2. 소송비용은 원고가 부담한다

청 구 취 지

피고가 2016. 11. 2. 원고에게 한 각 양도소득세(가산세 포함) 2015년 양도분261,396,720원 및 2016년도 양도분 156,135,570원의 각 부과처분을 취소한다.

가. 소외 aa기업 주식회사는 1996. 6. 15. 창원시 ○○동 000번지 일대에 834세대 건물을 신축하고, 1996. 7.경 이중 90세대(이하 '이 사건 임대주택'이라 한다)에 관하여 bb테크윈 주식회사(상호 변경: cc테크윈, 이하 '임차인'이라 한다)와 사이에 사원용주택임대차계약을 체결하고 임대사업을 하였다. 이후 위 aa기업은 2000. 2. 3. 화해인가결정을 받았고, 그로 인해 이 사건 임대주택의 소유권이 주식회사 dd건설(이하 위 aa기업과 위 dd건설을 통틀어 '전사업자'라 한다)로 이전되었다. 원고는 2000. 11. 20. 주택임대사업자로 사업자등록을 하고, 2001. 3. 28. 위 dd건설로부터 '이 사건 임대주택'을 취득하고 임차인 등에게 계속 임대하여 오다가, 아래 표와 같이 그 중 16개 호실(이하, 이 사건 양도주택'이라 한다)를 양도한 후, 피고에게'조세특례제한법' 제97조 '장기임대주택에 대한 양도소득세 감면' 및 동법 제97조의2'신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례'를 적용하여 2015년분 및 2016년분 각 양도소득세에 대하여 감면신청을 하였다.

나. 피고는 2016. 11. 2. 원고에게 "이 사건 양도주택은 위 양도소득세 감면특례 대상에 해당하지 않는다."는 이유로, 각 양도소득세(가산세 포함) 2015년분 261,396,720원 및 2016년분 156,135,570원을 경정ㆍ고지하였다(이하 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 2017. 2. 6. 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 8.

27. 원고의 청구를 기각하는 재결이 내려졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 비록 이 사건 임대주택을 2001. 3. 28. 취득하여 임대를 개시하기는 하였으나, 1996. 6. 15. 위 aa기업의 부도로 불가피하게 매각될 수밖에 없는 상황에서 원고가 임대주택법 시행령(2003. 6. 27. 대통령령 제17737호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항에 따라 위 dd건설로부터 임대사업자로서의 모든 지위를 승계 받아 이 사건 임대주택을 취득하였는바, 원고는 전사업자로부터 그 임대기간도 승계하였다고 보아야한다. 그렇다면 aa기업이 신축하여 임대를 개시한 1996. 6. 15.을 원고의 임대개시일로 보아야 하고, 그 결과 임대의무기간이 경과한 경우에 해당하므로, 이 사건 양도주택의 양도는 조세특례제한법 제97조 '장기임대주택에 대한 양도소득세 감면' 대상이라고 보아야 한다.

(2) 이 사건 양도주택은 1999. 8. 20. 현재 입주된 사실이 없는 매입임대주택 중 1999. 8. 20. 이후 취득 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 미입주 신축주택)을 5년 이상 임대한 후 양도한 경우에 해당하는바, 이 사건 양도주택의 양도는 조세특례제한 법 제97조의2 '신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례' 대상이라고 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

(가) 조세특례제한법 제97조 제1항은 대통령령으로 정하는 거주자가 1986. 1. 1. 부터 2000. 12. 31.까지의 기간 중 신축된 주택을 2000. 12. 31. 이전에 임대 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택, 즉 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하되, 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 동 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항은 위 규정에서 말하는'대통령령으로 정하는 거주자'란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다고 규정하고 있다. 또 위 법 제97조 제4항 및 동 시행령 제97조 제5항은 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 하고, 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하는 경우에는 피상속인의 임대기간을 합산하도록 규정하고 있다.

