2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 2006. 8. 25.부터 ○○시 ○○동 188-592에서 '○○ 주유소'를 운영하면 서, 아래와 같은 경유의 주식회사 ◇◇에너지(이하 '◇◇에너지'라 한다)와 주식회사 □□에너지(이하 '□□에너지'라 한다)로부터 작성 받은 세금계산서에 따른 매입세액 등을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 부산지방국세청장과 고양세무서장은 각 ◇◇에너지와 □□에너지에 대한 조사를 실시하여, 위 세금계산서가 자료상으로만 작성된 것으로 판단하고, 피고에게 이러한 사실을 통보하였고, 피고는 2009. 11. 1. 원고에 대하여 위 매입세액을 불공제하여 산정한 2007년도 제2기 부가가치세 4,160,159원, 2008년도 제1기 부가가치세 18,002,544 원을 각 경정고지 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실 을 1, 8호증의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하다.

(1) 위 세금계산서들은 ◇◇에너지와 □□에너지로부터 실제로 경유를 공급받으면서 작성 받은 것이므로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.

(2) 설령 위 세금계산서들이 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도, 원고는 ◇◇에너지와 □□에너지로부터 경유를 공급받는 것으로 믿고 작성 받은 것이고, 경유를 공급 받은 것은 사실이므로 위 매입세액을 공제하지 않는 것은 부당하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) ◇◇에너지로부터 발행 ・ 교부받은 세금계산서 부분에 대한 판단

