2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한, 2014. 3. 26.자 2008 사업연도 법인세 170,702,328원의 부과처분 및 2014. 4. 8.자 2009 사업연도 법인세 1,246,438,527의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 1981. 6. 8. 아동을 위한 교육, 문화, 복지, 시설의 설치 운영 및 지원 등을 목적으로 설립된 사단법인이다.

나. 원고는 2004. 6. 3. 주식회사 AAA(이하 'AAA'이라 한다)과 사이에 AAA가 원고 소유의 00시 00구 00동 00번지 대 6,611.7㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)에 건축물을 준공하여 20년간 운영하되 원고에게 토지 임대료를 지급하고, 임대차계약기간 만료 이후에는 이 사건 건물의 소유권을 원고에게 무상 이전하는 내용의 사업약정을 체결하였고, 2005. 3. 30. 위 사업약정과 동일한 내용의 임대차계약을 체결하였다(이하 '이 사건 임대차계약'이라 한다). 위 임대차계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

다음(계약서내용)

제3조(본 계약의 목적)

1. 본 계약의 목적은, AAA는 원고로부터 제4조의 목적물(이 사건 토지)을 임차하고 AAA의 비용으로 건물을 신축하여 소유권을 취득하고, 이에 대해 제5조 제1항의 기간동안 임대사업을 영위한 후 원고에게 동 신축건축물을 무상으로 기부한다.

2. 원고와 AAA는 본 계약에 정해진 바에 따라, 원고는 이 사건 토지에 대한 임대수입을 보장받고, AAA는 이 사건 토지에 대한 지상권 및 신축건축물에 대한 소유권을 보장받는다.

제4조(임대차목적물 및 신축건축물)

1. 목적물은 이 사건 토지로 정한다.

2. 신축 건축물은 연면적 15,000평(규모: 지하5층, 지상 7층 이상, 주차 275대 이상, 용도 : 근생, 운동시설 및 판매) 내외 규모의 상업복합건물로서 정하되, 준공검사를 득한 규모로 가늠한다. 단, AAA는 본 계약 체결일로부터 4개월 이내에 해당관청에 착공신고서를 제출하고 착공하여야 한다.

제5조(임대차 기간)

1. 이 사건 토지에 대한 임대차 기간은 신축 공사의 사용검사 승인일 익일을 임대차 개시일로 하여20년으로 하며, 제14조의 계약해제(지) 사유를 제외하고는 본 계약을 중도 해지할 수 없다.

2. 제1항에 의한 본 계약 기간 만료 전 6개월까지 원고와 AAA는 이 사건 토지 및 건축물의 임대차계약의 연장 여부를 감안하여 본 계약의 종료 또는 계약 조건의 변경 여부에 대하여 협의한다. 합의가 이루어지지 아니하거나 본 계약 연장에 관한 별도의 의사를 서면으로 통보하지 아니하는 경우, 임대차 본 계약은 종료되는 것으로 본다.

3. (생략)

제6조(이 사건 토지 및 건축물의 사용, 유지관리, 반환)

1. AAA는 본 계약기간 중 건축물에 대한 전면적인 개보수나 중요한 시설물의 개조 및 증축을 하고자 할 때는 원고와 협의하여야 한다. 이에 필요한 비용은 AAA의 부담으로 한다.

2. AAA는 본 계약 종료 시까지 이 사건 토지 및 건축물의 유지관리에 최선을 다하여야 하며, 본계약 기간 종료 즉시 이 사건 토지를 원고에게 반환한다. 이 경우 특약 표(1)의 건축물은 정상가동 될 수 있도록 교체한 후 이를 원고에게 무상으로 반환한다.

3. (생략)

4. (생략)

제7조(임대보증금 및 임대료)

1. 임대보증금

(가) AAA는 원고에게 임대보증금 일금 구억원(900,000,000)을 지급한다. 원고는 제6조 제4항에 따라 일괄 정산이 끝난 후 이를 AAA에게 반환한다.

(나) (생략)

2. 연임대료

(가) AAA가 원고에게 지불하는 연 임대료는 일금 십팔억일천만원(1,810,000,000- VAT 별도)으로 한다. 최초 3년 동안은 임대료를 동결하고, 3년 이후 4년차부터 이를 매 2년마다 최저 5% 이상의 복리로 인상한다.

