청구법인은 1999.10.7 일본국 소재 OO상사(주)[OOOO상사 이하 “청구외법인”이라 한다]로부터 청구외 OO렌탈(주)[이하 “OO렌탈(주)”라 한다]주식 156,000주를 780,000,000원(액면가 5,000원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)에 취득하여 1999.12.1 OO렌탈(주)를 1 : 0.01의 비율로 흡수합병한 후 자기주식 780주, 7,800,000원(액면가 10,000원)을 합병대가로 취득하였으며, 1999.12.27 자기주식 780주를 특수관계법인인 청구외 OO파이넨스(주)[이하 "OO파이넨스(주)"라 한다]에 액면가액인 7,800,000원에 양도하고, 그 취득가액과 양도가액과의 차액 772,200,000원을 1999사업연도에 자기주식처분손실로 계상하였다.

처분청에서는 청구법인이 1999사업연도에 772,000,000원의 자기주식처분손실을 계상한데 대하여 특수관계가 없는 청구외법인으로부터 쟁점주식을 고가로 매입하였다고 보아 법인세법시행령 제35조 제2호의 규정에 의하여 쟁점주식의 매입가액 780,000,000원에서 양도가액 7,800,000원의 130%에 상당하는 10,140,000원(정상가액)을 차감한 769,860,000원을 비지정기부금으로 손금불산입하여 2001.8.10 청구법인에게 1999사업연도 법인세 289,506,810원을 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.11.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 주주(지분율 80%)로 있는 OO렌탈(주)가 1997.3.18 유상증자를 할 계획이었으나, 청구법인이 자금부족으로 유상증자에 참여할 수 없는 상황에서 1997.2.26 OO렌탈(주)와 주주인 청구법인, 청구외 김OO, 청구외 김OO은 청구외법인과 합작투자계약을 체결하였고, 합작투자계약시 청구외법인의 권리로서「OO렌탈(주)가 3년간 연속적으로 순손실을 초래한 때」, 「임의의 특정시점에 OO렌탈(주)의 부채가 자산을 초과할 때」등의 사유가 발생할 경우 청구외법인은 보유중인 쟁점주식을 액면가액이나 장부가액 중 높은 가액으로 청구법인에게 팔 권리를 가지는 조건을 부여하였다.

OO렌탈(주)가 1997.3.18 유상증자(10억원)를 실시함에 있어서 청구법인이 받아야 할 쟁점주식을 청구외법인이 받았으나, 1999.6.30 현재 OO렌탈(주)의 부채가 자산을 초과하게 되어 청구외법인은 위 합작투자계약서상의 조건을 근거로 청구법인에게 쟁점주식을 매수할 것을 요구하였고, 청구법인은 부득이 이를 매수하게 되었다.

청구외법인은 외자도입법의 규정에 따라 장기신용은행장에게 합법적인 외국인 투자신고를 이행하고 1997.3.10 수리를 득하여 OO렌탈(주)의 유상증자에 참여하였으나, 청구법인이 합작투자계약서상의 조건을 이행하지 아니한다면, 외국인투자촉진법을 위반하게 되고 아울러 국제거래의 신뢰를 상실하게 되는 결과를 초래하게 될 것이다.

처분청에서는 법인세법시행령 제35조 제2호의 규정에 의한 비지정기부금 계산시 청구법인이 OO렌탈(주)를 흡수합병하면서 합병대가로 교부받은 청구법인의 자기주식을 OO파이넨스(주)에 양도한 가액 7,800,000원을 시가로 보았으나, OO렌탈(주) 주식의 고가매입 여부를 판단하면서 OO건설(주) 주식의 양도가액을 시가로 보는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 1999.10.7 청구외법인으로부터 쟁점주식을 취득한 후 1999.12.1 OO렌탈(주)를 흡수합병하면서 합병대가로 교부받은 자기주식 780주를 1999.12.27 OO파이넨스(주)에 액면가액인 7,800,000원에 양도하였는 바, 법인세법 제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제1항의 규정에 의하여 청구법인이 OO파이넨스(주)에 양도한 가액 7,800,000원을 쟁점주식의 시가로 본 것은 정당하다.