그런데 위 규정 시행 이전의 동 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제97조 제5항은 주택임대기간에 관하여, 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 정하면서, 합병법인의 경우에는 피합병법인의 주택임대기간을, 상속인은 피상속인의 주택임대기간을, 자산유동화전문회사는 자산보유자의 주택임대기간을 각 합산하도록 규정하고 있었으나, 위와 같이 상속인의 경우만을 남겨두고 이후 삭제되었다.

(나) 원고가 전사업자의 임대기간 내지 임대개시일을 승계하였는지 여부에 관하여 보건대, 다음과 같은 사정들, 즉 ① 규정의 부존재: 법률문언에 따르면, '거주자가 2000. 12. 31. 이전에 임대 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우'라고 규정하고 있을 뿐인바, 문언상 2000. 12. 31. 이전에 임대 개시자와 양도자는 동일인인 것처럼 규정하고 있는 점(비과세ㆍ감면 규정의 해석은 엄격하게 해석되어야 한다), 동 시행령에서 당연히 승계가 인정될 것으로 보이는'포괄승계'인 상속의 경우는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산하도록 규정하면서 임대주택의 양도 등'특정승계'의 경우에는 주택임대기간의 합산에 대하여 아무런 규정을 두지 않았던 점, 이와 같이 상속의 경우에 별도의 합산규정을 둔 반면, 주택임대기간의 기산일을 '주택의 임대를 최초로 개시한 날'로 규정하지 않고 (주어 없이) '주택의 임대를 개시한 날로 할 것'이라고만 규정한 것은 승계인의 임대시점 평가에 있어 각 임대인별로 개시일이 특정되고, 전사업자가'최초로 임대를 개시한 날'로 소급하지 않는 것으로 이해되는 점, 전사업자의 임대시점으로 마땅히 소급한다면, 상속의 경우 합산규정이 불필요하였을 것으로 보이는 점, ② 입법연혁: 앞서 본 바에 의하면, 과거에는 합병법인과 자산유동화의 경우에 임대기간을 합산하였는데, 이러한 유형의 승계의 경우마저도 법령에서 특별히 규정한 경우에만 합산이 인정된다는 취지로 규정하였고, 그마저도 삭제되어 이러한 승계의 경우에도 합산이 불가능하게 규정하였던바, 이보다 빈번하게 일어나고,'전자와 후자 사이에 동일성이 인정되지 않는' 임대부동산의 매매와 같은 특정승계의 경우에는 규정 자체를 마련하지 않은 취지는 반대해석상 임대주택 양도의 경우에는 합산하지 않는다는 의미로 봄이 입법연혁에 부합하는 점, ③ 양도차익 계산: 양도소득세는 양도인과 목적물마다 양도시의 양도가액에서 취득시 취득가액을 공제하여 양도차익을 산정하는 방법으로 종결되는 행위별 과세구조를 취하는데, 원고의 주장에 따르면, 취득행위의 시점과는 무관하게 감면수혜자의 지위는 동일성이 인정되지 않는 자의 과거시점으로 소급하여 인정하는 것이 되는바, 과세방식상 이례적인 점, 이러한 이례적 사정에 비추어 보면, 조세법상 혜택은 지위승계를 인정하는 임대사업법을 참조할 것이 아니라 조세법상 별도 규정이 필요하다고 보이는 점, ④ 감면제도의 취지: 양도소득을 면제하는 것은 부동산경기 침체기 내지 서민층 주거 안정을 위해 임대사업자에 대하여 한시적으로 적용하기 위한 것이었기 때문에, 당초 조세혜택은 특정시기에 최초 실제로 임대사업을 개시한 행위자를 염두에 두고 법령에 규정한 것으로 보이고, 이후 승계자는 국가의 정책적 의도를 실행에 옮긴 자에 해당하지 않고 부동산경기 침체기를 지난 이후에 자산증식을 위해 양수한 자에 불과한바, 입법의도와 부합하지 않는 점, ⑤ 후속 임대사업자의 지위: 임대주택법에서 양수인이 임대사업자의 지위를 승계하도록 규정한 것은 임차인들의 주거안정을 위해서 임대보증금 반환, 임대의무기간 등의 의무를 준수하도록 규정한 것일 뿐, 임대주택법이 임대사업자에게 조세법적인 지위도 승계하도록 예정하여 규정했다고 볼 수 없는 점, 조세채권ㆍ채무는 법률에 특별한 규정이 없는 한 본래 양도되지 않은 권리의무관계라는 측면에 비추어 보면, 조세상 혜택도 마찬가지로 봄이 타당한바, 전자의 조세혜택을 승계하도록 함에 있어서는 규정 또는 형평 등에 있어서 상당한 근거가 있어야 할 것인데, 이에 대한 자료가 없는 점 등을 종합하면, 조세특례제한법 제97조 제1항에서 규정한 임대사업자의 임대기간은 당해 임대사업자가 임대한 기간만을 말할 뿐 그 전사업자의 임대기간을 합산하거나 임대개시시점으로 소급하여 인정할 수는 없다고 봄이 타당하다.

