조세특례제한법 시행령 제79조의2, 소득세법 제104조의2

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 처분의 경위

(1) 원고는 1988. 5. 16. 및 1992. 10. 20. 서울 BB구 CC동 389-11 대지 194.4 ㎡ 및 그 지상 건물 523.68㎡(이하 위 각 부동산을 '이 사건 각 부동산'이라 한다)를 각각 취득하였다가, 2005. 5. 4. 소외 주식회사 DDDDD에게 이를 매도하기로 한 후 위 회사로부터 매수인의 지위를 승계한 소외 주식회사 EEEEEEEEE(이하 '소외 회사'라 한다)로부터 2006. 12. 7. 이 사건 각 부동산의 잔대금을 모두 지급받음으로써 이 사건 각 부동산을 양도하였다.

(2) 원고는 2007. 2.경 피고에게 이 사건 각 부동산의 양도에 따른 2006년도 귀속 양도소득세 예정신고 및 납부를 하면서 이 사건 각 부동산이 소득세법 제104조의2에 의한 지정지역(이하 '투기지역'이라 한다)에 해당하여 이 사건 각 부동산의 실지거래가 액을 기준으로 산정한 양도소득세로 223,608,377(과세표준금액 722,649,312원)을 신고, 납부하였다가, 2007. 5. 30. 피고에게 이 사건 각 부동산이 구「조세특례제한법」 (2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조의 규정(이하 '이 사건 과세 특례규정'이라 한다)에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상으로 위 규정에 따라 기준시가를 기준으로 양도소득세를 계산할 경우 양도소득세액이 57,654,350(과세표준금액 210,445,523원)이므로, 그에 따라 당초 납부한 세액과의 차액 165,954,027원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

(3) 이에 대하여 피고는 2007. 7. 24. 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

나. 도시환경정비구역의 지정 및 사업시행인가 등

(1) 이 사건 각 부동산이 속한 서울 BB구는 2005. 6. 30.자로 투기지역으로 지정 되었고, 한편 이 사건 각 부동산이 위치한 BB구 GG1구역은 2003. 11. 18. 서울특별시 고시 2003-374호로 균형발전촉진지구로 지정되었으며, 2006. 3. 13. 서울특별시 고 시 채2006-87호 도시환경정비구역으로 지정, 고사되었다.

(2) 소외 회사는 도시환경정비구역인 GG1구역 내에서 정비사업을 시행하기 위하여 이 사건 각 부동산 등을 취득하는 한편, GG1구역에 대한 도시환경정비사업 시행 계획을 수립하면서 2006. 5. 4. 서울특별시 BB구청장으로부터 도시환경정비사업과 관련한 문화재보존을 위한 조치사항을 통보받았고, 2006. 6. 19. 서울특별시 교통영향심의위월회로부터 교통영향평가서에 관한 조건부가결 결정을 받았으며, 2006. 6. 29.경 서울특별시 서부교육청으로부터 학교환경위생정화구역내 금지행위 및 시설해제를 통보 받았고, 2006. 7. 12.경에는 서울특별시 BB구청장으로부터 2006. 6. 30.자 서울특별시 건축위원회의 심의결과를 통보받았다.

(3) 그 후 소외 회사는 이 사건 각 부동산에 대한 잔금청산일 이후인 2006. 12. 22. BB구청장에게 GG1구역 도시환경정비구역 사업시행인가신청을 하였고, 이에 BB구청장은 2007. 5. 25. 소외 회사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가 통지 및 고시를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6, 8호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 각 부동산을 이 사건 과세특례규정에서 정한 취득시기인 정비구역 지정일 전에 취득하여 위 규정에서 정한 양도시기인 2006. 12. 31. 이전 인 2006. 12. 7. 도시환경정비사업 시행자인 소외 회사에게 이를 양도하였으므로, 이 사건 각 부동산의 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어서도 이 사건 과세특례규정이 적용되어 기준시가에 의하여 양도소득세를 산정하여야 할 것이므로, 그에 따른 원고의 경정 청구를 거부한 이 사건 처분은 부적법하다. 이 사건 양도 당시 소외 회사는 다음과 같은 이유에서 도시환경정비사업의 시행자로 볼 수 있다.

① 도시 및 주거환경정비법(이하 '도시정비법'이라 한다) 상 사업시행자는 '도시정비법이 정한 절차에 따라 정비구역 안에서 도시환경정비사업 등을 실지로 행하는 주체'이고, 도시정비법 상의 사업시행인가는 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 권리를 발생시키는 행정처분일 뿐이므로 그 사업시행인가를 받기 전에라도 토지 등의 소유자 사업시행계획을 작성할 단계에 이른 때에는 도시정비법 상의 사업시행자로 봄이 타당하다. 소외 회사는 사업시행계획수립과 관련하여 2006. 6. 19.경 서울특별시 교통영향심의위원회로부터 교통영향평가결과를, 2006. 6. 29.경 서울특별시 서부교육청으로부터 학교환경위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제를, 2006. 7. 12.경 서울특별시 BB구청으로부터 서울특별시 건축위원회의 심의결과를 각 통보받음으로써 관계 행정청으로부터 사업시행자로서의 지위에 있음을 인정받았고, 그 후인 2007. 5. 25. GG1구역 도시환경정비구역에 대하여 사업시행인가를 받았으므로 2006. 6. 19.부터는 도시정비법 상의 사업시행자에 해당한다.

