2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

"가. 원고는, 2000. 7 26. ○○제지 주식회사 등 8개 법인으로부터 ○○○닷컴 주식회사의 발행주식을 양수하고, 그 대가를 현금, 약속어음 및 ◈◈◈◈텔레콤 주식회사(이하, '◈◈◈◈텔레콤'이라고 한다)의 발행주식 등으로 지급한 외에, 2000. 6. 15.자 주식양수도계약 및 2000. 7. 25.자 수정계약(부수계약)에 따라 2000. 10. 5. 조◎◎으로부터 ○○○닷컴 주식회사의 발행주식 5,853,218주(이하,이 사건 ○○주식'이라고 한다)를 양도받고, 그 대가로 같은 날 조◎◎에게 현금 66,669,526,019원 및 자신이 보유하고 있던 ◈◈◈◈텔레콤 발행주식 421,265주(이하, '이 사건 주식'이라고 한다)를 양도하였다.",나. 원고는 2000사업연도 법인세와 이 사건 주식의 양도에 대한 증권거래세를 신고 ·납부함에 있어, 이 사건 주식의 양도가액을 아래와 같은 방법으로 산정하였다.

- 양도가액 : 이 사건 주식 양도일(2000. 10. 5.) 당시의 증권거래소 전일 종가(258,000원/주) x 주식 수(421,265주)

다. ♤♤지방국세청장은 세무조사 과정에서 원고와 조◎◎ 등이 위와 같이 주식교환거래를 함에 있어 이 사건 주식 등 ◈◈◈◈텔레콤 주식의 1주당 가액을 390,000원으로 정하여 거래한 것으로 보고, 피고에게 1주당 390,000원으로 계산하여 산정되는 이 사건 주식 등 ◈◈◈◈텔레콤 주식의 가액을 양도가액으로 하여 법인세 및 증권거래세의 각 과세표준과 세액을 산정하도록 통보하였다.

"라. 피고는 위 통보에 따라 2004. 11. 19. 원고에게 이 사건 주식 등 ◈◈◈◈텔레콤 주식의 양도에 관하여 2000사업연도 법인세 56,287,035,870원, 농어촌특별세4,719,782,250원 및 증권거래세 2000. 7월분 1,180,480,640원, 2000. 10월분171,904,340원을 경정 부과하였다(이하, 위 각 부과처분을당초 처분'이라고 한다). 마. 원고는 당초 처분에 불복하여 2005. 2. 4. 국세심판원에 심판청구를 하였고, 국세 심판원은 2006. 11. 2.경 위 심판청구를 일부 인용하는 결정을 하였는바, 그 취지는 아래와 같다.",- 이 사건 주식의 양도시기는 2000. 7. 25.이고, 양도가액은 2000. 7. 25. 당시 이 사건 주식 1주당 증권거래소 종가인 346,000원을 기초로 하여 산정하여야 하며, 위와 같이 산정된 양도가액을 기준으로 하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

"바. 피고는 위 심판결정에 따라 2006. 11. 16. 당초 처분에 의하여 부과된 세액 중 법인세는 46,272,146,399원, 농어촌특별세는 3,689,294,865원, 증권거래세는 2000. 7월 분 675,362,425원, 2000. 10월분 110,055,481원 등을 각 감액경정하였다가 농어촌특별세에 관하여는 3,555,949원을 다시 추징하였다(위 감액경정처분(농어촌륵별세에 관한 추징처분 포함)에 의하여 당초 처분 중 주문 제1항 기재 각 세액 부분이 잔존하게 되었는바, 당초 처분 중 감액되고 남은 주문 제1항 기재 각 세액 부분을이 사건 각 처분'이라고 한다).",(인정 근거) 다툼 없는 사실, 갑1 내지 6호증, 을1 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 권◇◇의 증언, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 아래와 같은 점에 비추어 볼 때, 이 사건 주식의 양도가액은 양도일인 2000.10. 5. 당시의 시가를 기준으로 산정하여야 한다.

- 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것 이하 같다) 제68조 제1항 제3호에 의하면, 법인의 자산의 양도시기는 대금청산일이므로, 이 사건 주식의 양도가액은 그 대금청산일인 2000. 10. 5.을 기준으로 산정하여야 한다.