제11조(권리변동 및 우선매수권)

1. 원고가 이 사건 토지를 제3자에게 양도하거나 담보로 제공하는 등 처분행위를 하고자 할 경우, AAA에게 30일 전에 서면으로 통지하여 사전 서면동의를 받아야 한다. AAA는 원고가 아래 제2항 및 제3항의 조건을 이행을 전제로 하여 별도의 조건 없이 이에 동의한다.

2. 원고는 위 제1항의 이 사건 토지의 권리변동이나 권리제한 행위를 원고와 AAA 사이의 임대차계약을 제3자에게 변경 없이 승계된다는 조건 하에서만 행할 수 있다.

3. 원고가 이 사건 토지를 처분할 경우에는, 원고는 AAA에게 우선매수권을 부여한다. AAA의 우선매수권 행사를 위하여 원고는 처분조건을 명시하여 AAA에게 제시하고, AAA는 30일 이내에 우선매수권 행사 여부를 결정하여 원고에게 통보한다.

제12조(사업권 등의 양도)

1. AAA가 본 계약상의 임대운영 사업권을 양도하고자 하는 경우 30일 전에 원고에게 서면으로 통지하여 사전 서면동의를 받아야 한다. 원고는 AAA가 아래제2항 및 제3항의 이행하는 것을 전제로 하여 별도의 조건 없이 이에 동의한다.

2. AAA는 위 제1항에 의한 임대운영 사업권 및 소유권의 양도 혹은 처분행위가 원고와 AAA 사이에 체결한 임대차 계약조건이 제3자에게 변경 없이 승계된다는 조건 하에서만 행할 수 있다.

3. (생략). 이상 계약서 내용 끝.

다. AAA는 이 사건 토지 위에 지상 10층, 지하 5층 규모의 건축물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축한 후 2007. 7. 27. 소유권보존등기를 경료하였고, 2013. 3. 29. 원고에게 이 사건 건물에 관하여 무상기부예약을 원인으로 한 소유권이전청구권 가등기를 마쳐주었다.

라. 원고는 AAA로부터 수수한 이 사건 임대료를 각 사업연도의 과세표준으로 하여 법인세를 신고, 납부하였으나, 피고는 원고가 이 사건 임대차계약기간 만료 후 무상으로 양도받을 이 사건 건물이 이 사건 토지 임대의 대가에 해당한다고 보아 이 사건 건물의 신축가액 69,872,235,200원을 위 임대차계약기간으로 안분한 금액을 해당각 사업연도 익금에 산입하여 원고에게, 2014. 3. 26. 2008 사업연도 법인세 579,215,770원, 2014. 4. 8. 2009 사업연도 법인세 1,578,280,500원을 각각 경정・고지하였다(이하 '당초 처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2014. 6. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2014. 11. 19. '이 사건 건물의 임대차계약기간 만료 시점의 시가를 평가하여 그 가액을 임대차계약기간으로 안분한 금액을 해당 각 사업연도 익금에 산입하여 세액을 경정하고 나머지 심판청구를 기각한다'는 취지의 결정을 하였다.

바. 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 임대차계약기간이 만료되는 시점의 이 사건 건물 시가를 평가하기 위해 2개의 감정평가기관에 감정평가를 의뢰하였고 위 두 감정평가기관의 평가액의 평균액인 47,986,273,950원을 이 사건 임대차계약기간으로 안분한 금액으로 법인세 과세표준을 산정한 다음, 2015. 2. 23. 원고에게 2008 사업연도 법인세 408,513,448원, 2009 사업연도 법인세 331,841,981원을 각각 감액하는 경정결정을 하였다(당초 처분 중 위와 같이 감액되어 청구취지 기재와 같이 남은 부분을 이하 '이 사건 처분'이라 한다).

(인정근거) 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 토지 임대차계약기간이 만료되면 원고가 AAA로부터 이 사건 건물의 소유권을 무상양도 받기로 약정한 것은 사실이나(이른바 BOT 방식), 이는 위 임대차 계약기간 만료 시 발생할 것으로 예상되는 이 사건 건물의 철거비용을 고려한 것에 불과하고 원고는 이미 AAA로부터 연 18억 원이 넘는 토지 임대료를 지급받고 있으므로 이 사건 건물의 무상양도가 이 사건 토지 임대의 대가라고 볼 수 없다.

나아가 원고는 이 사건 임대차계약기간 중에 이 사건 건물을 전혀 사용・수익하거나 처분할 수 없고, 위 무상양도 약정은 AAA가 민법 제643조 소정의 건물매수청구권을 포기하는 것으로서 임차인에게 불리하여 무효이므로(민법 제652조 참조), 이 사건건물과 관련하여 원고에게 아무런 소득이 실현된 바도 없다.

