2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2014. 6. 11. 원고에 대하여 한 별지 과세 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 한국철도시설공단법(이하 ‘철도시설공단법’이라 한다)에 의하여 설립된 원고는 철도시설의 건설 및 관리, 외국철도 건설과 남북 연결 철도망 및 동북아 철도망의 건설 등의 사업을 영위하고 있으며, 한국철도공사법(이하 ‘철도공사법’이라 한다)에 의하여 설립된 한국철도공사(이하 ‘철도공사’라 한다)는 철도여객사업, 화물운송사업, 철도시설의 유지·보수 등 국가·지방자치단체 또는 공공법인 등으로부터 위탁받은 사업 등을 영위하고 있다.

나. 원고는 2009년부터 2012년까지 철도공사로부터 발행받은 선로 등 유지보수비 세금계산서(이하 위 기간 동안 원고가 철도공사로부터 발급받은 유지보수비 세금계산서를 통틀어 '이 사건 세금계산서'라 한다)에 의해 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

다. 피고는 2014. 4. 30.부터 원고에 대하여 세무조사를 한 다음, 원고가 철도공사와 선로사용계약만을 체결하고 유지보수계약은 체결하지 않았음에도 철도공사로부터 발행받은 이 사건 세금계산서는 공급받는 자를 잘못 기재한 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 이유로 매입세액 공제를 부인하고 2014. 6. 11. 원고에게 별지 과세목록 기재와 같이 2009년 제1기분부터 2012년 제2기분까지의 부가가치세 합계 244,172,348,830원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2014. 6. 17. 조세심판원에 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 국세기본법 제81조 , 제65조 제2항 에 따른 결정기간인 90일이 지나도록 결정을 하지 않고 주1) 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 8, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

부가가치세법상 용역공급에 해당하는 역무 제공의 원인은 계약상 모든 원인 혹은 법률상의 모든 원인과 같이 매우 포괄적으로 규정되어 있는바, 원고가 철도공사로부터 발급받은 이 사건 세금계산서는 아래와 같은 법률상 원인 또는 명시적·묵시적 계약에 근거한 계약상 원인에 따라 실제로 유지보수 용역을 제공받고 발급받은 세금계산서이지 사실과 다른 세금계산서가 아니므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1) 법률상 원인

철도산업기본법(이하 ‘기본법’이라 한다) 제20조 는 유지보수를 포함한 철도시설의 관리업무를 원고의 업무로 규정하고 있고, 제38조 는 철도시설 유지보수 시행업무를 철도공사의 업무로 규정하고 있으며, 철도시설공단법 제8조 는 이러한 유지보수를 원고와 철도운영자(철도공사) 간의 상호 협력·협의에 따라 하도록 규정하고 있다. 철도공사의 유지보수 용역 제공은 이러한 법률상 근거에 따라 이루어진 것이므로, 철도공사와 원고 간에는 법률상 원인에 따른 공급관계가 성립한다.

2) 계약상 원인

원고와 철도공사 간의 설립 시기의 차이로 인하여 국가, 원고, 철도공사 간의 3자간 계약이 일시에 체결되지 못하였던 사정이 있으나, 국가(국토교통부)와 원고 사이의 자산관리계약 및 국가(국토교통부)와 철도공사 사이의 유지보수계약은 모두 철도공사가 원고에 대하여 유지보수 용역을 공급할 것을 그 내용으로 하고 있다. 따라서 철도공사와 원고 간에는 자산관리계약과 유지보수계약을 매개로 하여 3자간의 명시적 계약에 따른 공급관계가 성립한다. 한편, 원고는 자산관리계약에 따라 철도공사로부터 유지보수 용역을 제공받고 있다는 인식을 가지고 있었고, 철도공사 역시 동일한 인식 하에 아무런 이의 없이 계속 세금계산서를 발행하고 그에 대한 대가를 선로사용료와 상계하는 방식으로 정산하여 왔으므로, 원고와 철도공사 간에는 적어도 묵시적 계약에 따른 공급관계가 성립한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정되는 사실

1) 철도산업의 구조개혁과 원고 및 철도공사의 설립

가) 국가는 2003. 7. 29. 기본법을 제정하여 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하였다.

