국세기본법 시행령 제25조의2후발적 사유

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다(원고는 소장에서 주문 기재 환급경정청구거부처분의 전부 취소를 구하였으나 이 사건 제3회 변론기일에서 그 중 000원에 관한 거부처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 감축하였다. 한편, 소장 기재 처분일자 '2012. 11. 30.'은 '2012. 11. 23.'의 오기이므로 주문과 같이 정정한다).

가. 원고는 2003. 12. 11. 건설업, 주택건설사업, 부동산개발업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로, 2007년부터 2009년까지 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 000-0에서 ○○아파트(이하 '이 사건 아파트'라 한다) 586세대를 신축・분양하였다(2009년 8월 준공 당시 분양률 97.14%).

나. 원고는 이 사건 아파트 신축공사에 관하여 작업진행률과 분양률을 적용하여 각 사업연도 분양수입금액 등을 계산한 다음 이를 토대로 2007 사업연도부터 2009 사업연도까지 법인세 신고・납부를 마쳤다(다만, 아래에서 보는 바와 같이 2007, 2008 사업연도에는 소득금액이 이월결손금으로 모두 공제되어 실제로는 법인세를 납부하지 아니하였다).

다. 원고는 이 사건 아파트의 수분양자들 중 2007. 5. 31.부터 같은 해 6. 29.까지 분양계약을 체결한 17세대가 잔금을 지급하지 않는 등 계약조건을 이행하지 아니하자 2010. 12. 6.경 해당 분양계약을 모두 해제하고 위약금과 대출금 이자 등을 제외한 나머지 수납대금을 모두 반환하였다(이하 '이 사건 분양계약의 해제'라 한다).

라. 원고는 이 사건 분양계약의 해제의 효과를 소급하여 반영하면 원고의 2009 사업연도 귀속 법인세는 000원 감액되어야 한다며 2012. 9. 26. 피고에게 동액 상당의 법인세액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

마. 그러나 피고는 이 사건 분양계약의 해제로 인한 작업진행률 등의 변동은 계약해제일이 속하는 2010 사업연도에 발생한 손익에 해당할 뿐 2009 사업연도로 소급하여 반영할 수 없다며 2012. 11. 23. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

분양계약에 관한 해제의 효과는 계약 당시로 소급하여 처음부터 재화의 공급이 이루어지지 않은 것과 동일한 결과가 된다. 따라서 이 사건 분양계약의 해제 역시 당초 계약일로 소급하여 처음부터 분양계약이 체결되지 않은 것과 마찬가지로 보아야 하고, 이를 반영하여 작업진행률과 분양률 등을 조정하여 원고의 각 사업연도 소득금액 등을 다시 산정하면 2009 사업연도 귀속 법인세는 000원 감소한다. 따라서 이 사건 처분 중 000원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소하여야 한다.

3. 관계 법령

별지 3 "관계 법령" 기재와 같다.

4. 본안 전 항변에 관한 판단

피고는 원고가 2007, 2008 사업연도 귀속 각 법인세에 관하여 경정청구와 전심절차를 거치지 아니하였으므로 이를 제외하고 나면 별지 2 "피고 주장 적격 청구세액" 기재와 같이 000원의 환급경정을 구할 수 있을 뿐이므로 이 사건 소 중 이 사건 처분 가운데 000원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다고 주장한다.

그러나 원고는 2007, 2008 사업연도 귀속 각 법인세에 관하여 경정청구를 한 것이 아니라 2009 사업연도 귀속 법인세에 관한 경정청구를 하였다가 거부당하여 이 사건 소를 제기하였을 뿐이므로, 2007, 2008 사업연도 귀속 각 법인세에 대하여 전심절차를 경유하지 아니한 것은 이 사건 소의 적법 여부에 아무런 영향도 미치지 아니한다. 따라서 피고의 본안 전 항변은 이유 없다(또한, 이 사건 분양계약의 해제가 아래에서 보는 바와 같이 후발적 경정청구사유로서의 요건을 충족한다면 그에 따라 각 사업연도 소득금액을 다시 산정하여 정당한 법인세액을 도출하여야 할 것이고, 그와 관련된 다른 사업연도에 관하여 법인세 경정청구가 없었다 하여 법원의 실질적인 판단범위가 제한된다던가 경정청구의 대상이 된 사업연도의 정당한 법인세액이 달라진다고 볼 수는 없다).

