2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고는 반도체 생산장비 제조업 등을 영위하는 법인으로서 증권거래법 소정의 주권상장법인이다.

나. 원고는 1999. 3. 19. 이사 소외 2 등 임직원 16명(이하 ‘ 소외 2 등’이라고만 한다)의 근무성과를 고양시킬 목적으로 주주총회의 특별결의를 거쳐 다음과 같은 내용으로 구 증권거래법(2000. 1. 21. 법률 제6176호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘증권거래법’이라고만 한다) 제189조의4 소정의 주식매입선택권을 부여하고, 그 무렵 소외 2 등과 주식매입선택권의 행사가격을 6,340원으로 정하여 주식매입선택권 부여계약을 체결하였다.

(1) 주식매입선택권의 총 부여수량 : 기명식 보통주식 28만 주

(2) 부여방식 : 주식발행교부, 자기주식 매입교부, 시가와의 차액을 현금 혹은 자기주식으로 교부하는 방법 중 택일하여 교부함

(3) 행사가격 및 산정근거 : 1998. 12. 19.부터 1999. 3. 18.까지 평균 종가인 6,340원 이상으로 하되, 관계법령 및 규정이 정하는 범위 내에서 대표이사가 결정하고 가격결정기준은 증권거래법시행규칙 제36조의8 의 규정에 의한 평가기준일(주총일) 이전 3개월 평균종가 이상임

(4) 행사기간 : 2002. 3. 20.부터 2003. 3. 19.까지, 주총 특별결의일로부터 3년이 경과한 날로부터 1년 이내

(5) 기타사항 : 기타 운영방침은 정관 및 증권관계법규에 의함

다. 원고는 유상증자를 한 직후인 2000. 1. 17. 위 주식매입선택권의 행사가격을 6,302원으로 조정하였다가, 같은 해 4. 15. 무상증자를 실시한 후에는 그 행사가격을 5,260원으로 다시 조정하였는데, 소외 2 등은 2002. 4. 19. 및 2002. 6. 7. 2회에 걸쳐 위와 같이 조정된 주당 5,260원에 자기주식취득방식으로 주식매입선택권을 행사하였다.

라. 원고는 소외 2 등이 주식매입선택권을 행사하여 얻은 이익이 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제15조 제1항 에 의하여 과세대상소득에 해당하지 않는다는 이유로 소외 2 등에게 위 행사이익에 대한 소득세의 원천징수를 하지 않았다.

마. 이에 대하여, 피고는, ‘원고가 2000. 4. 15. 주식매입선택권의 행사가격을 변경함에 있어 주주총회나 이사회의 의결을 거치지 아니하였고, 위 행사가격인 주당 5,260원은 주식매입선택권 부여일 현재의 시가인 주당 6,030원보다 낮다’는 이유로, 소외 2 등이 주식매입선택권의 행사로 얻은 이익에 대하여 조세특례제한법 제15조 과세특례규정의 적용을 배제하여 이를 과세대상소득으로 보고, 2002. 12. 1. 그 원천징수의무자인 원고에 대하여 소외 2 등에 대한 2002년도 귀속 갑종근로소득세와 가산세로 합계 35,909,080원을 결정·고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 5호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

첫째, 조세특례제한법 제15조 제2항 제1호 , 제2호 의 규정을 종합하면, 위 과세특례규정은 주식매수선택권을 부여하기 전 주주총회의 결의를 거쳐 당해 종업원 등과 약정한 매입가액이 조세특례제한법 시행령에서 정한 가액 이상이면 되는 것이지 당해 종업원이 실제로 주식매입선택권을 행사하는 때의 매입가액까지 위 가액을 초과하여야 하는 것은 아니므로, 원고가 소외 2 등에게 주식매수선택권을 부여할 당시의 매입가액이 6,340원으로서 부여일 현재의 시가인 주당 6,030원보다 높은 가액임이 명백한 이상, 그 후 원고가 주식매입선택권의 매입가액을 조정하여 주당 5,260원으로 정하였다고 하더라도 그와 상관없이 소외 2 등이 이 사건 주식매입선택권의 행사로 얻은 이익은 위 과세특례규정에 따라 비과세되어야 한다.