(가) 부가가치세법 제17조 제2항 제1호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득 ・ 수익 ・ 계산 ・ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다 (대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대 을 3, 5, 6, 9호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면,① ◇◇에너지는 주식회사 ●●에너지, ▲▲에너지 주식회사, ◁◁에너지 주식회사로부터 유류를 구입한 것으로 되어 있으나, 실제로는 위 회사들은 물론 전국 어느 저유소로부터도 그의 명의로 유류를 출하 받은 적이 없을 뿐만 아니라 석유판매업등록을 위하여 ◆◆널 주식회사의 저장시설인 저유소와 수송차량 등에 대한 임대차계약을 체결하였으나 그 저유소와 수송 차량을 사용한 바도 없는 사실, ② ◇◇에너지의 실제 사업자인 장AA는 실물거래 없이 허위 세금계산서를 교부받거나 교부하면서 이익을 얻는 소위 자료상을 하기로 마음먹고 ◇◇에너지를 개업하여 '이BB'이라는 가명을 사용하면서 전무라는 직책으로 활동하였는데, 2007. 7.경부터 실물거래 없이 주유소들에 ◇◇에너지 명의의 세금계산서를 교부하고 일정 수수료를 지급받는 거래를 하였고, 이러한 거래를 할 주유소를 확보하는 것이 원활하지 않자 무자료 비과세 유류 유통업자 조진호 등과 연계하여 주유소에 무자료 유류가 배달되도록 한 사실,③ 한편, 정상적으로 유통경로를 거쳐서 유류가 주유소에 배달되는 때에는 정유사의 저유소 등에서 출하당시 발행된 출하전표(출하일시, 거래처명, 출하지, 도착지, 수송 장비, 품목 및 출하량, 온도, 비중 등이 기재됨) 4장 중 1장은 주문자가, 1장은 저 유소가 각 보관하며, 2장은 해당 유류 운반차량의 운전자에게 교부되어 유류가 배달된 거래처 주유소의 서명을 받아서 그 중 1장은 운전사가, 나머지 1장은 주유소에 교부되는데, 이와 같은 정상적인 출하전표에는 석유제품의 용도에 따라 이후 부피에 증감이 있기 때문에 출하일시, 출하당시의 용도 등이 반드시 기재되어 있는 사실,④ 반면, ◇◇에너지는 출하 당일 배달운전기사에게 출하전표를 발행하지 않아 해당 주유소에 ◇◇에너지의 출하전표가 교부되지 않았고, 다만 유류가 배달된 후 ◇◇에너지 직원이 컴퓨터와 도트프린터를 이용하여 출하전표를 작성함과 동시에 출하된 유류 내역에 맞추어 세금계산서를 작성한 다음 위 출하전표 및 세금계산서를 우편 또는 택배로 해당 주유소에 보내주었는데, 위 출하전표에는 출하 당시의 석유제품의 온도가 기재되어 있지 아니하거나, 저유소의 명칭이나 출하시각도 임의로 기재되어 있는 사실,⑤ 부산지방국세청장은 ◇◇에너지를 실제로 유류를 공급함이 없이 허위 세금계산서를 교부한 자료상으로 보아 수사당국에 고발하였고, 인천지방검찰청은 2009. 3. 31. 인천지방법원 2009고합199호로서 장AA 등을 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부 등) 혐의로 인천지방법원에 기소하였으며, 인천지방법원은 2009. 9. 17. ◇◇에너지의 실제사업자인 장AA에 대한 이 사건 세금계산서 부분을 포함한 허위 매출세금계산서 교부의 점에 관하여 ◇◇에너지가 ♧♧석유 등을 통하여 매출처인 주유소에 일부 유류를 공급하였다고 볼 여지가 있다는 이유로 무죄를 선고하였으나 항소심인 서울고등법원은 2010. 3. 25. 위 무죄부분에 대하여 실제의 유류 거래는 비과세 유류 등을 보유한 자와 해당 주유소 사이에서 이루어졌고 ◇◇에너지는 이와 같은 실물거래에 있어 세금계산서 등의 필요한 자료를 구비해주고 실물거래를 중개하는 역할을 한 것에 불과하므로 장AA는 가공의 세금계산서를 발행하여 교부하거나 이를 교부받은 자에 해당한다고 보아 원심판결을 파기하고 유죄를 선고하였으며(서울고등법원 2009노2687 판결), 상고심인 대법원은 상고기각 판결(대법원 2010도4068 판결)을 선고함으로써 확정된 사실,⑥ 이 사건 처분 과정에서 원고가 제출한 ◇◇에너지 작성의 출하전표에 기재된 출하일자, 차량번호에 의하여 각 정유사 및 각 저유소에 유류 출하내역을 조회한 결과 각 해당 시점에 해당 물량이 출하된 사실은 있으나 주문자나 도착지가 ◇◇에너지나 원고 운영의 주유소와 무관한 곳으로 되어 있었던 사실,⑦ ◇◇에너지가 임의로 작성한 출하전표에 기재된 차량의 운전기사들이 그 당시 출하된 유류를 원고의 주유소에 배달한 것으로 확인되었고 원고는 ◇◇에너지로부터 세금계산서를 수취한 기간 동안 ◇◇에너지의 계좌로 그 대금을 송금하였으며 위 송금액이 다시 원고에게 입금되지는 않은 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실을 종합하면, ◇◇에너지가 발행한 세금계산서에 기재된 유류가 원고 운영의 주유소로 공급되었고 이에 대한 유류대금을 원고가 ◇◇에너지에게 지급한 것으로 보인다.

그러나 앞에서 본 사실관계에 나타나는 다음과 같은 사정들, 즉 ① ◇◇에너지는 처음부터 실물거래 없이 허위세금계산서 거래만을 목적으로 설립되었고, 과세당국에 의하여 실물거래가 전혀 없이 세금계산서만을 발행하거나 수취한 자료상으로 고발되어 그 실제 운영자인 장AA는 허위 매입 ・ 매출 세금계산서를 수수 ・ 교부하였다는 이유로 유죄판결을 받아 그 판결이 확정된 점,② ◇◇에너지는 이 사건 과세기간 동안에 전국 어느 저유소에서도 유류를 출하 받은 사실이 없을 뿐만 아니라 석유판매사업자등록을 받으면서 신고한 저유시설이나 수송차량 등을 전혀 사용한 적이 없었던 점, ③ ◇◇에너지는 가공 매입세금계산서를 수취하고 무자료 유류 유통업자로 하여금 무자료 유류를 물색하여 공급하도록 하였을 뿐 실제 유류를 매입한 사실이 없는 바, 매입한 유류가 없는 상황 하에서 ◇◇에너지가 원고 등 다른 주유소에 대하여 실제로 자신의 유류를 공급하였다고 볼 수는 없는 점 등을 종합하면 원고는 ◇◇에너지로부터 위 유류들을 직접 공급받은 것이 아니라 비과세 기름 등을 보유하고 있던 제3자로부터 공급받은 것일 뿐이고, 다만 ◇◇에너지는 원고와 제3자와 사이에 이루어진 실물거래에 관하여 세금계산서 등의 필요한 자료를 구비해주고 실물거래를 중개하는 역할을 한 것에 불과한 것으로서, ◇◇에너지가 발행한 세금계산서는 유류를 제3자로부터 매입하고 ◇◇에너지를 매입처로 위장한 위장거래에 의한 것으로 보인다.