그럼에도 이 사건 건물의 이 사건 임대차계약기간 만료 시 가액을 이 사건 토지에 대한 후불임대료로 보고 이를 안분하여 해당 각 사업연도 익금으로 산입한 이 사건 처분은 평등원칙에 위배되고 원고의 재산권을 과도하게 침해한 것으로서 위법하다.

다. 판단

1) 이 사건 토지 임대와 이 사건 건물 무상양도 사이의 대가성 여부

먼저 원고가 AAA로부터 장래에 무상양도 받기로 한 이 사건 건물이 이 사건 토지 임대에 대한 대가인지 여부, 즉 이 사건 건물 가액을 이 사건 토지의 후불임대료로 볼 수 있는지 여부를 살피건대, 원고가 이 사건 토지의 사용・수익에 대한 대가로 AAA로부터 매년 이 사건 임대료를 지급받고 있는 사실은 앞서 본 바와 같으나, 앞서 본 처분의 경위 및 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 임대차계약서는 제5조 제2항, 제6조 제1항, 제2항과 같이 위 임대차계약기간 만료 후 원고가 이 사건 건물의 소유권을 취득하여 사용하거나 AAA에게 계속하여 임차할 수 있음을 전제로 한 내용만 규정하고 있을 뿐 이 사건 건물의 철거에 관하여는 아무런 규정이 없는 점, ② 이 사건 건물은 지하5층, 지상 10층 규모의 철골철근콘크리트 구조 건축물로서 이 사건 임대차계약기간인20년이 지난 후에도 현존할 것으로 예상되고 피고가 산정한 이 사건 임대차계약기간만료 후 이 사건 건물의 가액도 약 480억 원으로 고액인 점, ③ AAA와 마찬가지로 원고로부터 이 사건 토지를 임차하여 건물을 신축하려 했던 0000 Korea Co., Ltd가 2004. 4. 13. 작성한 '지료 평가 및 사업제안서'에 의하면, 위 회사가 원고에게 이 사건 토지의 연 임대료로 제시한 17억 원(VAT 별도)에다가 20년 후 무상양도 되는 신축 건물의 가치를 감안할 경우 이 사건 토지의 실질 임대료는 연 약 63억 원이라고 기재되어 있는 점, ④ 이 사건 토지의 임대의무 외에는 달리 이 사건 건물에 관한 AAA의 소유권이전의무와 견련관계에 있는 원고의 의무를 찾아볼 수 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 임대차계약기간 만료 이후 무상양도 받기로 한 이 사건 건물 역시 이 사건 토지의 사용・수익과 대가관계에 있는 후불임대료에 해당하는 것으로 봄이 상당하다.

2) 후불임대료의 익금 확정 여부

가) 구 법인세법 제40조 제1항은 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다"고 규정하고 있는데, 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없으며, 여기서 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되었는지는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상・사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 참조). 한편, 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결참조).

나) 위 법리에 비추어 살피건대, 다음과 같은 점들을 종합하면 이 사건 임대차계약 체결 당시 원고가 위 임대차계약기간 만료 후 AAA로부터 이 사건 건물을 무상으로 양도받을 수 있는 권리가 실현가능성 측면에서 상당히 높은 정도로 성숙되었다고 봄이 상당하다.

① 토지 임차인의 건물매수청구권에 관한 민법 제643조의 규정은 강행규정이므로 이 규정에 위반하는 약정으로서 임차인에게 불리한 것은 그 효력이 없는바, 임차인에게 불리한 약정인지의 여부는 우선 당해 계약의 조건 자체에 의하여 가려져야 하지만 계약체결의 경위와 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 실질적으로 임차인에게 불리하다고 볼 수 없는 특별한 사정을 인정할 수 있을 때에는 위 강행규정에 저촉되지 않는 것으로 보아야 한다(대법원 1997. 4. 8. 선고 96다45443 판결 참조). 이 사건의 경우 임대차계약기간이 20년에 이르러 AAA가 이 사건 건물을 제3자에게 임대하여 투하자본을 회수하기에 충분한 기간인 점, 주식회사인 AAA는 원고에 비하여 경제적 약자의 지위에 있지 아니하고 계약 체결 당시 건물매수청구권 포기의 의미나 취지 등을 잘 이해하고 있었을 것으로 보이는 점, 이 사건 건물의 무상양도를 감안하여 임대료 등의 면에서 AAA에게 유리한 조건으로 임대차계약을 체결한 것으로 보이는 점, 이 사건 건물의 무상양도 약정이 임차인에게 불리하여 무효라면 토지 임차인의 임대인에 대한 신축 건물의 무상양도가 본질을 이루는 BOT 사업방식 자체가 존립할 수 없게 되는 점 등을 종합하여 보면, AAA가 원고에게 이 사건 건물을 무상으로 양도하기로 한 약정이 실질적으로 AAA에게 불리하다고 볼 수 없으므로 유효하다.