- 법인세법 제41조, 같은 법 시행령 제72조에 의하면, 이 사건과 같은 주식 상호 간의 교환거래의 경우 양도하는 주식의 양도가액은 취득하는 주식의 취득 당시의 시가로 계산하여야 한다.

- 원고와 조◎◎은 이 사건 주식과 이 사건 ○○주식을 교환함에 있어 이 사건 주식의 가격을 주당 390,000원으로 정한 사실이 없을 뿐만 아니라(이러한 점은 위 심판 결정에서도 확인되었다), 설령 원고와 조◎◎ 사이에 각 교환할 주식의 가격을 정하였다고 하더라도, 위 법인세법령의 규정이 자산 상호간의 교환거래에 있어서는 취득하는 자산의 가치를 임의로 평가할 수 없도록 한 취지에 비추어 볼 때, 원고와 조◎◎ 사이에 합의에 의하여 정한 가격을 기초로 이 사건 주식의 양도가액을 산정할 수는 없다.

- 따라서, 이 사건 주식의 양도가액은 원칙적으로 원고가 조◎◎으로부터 양수한 이 사건 ○○주식 중 이 사건 주식에 대응되는 부분의 객관적 가치(시가)에 의하여 계산되어야 하나, 이 사건 ○○주식은 경영권 프리미엄이 포함되어 있는 등의 사정으로 그 객관적 가치를 산정하는 것이 어려우므로, 이 사건 ○○주식과 등가관계에 있는 이 사건 주식의 시가를 이 사건 주식의 양도가액으로 볼 수 있다(피고와 위 심판결정도 위 점에 있어서는 같은 입장이다).

(2) 그리고, 이 사건 주식의 양도일인 2000. 10. 5. 당시의 시가(증권거래소 전일종가)는 1주당 258,000원이므로, 이를 기초로 이 사건 주식의 양도가액 및 법인세, 증권거래세의 각 과세표준과 세액을 산정하여야 한다.

(3) 그럼에도 불구하고, 이 사건 각 처분은 2000. 7. 25. 당시의 이 사건 주식의 시가인 346,000원(엄밀하게는 증권거래소의 2000. 7 25. 종가로서, 이는 오히려 2000. 7.26. 당시의 시가가 된다고 할 것이다)을 기준으로 하여 이 사건 주식의 양도가액 및 법인세, 증권거래세의 각 과세표준과 세액을 산정한 후 이루어진 것이어서 위법하다

나. 관련 법령

별지 기재와 같다

다. 인정사실

"(1) 조◎◎ 및 국내외 8개 법인은(이하양도인들'이라고 한다)은 코스닥 등록업체인 ○○○닷컴 주식회사(이하○○○닷컴'이라고 한다) 발행주식 중 약47.85%(74,993,052주, 이하양도인들 소유 주식'이라 한다)를 보유하면서 ○○○닷컴에 대한 경영권을 행사해 오다가 원고와 사이에 2000. 3월경부터 양도인들 소유 주식을 원고에게 일괄 양도하는 협상을 하였고, 2000. 6. 6. 거래조건협상이 타결되었으며, 2000. 6. 15.에는 주식구매계약이, 2000. 7 25.에는 부속계약이 각 체결되었다.",(2) 양도인들과 원고 사이에 2000. 6. 6. 합의된 내용은, 원고와 ○○○닷컴 주식의 양도대가로 현금 30%와 ◈◈◈◈텔레콤 주식 70%를 지급받는 조건을 선택한 매도자 {조◎◎, ○○제지 주식회사, ○○건설 주식회사, 주식회사 □□(2001. 7. 30. ○○개발주식회사에 흡수합병됨), ♤♤♤그룹} 사이에서는 ○○○닷컴 주식을 1주당 40,000원, ◈◈◈◈텔레콤 주식의 가격을 390,000원으로 하여 주식교환비율을 1:9.75로 하고, 원고와 ○○○닷컴 주식의 양도대가로 현금 20%와 약속어음 80%를 지급받는 조건을 선택한 매도자(☆☆☆ 그룹) 사이에서는 ○○○닷컴 주식을 1주당 37,000원으로 한다는 것이다.