둘째, 주식매입선택권의 매입가액과 관련하여 주주총회의 특별결의로 정하여야 하는 것은 주식매입선택권을 부여할 때에 정하는 매입가액일 뿐이고, 부여 후에 매입가액을 새로이 조정하는 것은 주식매입선택권부여법인과 이를 부여받은 자 사이의 계약으로 정하면 되는 것이므로, 원고가 주식매입선택권의 매입가액을 5,260원으로 조정함에 있어 주주총회의 특별결의를 거치지 않았다는 사정만으로는 위 과세특례규정의 적용이 배제될 수는 없다.

(2) 피고

조세특례제한법 제15조 의 규정을 종합하면, 위 과세특례규정은 주식매입선택권을 부여하기 전 주주총회의 결의를 거쳐 당해 종업원 등과 약정한 매입가액 뿐만 아니라 당해 종업원이 실제로 주식매입청구권을 행사하는 때의 매입가액도 조세특례제한법 시행령에서 정한 가액일 경우에만 적용되는 것이므로, 소외 2 등이 주식매입선택권을 행사한 가격이 부여일 현재의 시가인 주당 6,030원보다 낮은 가격인 5,260원임이 명백한 이상, 그들이 주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익에 대하여 위 규정이 적용될 수는 없다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 조세특례제한법 제15조 제2항 제2호 소정의 ‘주식의 매입가액’의 의미

(가) 살피건대, 조세특례제한법 제15조 제1항 에서는 창업법인 등의 종업원 등이 주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익, 즉 주식의 실제 매입가액과 시가와의 차액을 근로소득 등으로 보지 않는다고 규정하면서, 제2항 에서 위 주식매입선택권이 인정되기 위한 요건의 하나로 주식매입선택권을 부여하기 전에 창업법인 등이 주식매입선택권의 매입가액에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 당해 종업원과 약정하여야 하고 그 경우 주식의 매입가액은 대통령령으로 정하는 가액 이상이어야 함을 규정하고 있고, 구 조세특례제한법시행령(2000. 12. 29. 영 제17034호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법시행령’이라고만 한다) 제13조 제5항 에서는 ‘대통령령으로 정하는 가액’이라 함은 증권거래법에 의하여 자기주식을 취득하여 주식매입선택권을 부여하는 경우에는 주식매입선택권의 부여일을 기준으로 상속세및증여세법 제63조 의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가이고( 제1호 ), 그 밖의 경우에는 위와 같이 평가한 당해 주식의 시가와 당해 주식의 액면가액 중 높은 금액( 제2호 )이라는 취지로 규정하고 있는바, 위 각 규정을 종합하면, 조세제한특례법 제15조 가 적용되어 주식매입선택권의 행사로 얻은 이익이 비과세가 되기 위해서는 주식매입선택권의 부여시에 정한 매입가액이 같은 법 시행령으로 정하는 가액이상이어야 함은 명백하나, 주식매입선택권을 행사할 때의 매입가액도 대통령령으로 정하는 가격 이상이어야 하는지는 명백하지 않다.