5. 본안에 관한 판단

가. 분양계약의 해제와 법인세법상 후발적 경정청구사유

국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임을 받은 같은 법 시행령 제25조의2 제2호는 후발적 경정청구사유의 하나로 '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우'를 들고 있다. 이러한 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있는 것으로서(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조), 개별 세법에 다른 규정이 없는 한 그 적용범위를 함부로 제한할 것이 아니다.

한편, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라 하고 그 시행령과 시행규칙을 각각 '시행령'과 '시행규칙'이라 한다) 제40조 제1항은 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다"고 정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아니라 권리가 확정적으로 발생한 때에 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 그 수취가 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결 등 참조).

따라서 법인세에서도 「국세기본법 시행령」제25조의2 제2호에서 정한 '해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제'는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다고 할 것이다. 다만 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나 경상적・반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 그러한 계약의 해제는 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 후발적 경정청구사유가 될 수 없다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 등 참조).

나. 이 사건의 경우

위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2007 사업연도부터 2009 사업연도까지 이 사건 아파트를 신축하여 분양한 사실 및 2010. 12. 6.경 이 사건 분양계약의 해제가 발생한 사실은 앞서 본 바와 같고, 공동주택을 신축하여 분양하는 회사의 경우 통상 법인세법 제40조, 시행령 제69조, 시행규칙 제34조 등에 따라 작업진행률(해당 사업연도말까지 발생한 총공사비 누적액 ÷ 총공사예정비)과 분양률을 적용하여 익금에 산입할 분양수익(총분양예정가액 × 작업진행률 × 분양률 - 전기말 누적분양수익)과 손금에 산입할 분양원가(누적실제발생비용 × 분양률 - 전기말 누적분양원가)를 산정하는 사실, 원고 역시 위와 같은 회계관행에 따라 이 사건 아파트의 분양예정금액, 공사예정금액, 작업진행률, 분양률 등을 토대로 별지 1 "과세표준 및 산출세액 내역"(이하 '별지 내역'이라 한다) 중 '당초 신고'란 기재와 같이 2007, 2008, 2009 사업연도 귀속 법인세를 각 신고한 사실(그 중 2009 사업연도 귀속 법인세액은 000원이다), 이 사건 분양계약의 해제의 효과를 계약체결 시점인 2007년으로 소급하여 반영하고 그에 따라 작업진행률과 분양률 등을 다시 산정할 경우 원고의 2007, 2008, 2009 사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 산출세액은 별지 내역 중 '해제분 반영'란 기재와 같이 감액되는 사실(그 중 2009 사업연도 귀속 법인세액은 000원이다)은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제7 내지 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

이에 의하면, 원고는 이 사건 아파트를 분양하여 일응 법인세를 납부할 의무가 성립하였으나 이 사건 분양계약의 해제로 인하여 해당 부분에 관해서는 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었으므로 이는 「국세기본법 시행령」제25조의2 제2호에서 정한 후발적 경정청구사유가 된다고 봄이 상당하다.

다. 피고의 주장에 관한 판단(특별한 사정의 존부)

이에 대하여 피고는 원고가 2009, 2010 사업연도에 발생한 각 계약해제분에 대하여 해제일이 속하는 각 사업연도의 손익으로 반영하여 법인세 신고를 마쳤으므로 이는 경상적・반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 온 특별한 사정에 해당하고, 따라서 이 사건 분양계약의 해제는 당초 성립한 납세의무에 영향을 미칠 수 없어 후발적 경정청구사유가 될 수 없다고 주장한다.

