결정 내용은 붙임과 같습니다.

법인세법 시행규칙 제56조원천징수대상 이자소득금액의 계산

서울고등법원

제1행 정 부

2. 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소하고, 피고가 원고에 대하여 한 ① 2011. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분 중 ○○○원 부분, ② 2011. 3. 2.자 2007 사업연도 법인세 본세 ○○○원 중 ○○○원 부분, ③ 2013. 1. 10.자 2008 사업연도 법인세 본세 ○○○원의 부과처분 중

○○○원 부분을 각 취소한다.

3. 피고의 항소를 기각한다.

4. 소송총비용(당심에서 추가된 청구로 인하여 생긴 부분 포함)은 피고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한 2011. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분, 2011. 3. 2.자 2007 사업연도 법인세 본세 ○○○원 중 ○○○원을 초과하는 부분 및 법인세 가산세 ○○○원의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분, 2013. 1. 10.자 2008 사업연도 법인세 본세 ○○○원의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분 및 법인세 가산세 ○○○원의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분을 각 취소한다 라는 판결(원고는 당심에서 위와 같은 각 법인세 가산세 부과처분의 취소를 구하는 청구를 추가하였다).

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 피고가 원고에 대하여 한 2011. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함)의 부과처분 중 본세 ○○○원 부분, 2011. 3. 2.자 2007 사업연도 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함)의 부과처분 중 본세 ○○○원 부분, 2013. 1. 10.자 2008 사업연도 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함)의 부과처분 중 본세

○○○원 부분을 각 취소한다라는 판결.

나. 피고

제1심 판결 중 피고가 원고에 대하여 한 2011. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분(가산세 ○○○원 포함) 중 ○○○원을 초과하는 부분의 취소를 명한 피고 피소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다라는 판결.

원고가 제1심에서 피고가 원고에 대하여 한 2010. 9. 10.자 2005 사업연도 법인세 가산세 부과처분, 2011. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 본세 부과처분 중 일부 및 가산세 부과처분 전부, 2011. 3. 2.자 2007 사업연도 법인세 본세 부과처분 중 일부 및 가산세 부과처분 전부, 2013. 1. 10.자 2008 사업연도 법인세 본세 부과처분 중 일부와 가산세 부과처분 전부에 대하여 각 그 취소를 구하였고, 이에 대해 제1심은 각 사업연도 가산세 부과처분들에 대해서는 원고 전부 승소의, 각 사업연도 법인세 본세 부과처분에 대해서는 원고 일부 승소의 판결을 하였다. 이에 대해 원고는 패소부분 전부(일부 패소한 각 사업연도 법인세 본세 부과처분)에 대하여 항소하였고, 피고는 패소부분 중 2006 사업연도 법인세 부분에 대해서만 항소하였다. 그런데 피고는 당심 계속 중인 2013. 12. 13. 원고에 대하여 각 사업연도(2006 사업연도는 제외) 가산세에 대해 종전 처분을 취소함과 아울러 절차적 하자를 보완하여 종전 처분과 동일한 금액으로 각 사업연도 가산세 부과처분을 하였고, 이에 대해 원고는 각 사업연도(2006 사업연도 제외) 가산세 부과처분 중 각 일부의 취소를 구하는 청구를 추가하는 것으로 청구취지를 변경하였다. 결국 이 법원의 심판범위는 2006~2008 사업연도 각 법인세 본세 및 가산세 부과처

분의 적법 여부라고 할 것이다.

2. 처분의 경위

가. 원고의 법인세 신고・납부

1) 원고는 수출입과 해외투자 및 해외자원개발 등 대외 경제협력에 필요한 금융을 제공하는 것을 주된 목적으로 설립된 법인인데, 2006~2008 사업연도 각 법인세와 관련 하여, ① 한국무역보험공사(변경전 상호 : 한국수출보험공사, 이하 '보험공사'라 한다)로 부터 수출보험약관에 따라 지급받은 보험금(이하 '이 사건 보험금'이라 한다), ② 보험공사, 신용보증기금, 기술신용보증기금 등으로부터 보증계약에 따라 지급받은 보증채무이행금(이하 보험공사, 신용보증기금, 기술신용보증기금을 통틀어 언급하는 경우에는 '신용보증기금 등'이라 하고, 신용보증기금 등이 원고에게 지급한 보증채무이행금을 '이사건 보증채무이행금'이라 한다), ③ 정리대상여신으로 분류된 대출금 중 주채무자로부터 지급받은 금원 등에 대하여 각 일부 원금과 이자를 먼저 회수한 것으로 회계처리를 하였다.

