(1) OO법인은 1993.2 충청북도 음성군 삼성면 OO리 O OOOO로 본점 및 제조장을 이전한 법인으로써 대구광역시 북구 OO동 OOOOO에 본점과 대구광역시 북구 OO동 OOOOO외 35필지에 공장(공장용지 16,815㎡ 및 공장건물 6,642.25㎡ : “구공장”이라 한다)을 두고 기계자수직물 제조업을 영위하던 중, 구공장의 공장용지 5,085㎡ 공장건물 6,642.25㎡를 1993.5.12 같은시 서구 OO동 OOOOOO 소재 (주)OO에 5,760,000,000원에 1차로 양도하고 1993사업연도(93.1.1～1993.12.31)분 법인세 신고시 대도시안의 공장지방이전에 따른 법인세 등 1,893,993,886원을 감면신청한 바 있으며, 처분청은 OO법인이 양도한 구공장 전체건물 면적중 제조업에 직접 사용된 공장건물은 3,465.45㎡뿐이고 나머지 건물 3,176.8㎡ (이하 “임대부동산”이라 한다)는 1988.6부터 구공장 양도일까지 임대한 건물이라는 이유로 이를 공장건축물 연면적에서 제외하고 법인세와 특별부가세의 산출세액에 적용한 1,519,605,824원을 감면세액으로 하여 1993사업연도분 법인세 182,259,980원 및 특별부가세 276,440,260원 합계 458,700,240원을 1995.10.16 OO법인에게 결정고지하였으며, OO법인은 이에 불복하여 1995.12.13 심사OO를 거쳐 1996.4.2 심판OO를 제기하였으나 기각된 바 있다.(국심 제96전1102호, 1997.1.17)

(2) OO법인은 1994.4.19 나머지 공장용지 11,730㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1차 양도분 매수자인 (주)OO에 12,697,000,000원에 양도한 후 1994사업연도(1994.1.1～1994.12.31)분 법인세 과세표준 및 세액신고시 대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세 등 4,317,191,841원을 감면신청하였으나, 처분청은 임대부동산의 면적을 공장건축물 연면적에서 제외하여 제조공장건물면적만을 기준으로 공장입지기준면적을 7,623.99㎡로 계산하고 세액을 산정하여 1994사업연도분 법인세 732,177,660원 및 특별부가세 902,353,410원 합계 1,634,531,070원을 1996.9.16 OO법인에게 결정고지하였다.

OO법인은 이에 불복하여 1996.11.18 심사OO를 거쳐 1997.3.12 이 건 심판OO를 하였다.

2. OO인 주장 및 국세청장 의견

가. OO인 주장

(1) 구공장을 취득하여 14년동안 제조업에 직접 사용하다가 경기침체로 인한 경영개선책의 일환으로 88.6～92.6까지 영세제조업을 영위하는 OO외 21인에게 임대하다가 임대기간이 만료되어 회사의 창고 등으로 사용하다가 이를 (주)OO에 94.4.19 양도하였는 바, 중소제조업체의 제조공장으로 임대하였다 하여 공장의 형태가 바뀐 것이 아니며 감면대상자인 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 자기 계산하에 직접 영위한 사업자의 지위가 바뀐 것도 아니므로 제조공장으로 임대한 건축물의 면적도 공장입지 기준면적계산시의 공장건축물 연면적에 포함하여야 한다.

(2) 조세감면규제법(93.12.31 개정전의 것) 제66조 및 동법 시행령 제54조 및 동법 시행규칙 제20조의 2의 규정에서, 1981.1.1 이후 취득한 부동산으로 비업무용에 해당하는 부동산에 대하여 조세감면규제법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 적용하지 아니하도록 규정하고 있는 바, 쟁점부동산은 1975.4.15 취득한 것으로 1981.1.1 이전에 취득한 것이므로 지방세법 시행령 제84조의 4 제3항 제6호의 공장입지기준면적을 초과하는 면적에 대하여도 특별부가세를 감면하여야 한다.