나) 이에 따라 원고가 2004. 1. 1. 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 철도청과 고속철도시설공단의 관련 조직을 통·폐합하여 설립되었다.

다) 또한 철도공사가 2005. 1. 1. 철도운영 관련 사업의 전문성과 효율성을 높이기 위하여 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 전환하여 정부의 전액 출자로 설립되었다.

2) 국가와 원고 및 철도공사 사이의 계약관계

가) 국가와 원고 사이의 일반철도 시설자산 관리 위탁계약

(1) 주2) 국토교통부장관 은 2004. 4.경 원고와 사이에, 관리위탁기간을 2008. 12. 31.까지로 정하여 원고에게 일반철도 자산의 관리를 위탁하는 계약(이하 ‘이 사건 자산관리계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

주3) 라목

주4) 규정

(2) 국토교통부장관은 2009. 5. 20. 원고와 사이에, 관리위탁기간을 2009. 1. 1.부터 2013. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 자산관리계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

나) 국가와 철도공사의 일반철도 시설 유지보수 위·수탁 계약

(1) 국토교통부장관은 2004. 12. 31. 철도청과 사이에, 위탁계약기간을 2005. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지로 정하여 철도청에게 일반철도시설의 유지보수 시행업무를 위탁하는 계약(이하 2013년 원고와 철도공사 사이에 유지보수계약이 체결되기 전까지의 계약을 ‘이 사건 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약은 철도공사법 부칙(2003. 12. 31.) 제6조 제2항 및 위 계약 제16조 제2항에 따라 철도공사에게 승계되었는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

(2) 국토교통부장관은 2010. 1. 25. 철도공사와 사이에, 위탁계약기간을 2010. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 유지보수계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

다) 국가, 원고와 철도공사 사이의 일반철도 선로 등 사용계약

(1) 국토교통부장관은 2004. 12. 31. 철도청과 사이에, 사용기간을 2005. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지로 정하여 철도청이 선로 등 일반철도 시설을 사용하는 계약(이하 ‘이 사건 선로사용계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약은 철도공사법 부칙(2003. 12. 31.) 제6조 제2항 및 계약 부칙 제1조에 따라 철도공사에게 승계되었는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

(2) 원고는 2005. 12. 30. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2006. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지로 정하여 새로 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

(3) 원고는 2009. 3. 31. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2009. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

(4) 원고는 2010. 5. 4. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

(5) 원고는 2011. 12. 16. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2011. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

(6) 원고는 2012. 3. 30. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2012. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.

3) 철도공사의 원고에 대한 세금계산서 발행

철도공사는 2009년부터 2012년까지 매해 이 사건 유지보수계약에 따라 지급받아야 할 유지보수비 총액의 30%는 국토교통부장관을 공급받는 자로 기재하여 정부에게 세금계산서를 발행하는 한편, 나머지 유지보수비 총액의 70%는 원고와 사이에 이 사건 선로사용계약에 따라 원고에게 지급해야 할 선로 등 사용료와 상계한 후, 원고를 유지보수 용역을 공급받는 자로 기재하여 원고에게 세금계산서(이 사건 세금계산서)를 발행하여 왔다.

4) 원고와 철도공사 사이의 2013년도 이후 이 사건 유지보수계약 체결

(가) 국토교통부는 2013. 1. 9. 원고와 철도공사에게 ‘일반철도 시설자산의 관리 및 유지보수 관리체계 개선방안’을 통하여 ‘그동안 국토교통부가 유지보수 위탁계약, 계획수립, 관리·감독, 정산 등의 관리업무를 직접 시행하였으며 원고는 유지보수 업무에서 배제되어 있었기 때문에 유지보수 업무를 효율적으로 하지 못하였다는 점을 인정하고 2013년부터 일반철도 유지보수 업무 주체를 국가에서 원고로 변경한다’는 내용을 공지하였다.