2) 원고는 2006 사업연도 법인세 ○○○원, 2007 사업연도 법인세 ○○○원, 2008 사업연도 법인세 ○○○원을 각 그 기간 내에 신고・납부하였다.

3) 원고의 경정청구에 따른 세액 변경

이후 원고는 외국납부세액과 관련하여 경정청구를 하여 2006 사업연도 법인세 중 ○○○원, 2007 사업연도 법인세 중 ○○○원, 2008 사업연도 법인세 중 ○○○원을 각 환급받았다.

나. 피고의 처분

1) 피고의 세무조사 후 세액 변경

CCC은 2010. 6. 21.부터 2010. 8. 27.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 충당 순서에 관하여 약정한 사실이 없음에도 법인세법 시행규칙 제56조를 위반하여 임의로 원금을 먼저 회수한 것으로 회계처리를 함으로써 이자전액을 먼저 회수한 것으로 회계처리를 하였을 경우 추가로 발생할 수 있었던 이자수입을 누락하였다고 판단하고, 아래 <표1> 기재와 같이 이 사건 보험금과 관련한 이자수입 누락액 ○○○원, 보증채무이행금과 관련한 이자수입 누락액 ○○○원(보험공사 : ○○○원, 신용보증기금 : ○○○원, 기술신용보증기금 : ○○○원, DDD 주식회사 : ○○○원), 정리대상여신과 관련한 이자수입 누락액 ○○○원을 익금에 산입하는 등으로 소득금액을 조정하여 2006 사업연도법인세액을 ○○○원, 2007 사업연도 법인세액을 ○○○원, 2008 사업연도 법인세액을 ○○○원으로 각 경정하고, 2010. 9. 10. 원고에 대하여 2005 사업연도 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함), 2006 사업연도 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함), 2007 사업연도 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원), 2008 사업연도 법인세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함)을 각 경정・고지하였다.

2) 원고의 조세심판청구 이후 피고의 세액 변경

가) 원고는 이에 불복하여 2010. 12. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2012. 11. 22. 원고가 DDD 주식회사로부터 지급받은 보증채무이행금과 정리대상여신으로 분류된 대출금 중 주채무자로부터 지급받은 금원을 원금에 먼저 충당한 것은 적법하다고 판단하여 '피고가 2010. 9. 10. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 ○○○원, 2006 사업연도 법인세 ○○○원, 2007 사업연도 법인세 ○○○원, 2008 사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분은 원고가 대여금의일부를 변제받은 경우 원금, 이자의 순으로 충당순서를 변경함에 따른 2006 사업연도 내지 2009 사업연도 이자수입 ○○○원과 2006 사업연도 DDD 주식회사의 보증채무 이행금액 ○○○원을 익금에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다'는 내용의 결정을 하였다.

나) 피고는 조세심판원의 심판청구 절차계속 중 종전 세액을 증액하거나 감액하는 경정처분을 여러 차례에 걸쳐 하였는데, 다시 2012. 12. 3. 위 조세심판원의 결정취지에 따라 감액경정을 하고, 그 이후 다시 증액 또는 감액경정을 하였는바, 2006~2008 사업연도 법인세의 구체적인 경정내역은 아래 <표2> 기재와 같다.

3) 피고의 후속 처분

피고는 이 사건 제1심 판결 후인 2013. 12. 13. 원고에 대하여 각 사업연도(2006 사업연도는 제외) 가산세에 대해 종전 처분을 취소함과 아울러 절차적 하자를 보완하여 종전 처분과 동일한 금액으로 각 사업연도 가산세 부과처분을 하였고, 다시 2014. 6. 27. 원고에 대하여 2008 사업연도 법인세와 관련하여 종전 세액 중 본세 ○○○원, 가산세 ○○○원을 각 감액하는 경정처분을 하였다.