청구외법인이 OO렌탈(주)의 주식을 취득한 후의 OO렌탈(주)의 주주 구성을 보면, 청구법인 41%, 청구외법인 39%, 청구외 김OO 10%, 청구외 김OO 10%로 되어 있으며, 합작투자계약서에도 OO그룹 회장인 김OO이 최종동의자로 되어 있고, 위 주주 김OO은 청구외 김OO의 동생이며, 청구외 김OO은 청구외 김OO의 아들인 바, OO렌탈(주)의 손실은 주주가 공동으로 부담하는 것이 정당한데도 청구외법인의 투자손실 전부를 청구법인이 전부 부담하는 것은 법인세법시행령 제35조 제2호의 규정에 의한 “정당한 사유”에 해당하지 아니하므로 쟁점주식의 취득가액과 정상가액과의 차액을 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

특수관계가 없는 청구외법인으로부터 쟁점주식을 고가에 취득하였다고 보아 취득가액과 정상가액과의 차액을 비지정기부금으로 손금불산입한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

이 건 법인세 과세요건 성립일 현재 시행된 법령은 다음과 같다.

법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육 종교·자선·학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 지정기부금 이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 손금산입한도액 이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.(1998.12.28개정)

1.～2. (생 략)

같은 법 시행령 제35조【기부금의 범위】법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.(1998.12.31개정)

1. (생 략)

2. 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다.(1998.12.31개정)

같은 법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.(1998.12.28개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다.(1998.12.28개정)

같은 법 시행령 제87조 제87조【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자 라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)를 말한다.(1998.12.31개정)

1. (생 략)

2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 (1998. 12. 31 개정)

같은 법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.(1998.12.31개정)

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.(1998.12.31개정)

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.(1998.12.31개정)

2. 상속세 및 증여세법 제38조· 동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액(1998.12.31개정)

상속세및증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

같은 법 시행령 제54조【비상장주식의 평가】

① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조에서 비상장주식 이라 한다)은 제2항의 경우를 제외하고는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 의한다.(1998.12.31개정)

1주당 가액 = [당해법인의 순자산가액/발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)+1주당 최근 3년간 순손익액의 가중평균액/금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율)(이하 “순손익 ÷ 2 가치”라 한다)]

다. 사실관계 및 판단

첫째, 법인세법 제24조 제1항에는 「지정기부금의 손금산입한도액을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다」고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제35조 제2호에는 「법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액」을 비지정기부금으로 규정하면서 「정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다」고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제52조 제1항에는 「납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.」고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에는 「제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제87조 제1항 제2호 에는 「주주 등(소액주주를 제외한다)과 그 친족」을 특수관계자의 범위에 포함하는 것으로 규정하고 있다.

둘째, 청구외법인이 OO렌탈(주)의 유상증자에 참여하게된 경위를 보면, 청구법인이 주주로 있는 OO렌탈(주)가 1997.3.18 유상증자(10억원)를 실시함에 있어 청구외법인은 청구법인을 대신하여 유상증자에 참여하면서 1997.2.26 OO렌탈(주)의 주주인 청구법인 및 김OO, 김OO과 합작투자계약서를 작성하였으며, 합작투자계약서 제7조 7.1에 「다음 사항의 발생시 "OO"(청구외법인)는 액면가와 장부가액 중 높은 가격으로 OOO OOOOO[1997.9.9 OO건설(주)로 법인명 변경]에 보유중인 보통주나 우선주의 전부(일부는 안됨)를 팔 권리를 가진다.」고 규정하면서 다음 사항은 「(a) "OO“[OO렌탈(주)]이 3년간 연속적으로 순손실을 초래할 때; (b) 임의의 특정시점에서 “OO”의 부채가 자산을 초과할 때; (c) 김OO이 사망(법인격 소멸) 등 기타 사유로 인해 OO그룹이나 “OO”에 대한 통제력을 상실했다고 "OO"가 합리적으로 판단할 때;」등 청구외법인은 3개 사항의 합작투자계약조건으로 청구법인이 받아야 할 신주 160,000주 중 156,000주(액면가액 780,000,000원)에 대하여 유상증자에 참여하였다.