따라서 원고가 ◇◇에너지로부터 발행 ・ 교부받은 세금계산서에 기재된 유류를 ◇◇에너지로부터 공급받았다는 주장은 받아들일 수 없으므로, 결국 위 세금계산서는 공급자가 허위로 기재된 세금계산서로 봄이 상당하다. 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.

(나) 한편, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결).

이 사건에 관하여 보건대, 갑 4 내지 6, 8, 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 증인 최CC의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 앞에서 인정한 사실관계에 나타난 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 ◇◇에너지의 직원으로부터 저렴한 유류가 있다는 말을 듣고 거래를 시작하였고, 유류의 인수 당시 운반차량의 운전기사로부터 직접 저유소 발행의 원 출하전표를 교부받아 보관한 것이 아니라 그로부터 며칠 후에 세금계산서와 함께 ◇◇에너지 명의의 출하전표를 우편 등으로 송부 받는 등 비정상적인 거래를 하였음에도 ◇◇에너지가 실제 공급자가 맞는지 여부에 대하여 확인을 게을리 한 점,② ◇◇에너지로부터 교부받은 세금계산서에 기재된 저유소에 해당일자에 실제로 유류가 출고되었는지 여부 및 거래처 ・ 도착지 등을 문의하였다면 실제로 ◇◇에너지에 출하된 것이 아님을 쉽게 알 수 있었을 것으로 보임에도 이와 같은 확인을 전혀 하지 아니한 점 등을 종합하면, 원고는 ◇◇에너지로부터 세금계산서를 교부받을 당시 자료상인 ◇◇에너지의 명의 위장 사실을 알지 못하였다거나 알지 못하였음에 과실이 없었다고 볼 수는 없다.

따라서 원고의 두 번째 주장 역시 이유 없다.

(2) □□에너지로부터 발행 ・ 교부받은 세금계산서 부분에 대한 판단

살피건대, 을 7, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 관할 과세관청은 □□에너지가 2008년 제1기분에 수취한 세금계산서와 발행한 세금계산서가 일부를 제외하고는 대부분 가공의 거래에 기하여 작성된 것임을 확인하고, 원고에게 발행한 세금계산서 역시 가공의 거래에 기하여 작성되었을 것이라고 판단한 사실을 인정할 수 있다.

그러나 ① 위에서 본 바와 같이 □□에너지는 실제로 유류를 취급하기도 하였던 점,② □□에너지는 2008. 5. 21. □□저유소에서 ▽▽일 주식회사의 유류를 운송자 심DD를 통하여 출하 받은 점(피고는 2008. 5. 21. 운송자 심DD가 □□저유소에서 유류를 가져간 내역이 없는 것을 확인되었다고 하지만, 위와 같은 ▽▽일 주식회사 발행의 출하전표가 존재한다), ③ 원고는 유류를 공급받은 직후 □□에너지의 예금계좌로 그 대금을 송금한 점 등에 비추어 보면, 위에서 본 과세관청의 조사결과만으로 □□에너지가 원고에게 발행 ・ 교부한 2장의 세금계산서가 실물 거래 없이 이루어진 허위의 것이라고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 □□에너지 발행의 세금계산서가 허위임을 전제로 하는 피고의 처분은 부적법하다.

(3)소결

피고는 ◇◇에너지의 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 원고에 대하여 2007년도 제2기분 부가가치세 4,160,159원을 부과하였고, ◇◇에너지 및 □□에너지의 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 원고에 대하여 2008년도 제1기분 부가가치세 18,002,544원을 부과하였는데, 앞서 본 바와 같이 □□에너지의 세금계산서의 매입세액을 불공제한 것은 위법하므로, 피고가 원고에 대하여 2008년도 제1기분 부가가치세 18,002,544원을 부과한 처분만을 취소한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.