 제33조 제6항의 규정에 의하여 안분계산하고 손금불산입한 건설자금이자가 297,230,233원인 반면 청구법인이 OO빌딩의 시공자인 청구외 OO건설(주)의 기성고청구에 따라 1994.12.30 청구외 OO건설(주)에 지급한 금액이 3,173,540,000원인 사실이 1994사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고서와 법인세경정결의서, 청구법인의 기성고지급전표과 청구외 OO건설(주)의 입금표에 의하여 확인되는바, 위 기성고지급금액은 1994년 중에 고정자산인 OO빌딩의 건설에 소요된지의 여부가 분명한 차입금이라 할 것이고, 1993.12.31 개정된 법인세법시행령 제33조 제1항의 규정에 의하여 차입금으로서 위 기성고지급금액에 대한 건설자금이자를 계산하면 2,573,610원(3,173,540,000원 × 14.8% × 2/365)이며 청구법인은 당초 쟁점건설자금이자만큼 과다하게 건설가계정에 계상하고 1994사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점건설이자에 상당하는 금액을 손금불산입하였음을 알 수 있다.

(라) 법인세 과세표준과 세액은 법인세법 제58조, 제26조의 규정에 의한 법인의 신고에 의하여 확정되지만 과세관청이 그 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 법인세법 제32조 제2항의 규정에 따라 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분을 한 경우에는 위 신고확정된 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 증액경정처분에 의하여 위 신고확정의 효력은 소멸되어 증액경정처분에 흡수된다 할 것이므로 납세자는 경정으로 증액된 과세표준과 세액 뿐만 아니라 당초 신고에 의하여 확정되었던 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법여부를 주장하여 심리를 받을 수 있다 할 것이므로(국심95부0224, 1995.10.16·대법원 90누8244, 1991.7.26 선고 같은 뜻), 청구법인이 당초 1994사업년도 결산시 착오로 쟁점건설자금이자에 상당하는 금액만큼 과다하게 건설자금이자로 계상하고 법인세 과세표준 및 세액신고시 동 금액을 손금불산입한 것에 대하여 이 건 심판청구시 1993.12.31 개정된 법인세법시행령 제33조 제1항의 규정에 따라 계산한 쟁점건설자금이자를 손금산입하여 줄 것을 주장하여 그 심리를 받을 수 있다 할 것이다.

(마) 위에서 살펴본 사실관계와 1994사업년도에 적용되는 법인세법시행령 제33조(1993.12.31 개정) 제1항의 규정에 의하면 청구법인이 당초 착오로 쟁점건설자금이자에 상당하는 금액을 건설자금이자로 과다계상하여 결산조OO 후 그 건설자금이자를 손금불산입하고 1994사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고한 것으로 인정되는바, 이와 같은 경우 처분청이 1998.4.1 이 건 법인세경정시 1994사업년도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 증액경정함으로써 당초 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액도 다툴 수 있다 할 것이므로 청구법인이 착오로 건설자금이자로서 자산에 계상하여 신고한 지급이자 297,230,233원에서 1993.12.31 개정된 법인세법시행령 제33조 제1항의 규정에 의하여 계산한 건설자금이자 2,573,610원을 차감한 쟁점건설자금이자 294,656,623원은 자산감소로 보아 1994사업년도 소득금액계산시 이를 손금산입하여야 한다는 청구주장은 그 이유가 있는 것으로 판단된다.

라. 쟁점(3)에 대하여 본다.

(1) 부가가치세법 제9조 제2항에서 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다고 규정하고 있다.

(2) OO빌딩의 임대차계약서 등에 의하면 청구법인은 OO빌딩 신축중인 1995.5.4 청구외 OO중공업(주)와 임대차계약을 체결하고 동일자에 계약금 4,433,000,000원, 1995.5.31 중도금 5,000,000,000원, 1995.7.11 잔금 12,734,890,000원을 수령한 후 위 잔금일자에 강남구청장으로부터 OO빌딩 임시사용허가를 받았으며 임대차계약기간이 1995.6.1～1997.5.31까지임을 알 수 있다.

(3) OO빌딩의 임차인 OO중공업(주)가 1995.6.12 청구외 (주)OO디자인과 임원실 내부공사에 관하여 체결한 도급계약서를 보면 그 공사기간이 1995.6.12～1995.10.5인 사실이 확인된다.

(4) 위 임대차계약서 제6조에서 임차인은 관리유지비(전기료, 냉·난방료 등) 122,354,460원을 매월 10일까지 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위 규정에 따라 1995.6월분 관리유지비를 임차인 OO중공업(주)으로부터 징수하고 세금계산서를 교부한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 달리 다툼이 없다.

(5) 위 사실들과 관련법령을 종합하여 OO빌딩에 대한 청구법인의 임대용역개시일을 살펴보면, 이 건 임대차계약서상 임대용역개시일이 1995.6.1이고임차인 OO중공업(주)가 1995.6.12부터 임원실 내부공사를 시작한 점과 청구법인이 1995.6월분 관리유지비를 임차인으로부터 징수한 점에 비추어 볼 때, 임차인 OO중공업(주)는 임대차계약서상 임대개시일인 1995.6.1부터는 OO빌딩을 점유하여 사용수익한 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로 OO빌딩의 임대용역에 대한 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어서 1995.6.1을 임대용역개시일로 본 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결OO다.