위 개선방안의 일반철도 유지보수 업무체계의 변경내용은 아래 표와 같다.

(나) 이에 따라 원고는 2013. 3. 20. 철도공사와 사이에, 위탁계약기간을 2013. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로 정하여 유지보수계약(이하 ‘2013년 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리 및 이 사건의 쟁점

부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 주5) 한다) 은 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급을 과세거래로 규정하고 있고( 제1조 제1항 제1호 ), 여기서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무 및 그 밖의 행위를 말한다( 제1조 제3항 ). 또한 부가가치세를 납부할 의무가 있는 “사업자”란 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 용역을 공급하는 자를 의미한다( 제2조 제1항 제1호 ). 한편 여기서 “용역의 공급”이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것을 의미한다( 제7조 제1항 ).

부가가치세법 제17조 제2항 제2호 는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 부터 제4호 까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 ‘사실과 다르게’ 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있고, 제16조 제1항 제2호 에서는 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있다.

따라서 공급받는 자가 원고로 기재된 이 사건 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’인지 여부는, 원고가 이 사건 부가가치세 과세기간 중 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 철도공사로부터 일반철도시설 유지보수 용역을 공급받았는지 여부에 달려있다.

2) 법률상 원인의 존부

가) 기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 주6) 같다) 의 규정내용

기본법 제20조 는 철도시설은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 하고, 국토교통부장관은 철도시설의 건설 및 관리, 철도시설의 유지보수 및 적정한 상태 유지 등의 시책을 수립·시행하고, 철도시설 관련 업무의 집행 조직으로서 원고를 설립한다고 규정하고 있다. 위 규정에 의하면, 일반철도의 유지보수 업무가 국토교통부의 업무임은 명확하나 위 규정만으로 원고가 직접적으로 유지보수 업무를 담당한다고 보기는 어렵다.

한편, 기본법 제38조 는 국토교통부장관은 철도시설 유지보수 시행업무를 철도공사에 위탁한다고 규정하고 있는데, 유지보수 용역의 제공자가 철도공사라는 점은 명확하나 그 용역을 제공받는 상대방이 누구인지에 대하여는 정함이 없다.

나) 철도시설공단법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 주7) 같다) 의 규정내용

철도시설공단법 제7조 는 공단이 철도시설의 건설 및 관리, 철도시설에 관한 기술의 개발·관리 및 지원 등 사업을 하는 것으로 규정하고 있고, 제8조 는 원고가 제7조 에 따른 사업을 시행할 때에는 철도운영자와 상호 협력체계를 구축하는 등 필요한 조치를 마련하여야 하고, 철도시설의 건설·유지보수·관리 및 역세권 개발 등의 계획과 그 시행방법 등 원고와 철도운영자 간의 상호 협력·협의에 필요한 사항은 국토교통부령으로 정한다고 규정하고 있으나, 위 규정만으로 철도공사가 원고에게 일반철도시설 유지보수 용역을 제공한다고 보기 어렵다.

3) 계약상 원인의 존부

가) 명시적 계약의 존부

이 사건 유지보수계약의 당사자가 국토교통부장관과 철도공사인 사실, 2013년 이전까지 원고와 철도공사 사이에 유지보수계약이 체결되지 않은 사실은 앞서 본 바와 같다.

이에 대해 원고는, 이 사건 자산관리계약과 이 사건 유지보수계약을 매개로 하여국가, 원고, 철도공사 3자간 계약이 체결되었다고 주장한다. 그러나 국가(국토교통부)와 원고 사이의 이 사건 자산관리계약, 국가(국토교통부)와 철도공사 사이의 이 사건 유지보수계약이 각 체결되었다고 하여 그것만으로 원고와 철도공사 사이에 철도시설 유지보수에 관한 계약이 체결된 것으로 보기는 어렵다.