4) 다툼의 대상인 처분의 범위

원고는 이 사건에서 위와 같이 여러 차례에 걸쳐 증액, 감액 등의 처분과 각종 공제의 결과 현재까지 남아있는 처분 중 이 사건 보험금 및 보증채무이행금에 관련된 세액부분[피고가 원고에 대하여 한 2011. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 ○○○원(=○○○원 + ○○○원 - ○○○원)의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 ○○○원(= 본세 ○○○원 + 가산세 ○○○원) 부분, 2011. 3. 2.자 2007 사업연도 법인세 ○○○원(= ○○○원 + ○○○원 -

○○○원 - ○○○원 - ○○○원)의 부과처분 중 본세 ○○○원에서 ○○○원을 초과하는 ○○○원(= ○○○ - ○○○) 부분 및 가산세 ○○○원에서 ○○○원을 초과하는 ○○○원(= ○○○ - ○○○) 부분, 2013. 1. 10.자 2008 사업연도 법인세 ○○○원(=○○○ - ○○○)의 부과처분 중 본세 ○○○원에서 ○○○원을 초과하는 ○○○원(= ○○○ - ○○○), 가산세 ○○○원에서 ○○○원을 초과하는 ○○○원(= ○○○ - ○○○) 부분, 이하에서는 이들을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다]의 위법성을 다투고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8 내지 11호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내

지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 청구취지 기재 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

가. 이 사건 보험금 관련

보험공사가 원고에게 이 사건 보험금을 지급한 것은 EEEE 통신공사의 연불어음 원리금 채무를 대위변제한 것이 아니라 수출보험계약에 따른 자신의 보험금 지급의무를 이행한 것이고, 그 채무이행의 범위는 수출보험계약 및 수출보험약관의 내용에 따라 결정되었으므로, 원고가 이 사건 보험금을 수출보험계약 및 수출보험약관에서 정한 채무에 충당한 것은 정당하고, 이에 대하여 법인세법 시행규칙 제56조를 적용하여 소득금액을 조정할 여지는 없어, 이 사건 각 처분 중 이 사건 보험금과 관련된 본세 및 가산세 부분은 위법하다.

나. 이 사건 보증채무이행금 관련

신용보증기금 등이 원고에게 이 사건 보증채무이행금을 지급한 것은 자신의 보증채무를 이행한 것으로서, 그 채무이행의 범위는 미리 정한 약정에 따라 이루어진 것이었고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 대출약정에 적용되는 은행여신거래기본약관에서 정한 바에 따라 원고가 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 행한 변제충당은 정당하며, 나아가 은행여신거래기본약관이 적용되는 경우가 아니라 하더라도 보증채무의 이행과정에서 묵시적 변제충당의 합의가 있었으므로, 원고가 이 사건 보험금 및 보증채무이행금을 일부 원금과 이자의 변제에 먼저 충당한 것은 정당하고, 이에 관하여 법인세법 시행규칙 제56조를 적용하여 소득금액을 조정할 여지는 없어, 이 사건 각 처분 중 이와 관련된 본세 및 가산세 부분은 위법하다.

다. 과다 익금산입 관련

원고의 금리 및 수수료세칙 제23조 제1항에 따라 신용보증기금 등의 보증서를 취득하여 대지급금으로 회수되는 대출금의 경우 지연배상금율(연체이율)이 아닌 대출이율(정상이율)을 적용하고 있음에도 피고가 지연배상금율에 의한 금액이 적용되어야 한다는 이유로 그 차액을 익금산입한 것은 위법하다.

또한 FFF 변제수령과 관련 피고는 원고가 ○○○원을 과소수령한 것으로 보아 익금산입하였으나 그 중 ○○○원 부분은 원고가 실제 수령한 액수를 누락한 것이어서 위법하다.

라. 2006 사업연도 가산세 관련

2006 사업연도 가산세 부과처분은 납세고지서에 가산세의 종류가 구분되어 있지 않을 뿐만 아니라 산출근거가 기재되어 있지 않으므로 위법하다.

4. 관계 법령

별지 기재와 같다.

