2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2000. 4. 6.경 한국토지공사로부터 대전 XX구 XX동 602 대지 668.9㎡ (이하 '이 사건 토지'라 한다)를 932,000,000원에 매수하여 2002. 5. 29. 이 사건 토지 에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마치고, 2002. 6. 7. 이 사건 토지 지상에 지하1층, 지상10층 연면적 4,623.12㎡의 업무시설 및 제1 ・2종 근린생활시설 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다) 건축허가를 받아 2002. 7. 3. 착공신고를 하고 신축공사를 진행하였다.

나. 원고는 2003. 12. 12.경 이 사건 토지 및 건물을 진주강씨 충혈공파 종중(이하 '소외 종중'이라 한다)에게 매도한 후 2003. 12. 29. 이 사건 건물의 건축주 명의를 원고에서 소외 종중으로 변경하는 내용의 건축관계자변경신고를 하였고, 소외 종중은 2003. 12. 30. 이 사건 건물에 관하여 사용승인을 받고 2004. 1. 29. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기 및 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 각 마쳤다.

다. 원고는 2004. 2. 12. 피고에게 이 사건 토지에 대하여 양도가액을 1, 150,000,000원으로 기재하여 양도소득세를 신고하였고, 이 사건 건물에 대하여는 미준공 건축물이라는 이유로 2003년도 제2기분 부가가치세(공급가액 2,480,000,000원) 신고를 하였을 뿐 양도 소득세 신고를 하지는 아니하였다.

라. 피고는 2009. 4. 13.부터 같은 달 24.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 이 사건 건물이 사실상 완공된 상태로 양도되었고 이 사건 토지와 건물의 실제 양도가액이 5,180,000,000원이라고 보아, 이 사건 토지와 건물의 각 양도가액은 기준시가로 안분계산하고 각 취득가액은 실지거래가액으로 하여 2009. 6. 8. 원고에게 2004 년도 귀속 양도소득세 1,250,370,970원을 경정 ・ 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2009. 8. 28. 이의신청하였으나 2009. 9. 23. 기각되었고, 2009. 12. 14. 조세심판원에 심판청구하였으나 2010. 8. 27. 기각되어 그 결정이 같은 달 31. 송달되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 소외 종중에게 이 사건 토지와 건물을 양도하기 전부터 XX종합건설 주식회사(이하 'XX종합건설'이라 한다)를 설립하고 대표이사를 원고의 처인 조AA으로 하여 실질적으로 위 회사를 운영하면서 부동산매매업을 영위하고 있었으므로, 위 양도로 인한 소득은 사업소득에 해당할 뿐, 양도소득세의 과세대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 입증책임

민사소송법의 규정이 준용되는 행정소송에 있어서 입증책임은 원칙적으로 민사소송의 일반원칙에 따라 당사자간에 분배되고, 항고소송의 경우에는 그 특성에 따라 당해 처분의 적법을 주장하는 피고에게 그 적법사유에 대한 입증책임이 있다 할 것인바, 피고가 주장하는 당해 처분의 적법성이 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 입증이 있는 경우에 이와 상반되는 주장과 입증은 그 상대방인 원고에게 그 책임이 돌아간다고 할 것이다(대법원 1984. 7. 24. 선고 84누124 판결 참조). 기록을 살펴보면, 이 사건 토지 및 건물의 양도행위가 소득세법상 양도소득세의 과세대상임을 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 입증이 있다고 판단되므로, 이와 달리 위 양도행위로 인한 소득이 사업소득에 해당하여 종합소득세 과세대상에 해당한다는 점을 주장하는 원고로서는 그에 대한 입증책임을 부담한다고 봄이 상당하다. 이를 전제로 아래에서 본다.

2) 사업소득으로 볼 수 있는지 여부

가) 부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유 현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회 통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 함에 있어서는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다(대법원 2010. 7. 22. 선고 2008두21768 판결 등 참조).