② 설령 토지등소유자가 시행하는 도시환경정비사업에 있어서는 사전에 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 사업시행인가를 받은 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토 지등소유자가 사업시행인가를 받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다고 해석함이 상당하다고 하더라도, 이 사건 각 부동산의 양도 당시 소외 회사는 이미 관계 행정청으로부터 문화재 보존을 위한 조치사항의 통보, 교통영향평가에 관한 조건부가결 결정 통보, 학교환경위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제 통보, 건축위원회 심의결과 통보를 각 받았고, 이 는 도시정비법 상의 사업시행인가가 일부 이행된 경우라고 볼 수 있으므로 결국 이 사건 각 부동산 양도 당시 소외 회사는 도시정비법 상 사업사행자에 해당한다.

나. 판단

(1) 관련 법리(대법원 2011. 5. 26. 선고 2009두14088 판결)

"구 「조세특례제한볍J (2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85 조 제5호, 구 「조세특례제한법 시행령J (2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제79조의2 제1항은, 거주자가 구 「소득세법」 (2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산 을 구 「도시 및 주거환경정비법J (2007. 12. 21. 법률 제8785호로 개정되기 전의 것, 이하도시정비법'이라 한다) 제4조의 규정에 의하여 정비구역을 지정한 날 전에 취득 하여 2006. 12. 31. 이전에 도시정비법에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 양도소득세 과세표준을 산정함에 있어 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있다.",한편, 도시정비법 제8조 제3항, 제4항은 도시환경정비사업은 토지등소유자로 구성된 조합 또는 토지등소유자가 시행할 수 있으며 시장 ・ 군수는 일정한 사유가 있는 경우 토지등소유자를 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다고 규정하고, 제28조 제1항은 사업시행자가 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획서 등을 시장 ・ 군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다고 규정하면서, 제38조는 사업시행자는 정비사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 토지 ・ 물건 또는 그 밖의 권리를 수용 또는 사용할 수 있다고 각 규정하고 있다. 그리고 도시정비법 제85 조 제7호는 사업시행인가를 받지 아니하고 정비사업을 시행한 자는 2년 이하의 징역 또는 2천만 원 이하의 벌금에 처한다고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언내용과 입법취지, 특히 도시정비법상 사업시행자에게는 부동산에 대한 수용 권한 등을 인정하고 있어 양도인이 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한이 제한될 수밖에 없으므로 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 양도소득세 부담을 완화함과 동시에 정비사업의 원활한 시행을 도모하는 데 이 사건 과세특례규정의 입법취지가 있는 점, 도시정비법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가를 받지 아니하고는 정비사업을 시행할 수 없는 것이 원칙인 점, 토지등소유자가 사업시행자가 되고자 하는 경우 도시정비법 제8조 제4항에 의하여 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 사업시행자를 토지 등 소유자로 하는 사업시행인가를 받은 때에 비로소 구체적으로 사업시행자로 확정되는 것이므로 사업시행인가 전까지는 사업시행자를 특정하기 어려울 뿐만 아니라 사업 시행인가가 예정되어 있다고 할 수도 없고 사업시행자에게 부여되는 수용 권한 등이 인정된다고 보기도 어려운 점, 사업시행인가를 받기 전의 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에도 이 사건 과세특례규정을 적용하게 되면 그 기준시점이 불분명하여 이 사건 과세특례규정의 감면요건 자체가 불명확해질 수 있는 점, 도시정비법상 조합이 설립인가를 받아 사업시행자가 되거나 시장 ・ 군수의 지정을 받은 사업시행자 등이 있을 수 있고, 사업시행을 계속 하려면 사업시행인가를 받도록 규정하려는 데 그 입법목적이 있다는 점을 염두에 둔다면, 도시정비법 제28조는 그 전후 문맥상 위와 같은 경우 등을 포함하여 일반적으로 사업시행인가를 신청하는 절차를 규정하고 있는 것으로 해척될 뿐이고, 토지등소유자가 사업시행을 하는 경우에까지도 반드시 사업시행인가를 받기 전의 사업시행의 개념을 인정하고 있는 것으로 단정하기는 어려운 점 등을 고려하면, 토지등소유자가 시행하는 도시환경정비사업에 있어서는 사전에 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 사업시행인가를 받은 토지등소유자에게 부동산 을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토지등소 유자가 사업시행인가를 받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다고 해석함이 상당하다.

(2) 구체적 판단

원고의 위 ① 주장은 위 관련 법리에 어긋나는 것으로서 받아들일 수 없고, 원고의 위 ② 주장은 관계 행정청으로부터 문화재보존을 위한 조치사항의 통보, 교통영향평가에 관한 조건부가결 결정, 학교환경위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제 통보, 건축심의결과 통보를 받은 것을 두고 도시정비법 제28조의 사업시행인가가 있었거나 일부 이행된 경우라고 볼 만한 법률적 근거가 부족하므로 역시 채택하기 어렵다. 결국 원고의 위 ① 또는 ② 주장에 기초한 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.