5. 쟁점별 판단

가. 이 사건 보험금 관련 변제충당 부분

1) 인정사실

가) 수출계약의 체결

아제르바이잔 공화국은 그 영토 내에 있는 자치지역인 EEEE 자치공화국 내 EEEE 지역의 통신망 현대화를 위한 국책사업을 추진하였고, 주식회사 GG(이하 'GG'라 한다)는 1998. 2. 16. 아제르바이잔 공화국 통신부 산하 EEEE 통신공사(이하 'EEEE 통신공사'라 한다)와 전전자교환기 및 그 부대장비(이하 '이 사건 물품'이라 한다)를 대금 미화 ○○○달러에 수출하기로 하는 계약(이하 '이 사건 수출계약'이라 한다)을 체결하면서, 대금의 15%에 해당하는 미화 ○○○달러는 위 계약에 서명한 날로부터 70일 이내에 지급받고, 나머지 원리금인 미화 ○○○달러는 물품인도완료 후 50일이 경과한 날부터 9회에 걸쳐 분할하여 지급하기로 약정하였다[이 사건 수출계약상의 물품대금의 지급방식과 같이 수출 금액이 커서 현금 일부만을 받은 후 나머지 잔금을 여러 해에 걸쳐 지불받는 방식의 수출을 연불수출(延拂輸出)이라 하는데, 이하 GG의 EEEE 통신공사에 대한 잔여원리금 채권을 '이 사건 연불채권'이라 한다. 한편, 이 사건 연불채권의 원금은 미화 ○○○달러이고 이에 대한 이자는 미화 ○○○달러로서 이 사건 연불원리금 채권은 합계 미화 ○○○달러(= 미화 ○○○달러 + 미화 ○○○달러)이다]. 이 사건 수출계약에 의하면, EEEE 통신공사는 대금지급의무를 증명하기 위하여 위 계약이 서명된 날로부터 70일 이내에 GG에게 또는 지정된 상업은행에게 은행의 지정 형식으로 된 무조건적인 지급을 확약하는 취지의 증권(이하 '약속어음'이라 한다)을 발행하여 제공해야 한다. GG와 EEEE 통신공사는 1998. 8. 18. 이 사건 수출계약의 내용 중 약속어음에 관한 내용 등을 일부 수정하는 내용의 추가계약을 체결하였는데, 위 추가계약에 따라 발행된 약속어음에 의하면 EEEE 통신공사는 GG가 지시하는 자에게 연불로 미화 ○○○달러와 연 4.5%의 이자를 무조건적으로 지급할 것을 약속한다는 취지로 규정되어 있다.

나) 수출보험계약의 체결

GG는 1999. 6. 23. 보험공사와 이 사건 수출계약과 관련하여, ① 피보험자를 GG로, ② 보험금 수취인을 이 사건 물품의 선적 전에는 GG, 선적 후에는 원고로, ③ 보험가액을 이 사건 물품의 선적 전에는 이 사건 연불 원금 채권의 범위 내에서 미화 ○○○달러로, 선적 후에는 이 사건 연불원리금 채권의 범위 내에서 미화 ○○○달러로, ④ 보험금액을 이 사건 물품의 선적 전에는 선적 전 보험가액인 미화 ○○○달러의 90%에 해당하는 미화 ○○○달러로, 선적 후에는 선적 후 보험가액인 미화 ○○○달러의 95%에 해당하는 미화 ○○○달러의 범위 내에서 미화 ○○○달러로, ⑤ 보험기간을 이 사건 물품 선적 전에는 14개월로, 선적 후에는 1999. 6. 14.부터 2003. 5. 24.까지로 각 정하여 중장기수출보험포괄보험계약(이하 '이 사건 수출보험계약'이라 한다)을 체결하였다.

다) 원고의 대출

원고는 GG와 보험공사 사이에 체결된 이 사건 수출보험계약상 보험증권 및 GG가 EEEE 통신공사로부터 교부받은 약속어음 등을 담보로 1999. 6. 24. GG에게 이 사건 연불원금 채권의 98.5%에 해당하는 미화 ○○○달러(= 미화 ○○○달러 × 0.985)의 범위 내에서 미화 ○○○달러를 연불금융으로 대출하였다.

라) 보험사고의 발생

GG는 이 사건 수출계약에 따른 모든 의무를 완료하였는데, 외환위기로 인해 경영상 어려움을 겪던 GG는 1999. 7. 19. 구조조정계획을 발표하였고, 그 직후인 1999. 7. 27.경 원고는 GG로부터 EEEE 통신공사가 발행한 약속어음을 매입하면서 그 매입대금을 GG에 대한 연불금융 대출금채권과 상계하는 계약을 체결하였으며, GG의 배서 등을 통해 원고는 약속어음의 적법한 권리자가 되었다. EEEE 통신공사는 이 사건 수출보험계약상 보험금 수취인인 원고에게 제1, 2, 3차 연불원리금을 지급하였으나 제4차 연불원리금 중 일부와 제5 내지 9차 연불원리금 합계 미화 ○○○달러(= 원금 미화 ○○○달러 + 이자 미화 ○○○달러)를 지급하지 않았다. 이에 따라 GG는 2001. 3. 15. 이후 보험공사에 EEEE 통신공사가 제4 내지 9차 연불원리금 채무의 전부 또는 일부를 이행하지 아니하고 있다는 내용으로 보험사고(이하 '이 사건 보험사고'라 한다)의 발생 사실을 여러 차례에 걸쳐 통지하였다.