② 이 사건 건물은 철골철근콘크리트 구조 건축물로서 자연적으로 멸실될 위험이 없어 보이고, 위 건물의 부지인 이 사건 토지는 원고의 소유이므로 이 사건 임대차계약기간 만료 이후 위 건물이 철거될 가능성도 사실상 없다. 또한 이 사건 임대차계약서 제12조에 의하면 설령 AAA가 이 사건 임대차계약기간 만료 전에 이 사건 건물을 제3자에게 양도하더라도 그 제3자 또한 위 임대차계약기간 만료 시 원고에게 위 건물을 무상양도 해야 할 부담을 승계하게 되므로 원고가 이 사건 건물을 무상양도 받을 수 있는 권리는 이 사건 임대차계약 시 이미 확정적으로 발생하였다고 볼 수 있다.

③ 이 사건 임대차계약 제11조에 의하면 원고가 AAA의 동의 하에 제3자에 게 이 사건 토지를 양도함으로써 위 임대차계약을 그 제3자에게 승계시킬 경우 임대차 계약기간 만료 시 AAA로부터 이 사건 건물을 무상양도 받을 수 있는 권리 또한 위 제3자에게 이전될 것이므로, 이 사건 토지의 제3자에 대한 매도대금은 이 사건 건물의 가액까지 포함하여 산정될 것으로 예상되고 이는 위 임대차계약 제11조 제3항에 의하여 AAA가 우선매수권을 행사하는 경우에도 마찬가지이다.

④ 이처럼 원고가 이 사건 건물을 무상양도 받을 수 있는 권리를 전혀 환가할 수 없는 것이 아니고, 회계적으로 반드시 원고의 자산 중 '부동산'으로 인식되어야만 익금으로 확정될 수 있는 것도 아닌 것으로 보인다.

3) 익금의 귀속시기

가) 구 법인세법 제40조 제2항의 위임에 의한 구 법인세법 시행령 제71조 제1항은 '자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다' 라고 규정하고 있는데 이는 1년 이상 장기간의 임대료를 임대 개시 후 1년 이상 경과 하여 수수하기로 한 경우 손비만 계상되고 수익이 계상되지 않아 과세가 이연되는 문제점을 해결함으로써 과세기간별 손익의 적정화를 도모하기 위한 데에 그 입법 취지가 있다(대법원 2011. 10. 13. 선고 2008두21713 판결 참조).

한편 구 법인세법 제41조 제1항 제3호의 위임에 의한 구 법인세법 시행령 제72조 제1항은 제1호 내지 제5호에서 매입자산, 자가 제조・생산・건설 자산, 현물출자에 의한 자산・주식 등의 취득가액 산정방법을 규정한 다음, 제6호에서 앞 호에서 규정한 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다고 규정하고 있다.

나) 원고가 이 사건 임대차계약기간 만료 후에 이 사건 건물의 소유권을 취득하는 것이 이 사건 건물의 부지에 대한 토지 임대료의 후불지급에 해당한다는 점은 앞에서 본 바와 같으므로, 앞서 본 규정에 의하면 이 사건 처분의 대상이 된 2008, 2009사업연도 각 법인세의 과세표준을 산정함에 있어서는 구 법인세법 시행령 제71조 제1항 단서 및 제72조 제1항 제6호(개정 전 제5호)에 의하여 토지사용기간 만료 시의 이사건 건물의 시가 중 그 사업연도에 대응하는 부분을 익금에 산입하여야 한다(대법원2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조). 따라서 같은 취지에서 한 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

다) 원고는 설령 이 사건 건물의 시가 중 그 사업연도에 대응하는 부분이 후불임대료로서 익금에 산입되어야 한다고 하더라도 이 사건 건물의 시가를 산정함에 있어 AAA의 2014년 장부상 가액을 기준으로 하여야 하고 위 건물에 설정되어 있는 근저당권의 피담보채무액도 공제해야 한다고 주장하나, 이 사건 건물의 시가는 이 사건 임대차계약기간 만료 시를 기준으로 산정해야 함은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 건물에 근저당권이 설정되어 있다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.