셋째, 이후 1999.6.30 현재 OO렌탈(주)의 총부채가 37,793,997,000원으로써 총자산 36,915,976,023원을 초과하게 되어 위 합작투자계약서 제7조 7.1 (b)의 합작투자계약조건에 따라 청구법인은 청구외법인이 취득한 쟁점주식을 액면가액인 780,000,000원에 취득하였고, 청구법인은 1999.12.1을 합병기일로 하여 OO렌탈(주)를 1 : 0.005비율로 합병(액면가액을 5,000원에서 10,000원으로 병합하여 실질적으로는 1 : 0.01 비율로 합병)함으로써 쟁점주식에 대한 합병대가로 자기주식 780주(액면가액 7,800,000원)를 교부받았으며, 1999.12.27 자기주식 780주를 청구법인과 특수관계있는 OO파이넨스(주)[1998.12.31 현재 OO파이넨스(주)가 청구법인 주식 13.64% 보유]에 액면가액인 7,800,000원에 양도하고 쟁점주식의 취득가액 780,000,000원과 양도가액 7,800,000원과의 차액 772,200,000원을 1999사업연도에 자기주식처분손실로 계상한 것으로 나타나고 있다.

넷째, 이에 대하여 처분청에서는 청구법인이 특수관계가 없는 청구외법인으로부터 쟁점주식을 고가로 매입하였다고 보아 법인세법시행령 제35조 제2호의 규정에 의하여 쟁점주식의 매입가액 780,000,000원에서 양도가액 7,800,000원의 130%에 상당하는 10,140,000원(정상가액)을 차감한 769,860,000원을 비지정기부금으로 손금불산입하여 청구법인에게 이 건 법인세를 결정고지 한 것으로 확인되고 있다.

다섯째, 청구법인은 청구외법인이 외자도입법의 규정에 따라 합법적으로 쟁점주식을 취득하였고, 청구외법인은 "OO렌탈(주)의 1999.6.30 현재의 부채가 자산을 초과"하게 되어 위 합작투자계약서상의 조건을 근거로 청구법인에게 쟁점주식을 매수할 것을 요구하였고, 청구법인은 부득이 하게 쟁점주식을 매수하였는데도 이를 고가매입으로 보아 비지정기부금으로 손금불산입한 처분은 부당하고, OO렌탈(주) 주식의 고가매입 여부를 판단하면서, OO건설(주) 주식의 양도가액을 시가로 보는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

여섯째, 전시한 법인세법 제52조에는 「건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격」을 시가의 기준으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제1항에는「당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격」을 시가의 범위에 포함하고 있는 바, 이 건 쟁점주식의 취득가액은 청구법인이 청구외법인으로부터 합작투자계약서상의 조건에 근거하여 쟁점주식의 액면가액으로 취득한 것으로서 정상적이고 일반적으로 거래된 가액이라 할 수 없다 할 것이고, 청구법인이 OO파이넨스(주)에 액면가액으로 양도한 주식의 가액 또한 특수관계자간의 거래로서 시가로 보기 어렵다 할 것이다.

이와 같이 쟁점주식의 취득가액과 양도가액 모두를 시가로 보기 어려운 경우에는 법인세법시행령 제89조 제2항 제2호에서 규정한 바와 같이 “ 상속세및증여세법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조의 규정에 의한 비상장주식 평가액”을 시가(이하 ”시가“라 한다)로 보는 것이 타당하다고 할 것인 바, 쟁점주식의 시가는 처분청에서 청구법인이 신고한 재무제표 등을 근거로 상속세및증여세법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조의 규정에 의하여 적정하게 평가한 가액을 시가로 보아야 할 것이다.

따라서, 전시 법인세법시행령 제35조 제2호에서 보는 바와 같이「법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액」을 비지정기부금으로 보도록 규정하고 있으므로 쟁점주식의 취득가액인 780,000,000원과 위 시가에 100분의 30을 가산한 정상가액과의 차액을 비지정기부금으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

한편, 전시 법인세법 제52조 제1항에는「특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.」고 규정하고 있으므로 청구법인이 특수관계에 있는 법인인 OO파이넨스(주)에 양도한 쟁점주식에 대하여는 위 시가와 양도가액인 7,800,000원과의 차액을 법인세법 제52조의 규정에 의한 부당행위계산부인액으로 하여 손금불산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.