원고와 소외 서ㅇㅇ(이하 원고등이라고 한다)은 공동으로 1978. 4. 1. ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ-5 대 717.4㎡를(지분 각 1/2), 1985. 8. 21. 위 ㅇㅇ동 ㅇㅇ-5, ㅇㅇ-11 양 필지상의 건물1동 면적 466.20㎡를(지분 각 1/2) 각 취득하였고, 또 원고는 단독으로 1985. 8. 10. 위 ㅇㅇ동 ㅇㅇ-1, ㅇㅇ-11 양필지상의 건물1동 면적 992.64㎡를 취득하였으며, 그리고 소외 서ㅇㅇ은 단독으로 1981. 7. 18. 위 ㅇㅇ동 ㅇㅇ-11 지상의 건물2동(1동은 면적이 999.92㎡이고 다른 1동은 면적이 100.75㎡이다)을 취득한 사실, 그후 원고등은 그들이 공유 내지 단독소유하는 위 토지와 건물들을 1988. 12. 31. 소외 ㅇㅇㅇㅇ보험주식회사(이하 소외회사라고 한다)에 대금 4,515,300,000원에 매도한 사실, 한편 위 매도와 관련하여 원고에 대하여 양도소득세를 과세함에 있어 피고는 원고소유토지와 건물의 양도가액은 거래상대방이 법인이므로 구 소득세법시행령 제170조 제4항 제1호(1989. 8. 1. 령 12767호로 개정되기 전의 것) 에 의거 실지양도가액으로 계산하기로 하되 토지와 건물의 각 양도가액의 구분이 불분명하다는 이유로 소득세법시행령 제170조 제2항 에 의거 총 양도가액을 양도당시 이들의 각 기준시가에 의하여 안분계산하는 방법으로 구분 산정하였고 그리고 취득가액은 구 소득세법시행령(1989. 8. 1. 령 12767호로 개정되기 전의 것) 제170조 제1항 단서 에 의거 이렇게 구분산정된 토지와 건물양도가액에 취득당시의 과세시가표준액을 양도당시의 그것으로 나눈 것을 곱하는 방법으로 환산하여 산정하였으며 이어 위 양도가액으로 구 소득세법 제70조 제8항 (1988. 12. 26. 법 4019호로 폐지되었는데 그 효력은 1989. 1. 1.부터 발생되었다. 이하 같다)에 의거 양도소득특별공제액은 제외한채 위 취득가액, 필요경비, 양도소득공제액만을 차례로 공제하여 산출한 별지내역서 기재의 양도소득과세표준에 위 법조소정의 종합소득세율을 곱하여 나온 별지내역서 산출세액란기재의 740,268,045원이 당시의 소득세법 제70조 제3항 에 의한 양도소득세산출세액보다 크다하여 위 금액을 산출세액으로 잡고 여기에서 별지내역서 기재와 같이 예정신고 납부세액공제를 하고 가산세를 더하여 결정된 734,969,231원을 위 양도에 대한 총결정 양도소득세로, 그리고 별지내역서 방위세란 기재와 같이 산출된 138,048,263원을 총결정 방위세로, 1993. 11. 16. 원고에게 부과. 고지한 사실(이하, 이 사건 부과처분이라고 한다)은 당사자사이에 다툼이 없다.

2. 부과처분의 적법여부

가. 원고의 주장

첫째 원고등과 소외 회사간의 이 사건 매매시 목적물인 토지와 건물의 각 양도가액을 구분특정하지 아니한 것이 아니라 토지는 2,574,808,297원으로, 건물은 1,940,491,703원으로 각 구분특정하였으므로 이들의 양도가액은 위 구분특정된 금액으로, 그리고 취득가액은 구분특정된 양도가액을 기준으로 관계법령소정의 방식에 따라 환산한 금액으로 각 하여야 할 것임에도 이와는 달리 토지와 건물의 각 양도가액이 구분 특정되지 아니하였다고 전제한 다음 각자의 기준시가에 따라 안분계산하는 방법으로 양도가액을 구분 특정하고 취득가액은 위 양도가액을 기준으로 관계법령소정의 방식에 따라 환산한 금액으로 한 이 사건 부과처분은 위법하고, 둘째 가사 원고의 첫째주장이 이유 없어 피고가 취한 방식에 따라 토지와 건물의 각 양도 및 취득가액을 산정하여야 한다고 하더라도 양도소득과세표준을 도출함에 있어서 위 양도가액으로부터 공제할 금액으로 양도소득특별공제액을 제외하도록 규정한 구 소득세법 제70조 제8항 은 명목소득에 대한 과세를 방지하기 위한 위 양도소득특별공제를 유독 이 건의 경우에선 그 적용을 배제한다는 점에서 평등의 원칙, 재산권보장, 실질적 조세법률주의에 위배되어 위헌이고 위헌인 위 법조에 근거한 이 사건 부과처분은 위법하며 셋째 가사 토지와 건물의 양도가액이 불분명하여 구분특정이 되지 않는다 하더라도 그와같은 경우는 먼저 토지와 건물의 총 양도가액을 관계법령소정의 방식에 따라 토지와 건물의 각 기준시가로 안분계산하는 방법으로 토지와 건물의 각 양도 및 취득가액을 산정하여야 할 것임에도 이와는 달리 먼저 토지와 건물의 양도가액을 구분 특정하고 이어 구분특정된 양도가액을 기준으로 토지와 건물의 각 취득가액을 환산하는 방법을 취한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 판단