나. 국세청장 의견

타인에게 임대하던 공장을 지방으로 이전하는 경우는 대도시안의 공장을 지방으로 이전하더라도 공장 양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세의 감면을 배제하는 것이며(구조세감면규제법기본통칙 2-12-10…42 등),

OO법인은 공장의 일부 임대부분을 1992.6 임대기간만료후 양도당시까지 공장의 창고 등으로 사용하였다고 주장하고 있으나, 구공장을 이전(93.2 이전)하기 위한 계획단계라고 여겨지는 시점에서 새로운 임대차계약을 맺거나 추가로 임대부분을 창고로 사용하였다고 보기 어려우며, OO법인이 창고 등으로 사용한 사실을 구체적으로 입증하는 아무런 거증자료를 제시하지 않고 있으므로 OO법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점 ①

대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세 등을 감면함에 있어서 공장용지와 공장건축물중 일부를 임대하다가 양도한 경우, 임대공장건물부분에 상당한 공장입지기준면적에 대하여 감면을 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

(2) 쟁점 ②

1981.1.1 전에 취득하였다는 이유로 지방세법 시행령 제84조의 4 제3항 제6호의 공장기준면적을 초과하는 면적에 대하여도 특별부가세를 감면하여야 하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) “쟁점 ①”에 대하여

(가) 관련법령

1) 조세감면규제법(1993.12.31 개정되기 전의 것) 제42조 [공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제] ① 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로서 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다.

② 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

2) 조세감면규제법 시행령(1993.12.31 개정되기 전의 것) 제36조[공장양도차익에 대한 법인세등의 면제] ① 법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액에 이전후의 공장(이하 “신공장”이라 한다)의 가액이 이전전의 공장(이하 “구공장”이라 한다)의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다.(이하 생략)

⑥ 구공장 또는 신공장의 대지가 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 제1항 내지 제5항 및 법 제42조의 규정을 적용하지 아니한다.

3) 조세감면규제법 시행규칙(1994.4.13 개정되기 전의 것) 제13조의 2[공장입지기준면적] 영 제36조 제6항에서 “재무부령이 정하는 공장입지기준면적”이라 함은 다음 각호의 면적을 말한다.

1. 제조공장의 경우에는 지방세법시행령 제84조의 제4조 제3항 제6호의 공장입지기준면적

4) 조세감면규제법 부칙((1993.12.31 법률 제4666호) 제16조[양도소득세 등에 관한 경과조치] ② 이 법 시행당시 토지 등을 양도하지 아니한 것으로서, 다음 각호의 1에 해당하며 당해 각호에 규정된 토지 등을 이 법 시행후에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 당해 각호에 규정된 종전의 규정에 의한다.

1. 이 법 시행당시 종전의 제42조의 규정에 적합하게 공장을 지방으로 이전하여 사업을 개시한 자가 구공장용 토지 등을 양도하는 경우

(나) 사실관계 및 판단

1) 처분청은 임대에 사용하였던 공장건축물 3,176.8㎡를 제외하고 OO법인이 제조업에 직접 사용하였던 공장건축물 면적에 의하여 산출한 공장입지 기준면적이 OO법인의 제조업 해당 공장용지면적에서 차지하는 비율을 쟁점부동산의 제조업 공장용지에 적용하여 기준면적을 산정하고 이 기준면적이 다시 쟁점부동산의 공장용지에서 차지하는 비율로 법인세와 특별부가세의 산출세액을 안분하여 감면하였는 바, OO인은 일부 임대하였으나 원상회복하여 본래용도대로 사용중 양도하고 일부 임대공장면적을 제외한다는 규정이 없으므로 임대에 사용하였던 부분에 상당하는 입지기준면적부분에 대하여도 감면대상에 포함하여야 한다는 주장이다.

이 건 양도경위를 보면 OO법인은 1974.12.27 구공장을 취득하여 구공장 전체를 OO법인이 제조업에 직접 사용중 1988.6 부터 구공장의 건물 일부인 3,176.8㎡를 OO외 21인에게 임대하다가 1992.7 쟁점부동산을 OO외 법인에게 양도하기로 매매계약을 체결한 후 1992.12 임차인과 임대차계약을 해지하였고, 1993.2 신공장으로 이전하였으며 1993.5 구공장 일부를 1차 양도하고 1994.6 나머지 쟁점부동산을 양도하였음이 관련서류에서 확인된다.

2) 대도시안의 공장의 지방이전을 위한 구공장의 양도에 따른 조세감면은 대도시안에 있는 공장의 지방으로의 이전을 촉진하는 한편 공장시설을 이전한 이후에도 계속적인 공장운영을 지속할 수 있도록 공장시설의 이전을 지원하려는 데 그 입법취지가 있고, 조세감면에 관한규정은 조세형평의 원칙상 엄격히 해석하여야 할 것인 바, 구 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항에서 규정하는 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인”이라 함은 이전하는 당해 공장시설의 소유자로서 그 공장시설을 이용한 사업을 자기의 계산아래 직접 영위한 사업자를 말하는 것이므로 당해 공장시설의 소유자라 하더라도 그 공장시설을 이용한 사업을 자기의 계산 아래 직접 영위하지 아니한 공장시설의 임대인은 여기에 포함되지 아니한다고 할 것이다.(같은 뜻 대법 87누745, 1988.3.8)

