처분청은 청구인이 2002.6.7. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 515번지 토지 3,600.4㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 2002.12.27. 이 사건 토지상에 건축물 2,891.35㎡(자동차관련시설, 이하 “이 사건 건축물”이라 하고, 이 사건 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축 취득한 다음 본점 사무실로 사용하는 부분은 중과세율을 적용하여 산출한 세액으로, 나머지 부분은 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 그 후 2003.4.3. 처분청 세무조사 결과 부동산 일부를 제3자에게 임대하고 있으므로 이 부분에 대하여는 중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 추징하였다가, 2005.5월 경기도 세정업무 지도점검시 이 사건 부동산 전체가 등록세 중과세대상에 해당된다고 보아, 그 취득가액(3,566,151,710원)을 과세표준으로 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 127,973,530원, 지방교육세 24,637,890원, 합계 152,611,420원(가산세 포함)을 2006.1.13. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 자동차정비사업 등을 목적사업으로 하여 2002.4.11. 설립된 법인으로서 지방세법 별표3 제28호 규정과 관련하여 국토의계획및이용에관한법률 등 관계법령의 규정에 의하여 공장의 설치가 가능한 지역에 공장을 설치하고 2003.1.4. 자동차관리사업등록증을 발급받았는바, 지방세법 제138조제1항제4호, 같은법시행규칙 제47조 및 제55조에서 지방세법상 공장의 범위는 지방세법 별표3에 규정된 업종에 해당하는 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 500제곱미터 이상인 것을 말한다고 규정하고 있고, 별표3 제27호에서 자동차수리업을 공장의 종류에 포함하고 있으며, 단지 별표3 제28호 단서에서 차량 등의 정비 및 수리를 목적으로 하는 정비·수리업은 법 제112조제3항 및 규칙 제47조의 규정에 의하여 취득세를 중과할 경우에는 국토의계획및이용에관한법률 등 관계법령의 규정에 의하여 공장의 설치가 금지 또는 제한되지 아니한 지역에 한하여 공장의 종류에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 지방세법시행규칙 별표3에 열거된 공장은 그 자체로서 취득세와 등록세의 중과여부를 판단하여야 할 것으로, 청구인이 영위하는 자동차수리업의 경우 지방세법상 열거된 공장의 종류에 포함되므로 관계법령의 규정에 의하여 공장의 설치가 가능한 지역에 대하여는 취득세와 등록세의 중과세대상에서 제외된다 하겠고, 대법원 판례 및 행정자치부 유권해석에 따르면 지방세법 제138조제1항제4호에서 일반과세된 것을 같은 조 같은 항 제3호의 규정을 들어 다시 중과적용함은 불가하다고 하고 있음에도, 청구인이 운영하는 자동차수리업이 표준산업분류표상 서비스업이라 하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 법인이 법인설립 이후 5년 이내에 자동차관련시설(자동차종합정비업)용으로 부동산을 취득 등기한 경우 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제138조제1항 제3호 및 제4호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기와 대도시(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되, 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 그 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있으며,구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서, 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고,구 지방세법시행규칙(2005.2.1. 행정자치부령 제266호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제55조에서 법 제138조제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 작용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다고 하면서, 이 경우 동조 제1항 전단 및 제2항 본문 중 “법 제112조제3항의”는 각각 “법 제138조제3항의”로 본다고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제47조제1항에서 법 제112조제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표3에 규정된 업종에 해당하는 공장( 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형공장을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터이상인 것을 말한다고 하면서, 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설(식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및 기숙사등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소·무기고·탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 별표3 제27호에서 공장의 종류에 자동차수리업를 포함한다고 하면서, 그 제28호 본문 및 다목에서 차량 등의 정비 및 수리를 목적으로 하는 정비·수리업은 제1호 내지 제27호의 공장의 종류에서 제외하되, 다만, 법 제112조제3항 및 규칙 제47조의 규정에 의하여 취득세를 중과세할 경우에는 국토의계획및이용에관한법률 등 관계법령의 규정에 의하여 공장의 설치가 금지 또는 제한되지 아니한 지역에 한하여 공장의 종류에서 이를 제외하고, 법 제188조·영 제139조 및 규칙 제78조의7의 규정에 의하여 재산세를 중과세하는 경우와 법 제276조의 규정에 의하여 취득세 등을 감면하는 경우에는 공장의 종류에서 이를 제외하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 수원시도시계획조례(2003.7.21. 조례 제2437호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 별표5 제2호 카목에서 제2종 일반주거지역안에서 건축할 수 있는 건축물의 종류에 건축법시행령 별표 1 제16호의 자동차관련시설을 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.4.11. 자동차정비업 등을 목적사업으로 하여 설립된 대도시내 법인으로서, 2002.6.7.에 이 사건 토지를 취득한 후 2002.12.27. 그 지상에 자동차관련시설을 신축 취득(등기일 2003.1.9)한 다음 2003.1.24. 처분청에 자동차관리사업자(자동차종합정비업)로 등록한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 자동차수리업의 경우 지방세법상 열거된 공장의 종류에 해당된다 하겠으므로 공장의 설치가 가능한 지역에 위치한 자동차관련시설은 등록세 중과세대상에서 제외된다 할 것임에도, 표준산업분류표상 서비스업이라 하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제138조제1항제3호와 제4호 및 제3항, 같은법시행규칙 제47조제1항과 제55조 및 별표3의 규정을 종합하여 보면, 대도시 내에서 공장의 신·증설로 인하여 등록세가 중과세되는 공장의 범위는 지방세법시행규칙 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 500㎡ 이상인 것을 말한다 하겠으므로, 생산설비를 갖추지 아니한 경우에는 공장에 해당되지 아니하므로 대도시내의 부동산 등기의 경우 대도시내 법인이 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당되는지를 살펴보고 등록세 중과세대상에 해당되는지 여부를 판단하여야 할 것으로, 청구인의 경우 비록 자동차관련시설의 설치가 가능한 지역에 위치한 이 사건 부동산을 취득 등기한 후 일정 요건을 갖추어 자동차관리사업자로 등록(자동차종합정비업)하였다고는 하나, 표준산업분류표상 자동차수리업은 제조업이 아닌 서비스업으로 분류하고 있으므로 이를 생산설비를 갖춘 공장에 해당된다고 보기는 어렵다 하겠고(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2003-224호, 2003.10.27), 설사 생산설비를 갖춘 공장에 해당된다고 본다 하더라도 구 지방세법시행규칙 별표3 제28호 단서에서 차량등의 정비 및 수리를 목적으로 하는 정비·수리업의 경우 취득세를 중과세할 경우에는 관계법령의 규정에 의하여 공장의 설치가 금지 또는 제한되지 아니한 지역에 한하여 공장의 종류에서 이를 제외한다고 하고 있으나, 등록세에 있어서는 아무런 제한을 두고 있지 아니할 뿐만 아니라 지방세법시행규칙 별표3 제28호 본문에서 이를 공장의 종류에서 제외토록 규정하고 있는 이상, 등록세를 적용하는 경우에는 공장으로서가 아니라 법인설립, 지점설치에 따른 등록세 중과세대상에 해당되는지 여부를 판단하여야 할 것으로, 그렇다면 구 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기는 등록세 중과세대상으로 규정하고 있으므로, 청구인의 경우 2002.4.11. 대도시내에서 법인설립 이후 5년 이내인 2002.6.10.과 2003.1.9. 이 사건 토지와 그 지상건축물을 등기한 이상, 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 5. 29.

행 정 자 치 부 장 관