(1) 먼저 원고의 첫째 주장에 대하여 보건대 그 주장은 요컨대 토지와 건물의 각 양도가액이 매매시 이미 구분특정되었다는 것이므로 우선 그 점에 대하여 살펴본다.

갑 제2호증의 2 내지 6, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제5호증, 을 제6호증, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 합쳐보면 원고 등이 그들 소유의 토지와 건물을 1988. 12. 31. 소외 회사에게 양도할시 총 양도대금만 4,515,300,000원으로 결정하였을 뿐 토지와 건물에 따라 양도대금을 구분하여 표시하지 아니하였고 그리하여 원고가 위 양도에 따른 자산양도차익예정신고 및 자진납부 계산서를 1989. 1. 31. 피고에게 제출함에 있어서도 토지와 건물의 양도가액이 특정구분되지 않았음을 전제로 총양도가액을 각자의 기준시가에 따라 안분계산하는 방법으로 그들의 각 양도가액을 구분특정하고 그 구분특정된 양도가액을 기준으로 관계법령이 규정한 방식에 따라 환산한 취득가액을 각 양도 및 취득가액으로 표시하였던 사실, 한편 원고 등은 사업자등록을 한 부동산 임대업자로서 소외회사에 토지와 건물을 양도함에 따른 부가가치세가 면제되지 아니하는 건물에 한해서 위 소외회사로부터 지급받고 세금계산서(갑 제2호증의 4 내지 6)를 발급함에 있어서는 위 건물의 양도가액을 1,940,491,703원으로 표시하였으며, 그에 따라 위 소외회사는 장부에 원고 등으로부터 취득한 위 토지와 건물의 가액을 기장함에 있어서 위 세금계산서에 맞추어 토지의 가액은 2,574,808,297원으로, 건물의 가액은 1,940,491,703원으로 각 기장한 사실, 그러나 원래 소외 회사는 ㅇㅇ사옥 투지를 물색하던중 소외 정ㅇㅇ으로부터 가족관계에 있는 소외 최ㅇㅇ, 서ㅇㅇ, 한ㅇㅇ, 원고 등이 공동소유하고 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ-5외 4필지 및 그 지상건물을 소개받고 적당하다고 보아 1988. 12. 31. 이들을 일괄하여 대금 125억원에 양수하였는 것인데 매매계약서를 소유자별로 각자 작성함으로써 위에서 본 바와같이 원고 등과 소외 회사간의 이 사건 매매가 별도로 이루어진 것처럼 된 사실, 그리고 위 원고 등외 3인과 소외회사는 매매계약에 앞서 목적물의 시가감정을 공인감정사 손ㅇㅇ에게 감정의뢰하였는데 그결과 토지가액이 9,807,600,000원 건물가액이 242,919,000원으로 나온 사실을 각 인정할 수 있고 이에 어긋나는 듯한 갑 제2호증의 1, 갑 제4호증의 각 일부기재와 이 법원의 ㅇㅇㅇㅇ보험주식회사에 대한 사실조회촉탁결과일부는 믿지 아니하며 그 밖에 다른 반증이 없는 바 위 인정사실에서 알수 있는 바와같이 이 사건 매매계약시 목적물인 토지와 건물에 대한 매매대금을 총액만 정하였지 구분특정하지 아니한 점, 그후 위 양도에 따른 자산양도차익예정신고에도 원고가 매매대금이 토지와 건물에 따라 구분특정되지 않았음을 전제로 한 점, 그리고 소외 회사가 당초 매수를 희망하였던 것은 토지이지 그 지상건물은 별반 고려대상에 넣지 아니하였을뿐더러 토지가액에 비하여 건물가액이 무시할 수 있을 정도로 작아 의식적으로 건물가액을 별도로 구분특정할 필요가 없었던 점을 고려하여 보면 이 사건 매매시의 토지와 건물의 각 양도가액은 구분특정되지 아니하여 불분명하다고 봄이 상당하다 할 것이고 비록 매매쌍방이 그후 건물의 양도가액을 구분특정하여 그에 따른 부가가치세를 주고 받았으며 나아가 장부에 그에 맞추어 토지와 건물의 가액을 기장하였기는 하나 위 건물의 양도가액이 적정시가와는 현저히 맞지 아니하여 과연 진의에 기한 것인지가 의심스러운데다가 매매쌍방 모두 부가가치세를 대납하거나 환급받는 것이어서 그다과에 따라 실질적인 경제적부담이 전혀 없다는 점에서 위와같은 사정만으로 토지와 건물의 각 양도가액이 구분특정되었다고 볼 수 없다 할 것이므로 그와 반대의 견해를 전제로 하는 원고의 첫째 주장은 더 나아가 살펴볼 필요없이 이유 없다.