마) 보험금의 수령

원고는 2001. 5. 17. 이후 여러 차례에 걸쳐 보험공사에 대하여 위와 같이 미지급된 제4 내지 9차 연불원리금 채무의 95%인 미화 ○○○달러[정확한 액수는 미화 ○○○달러(= 미화 ○○○달러 × 0.95, 소수점 셋째자리 이하는 버림, 이하 같다)이나, 원고는 보험금을 계산함에 있어 1달러 미만을 버리고 계산하였다]를 보험금으로 지급하여 줄 것을 청구하였으나 보험공사가 이를 지급하지 아니하자, 2005. 3.18. 보험공사를 상대로 서울중앙지방법원 2005가합○○○호로 보험금 청구 소송을 제기하여 2005. 11. 16. '보험공사는 원고에게 미화 ○○○달러 및 이에 대한 지연손해금을 지급하라'는 내용의 원고 전부승소판결을 선고받았다. 보험공사는 위 판결에 불복하여 서울고등법원 2006나○○○호로 항소하였는데, 위 사건에서 2006. 8. 23. '1. 보험공사는 원고에게 미화 ○○○달러를 지급한다. 2. 원고는 나머지 청구(지연손해금 청구)를 포기한다. 3. 원고는 보험공사로부터 제1심 판결에 의하여 가지급받은 보험금 중 지연손해금 미화 ○○○달러를 2006. 9. 15.까지 보험공사에게 지급한다'는 내용의 조정에 갈음하는 결정이 내려져 2006. 9. 7.경 그대로 확정되었다. 이에 따라 원고는 보험공사로부터 미화 ○○○달러를 지급받은 후 원금채권의 95%인 미화 ○○○달러(= 미화 ○○○달러 × 0.95)를 원금에, 이자채권 미화 ○○○달러의 95%인 미화 ○○○달러(= 미화 ○○○달러 × 0.95)를 이자에 각 충당하였다.

바) 원고의 회계처리

한편 원고는 미회수 연불원리금채권인 미화 ○○○달러(= 원금 미화 ○○○달러 + 이자 미화 ○○○달러) 중 이 사건 수출보험계약을 통하여 회수가 가능한 금액을 제외한 미화 ○○○달러에 대하여 2003. 12. 1. 금융감독원의 승인을 받아 대손상각함으로써 장부상 채권잔액이 미화 ○○○달러가 되었는데, 위 보험금 청구 소송을 통하여 미화 ○○○달러(실제로는 ○○○달러)를 회수함에 따라 그 차액인 ○○○달러(= 미화 ○○○달러 - 미화 ○○○달러)를 상각채권 추심이익으로 익금에 산입하였다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

살피건대, 앞서 본 사실관계에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 보험사고는 GG가 이 사건 물품계약에 따라 이 사건 물품을 선적한 후에 발생한 점, ② 이 사건 물품의 선적 후에 이 사건 보험사고가 발생한 이상 원고로서는 이 사건 수출보험계약에 따라 보험금 수취인으로서 보험공사로부터 위 수출보험계약과 수출보험약관에서 정한 보험금을 지급받을 수 있는 점, ③ 이 사건 수출보험계약과 수출보험약관은 이 사건 물품의 선적 후의 보험금액에 관하여 원금과 이자를 합한 연불원리금 채권을 기준으로 한 보험가액의 95%에 해당하는 미화 ○○○달러의 범위 내에서 미화 ○○○달러로 정하고 있는데, 이에 의하면 원고와 보험공사 사이에는 원금채권과 이자채권의 각 95%를 보험금으로 정하는 합의가 있었다고 보이는 점 등을 종합해 보면, 원고가 보험공사로부터 미화 ○○○달러를 지급받은 후 원금채권의 95%인 미화 ○○○달러를 원금에, 이자채권 미화 ○○○달러의 95%인 미화 ○○○달러를 이자에 각 충당한 것은 이 사건 수출보험계약과 수출보험약관에 따른 것으로서 법인세법 시행규칙 제56조에서 정한 '차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정'이 있는 경우라고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 익금산입은 위법하다.