살피건대, 원고가 2009 사업연도 법인세를 신고하면서 그 사업연도에 발생한 5세대의 계약해제분을 한꺼번에 반영하여 분양금액을 000원으로 감액하여 신고한 사실(2008 사업연도의 분양금액 000원에서 000원을 차감한 것이다), 또한, 원고는 2010 사업연도 법인세를 신고할 때에도 이 사건 분양계약의 해제에 따른 효과를 한꺼번에 반영하여 매출액을 -000원으로, 매출원가를 -000원으로 각 신고한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제8호증의 1, 갑 제9호증의 1, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

그러나 공동주택을 신축하여 분양하는 사업은 통상 수년 이상의 장기간에 걸쳐 이루어지는데, 예컨대 분양계약의 체결은 사업초기에 집중되고, 분양금수익은 공동주택의 준공 무렵에 집중되며, 분양계약의 해제는 준공일 후에도 지속적으로 발생하는 등 각 사업연도의 사업여건이 일정치 아니하다. 그 결과 사업초기에는 손실이 누적되다가 공동주택을 준공하여 분양을 마칠 무렵에 수익이 집중되는 경우가 흔히 발생할 수 있다. 이에 더하여 분양되는 공동주택의 각 세대는 가격형성 요인상 각기 다른 특성을 가지고 있고, 분양계약이 해제되는 시기나 사유 역시 일정치 아니한 점까지 고려하면, 공동주택에 관한 분양계약의 해제가 경상적・반복적으로 이루어지는 것이라고 단정하기 어렵다. 원고의 경우에도 2007, 2008 사업연도는 사업초기에 누적된 결손금이 상당한 반면 분양수익금은 이를 충당할 정도로 충분하지 않아 실질적으로 납부할 법인세액이 없었으므로 2009 사업연도 이후 발생한 계약해제분을 계약시점까지 소급하여 반영할 필요성이 크지 않았다(다만, 원고는 이 사건 아파트의 준공이 이루어진 2009 사업연도에 수익이 크게 발생하여 실질적으로 법인세를 처음 납부하게 되자 당시 계약해제분을 바로 반영한 것으로 보이고, 2010 사업연도의 경우에는 이 사건 아파트에 관한 공사를 더 이상 진행하지 않아 공사진행률과 분양률 등이 고정되었다고 판단한 나머지 이 사건 분양계약의 해제에 따른 손익변동을 당해 사업연도에 모두 신고한 것으로 보인다). 더욱이 원고가 2009, 2010 사업연도에 발생한 각 분양계약 해제분을 계약체결 시점으로 소급하여 반영하지 아니한 채 해제일이 속하는 각 사업연도에 한꺼번에 반영한 것이 기업회계의 기준이나 관행에 따른 것이라고 볼 만한 근거도 제시되지 아니하였다(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정된 「법인세법 시행령」은 제69조 제3항을 신설하여 "작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다"고 규정하였으나, 위 개정 시행령 부칙 제1조 및 제2조에 의하면, 위 제69조 제3항의 규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용되므로, 이 사건에는 적용될 수 없다).

위와 같은 사정들을 종합하여 보면 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 경상적・반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 온 특별한 사정이 있다고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이에 관한 피고의 주장은 이유 없다.

라. 소결

그렇다면, 이 사건 분양계약의 해제로 인한 효과는 계약해제일이 속하는 2010 사업연도에 발생한 손익으로 처리하여야 하는 것이 아니라 계약체결 시점인 2007 사업연도부터 소급하여 반영하여야 한다. 이 경우 원고의 2009 사업연도 귀속 법인세액이 000원에서 000원으로 000원 감액되어야 한다는 것은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 처분 중 000원을 초과하는 부분은 위법하여 취소를 면할 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고가 부담하게 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

● 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고・결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고・결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

● 「국세기본법 시행령」

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2제2항제5호에서 대통령령으로 정하는 사유 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

● 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

● 구 「법인세법 시행령」(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것)

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설・제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 건설등 이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역 제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 작업진행률 이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

● 구 「법인세법 시행규칙」(2011. 2. 28. 기획재정부령 제187호로 개정되기 전의 것)

제34조(작업진행률의 계산등) ① 영 제69조제2항 본문에서 건설등을 완료한 정도 라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간・작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 작업시간등 이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

작업진행률 = 해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 / 총공사예정비

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

계약금액 X 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금

당해사업연도에 발생된 총비용