가.청구법인은 2010.12.30.OOO를 신축한 후, 2011.1.17. 그 취득가액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 및제273조 제5항의 규정에 따라 회원용 공동주택 비율 12.27%에 대하여는 취득세 및 등록세를50% 감면을 적용하여 산출한 취득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 처분청은2015.3.23.～2015.3.26. 실시한 세무조사결과, ① 쟁점아파트 중 「지방세법」제273조 제5항에 따른취득세 및 등록세 감면 대상인 회원용 공동주택의 비율은 11.62%이고, 청구법인이 당초 취득세 등 신고 시 회원용 공동주택의 감면세액을 착오 계산하여 지방교육세를 과다 감면받았으며, 쟁점아파트의 취득과 관련된 비용인 시행대행수수료OOO을 취득세 과세표준에서 누락한 사실을 확인하였다.

다. 이러한 세무조사 결과에 따라처분청은 ① 쟁점아파트와 관련하여 누락된 취득비용OOO을2015.5.21. 청구법인에게 각각부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 체결한 ‘사업추진약정서’에 따르면, 청구법인과 OOO은사업 종료 후(입주완료예정일 이후 60일 이내) 사업의 수익금을 최종 정산하기로하였으며, 정산 후 총 수익금에서 청구법인은 투자금액의 연 8.5%에 해당하는 수익을가지고 이를 초과하는 금액을 OOO이 미달하는 수익을 보장하기로 약정하였는바, 즉 정산 후 총수익금이 청구법인의 수익금(8.5%)에 미치지 못하거나 손실이 발생한 경우 청구법인의 시행대행수수료 지급 의무는 없는 것으로서,

청구법인이 쟁점아파트를 취득한 이후, 부동산 시장 침체로 대규모 미입주 및분양계약 해제 세대(132세대)가 발생함에 따라 결과적으로 청구법인은 사업 손실을입었고, OOO에게 향후 분양수익이 발생할지라도 시행대행수수료를 수령하지 않겠다고 회신하는 등 사실상 청구법인이 시행대행수수료를 지급하지 아니한 사실이 법인장부 등에서 확인됨에도 불구하고, 처분청이 시행대행수수료인 쟁점수수료를 취득비용에서 누락한 것으로 보아 이를 쟁점아파트의 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 회원주택사업 시행으로 쟁점아파트를 취득하면서 시행대행수수료와 관련하여 취득일 당시에는 지급하여야 할 비용의 정확한 금액을 알 수 없어 총사업비의 8.5%로 계산한 추정액 OOO을 취득가액에 포함하여 신고하였으나, 부동산 경기 침체 등으로 미입주 및 분양계약 해제 세대가 발생함에 따라 청구법인은 결과적으로 사업 손실을 입었고, 이로 인하여 당초 체결한 ‘사업추진약정’에 따라 분양손익에 따라 지급 여부가 결정되는 시행대행수수료는 지급한 사실이 없으므로 처분청이 쟁점수수료를 취득세 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,

「지방세법」제111조 제5항 및 같은 법 시행령 제82조의2, 제82조의3에 따르면, 취득가격의 범위는 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로서 그 가액이 법인장부(법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서)로 입증이 되는 경우 사실상의 취득가격으로 인정된다 할 것인바,

청구법인이 쟁점아파트를 취득할 당시 회원주택사업이 종료되지 않아 미확정된 수익금 정산과 관련하여 사업추진약정서 제6조 제4호의 내용에 따라 청구법인과 계약이 완료된 회원주택분양물건 중 최종 정산일까지 입금되지 아니한 분양대금 잔여금액이 있는 경우 이는 입금된 것으로 간주하여 상호 정산하기로 되어 있으므로, 청구법인이 시행대행수수료를 계산함에 있어 그 기준이 되는 수익정산기준금액은 취득의 시기를 기준으로 지급하였거나 지급하여야 할 비용으로 쟁점아파트의 취득가액으로 신고한 것은 정당하며, 청구법인이 제출한 계정별 원장(투자부동산의 건설-수수료-기타 계정)에서도 2010.12.31. 10년-OOO시행대행수수료 추산액 및 추산액 제거의 내용으로 최종금액OOO이 계상된 것을 확인할 수 있고,

청구법인의 주장대로 ‘사업추진약정서’를 근거로 지급한 시행대행수수료가 없다는 것을 인정하려 해도, 그 지급하지 않은 비용에 대하여는 「지방세법」제71조 및 같은 법 시행령 제53조에 따라 청구법인은 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날부터 60일 이내에 수정신고를 하였어야 할 뿐 아니라, 2010.12.31. 계상된OOO이 어떤 비용인지 그 내역을 명확하게 소명하지 못하는 점,

2012년 11월 개최한 미입주 아파트 정산 및 분양활성화 방안(안)을 보면 회원주택사업 최종 정산기준일이 당초 약정서 상 사업 입주완료예정일 이후 60일 이내에서 그 기간을 연장하여 2012.11.30.임을 알 수 있는데, 이는 청구법인이 쟁점부동산을 취득하는 시기에는 시행대행수수료가 지급하여야 할 비용으로서 법인의 계정별 원장에도 확인이 되는 금액으로 과세표준에서 제외할 이유가 없다고 판단되는 점 등을 종합하여 볼 때, 법인의 장부가액이 특별히 조작되었다거나 사실상 취득가격에 부합하지 아니하는 것으로 보이지 아니하므로 처분청이 쟁점수수료를 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 주택시행사업을 대행하게 하고 법인장부에 계상한 시행대행수수료가 실제로는 지급 사유가 추후에 소멸하였으므로 이를 취득세 과세표준에 포함한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제71조(수정신고)① 이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각 호의 1에해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다.