나아가 원고는, 원고와 철도공사 간의 설립 시기의 차이로 인하여 계약이 제대로 체결되지 못하였다고 주장하나, 원고가 2004. 1. 1., 철도공사가 2005. 1. 1. 각 설립된 점에 비추어 설립 시기의 차이는 2013년에 이르기까지 이 사건 유지보수 계약관계를 명확히 바로잡지 않은 정당한 사유로 보기 어렵다.

나) 묵시적 계약의 존부

원고는 원고와 철도공사 사이에 묵시적 계약에 따른 유지보수 용역 공급관계가 성립한다고 주장한다.

(1) 살피건대 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 바와 같이, 위와 같은 주장은 명시적으로 존재하는 이 사건 유지보수계약(원고가 아닌 국토교통부가 철도공사와의 계약 당사자임)의 내용에 반하는 것인 점, 원고와 철도공사 사이에 2013년 유지보수계약이 체결되게 된 원인이 종전까지는 원고가 일반철도 유지보수 업무에서 배제되어 유지보수 업무가 부실화된 문제를 개선하기 위한 것인 점, 이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 지급의무는 국토교통부에 있으므로, 이 사건 선로사용계약에서 선로사용료와 유지보수비의 70%를 상계하도록 한 조항만을 근거로 원고에게 유지보수비채무가 있다거나 유지보수의 용역을 제공받는 상대방이라고 단정하기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고가 일반철도 유지보수 업무를 수행하거나 철도공사로부터 유지보수 용역을 제공받는 등 원고와 철도공사 사이에 묵시적 계약에 따른 유지보수 용역 공급관계가 성립한다고 보기 어렵다.

(2) 이에 대해 원고는, 원고가 실제로 유지보수업무 시행기관인 철도공사로부터 유지보수 계획 수립에 필요한 기초자료를 제공받아 철도시설의 유지보수 계획을 수립하고 소요 비용을 추산하여 예산안을 작성하며, 철도공사에게 유지보수에 관한 지시를 하는 등 실질적으로 유지보수 업무를 담당하였고, 국토교통부도 원고가 철도시설관리자로서 일반철도시설 유지보수와 관련하여 국가를 대신하여 업무를 대행하고 있는 것이라는 의견을 밝히고 있으므로, 원고가 유지보수 업무 담당자 내지 관리청으로서 철도공사로부터 유지보수 용역을 공급받았다고 주장한다.

살피건대 갑 제11호증의 1 내지 3, 제12호증의 1 내지 18의 각 기재에 의하면, 국토교통부가 피고측에 대한 회신 또는 협조요청에서 ‘국토교통부가 원고에게 일반철도시설 유지보수 업무를 대행토록 하였으며, 무자본 특수법인인 원고에 대하여 과세처분이 내려질 경우 예산을 지원해야 하는 등의 문제를 감안하여 부가가치세(매입세액) 공제가 유지될 수 있도록 긍정적으로 검토하여 달라’는 내용의 공문을 발송한 사실, 원고가 유지보수와 관련하여 원고 주장과 같은 업무를 수행한 사실이 인정되기는 하나 국토교통부의 의견만으로 원고에게 유지보수 업무 담당자나 관리청으로서의 지위가 발생한다고 보기 어렵고, 원고가 수행한 업무는 유지보수 업무 그 자체라기보다는 이 사건 자산관리계약에 따라 국토교통부의 업무를 보조한 것이라고 봄이 상당한 점 등에 비추어 보면, 원고 주장의 사정들만으로 원고가 유지보수 업무를 담당하고 철도공사로부터 그 용역을 공급받는 자라고 보기 어렵다.