나. 보증채무이행금 관련 변제충당 부분

1) 인정사실

가) 신용보증기금의 신용보증서 발급

신용보증기금은 2006. 12. 5.경 원고 앞으로 HHHH 주식회사(이하 'HHHH'라 한다)가 원고로부터 포괄수출금융대출을 받고 부담하게 될 채무 중 보증금액을 ○○○불로, 보증비율을 80%로 하여 담보하는 내용의 신용보증서를 발급하였고, 원고는 위 신용보증서를 담보로 HHHH에게 금원을 대출하였는데, 위 신용보증서에 첨부된 신용보증약관 제12조는 다음과 같이 규정하고 있다.

제11조(보증채무이행범위) ① 기술신용보증기금은 다음 각 호 금액의 합계액을 보증채무로 이행합니다.

1. 제8조에서 정하는 회수금을 우선 충당한 후의 미회수 보증부대출 원금 중 기금책임분담분과 채권자책임분담부분의 합계액에 부분보증비율을 곱한 금액과 보증잔액 중 적은 금액. 다만, 지급보증의 대지급이 발생된 경우에는 동 미회수대지급금 중 기금책임분담부분과 채권자책임분담부분의 합계액에 부분보증비율을 곱한 금액과 보증잔액 중 적은 금액

2. 제1호의 이행 금액에 대하여 보증채무이행 전일까지 보증부대출의 이행기가 도래되지 아니하였을 경우에 적용될 이자율(연체이자율 제외)에 의한 미수이자액. 다만, 제1호 단서의 대지급금에 대하여는 채권자의 은행계정상 대출금 기준금리(프라임레이트)에 2%를 가산한 이자율에 의한 미수이자액

3. 채권자가 보증부대출 중 기금책임분담부분과 채권자책임분담부분의 회수를 위하여 지급한 비용중 기술신용보증기금법령이 정한 금액에 부분보증비율을 곱한 금액

② 동일한 한도거래 대출에 대하여 기술신용보증기금과 타보증기관이 함께 보증한 경우로서 각 보증기관별 보증잔액에 채권자책임분담부분을 합한 금액의 합계액이 대출금잔액을 초과하는 때에는 제1항 제1호에 불구하고 다음 각 호의 1에 해당하는 금액을 이행합니다.

1. 건별 대출금 전체가 기술신용보증기금과 타보증기관이 함께 보증책임을 부담하는 것일 경우에는 신용보증사고 발생 당시의 각 보증기관별 보증 잔액과 채권자책임분담부분을 합한 금액 비례로 안분하여 기술신용보증기금과 채권자가 부담하는 금액에 부분보증비율을 곱한 금액

2. 기술신용보증기금 또는 타보증기관 어느 일방만이 보증책임을 부담하는 건별 대출과 기술신용보증기금과 타보증기관이 함께 보증책임을 부담하는 건별 대출이 공존하는 경우에는 다음 각 목의 합계액에 부분보증비율을 곱한 금액

가. 기술신용보증기금과 채권자만이 부담하는 건별 대출금액

나. 기술신용보증기금과 타보증기관이 함께 보증책임을 부담하는 건별 대출에 대하여는 신용보증사고 발생 당시의 각 보증기관별 보증잔액에 채권자책임분담부분을 합한 금액에서 보증채무 이행당시 보증기관 일방과 채권자만이 부담하는 건별 대출을 차감한 금액비례로 안분하여 기술신용보증기금과 채권자가 부담하는 금액

③ 채권자가 제10조 제2항에서 정한 기한 이내에 보증채무 이행을 청구하지 아니한 경우에는 제1항 제2호에 불구하고 그 기한의 종료일 익일부터 청구일까지 발생된 미수 이자액은 이행하지 아니합니다.

기술신용보증기금이 원고의 주식회사 IIII에 대한 대출과 관련하여 2003. 12. 31. 보증금액을 ○○○원으로, 보증비율을 75%로 하여 발급한 신용보증서, 원고의JJJ주식회사에 대한 대출과 관련하여 2005. 11. 18. 보증금액을 ○○○ 원으로, 보증비율을 75%로 하여 발급한 신용보증서 등과 관련해서도 같은 방식으로 대출이 이루어졌다.

다) 보험공사의 신용보증서 발급

보험공사는 2008. 6. 4.경 원고 앞으로 주식회사 KKK(이하 'KKK'라 한다)가 원고로부터 대출을 받고 부담하게 될 채무 중 보증한도를 4억 9,500만 원으로하여 담보하는 내용의 신용보증서를 발급하였고, 원고는 위 신용보증서를 담보로 KKK에 금원을 대출하였는데, 위 신용보증서에 첨부된 신용보증약관 제5조, 제14조는 다음과 같이 규정하고 있다.