(나) 그런데, 원고와 같은 주권상장법인에 있어 주식매입선택권의 부여에 관한 근거규정인 증권거래법 제189조의4 제1항 에서는, 주식매입선택권이 일정한 요건을 갖춘 임직원이 특별히 유리한 가격으로 신주교부 기타 대통령령이 정하는 방법에 따라 당해 법인의 주식을 매입할 수 있는 권리라는 취지로 규정하고 있고, 구 증권거래법시행령(1999. 5. 27. 영 제16367호로 개정되기 전의 것, 이하 증권거래법시행령이라고만 한다) 제84조의6 제2항 에서는 위 ‘신주교부 기타 대통령령이 정하는 방법’이라 함은 주식매입선택권의 행사가격(증권거래법에서는 ‘행사가격’을 조세특례제한법상의 ‘매입가액’과 동일한 의미로 사용하고 있다)으로 새로이 주식을 발행하여 교부하거나 자기주식을 교부하는 방법( 제1호 ), 주식매입선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금 또는 자기주식으로 교부하는 방법( 제2호 )에 해당하는 방법이라고 하면서, 제3항 에서는 제2항 제1호 및 제2호 의 주식매입선택권의 행사가격과 제2항 제2호 의 시가의 산정방법은 총리령으로 정한다고 규정하고 있다.

이에 따라 구 증권거래법시행규칙(2000. 3. 15. 부령 제129호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘증권거래법시행규칙’이라 한다) 제36조의8 제1항 에서는 영 제84조의6 제2항 제1호 및 제2호 의 규정에 의한 주식매입선택권의 행사가격은 다음 각 호의 가액 이상이어야 하고, 주식매입선택권을 부여한 후 그 행사가격을 조정하는 경우에도 또한 같다고 하면서, 자기주식을 교부하는 경우에는 주식매입선택권의 부여일을 기준으로 상속세및증여세법 제63조 의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가( 제1호 ), 새로이 주식을 발행하여 교부하는 경우에는 제1호 의 규정에 의하여 평가한 당해 주식의 시가와 당해 주식의 권면액 중 높은 금액( 제2호 )이라고 규정[위 규정은 조세특례제한법 제13조 제5항 의 규정내용과 표현상의 차이만 있을 뿐 그 내용이 동일한 것으로 보인다]하고 있다.

위에서 본 증권거래법 등의 관계법령을 종합하면, 원고와 같은 증권거래법상의 주권상장법인에 있어 임직원이 주식매입선택권을 유효하게 취득하고 그 행사를 하기 위해서는 당초 주식매입선택권을 부여할 때에 정한 행사가격 내지 매입가액 뿐만 아니라 주식매입선택권을 부여한 후에 새로이 조정하는 행사가격 내지 매입가액도 당해 주식의 시가 등을 초과하여야 하는 것으로 보이는바, 이와 같은 증권거래법 등의 규정내용에 비추어보면, 조세특례제한법 제15조 제2항 제2호 소정의 ‘ 제1호 의 규정에 의한 주식의 매입가액이 대통령령이 정하는 가액 이상일 것’의 의미는 주식매입선택권을 부여할 때의 매입가액 뿐만 아니라 주식매입선택권을 실제로 행사할 때의 매입가액(당초의 매입가액을 조정한 경우 그 조정가격을 포함한다)이 당해 주식의 시가 등을 초과한 가액 이상이어야 한다는 것을 의미하는 것으로 보인다. 만약 그렇게 해석하지 않으면, 주식매입선택권을 실제로 행사할 때의 가격이 부여시의 당해 주식의 시가 등에 미달하는 이 사건과 같은 경우, 이는 증권거래법 등에 반하는 것이어서 주식매입선택권의 행사 자체의 유효성이 문제됨에도, 조세특례제한법에 의해서는 그 행사로 인한 이익을 비과세하게 되는 이상한 결과가 발생하기 때문이다.

따라서, 앞서 본 바와 같이, 소외 2 등이 주식매입선택권을 행사할 때의 가격이 부여일 현재의 시가인 주당 6,030원보다 낮은 가격인 5,260원임이 명백한 이상, 그들이 주식매입선택권을 행사함으로써 취득한 이익에 대하여 조세특례제한법 제15조 제1항 이 적용될 수는 없는 것이다.