(3) 그 후 2000. 6. 8. 양도인들인 조◎◎과 ○○그룹측이 ♤♤♤ 그룹과 ☆☆☆ 그룹으로부터 경영권에 대한 보상명목으로 300억 원에 해당하는 ◈◈◈◈텔레콤 주식 76,923주를 넘겨받기로 하였고(30,000,000,000원÷76,923.0769주=390,000원), ♤♤♤ 그룹과 ☆☆☆그룹은 양 그룹에 배정된 매수대가(현금, 약속어음 및 ◈◈◈◈텔레콤 주식)를 지급수단별로 각각 합산하여 매도주식의 비율대로 양 그룹간에 재배분하기로 하였으며, 양도인들 측에서 작성한 계약서 초안 부록 2.1에 의하면, 이 사건 주식을 양도하고 현금70,598,616,000원과 ◈◈◈◈텔레콤 주식 444,773.1152주를 취득하는 것으로 되어 있 다.

(4) 양도인들과 원고 사이에 2000. 6. 15. 체결된 주식구매계약의 내용은, 기존에 합의된 계약 중 양도인들에게 배정된 ◈◈◈◈텔레콤 주식 중 1주 미만의 주식(총 4.9795주)을 주당 390,000원으로 계산한 현금(총 1,942,000원)으로 하여 양도인들에 배정된 현금에 추가하는 것 이외에 변동된 계약내용은 없었다. 위 계약에 의하면, 원고가 양도인들에게 양도인들 소유 주식의 양수대가로 현금 합계 748,728,282,200원(25%), 약속어음 합계 972,876,608,801원(35%), ◈◈◈◈텔레콤 주식 합계 3,024,397주(40%)를 지 급 내지 교부하고 양도인들 소유 주식을 양수하는 것이었으며, 조◎◎의 경우 이 사건 주식을 양도하고, 그 대가로 현금 70,598,660,944원{70,598,615,000원+4,944원(≒0.1152X390,000원)}의 지급과 ◈◈◈◈텔레콤 주식 444,773주를 양도받는 것이었다. (5) 2000. 7. 25.자 부속계약의 내용은, 양도인들 소유 주식 양도대금에서 ◈◈◈◈텔레콤 주식이 차지하는 비율(40%)과 현금 등이 차지하는 비율(60%)은 그대로 하되, 현금 중 원화, 달러화, 약속어음으로 지급할 금액의 비율과 조◎◎ 등 내국인 주주에게 지급할 ◈◈◈◈텔레콤 주식수를 일부 조정한 것으로, 구체적으로 일부 조정한 내용을 살펴보면, 원고가 ○○○닷컴의 ∇∇∇ PCS 가입자수 등 자산실사결과에 따라 손해배상요구를 하여 이에 대하여 협상한 결과 총 손해배상액을 280,875,517,412원으로 하되, 그 중 13,499,999,998원은 내국인 주주에게 지급할 현금(원화)에서, 235,875,217,414원은 외국 법인에게 지급할 약속어음금에서 각 차감하고, 나머지 31,500,300,000원은 내국인 주주에게 지급할 ◈◈◈◈텔레콤 주식수에서 80,770주(1주당 390,000원으로 계산 됨. 2000. 6. 15.자 계약에 따라 내국인 주주가 취득할 ◈◈◈◈텔레콤 주식수는 총 1,525,181주였으나 2000. 7, 25.자 부속계약에 따라 위 80,770주를 뺀 나머지 1,447,411주를 내국인 주주가 취득함)를 차감하는 것이다.

(6) 양도인들은 2000. 7. 25.자 계약에 따라 2000. 7. 26. 일괄적으로 원고로부터 양도인들 소유 주식의 양도대금을 지급받았으나, 조◎◎은 대주주로서 취득 후 1년 내 양도에 따른 양도소득세 중과세를 피하기 위하여 양도대금 지급일을 2000. 10. 5.자로 하였다. 양도인들 소유 주식의 양도인별 양도주식수, 원화, 달러화, 약속어음금 및 ◈◈◈◈텔레콤 주식수의 내역은 아래 표와 같다.

양도자

양도주식수

대금지급방식

원화

달러화

약속어음(원)

◈◈◈◈텔레콤

주식수

♤♤♤-AOF Ltd.

7,952,804

41,184,531,397

29,035,919

115,824,861,620

217,220

♤♤♤-AIP Ltd.

6,882,481

35,641,966,450

25,128,139

100,236,647.279

187.985

♤♤♤-AIF ll Ltd.