4) 소결론

따라서 이 사건 세금계산서는 일반철도시설 유지보수 용역을 공급받을 법률상 또는 계약상 원인 없는 원고를 공급받는 자로 하여 발행된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여서는 아니되므로, 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

주1) 국세기본법 제56조 제3항 단서는 그 청구일로부터 90일의 결정기간 내에 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 그 결정의 통지를 받기 전이라도 위 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있다고 규정하여, 필요적 전치주의의 적용을 완화하고 있는바, 본조의 입법취지에 비추어 일반적으로 국세부과처분에 대한 항고소송에 있어서 관련규정에 따라 심사청구 또는 심판청구가 적법하게 제기되어 취하됨이 없이 그 청구일로부터 90일의 결정기간을 경과한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 적법하게 전심절차를 거친 것으로 봄이 상당하다.

주2) 현재의 정부조직법에 의해 변경된 명칭에 따라 종전의 건설교통부장관 또는 국토해양부장관을 국토교통부장관으로 기재한다.

주3) 기본법 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다. 2. "철도시설"이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다. 가. 철도의 선로(선로에 부대되는 시설을 포함한다), 역시설(물류시설·환승시설 및 편의시설 등을 포함한다) 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비 나. 선로 및 철도차량을 보수·정비하기 위한 선로보수기지, 차량정비기지 및 차량유치시설 다. 철도의 전철전력설비, 정보통신설비, 신호 및 열차제어설비 라. 철도노선간 또는 다른 교통수단과의 연계운영에 필요한 시설

주4) 기본법 시행령(2005. 3. 8. 대통령령 제18736호로 개정되기 전의 것) 제36조 (선로등의 사용료) ① 철도시설관리자는 제35조 제1항 제1호의 규정에 의한 선로 등의 사용료를 정하는 때에는 다음 각 호의 한도를 초과하지 아니하는 범위안에서, 선로등의 유지보수비용 등 관련비용을 회수할 수 있도록 하여야 한다. 다만, 사회간접자본시설에대한민간투자법 제26조의 규정에 의하여 사회간접자본시설관리운영권을 설정받은 철도시설관리자는 사회간접자본시설에대한민간투자법의 규정에 따라 선로등의 사용료를 정하여야 한다. 1. 국가 또는 지방자치단체가 건설사업비의 전액을 부담한 선로등 : 당해 선로등에 대한 유지보수비용의 총액 2. 제1호의 규정에 의한 선로등외의 선로등 : 당해 선로등에 대한 유지보수비용 총액과 총건설사업비(조사비·설계비·공사비·보상비 및 그 밖에 건설에 소요된 비용의 합계액에서 국가·지방자치단체 또는 법 제37조제1항의 규정에 의하여 수익자가 부담한 비용을 제외한 금액을 말한다)의 합계액

주5) 부가가치세법은 이 사건 부가가치세 과세기간 중 8회의 개정이 있었으나, 이는 타법의 개정에 따른 것이거나 사업자의 납세편의, 전자세금계산서의 활성화, 부가가치세의 면제 및 부과, 개인사업자의 세부담 경감, 신용카드 관련, 법률문장 정리 등에 관한 개정이므로 이 사건과 관련하여서는 이 사건 부가가치세의 최종 과세기간 직전의 법률인 2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것을 관련 법령으로서 검토하기로 한다.

주6) 기본법은 2003. 7. 29. 제정되어 2003. 10. 30. 시행된 이후 8회의 개정이 있었으나, 이는 모두 정부조직법 등 타법의 개정에 따른 것이거나 형사상 처벌에 관한 책임주의 관철을 위한 영업주에 대한 양벌규정의 개정으로서 그 실질적 내용에는 변함이 없으므로, 이 사건 부가가치세의 최종 과세기간 이전의 법률인 2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것을 관련 법령으로서 검토하기로 한다.

주7) 철도시설공단법은 이 사건 부가가치세 과세 기간에 2009. 1. 30. 1회의 개정이 있었는데, 이는 사실상 이 사건 부가가치세 과세기간의 전 기간에 적용된 것이므로, 이 사건 부가가치세의 최종 과세기간 이전의 법률인 2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것을 관련 법령으로서 검토하기로 한다.