제5조(보증채무의 범위) ① 보험공사 보증하는 채무는 다음 각 호의 합계금액을 말합니다.

1. 신용보증서 앞면에 기재된 신용보증한도 범위 내의 신용보증부 대출원금. 다만, 지급보증의 대지급이 발생된 경우에는 보증한도 범위 내의 대지급금

2. 신용보증부 대출원금에 대하여 보증채무 이행일까지의 약정이자율(상환기일에 적용되는 이자율로 연체이자는 제외됨)에 의한 이자액. 다만, 제1호 단서의 대지급금에 대해서는 해당 채무자에 대한 최근 일자 대출에 적용된 이자율을 우선 적용하고, 이에 해당하는 이자율이 없을 때에는 한국은행이 고시한 양도성 예금증서(91일을 기준)에 2%를 가산한 이자율에 의한 이자액

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 미수이자액은 보증채무로 이행하지 아니합니다.

1. 제10조 제1항에서 정한 기한 내에 신용보증사고 발생을 통지하지 않을 경우 그 기한의 종료일익일부터 사고발생 통지일까지 발생된 미수이자액

2. 제15조 제2항에서 정한 기한 내에 보증채무 이행을 청구하지 아니한 경우에는 그 기한의 종료일 익일부터 청구일까지 발생된 미수이자액

③ 보험공사와 타보증기관이 경합보증하는 경우에는 제1항에도 불구하고 신용보증사고 당시 대출잔액을 각 보증기관별 보증잔액(부분보증의 경우에는 은행책임분담부분을 포함) 비례로 안분하여 이에 상응하는 원금과 약정이자를 지급하여 드립니다.

④ 제1항의 신용보증부대출금이 외국통화인 경우 보험공사는 원화로 신용보증부대출금을 지급할 수 있습니다.

제14조(신용보증채무의 이행금액) 보험공사는 신용보증사고 발생시 제5조의 보증하는 채무에서 다음각 호의 1에 해당하는 금액을 뺀 잔액을 신용보증채무로 이행합니다.

1. 신용보증채무 이행전까지 지급받은 금액

2. 신용보증채무 이행 전까지 신용보증부대출과 관련한 권리의 행사로 회수한 금액에서 회수에 소요된 합리적 비용을 뺀 잔액

3. 신용보증부 대출에 대하여 채무자로부터 선취한 이자 등 대위변제일 이후의 기간에 해당하는 부분(신용보증부 대출이 수개인 경우에는 각 대출 건별로 정산합니다)

보험공사가 원고의 LLL 주식회사에 대한 대출과 관련하여 2007. 7. 13. 보증한도를 ○○○원으로 하여 발급한 신용보증서, 원고의 MMM 주식회사에 대한 대출과 관련하여 2008. 4. 29. 보증한도를 ○○○원으로 하여 발급한 신용보증서, 원고의 NNN 주식회사에 대한 대출과 관련하여 2008. 6. 30. 보증한도를 ○○○불로 하여 발급한 신용보증서, 원고의 주식회사 PPP에 대한 대출과 관련하여 2008. 11. 28. 보증한도를 ○○○원으로 하여 발급한 신용보증서 등과 관련해서도 같은 방식으로 대출이 이루어졌다.

라) 보증채무이행금의 변제충당

원고는 신용보증기금 등으로부터 이 사건 보증채무이행금을 지급받은 후 신용보증기금의 신용보증약관 제12조, 기술신용보증기금의 신용보증약관 제11조, 보험공사의 신용보증약관 제14조에 정한 바에 따라 대출금 중 보증비율 또는 보증한도에 따른 원금 및 이자에 충당하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제12, 13, 14, 18 내지 30호증의 각 기재, 변론 전체의

