원고는 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇ동 ㅇㅇㅇ의 1에 본점 및 사료제조 공장을 가지고 있는 법인으로서 1989. 3. 1.경 위 ㅇㅇ공장의 부지와 건물일체를 양도하고 그 대신 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면ㅇㅇㅇ리 33으로 공장을 이전함으로써 금3,365,218,625원의 공장양도차익이 발생하였는바, 원고는 1990. 3.경 원고의 1989. 사업연도 법인세를 신고함에 있어 산출세액은 금1,481,710,193원이 되나, 위 공장양도에 따른 양도차익은 조세감면규제법 제42조제1항의 감면대상이므로 이에 따라 감면세액으로서 금1,004,144,046원(감면세액=산출세액×지방이전공장양도차익/과세표준,즉1,481,710,193×3,365,218,625/4,965,700,645=1,004,144,046)을 산출하여 이를 위산출세액에서 공제하고 금447,566,147원을 납부한 사실, 그러나 피고는 위 공장양도에 따른 감면세액을 계산함에 있어 원고의 위 계산방법은 일응 옳으나, 원고에게는 1988년도 증자로 인하여 금982,800,000원의 소득이 있어 위증자소득은 당해사업연도 소득금액에서 공제하여야 하며 한편 위 감면을 주장하는 공장양도차익이 위 증자소득으로부터 발생한 여부가 불분명하다는 이유로 법인세법시행령 제11조제2항제2호에 의거하여 원고가 감면세액으로 신고한 위공장양도차익 금 3,365,218,625원에서 증자소득공제액을 안분계산하는 방식을 적용하여 산출한 금838,241,270원[감면세액=산출세액×지방이전공장양도차익-증자소득공제액×지방이전공장양도차익/소득공제전소득/과세표준,즉1,481,710,193×3,365,218,625-(982,800,000×3,365,218,625/5,948,500,645/4,965,700,645=838,241,270]만 감면조치하고 나머지 당초 원고가 감면을 주장한 금원중 금 165,902,776원(1,004,144,046원-838,241,270원)을 면제거부한 뒤 1990. 8. 23. 원고에 대하여 위 금165,902,776원과 이에 따른 미납부가산세 금16,590,277원을 합하여 금182,493,050원의 부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 처분의 적법여부

조세감면규제법 제42조제1항은 대도시안에서 공장시설등을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득(공장양도차익)에 대하여는 법인세를 면제한다고 규정하고 있고, 법인세법 제10조의3은 내국법인이 법인외의 자 또는 대통령령이 정하는 법인으로부터 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에는 자본에 관한 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 36개월간 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업연도의 소득금액에서 공제한다고 규정하여 증자소득은 각 사업연도의 소득금액에서 이를 공제하도록 하였고 법인세법시행령 제11조제2항은 각 사업연도의 과세표준금액계산에 있어서 사업연도의 소득금액에서 공제한 비과세소득, 이월결손금 또는 소득공제가 있는 때에는 면제소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다고 하면서, 제1호에서 공제액등이 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액, 제2호에서 공제액등이 면제사업에서 발생한 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

위 각 규정을 종합하여 보면 법인세법 제10조의3은 기업경영을 원할히 하고 재무구조를 개선하도록 유도하기 위하여 규정된 것으로서 법인의 영업활동자금을 조달함에 있어 자본증자의 형식을 취하는 경우 일정기간동안 일정금리해당액을 공제하여 주도록 하고, 다만 법인세법시행령 제11조제2항은 비과세소득, 이월결손금 및 소득공제액이 있는 법인이 또 다른 면제소득이 있는 경우 이중으로 혜택을 주지 않기 위하여 규정한 것으로 해석되는바, 따라서 법인이 금전출자에 의한 증자소득이 있는 경우 그 증자소득공제액을 면제소득에서 공제할 수 있으려면 먼저 그것이 면제사업과 관련되어 발생한 것인지의 여부를 결정하여 관련이 없다면 증자소득공제액을 면제사업에서 공제할 수 없는 것이고, 만약 관련이 있다면 그 증자소득이 위 시행령 제11조제2항 각호의 면제사업에서 직접 발생하였는가 아니면 불분명한지에 따라 그 공제금액의 범위가 정하여 진다고 해석할 것이다. (대법원 1988. 11. 8.선고 87누114판결참조)

돌이켜 이 사건에서 원고가 그 소유의 ㅇㅇ소재공장을 양도하고 그 대금을 가지고 지방으로 공장을 이전하였으며 그 과정에서 양도차익이 발생한 사실은 위에서 본 바와 같고, 증인 박ㅇㅇ의 증언에 의하여 진정성립이 인정되는 갑제5호증의 기재와 위 증인의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 보면 원고는 1972 8. 4. 설립된 회사로서 1988. 7. 15. 기업공개를 위한 신주모집을 하기로 하고 주식액면가액 합계 금4,200,000,000원을 증자키로 하여 같은해 9. 15.신주청약대금으로 금5,460,000,000원이 납입되었던 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 원고의 위 증자소득은 기업공개 또는 자본증자와 관련된 소득으로서 위 공장양도차익과는 소득의 원천이 다를 뿐만 아니라 객관적으로명백히 구별되므로 이는 원고의 위 면제사업인 공장이전과는 관련이 없다 할 것이니, 따라서 위 증자소득공제액을 위 면제소득에서 공제하여서는 아니됨에도 불구 하고 (만약 이와같이 보지 아니하면 먼저 어느 법인이 증자소득공제 혜택을 받기전에 공장을 취득하고, 증자한후 구공장을 이전함으로써 지방이전공장양도차익에 관하여 안분감면을 받는다면, 이는 공장을 취득한 다음 구공장을 지방으로 이전하여 지방이전공장양도차익을 전액감면받고 그후에 증자한 법인에게 돌아가는 증자소득공제혜택과 비교할 때 이는 단지 공장이전과 증자사이의 시차의 전후에 따라 세제상 불리한 대우를 받는 것이 되어 조세공평에 반한다고 할수 있는 것이다.) 이와 달리 위 증자소득공제액이 위 면제사업에서 발생한 여부가 불분명하다는 전제하에 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 면제소득에서 공제한 피고의 이 사건 부과처분은 이 점에서 위법하여 취소를 면치 못한다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용하고 소송비용은 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

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