원고는 조세특례제한법 제15조 에서 과세특례대상이 되는 이익을 ‘그 주식의 실제 매입가액과 행사 당시 시가와의 차액 중 연간 3000만 원 한도’로 규정한 것이 실제 매입가액이 당초 부여시의 가액에 미달할 수 있음을 전제로 한 것이라고 주장하나, 위 규정은 그 문언상 주식매입선택권의 부여 당시의 매입가액과 실제 행사시의 매입가액이 다를 수 있다는 정도로 해석될 뿐이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없고, 또한 원고는 유상증자나 무상증자로 인하여 발행주식의 수가 증가하게 되면 기존 주식의 가치가 하락하므로 이를 주식매입선택권의 매입가액에 반영하여 주는 것이 주식매입선택권의 재산권적 성격이나 위 권리를 부여한 입법취지에 부합한다고 주장하나, 주식매입선택권이 그 행사를 통하여 언제나 이익이 발생하는 것을 보장하는 제도는 아니라는 점에서 이 부분 주장 역시 그 이유가 없으며, 또한 원고는 이 사건의 경우에도 위 과세특례규정을 적용하는 것이 주식매입선택권의 도입을 장려하려는 차원에서 제정된 위 규정의 입법취지에 부합한다고 주장하나, 위 규정이 주식매입선택권의 행사가 있으면 항상 이익이 발생한다는 것을 전제로 한 규정은 아닌 것으로 보이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 그 이유가 없다.

(2) 주식매입선택권의 부여 후 매입가액을 조정할 경우 주주총회의 특별결의가 필요한지 여부

증권거래법 제189조의4 제1항 에서는 주식매입선택권을 부여하고자 하는 법인은 정관이 정하는 바에 따라 주주총회의 특별결의로써 주식매입선택권을 당해 법인의 임직원에 부여할 수 있다고 하고 있고, 제3항 에서는 특별결의로써 부여할 수 있는 주식의 총한도, 행사가격 등의 주주총회의 특별결의하여야 할 사항을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있는데, 증권거래법시행령 제84조의6 제6항 에서는, 주식매입선택권부여법인이 특별결의하여야 할 사항의 하나로 제3호 에서 주식매입선택권의 행사가격을 들고 있는바, 주식매입선택권을 행사할 때 그 가격이 기존의 주주들의 이해에 막대한 영향을 미친다는 점을 고려하면 주식매수선택권을 부여한 후 새로이 행사가격을 조정하는 경우에도 주주들이 특별결의 절차를 통하여 조정 여부 및 조정가격 등을 결정하는 것이 필요하다고 보이는 점, 앞서 본 바와 같이 증권거래법시행규칙 제36조의8 에서는 ‘주식매입선택권의 행사가격’이라는 제목 하에 주식매입선택권의 부여시의 주식매입선택권의 행사가격과 주식매입선택권을 부여한 후 그 행사가격을 조정한 경우의 그 가격에 대하여 동일한 기준을 적용하고 있는 점 등 주식매수청구권의 매입가액이 주주에게 미치는 영향, 관계법령의 내용 등을 고려하면, 주식매입선택권을 부여한 후 새로이 그 행사가격 내지 매입가액을 조정하는 경우에도 주주총회의 특별결의가 필요하다고 봄이 상당하다.

그런데, 이 사건에 관하여 보면, 원고가 주주총회의 특별결의를 거쳐 최초 주식매입선택권의 행사가격을 6,340원 이상으로 정한 후, 2000. 4. 15. 그 행사가격을 5,260원으로 변경함에 있어서는 주주총회의 특별결의를 거치지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 위 인정사실에 대하여 앞서 본 법리를 적용하면, 소외 2 등이 행사한 주식매입선택권은 주주총회의 특별결의를 거치지 않은 채 변경된 행사가격에 근거한 것이고, 이는 조세특례제한법 제15조 가 적용되기 위한 주식매입청구권으로서의 요건을 제대로 갖추지 못한 것이라고 할 것이니, 이러한 점에 의해서도 소외 2 등의 이 사건 행사이익에 대하여 위 과세특례규정이 적용될 수는 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 정하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 이종석(재판장) 이헌영 김형식

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