[한편 피고는 조세특례제한법 제97조에서 조세특례의 수혜자는 거주자 개인으로 특정하고 있고 내국법인을 규정하고 있지 않으므로, 법인인 전사업자의 지위를 이어받은 원고는 이에 해당사항이 없다고 주장한다. 살피건대, 구 조세감면규제법 제67조 제1항은 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례제한법이 제정되면서 조세특례제한법제97조 제1항으로 조문이 이동되었다가, 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되면서 대상자가 '대통령령이 정하는 내국인'에서 '대통령령이 정하는 거주자'로 개정되었는데, 1998. 12. 28. 제정된 조세특례제한법 부칙 제14조 제3항은 구 조세감면규제법 중 개정법률 시행당시 종전의 제67조의 규정에 의하여 임대주택의 임대를 개시한 경우에는 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있는바, (만일 앞서 본 바와는 다르게 원고가 전사업자의 지위를 승계할 수 있다고 볼 경우라면) 전사업자들이 설령 법인이라고 하더라도 종전 규정에 따라 양도소득세 감면대상이 된다고 보아야 하고, 그 지위를 승계받은 원고도 마찬가지로 양도소득세 감면대상이라고 보아야 한다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다]

(다) 따라서 이 사건 양도주택의 양도가 '장기임대주택에 대한 양도소득세 감면'대상에 해당된다고 볼 수 없다.

(2) 두 번째 주장에 관한 판단

(가) 조세특례제한법 제97조의2 제1항 제1호 나목은 1999. 8. 19. 이전에 신축된 공동주택으로서 1999. 8. 20. 현재 입주된 사실이 없는 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 이 사건 양도주택이 1999. 8. 20. 현재 미입주 주택에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 양도주택의 임차인은 기업이고, 실제 입주자는 그 기업의 직원이었던바, 입주의 개념을 임차인이 아닌 그 소속 직원을 기준으로 함은 부적절하다고 사료되는 점, ② 원고는 일부 호실에 주민등록이 되어 있지 않다는 이유로 미입주 상태였다고 주장하나, 임차인은 소속 직원의 거주 목적으로 이 사건 양도주택을 임차하였을 것인바, 영리를 추구하는 기업이 직원을 입주시키지 아니한 채 공실로 방치하였을 것으로 보이지 않는 점, 또 직원들은 주민등록된 거주지를 별도로 두고 근무일에만 기업이 제공한 사택에서 기거하는 경우가 많은바, 주민등록이 되어 있지 않다는 사정만으로 입주가 되지 않았다고 보기 어려운 점, ③ 비과세ㆍ감면요건에 해당하는지 여부에 관한 입증책임은 납세자인 원고에게 있는데, 앞서 본 사정에 비추어 보면, 주민등록이 되어 있지 않았다는 사정만으로 임대 당시 입주되지 않았다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 양도주택은 미입주 주택에 해당한다고 볼 수 없다.

(다) 따라서 이 사건 양도주택의 양도가 '미입주 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면 특례' 대상에 해당된다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.