(2) 다음으로 원고의 둘째 주장에 대하여 보건대 구 소득세법 제70조 제8항 의 취지는 양도소득이 종합소득과는 달리 불로소득적인면을 내포하고 있음을 고려하여 양도소득특별공제를 포함하여 통상의 방법에 따라 산정한 양도소득세액이 종합소득세액보다 작은 것은 불합리하므로 종합소득세액과의 균형을 맞추기 위하여 양도소득세액과 종합소득세액을 서로 비교하여 양도소득세액이 종합소득세액보다 작게 산출되는 경우에는 종합소득세액을 양도소득세액으로 한다는 것인데 원래 종합소득세는 그 성질상 물가상승에 따른 특별공제와 같은 제도를 도입할 필요가 없으므로 양도소득세액과 비교할 종합소득세액을 산출함에 있어서는 위 양도소득특별공제를 배제하는 것이 오히려 위와같은 사정에 기인한 적정한 조치라 할 것이므로 위 구소득세법 제70조 제8항 이 종합소득세율에 의한 세액산정에 있어 양도소득특별공제를 배제토록 한 것을 가리켜 평등의 원칙, 재산권의 보장, 실질적조세법률주의에 위배되는 위헌의 규정이라 할 수 없으므로 그와 반대되는 원고의 둘째 주장은 이유 없다.

(3) 끝으로 원고의 셋째 주장에 대하여 보건대 소득세법시행령 제170조 제1항 단서(1989. 8. 1. 령12767호로 개정되기 전의 것) 는 ...... 다만 제4항 제1호 및 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액중 어느하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은, 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호 다목 의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다 고 규정하고 이어 제2항은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다...... 고 규정하고 있는 바 위 제1항 단서는 어디까지나 양도가액과 취득가액중 일방의 실지거래가액만이 확인되는 경우 실지거래가액이 확인되지 아니한 다른 일방의 가액을 산정하는 방식을 규정하여 놓은데 불과하며, 위 제2항은 토지와 건물은 양도차액의 산정방식이 다소 다르므로 토지와 건물 등을 일괄양도한 경우 각자의 가액을 구분특정하기 위한 기준을 규정하여 놓은데 불과하며, 위 제2항은 토지와 건물은 양도차액의 산정방식이 다소 다르므로 토지와 건물 등을 일괄양도한 경우 각자의 가액을 구분특정하기 위한 기준을 규정하여 놓은 것이므로, 이들 법조는 그 취지를 서로 달리하고 따라서 이 사건의 경우와 같이 토지와 건물을 가액의 구분특정없이 총액만 정하여 일괄양도한 경우 이들 법조의 형식적 순서에 따라 먼저 총양도가액을 기준으로 총취득가액을 환산 산정하고 이어 토지와 건물의 각 취득 및 양도가액을 구분특정할 것은 아니고 이들 법조의 취지에 맞추어 먼저 총양도가액을 토지와 건물에 따라 구분특정하고 이어 위 구분특정된 각자의 양도가액을 기준으로 각자의 취득가액을 환산 산정하는 것이 합당하다 할 것이므로 이와 반대의 견해를 전제로 하는 원고의 셋째 주장 역시 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 별지내역서 기재의 세액산출방식과 산출세액이 정당하다고 인정되는 이 사건에서 피고의 이 사건 부과처분은 적법하므로 주문과 같이 판결한다.

1995. 1. 13.

심급 사건

참조조문