나) 위 법리를 바탕으로 이 사건 토지 및 건물의 양도 당시 원고가 부동산매매업을 영위하고 있어 위 양도로 인한 소득이 사업소득에 해당하는지에 관하여 보건대, 갑 제4 내지 6, 15, 16호증, 을 제5, 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 증인 강BB의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, ① 원고는 2002. 5.경 이 사건 토지를 취득하고 2002. 7.경 그 지상에 이 사건 건물을 착공하여 2003. 12. 30. 사용승인을 받았는데, 그 사용승인 직전인 2003. 12. 12. 소외 종중에게 이 사건 토지와 건물을 함께 매도한 사실, ② 2002. 9.경에도 대전 XX구 XX동 000-0 대지 588.8㎡(이하 '유천동 토지'라 한다)를 취득하여 2002. 11.경 그 지상에 지상5층, 지하1층 연면적 1983.57㎡인 근린생활시설 건물(이하 '유천동 건물'이라 한다)을 착공하여 2003. 7.경 사용승인을 받았는데, 그 사용 승인 직전인 2003. 6.경 권CC에게 그 토지와 건물을 함께 매도한 사실. ③ 원고의 처인 조AA이 위 각 건물의 시공자인 XX종합건설의 대표이사였던 사실, ④ 원고의 동서인 최DD이 이 사건 건물 준공 이전부터 인근의 공인중개사에게 이 사건 토지와 건물의 매각을 의뢰한 사실 등을 인정할 수 있으나, 한편 같은 증거들에 의하면 ① 원고는 1981. 2.부터 2004. 2.경까지 앞서 본 2건의 부동산 양도 외에 달리 부동산을 양도 한 적이 없는 사실, ② 원고는 1994. 7. 1.경부터 2004. 2.경까지 유흥주점업, 부동산임대업, 숙박업 등의 사업자등록을 하였던 사실은 있으나 부동산매매업으로 사업자등록 을 한 적은 없었던 사실, ③ 원고가 이 사건 토지에 대하여만 양도소득세 신고를 하고 건물에 대하여는 부가가치세를 신고 ・ 납부하였을 뿐 양도소득세 신고를 하지 않았고, 유천동 토지 및 건물의 양도 당시에도 토지에 대하여만 양도소득세 신고를 하고 건물에 대하여는 부가가치세를 신고 ・ 납부하였을 뿐 양도소득세 신고를 하지 않은 사실, ④ 원고는 2003. 3. 31. 부동산임대업 사업자등록을 하였다가 2003. 12. 29. 폐업신고를 하였고, 2007. 8. 30. 다시 부동산임대업 사업자등록을 한 사실 등 또한 인정한 수 있는바, 이에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 원고가 직접 토지를 매입한 후 그 지상에 건물을 신축하여 다시 토지와 함께 매도한 점을 원고가 부동산매매업을 영위하였다고 볼 수 있는 결정적인 사정이라고 주장하고 있으나, 통상 '사업'이란 영리를 목적으로 독립적인 지위에서 계속적 ・ 반복적으로 행하는 사회적 활동을 말하는 것이므로, 사회적독립성 ・ 영리목적성 ・ 계속성 ・ 반복성 중 어느 하나라도 결여되어 있는 경우에는 그 행위의 사업성이 부인된다고 봄이 타당한바, 원고가 1981. 2. 부터 2004. 2.경까지 부동산을 양도한 횟수가 단 2회에 불과한 점, 원고가 부동산매매를 위하여 직원을 고용하였다거나 사무실 등을 마련하였다는 등의 구체적인 사업운영 방식에 관하여 아무런 자료를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 원고의 부동산매매행위에 대하여 사회적독립성 ・ 계속성 ・ 반복성을 인정하기 어려운 점, ② 원고는 이 사건 건물의 매매와 관련하여 부가가치세를 신고 ・ 납부한 것은 건물의 신축 ・ 판매 자체를 사업으로 하겠다는 의사가 있었기 때문이라고 주장하고 있으나, 부가가치세법 제1조 제4항은 부가가치세 과세 대상인 재화 또는 