3) 그렇다면 대도시안의 공장 지방이전에 따른 구공장건물의 일부를 임대하였을 경우 임대부분에 대하여는 법인세 등 감면이 배제되어야 할 것이므로 이 건의 경우와 같이 OO법인이 직접 제조업에 사용하지 아니하고 임대하던 부분에 대하여 법인세 등의 감면을 배제하고 OO법인이 직접 사용하던 공장건물의 입지기준면적 해당분에 대하여만 조세감면한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(국심96전1102, 1997.1.17)

(2) “쟁점 ②”에 대하여

(가) 관련법령

1) 조세감면규제법(1993.12.31 개정되기 전의 것) 제66조[특별부가세의 비과세 및 감면의 배제] 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다.

2) 조세감면규제법 시행령(1993.12.31 개정되기 전의 것) 제54조[특별부가세의 비과세 및 감면의 배제] 법 제66조에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산판정기준에 해당하는 것을 말한다.(단서 생략)

3) 조세감면규제법 시행규칙 제20조의 2[특별부가세의 비과세 및 감면의 배제] ① 영 제54조에서 “재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산판정기준에 해당하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 이 조에서 “비업무용부동산”이라 한다)을 말한다.

1. 양도일까지 1년 이상 계속하여 당해법인의 업무에 직접사용하지 아니한 것 (매매사업용부동산을 포함한다)

2. 법인세법시행규칙 제18조 제3항 각호(제1호를 제외한다)의 1에 해당하는 것

4) 법인세법 시행규칙 제18조[지급이자의 손금불산입] ③ 영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 부동산(제12조에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(단서 생략)

2. 건축물(시설물을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 직접 사용되는 부속토지로서 다음에 정하는 기준면적을 초과하는 토지

가. 공장용건축물의 부속토지

지방세법시행령 제84조의 4 제3항 제6호에 규정된 공장입지기준면적

(나) 사실관계 및 판단

1) OO법인은 1974.12.27 쟁점부동산을 취득하고 1994.6.20 (주)OO에 양도하였음이 관련자료에서 확인되며, 이에 대하여는 다툼이 없다.

2) 위 관련법령에서 본 바와 같이, 대도시 안의 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 법인세 및 특별부가세를 면제하도록 하되( 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항), 다만, 지방세법 시행령 제84조의 4 제3항 제6호의 ‘공장입지기준면적을 초과하는 부분’에 대하여는 면제조항을 적용하지 아니하게 되어 있다( 조세감면규제법 시행령 제36조 제6항, 같은법 시행규칙 제13조의 2 제1호),

(3) 한편, 1981.1.1 이후 취득한 부동산으로서 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 각호(제1호 제외)의 1에 해당하는 비업무용부동산 등에 대하여는 조세감면규제법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정의 적용을 배제하도록 규정하고 있다.( 조세감면규제법 제66조, 동법 시행령 제54조 및 시행규칙 제20조의 2 제1항 제2호, 법인세법 시행규칙 제18조 제3항)

살피건데, 조세감면규제법 제42조(공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제)에서 대도시내 공장의 지방이전을 위하여 공장을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 법인세 등을 감면토록 규정한 입법취지는 기업의 대도시내 집중현상을 완화하기 위한 정책적 목적에 있다 할 것이며, 조세감면규제법 제66조(특별부가세의 비과세 및 면제의 배제)에서 1981.1.1 이후 법인이 취득한 비업무용에 해당하는 부동산을 양도함으로 발생하는 소득에 대하여 조세감면규제법 및 다른 법률중 특별부가세 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정한 입법취지는 기업의 비업무용 부동산 취득을 억제키 위한 것으로 각각 그 정책적 목적을 달리하고 있다 하겠다.

이와 같이, 조세감면규제법 제66조(특별부가세의 비과세 및 면제의 배제)의 규정은 기업의 비업무용 부동산 취득에 대하여 한층 더 억제키 위한 규제적 조항이라 할 것인 바, 조세감면규제법 및 다른 법률에서 비과세 또는 감면대상이 되더라도 1981.1.1 이후 취득한 것으로 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 각호에 규정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산에 대하여는 비과세 및 감면을 배제토록 규정한 것이므로 조세감면규제법 및 다른 법률에서 특별부가세의 비과세 및 감면의 대상이 아닌 것은 조세감면규제법 제66조의 적용대상이 아니라 할 것이다.

따라서 쟁점부동산은 1981.1.1 이전에 취득하였다하여 공장입지기준면적을 초과하는 면적에 대하여도 특별부가세를 감면하여야 한다는 OO인 주장은 이유가 없는 것으로 판단된다.

라. 결론

이 건 심판OO는 OO주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.