7,076,337

36,645,838,386

25,835,913

103,059,971,527

193,280

소계

21,911.622

113,472,336,233

79,999,971

319.121.480,4261

598,485

☆☆☆ Far-East Telecom Ltd

28,707,767

144,524,133,550

20,491,404

478,682,525.751

897,731

☆☆☆ Korea

4,159,686

25,683,322,418

99,508,625

소계

32,867,453

170,207,455.968

120,000,029

478,682,525.751

897,731

○○제지 주식회사

11,330,759

128,402,163,332

811,334

조◎◎

5,883,218

66,669,526.019

421,265

○○건설 주식회사

1,500,000

16.998,400,325

107,406

주식회사 □□

1,500,000

16,998.400,325

107,406

소계

20,213,977

229.068,490.001

1,447,411

합계

74,993,052

512,748,282.202

200,000,000

797,804,006,177

2,943,627

(인정 근거) 다툼 없는 사실, 앞에서 채용한 증거들, 감7 내지 10호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 법인세 및 증권거래세의 과세표준 결정에 있어서의 이 사건 주식의 양도금액의 산정

법인세법 제13조, 제14조 제1항, 제IS조 제1항, 제3항, 제19조, 제41조 및 같은 법 시행령 제11조 제2호, 제19조 제2호, 제72조 제1항 제5호에 의하면, 법인세의 과세표준은 기본적으로 법인의 당해 사업연도의 소득이고, 당해 사업연도의 소득은 당해사업연도의 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액이며, 법인이 자산을 양도한 경우 당해 자산의 양도금액은 익금이 되고, 당해 자산의 양도 당시의 장부가액은 손금이 된다.

한편, 법인이 자산의 양도방법으로 교환을 택한 경우, 당해 자산의 양도금액 산정방법이 문제되는바, 위에서 본 바와 같이 법인세도 그 성질상 소득세이고, 특정 사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 당해 사업연도의 익금 총액에서 손금 총액을 공제한 결과는 결국 개개의 거래별로 당해 거래로 인한 수익에서 손비를 공제한 것의 합계와 일치하게 되므로, 법인이 자신이 보유하던 자산을 타인의 자산과 교환함으로써 얻게 되는 소득은 보유하던 자산을 양도함으로써 얻는 양도차익과 일치하고, 실질과세의 원칙에 비추어 볼 때, 양도차익은 법인이 당해 자산을 교환함으로 인하여 실질적으로 그와 같은 소득을 얻었다고 인정될 수 있는 방법으로 산정되어야 할 것이므로, 법인세법에 특별한 규정이 없는 한 양도차익 산정의 기초가 되는 양도가액은 법인이 자신이 보유하던 자산을 양도한 대가로 취득하게 되는 자산의 객관적 가치에 의하여 계산되어야할 것이다(이러한 법리는 교환의 양 당사자가 교환대상인 각 자산의 가액에 관하여 어떠한 합의를 한 경우에도 마찬가지로 적용이 된다고 할 것이다. 이와 달리 교환의 양 당사자가 정한 각 자산의 가액이 당해 자산의 양도가액이 된다고 해석할 경우 양 당사자의 의사로 특정한 자산의 양도에 의한 양도차익을 임의로 조정할 수 있게 되어 결국 법인세액도 임의로 조정할 수 있게 된다는 결론에 도달하여 부당하다. 예컨대, 두 법인이 각 보유하던 자산의 가액을 시가의 1/10로 정하는 것으로 합의하고 교환한 후, 위 합의된 가액을 양도가액으로 삼아 각 법인세 등을 신고하는 경우를 상정하여 보면, 위 와 같은 해석의 불합리성이 명백하게 드러난다. 그러므로, 자산의 양도가액을 당해 자 산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)이라고 규정한 소득세법 제96조 제1항을 이 사건에 준용 또는 유추적용 할 수는 없다).

"위와 같은 법리에 비추어 볼 때, 원고에 대한 2000사업연도 법인세 과세표준을 결정함에 있어 익금에 포함될 이 사건 주식의 양도금액은 원고가 조◎◎에게 이 사건주식을 양도하고, 그 대가로 취득한, 이 사건 ○○주식 중 이 사건 주식의 수에 이 사건 ○○주식과의 교환비율인 9.75를 곱한 수(이하,이 사건 ○○주식 부분'이라고 한다)만큼의 객관적 가치, 즉 취득 당시의 시가에 의하여 계산되어야 할 것이다.",한편, 증권거래세법령에 의하면, 증권거래세의 과세표준은 기본적으로 당해 주권의 양도가액인바, 자신의 주식을 타인의 주식과 교환한 경우에는 증권거래세에 있어서도 위 법인세의 경우와 마찬가지로, 자신의 주식을 양도한 대가로 취득하는 타인의 주식의 취득 당시의 시가를 증권거래세의 과세표준인 양도가액으로 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다고 할 것이다.