용역의 공급에 관하여 '주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제3조에 의하면 위 부가가치세법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역에는 '주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역'이 포함되는바, 이는 계속적이고 반복적으로 행하는 주된 사업이 있는 상태에서 그 사업에서 본래 생산하거나 유통시키는 재화 등이 아닌 다른 종류의 재화 등을 주된 사업과 관련성을 가지고 공급 하는 경우에 이를 사업자가 행하는 재화 등의 공급으로 본다는 것이므로, 원고가 부동산매매업이 아닌 다른 사업을 영위하고 있었더라도 건물의 매매와 관련하여 부가가치세를 납부해야 하는 경우는 충분히 있을 수 있는 것이어서, 원고가 이 사건 건물의 매 매와 관련하여 부가가치세를 신고 ・ 납부하였다는 사실이 곧 원고가 그 당시 부동산매매업을 영위하고 있었다고 추단할 수 있는 간접사실이 되지는 아니하는 점, ③ 원고 스스로 이 사건 토지 및 유천동 토지의 양도와 관련하여 양도소득세 신고를 한 점, ④ 원고 스스로도 자신이 건설에 문외한인 자로서 최DD에게 사업부지만을 제공하였고, 최DD이 건물신축 및 그 임대 ・ 매매 등에 관한 모든 업무를 담당하였으며, 최DD이 건설 자금을 조달하고 건물을 시공하였기 때문에 원고는 최DD으로부터 이 사건 토지 및 건물과 유천동 토지 및 건물의 각 매매대금 중 토지 부분 매매대금만을 건네받았을 뿐이라고 주장하고 있는 점, ⑤ 1994.경부터 자신이 영위하던 사업에 관하여 꾸준히 사업자등록을 하여오던 원고가 부동산매매업을 영위하면서도 그러한 내용으로 사업자 등록을 하지 않은 경위에 관하여 쉽게 납득할만한 사정이 없을 뿐만 아니라, 세법상 지식이 부족하여 부동산의 '임대'와 '매매'를 혼동하여 사업자등록을 하게 된 것이라는 취지의 원고 주장 또한 쉽사리 수긍하기 어려운 점, ⑥ 원고가 이 사건 및 유천동 각 건물의 신축 무렵에 부동산임대업으로 사업자등록을 했다가 위 각 건물을 매도하고 난 후 폐업신고를 하고, 다시 2007년경 부동산임대업으로 사업자등록을 마치고 부동산임대업을 영위하고 있는(원고는 2011. 6. 1.자 준비서면 제14면에서 원고가 대전 OO구 OO동 000-0 및 000-0 각 지상 건물을 임대하고 있다고 진술하고 있다) 점에 비추어 볼 때, 원고가 부동산매매업을 하기 위해서가 아니라 오히려 부동산임대업을 하기 위하여 이 사건 및 유천동 각 건물을 신축하였다고 보는 것이 자연스러운 점, ⑦ 이 사건 및 유천동 각 건물은 지상10층 ・ 지상5층의 비교적 큰 규모의 근린생활시설 건물이고, 이러한 경우 개별 상가 분양 또는 임대 목적으로 건물을 신축하는 경우가 대부분 이며, 큰 규모의 근린생활시설 건물을 신축하여 그 대지와 건물 전체를 함께 매도하는 방식으로 부동산매매업을 영위하는 경우는 쉽게 상정할 수 없는 이례적인 경우인 점, ⑧ 그 외 이 사건 토지 및 건물 양도 당시 원고가 보유하고 있던 부동산의 수와 그 이용현황 등을 더하여 보면, 앞서의 사실만으로는 원고가 이 사건 토지 및 건물을 양도 할 무렵 부동산매매업을 영위하고 있었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 오히려 이 사건 토지 및 건물의 양도행위는 간헐적인 양도행위에 불과하다고 봄이 상당하고, 이 사건 토지 및 건물의 양도행위는 양도소득세의 과세대상이라고 볼 수 있을 뿐 사업소득이 포함되는 종합소득세의 과세대상이라고 볼 수 없다. 따라서, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.