취지

2) 판단

살피건대, 앞서 본 사실관계에 의하면, 신용보증기금 등이 발급한 보증서는 원고의 각 회사들에 대한 대출에 있어 대출조건의 하나로 되는 것이기 때문에 신용보증기금의 신용보증약관 제12조, 기술신용보증기금의 신용보증약관 제11조, 보험공사의 신용보증약관 제14조는 신용보증기금 등이 원고에게 지급하여야 하는 보증채무의 범위에 관하여 규정하는 것일 뿐만 아니라 원고가 신용보증기금 등으로부터 지급받은 이 사건 보증채무이행금의 충당방법을 정한 것이라고 할 것이므로, 위 각 신용보증약관의 규정은 법인세법 시행규칙 제56조에서 정한 '차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정'이 있는 경우에 해당한다고 할 것이어서, 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 익금산입 역시 위법하다. 설령, 각 신용보증약관의 규정은 충당 순서에 관한 약정에 해당하지 않는다고 하더라도 갑 제18 내지 30호증의 각 기재에 의하면 원고가 각 회사들에게 대출함에 있어 각 대출약정서에는 은행여신거래기본약관(기업용)의 적용을 승인한다는 점이 명시되어있는 사실, 은행여신거래기본약관 제13조 제1항에는 채무자가 기한의 이익을 상실한 채무를 변제하는 경우 채무자의 채무 전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하되, 은행은 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당 순서를 달리할 수 있다고 규정되어 있는 사실이 인정되고, 이러한 대출약정서의 규정과 은행여신거래기본약관의 규정은 원고가 신용보증기금 등으로부터 대위변제받은 경우에도 적용된다고 할 것이므로, 원고가 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 대위변제금을 원금과 원금에 상응하는 이자의 변제에 우선 충당하였다고 하더라도 법인세법 시행규칙 제56조에 위반한 것이라고 할 수 없다.

다. 과다 익금 산입 관련 부분

우선 지연배상금율 적용에 관하여 살피건대, 갑 제15, 37, 41호증의 각 기재에 의하면, 원고의 금리 및 수수료세칙 제23조 제1항은 대출원리금이 기일에 입금되지 않으면 그 기일 다음날부터 연체기간에 따라 정해진 지연배상금율을 적용하여 지연배상금을 받도록 하되, 신용보증기금, 기술신용보증기금, 서울보증보험, 보험공사의 보증서 또는 보험증권을 취득한 경우 대지급금 또는 보험금으로 회수되는 대출금에 대해서는 지연배상금율이 아닌 대출이율을 적용하도록 하고 있는 사실, 이에 따라 원고가 신용보증기금 등의 신용보증서를 담보로 받고 대출한 경우 대출약정서의 지연배상금율란을 공란으로 하고 있고 은행여신거래기본약관의 적용을 승인한다는 점이 명시되어 있는 사실, 보증서 담보부 대출의 경우에도 보증서에 대해 담보되지 않는 부분에 대해서는 지연배상금율을 적용한 연체이자가 원고의 대출금원장에 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 보증서 담보 대출 범위 내에서 지연배상금율을 적용하지 않은 것은 원고의 금리 및 수수료세칙과 채무자와의 대출약정에 따른 것으로서 정당하다고 할것이어서, 이와 다른 전제에서 피고가 지연배상금율에 의한 금액과의 차액을 익금산입한 것은 위법하다. 다음으로, QQQ에 대한 변제수령액 과소산정에 관하여 살피건대, 갑 제37, 44호증의 각 1의 각 기재에 의하면, 원고는 QQQ의 대출채무와 관련하여 보증기관인 보험공사로부터 대출이자율에 따른 정상이자 ○○○원을 수령한 사실, 피고는 원고가 대출이자율에 따른 정상이자와 지연배상금율에 따른 연체이자 합계액 ○○○원 중 ○○○원만을 변제수령한 것으로 보고 나머지 ○○○원을 익금산입한 사실을 인정할 수 있으므로, 피고가 ○○○원과 ○○○원의 차액인 ○○○원을 변제수령액에 산입하지 않고 익금산입한 것은 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 있다.

라. 2006 사업연도 가산세 부분

하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다. 다만 납세고지에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이명백하다면, 이로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조). 살피건대, 갑 제9, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 2010. 9. 10.자 납세고지서에 가산세 세액만이 기재되어 있고, 가산세의 산출근거가 기재되어 있지 않은 사실, 피고가 조세심판원의 결정에 따라 2006 내지 2008 사업연도 법인세를 감액경정하고 그 처리결과를 원고에게 알리기 위하여 보낸 통지서에도 가산세 세액이나 그 산출근거가 기재되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 2006 사업연도 법인세 가산세 부분의 납세고지는 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락하는 등의 하자가 있고, 달리 그 하자가 보완되거나 치유되었다고 볼 사정이 없다. 따라서 2006 사업연도 법인세 가산세 부과처분은 위법하다고 할 것이므로 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장 또한 이유 있다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 당심에서 추가한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하고, 원고의 나머지 청구 역시 이유 있으므로 이를 인용할 것인바 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 일부 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.