(2) 당초 처분 및 이 사건 각 처분의 적법 여부

(가) 위에서 본 바와 같이 당초 처분은 이 사건 주식의 양도가액이 원고와 조◎◎ 등 사이에 1주당 390,000원으로 합의되었음을 전제로 하여, 법인세 등을 경정, 부과한 것인바, 설사 앞서 본 사실들에 의하면 원고와 조◎◎ 등 사이에 이 사건 주식의 1주당 가격을 390,000원으로 정한 것으로 볼 여지가 있다고 하더라도, 앞서 살펴 본 법리에 비추어 볼 때, 자산을 상호 교환한 경우에 양도차익 또는 양도가액을 산정함에 있어서는 자산양도의 대가로 취득하는 자산의 시가를 따져야 하고, 당사자 사이에 합의된 자산의 가액을 양도가액으로 삼을 수는 없는 것이므로, 당초 처분은 불합리하다.

(나) 한편, 위에서 본 바와 같이 이 사건 각 처분은 국세심판원의 심판결정에 따라, 이 사건 주식의 양도일이 2000. 7. 25. 이라는 전제 아래, 이 사건 주식의 양도가액을 양도 당시의 시가인 1주당 346,000원을 기초로 하여 산정한 후, 이에 의하여 산출되는 법인세 등의 세액으로 당초 처분에 의하여 부과된 법인세 등의 세액이 감액된 것인바, 이 사건 각 처분은 아래의 두 가지 점에서 위법하다.

- 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호에 따라, 법인이 주식을 양도하는 경우 양도대금이 청산된 날을 양도일로 보아야 할 것인바, 위에서 본 바와 같이 원고와 조◎◎은 2000. 10. 5.에 이 사건 주식 및 66,669,526,019원과 이 사건 ○○주식을 현실적으로 교환하였으므로, 이 사건 주식의 양도일은 2000. 10. 5.이다.

- 법인이 자신의 주식을 타인의 주식과 교환한 경우에는 위에서 본 바와 같이 교환의 결과 취득하는 타인의 주식의 시가를 자신의 주식의 양도가액으로 보아야 하는 바, 이 사건 각 처분은 이 사건 주식의 양도가액을 산정함에 있어, 그 대가로 원고가 취득하는 이 사건 ○○주식 부분의 시가(경영권 프리미엄이 포함된 것임)를 따지지 아니하고, 원고가 양도하는 이 사건 주식의 시가를 양도가액으로 삼았다.

(3) 원고의 주장에 대한 판단

이 사건 주식의 양도일은 2000. 10. 5.이고, 양도 당시 이 사건 주식의 시가는 258,000원이므로, 이를 기초로 하여 이 사건 주식의 양도가액을 산정하고, 이에 따라 법인세 등의 과세표준을 결정하여야 한다는 원고의 주장에 관하여 보건대, 이 사건 주식의 양도일에 관한 지적은 타당하나, 위에서 본 바와 같이 이 사건 주식의 양도가액은 이 사건 주식의 양도일 당시의 시가가 아니라, 이 사건 주식을 양도한 대가로 취득 하는 이 사건 ○○주식 부분의 취득일(이 사건 주식의 양도일과 일치한다) 당시의 시가가 된다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 타당하지 아니하다(이미 위에서 이 사건 각 처분이 위법하다는 판단을 하였으나, 이 법원의 판단이유지되어 피고가 이 사건주식의 양도가액을 다시 산정하여 법인세 등의 부과처분을 할 경우의 양도가액 산정방법에 대한 방향을 제시하기 위하여 원고의 주장을 판단한다).

(4) 소결

따라서, 피고의 이 사건 각 처분은 위법한바, 이 사건 기록 및 변론에 제출된 자료만으로는 정당한 세액을 산정할 수 없으므로, 이 사건 각 처분 전체가 취소되어야 한다.

3.결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문