1. 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등 공사비의정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우

2. 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우

② 제1항의 규정에 의한 수정신고로 인하여 추가납부세액이 발생한 경우에는 그 수정신고를 한 자는 수정신고와 동시에 이를 납부하여야 하며, 초과납부세액이 발생한 경우에는 당해 지방자치단체의 장은 이를 즉시 환부하여야 한다. 이 경우과소신고납부로 인한 가산세와 제46조의 규정에 의한 환부이자를 적용하지 아니한다.

③ 수정신고납부절차 등 필요한 사항은 행정안전부령으로 정한다.

제111조(과세표준) ⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」제101조제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

1. 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제27조의 규정에 의한신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 이루어진 취득

제273조(연금 및 건강보험 등 지원을 위한 감면) ⑤「군인공제회법」에 의하여 설립된 군인공제회, 「경찰공제회법」에 의하여설립된 경찰공제회, 「대한지방행정공제회법」에 의하여 설립된 대한지방행정공제회및 「한국교직원공제회법」에 의하여 설립된 한국교직원공제회가 대통령령이 정하는회원용 공동주택을 건설하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 용도에직접사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제53조(수정신고)법 제71조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 날”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 날을 말한다.

1. 공사비의 정산 및 건설자금의 이자계산으로 인한 경우에는 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날

2. 소송으로 인한 경우에는 법원의 확정판결이 있는 날

3. 증빙서류의 압수 등으로 인한 경우에는 압수 또는 영치되었던 증빙서류를 되돌려 받는 날

4. 법인의 청산 등 기타 사유로 인한 경우에는 법인의 청산절차 등이 진행되어 세액의 계산이 가능하게 된 날

제82조의2(취득가격의 범위) ① 법 제111조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격은 취득의시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지불하여 일정액을 할인받은 때에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연불조건부 계약에 따른 이자상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자 약정에 의한 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 제1호부터 제5호까지의 비용에 준하는 비용

제82조의3(취득가격의 입증등) ① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.

1. 판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는의제자백에 의한 것은 제외한다.)

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 군인 및 군무원(이하 “회원”)의 생활안정 및 복지를 위하여 금융, 건설사업 등 각종 수익사업을 영위하는 비영리법인으로 OOO에게 회원주택사업과 관련하여 쟁점아파트의 제반 시행업무를 위탁하여 다음과 같이 회원주택사업을 진행하였다.

(나) OOO을 취득가액으로하여 취득세 등을신고·납부하였다.

(다) 청구법인이 2007.7.26. OOO 중 관련 내용은 다음과 같다.

(라) 청구법인은 쟁점아파트의 시행대행과 관련하여 지급할 시행대행수수료가 없다는 증빙으로 청구법인이 2012.11.1. 개최한 이사회 상정안건 내부문서를 제시하고 있으며, 당해 문건에서 “미입주아파트 정산 및 분양활성화방안”과 관련하여 쟁점아파트 345세대 중 132세대의 미입주 및 분양계약 해제 세대가 발생되었다는 내용이 기재되어 있다.

(마) OOO은 2012.10.18. 청구법인에게OOO 재분양 및 미상환금액 상환방안 요청관련 회신”을 하면서 미입주세대를 청구법인이 계약 해지후 재분양하는 것에 동의하며, 만약 재분양으로 중도금대출원리금 상환 및 청구법인의 사업비를 포함한 미상환 원리금 일체를 정산한 후 수익이 발생하더라도 수익에 대해 어떠한 권리도 주장하지 않겠다는 내용을 회신한 것으로 나타난다.

(바) 처분청은 청구법인에 대하여 2015.3.23.부터 2015.3.26.까지OOO을 차감하여 누락한 취득비용을 산정한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세법」제111조 제5항 본문 및 제2호, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항 제2호의 규정을 종합하면, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 의하여 사실상의 취득가격이 입증되는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」제101조제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에대하여는 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있고,

법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것인바,

청구법인은 2007.7.26.OOO을 미지급금과 상계함으로써 시행대행수수료가 매출원가에 계상되지 아니하였다고 주장하나, 당해 선급금과 미지급금으로 서로 상계한 금액에 기 계상한 시행대행수수료가 포함되어 상계되었는지 여부가 구체적으로 확인되지 아니하는 점에서 당초 청구법인이 장부상 계상한 시행대행수수료가 법인장부 수정을 통하여 소멸되었으므로 취득세 과세표준에서 제외되어야 하는 비용에 해당된다는 청구주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청이 당초 계상하였던 시행대행수수료를 쟁점아파트의 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.