2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

청구 취지

피고가 원고에 대하여 한 2006. 10. 12.자 154,935,180원, 2007. 1. 3.자 47,318,730원의 2005년 귀속 양도소득세 부과처분 중 120,000,000원을 넘는 부분을 취소한다.

가. 원고는 아래 표의 기재와 같이 각 토지를 취득한 후 그 지상에 공장, 기숙사 등의 건물(미등기, 이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하였는데, 위 각 토지 및 이 사건 건물이 수용됨에 따라 2005. 7. 7. 한국토지공사에게 위 각 토지에 관한 소유권이전 등기를 경료하여 주었으나, 양도소득세 신고를 하지 않았다.

토지

취득일

합병

비고

○○시 ○○동 ○○번지 428㎡

1990. 10. 15.

1999. 7. 9. ○○번지 2,035㎡로 합병

합병 후의 ○○, ○○번지 토지 및 ○○번지 토지를 합하여 '이 사건 토지'라 한다.

같은 동 ○○번지 493㎡

1990. 10. 15.

같은 동 ○○번지 1.114㎡

1995. 10. 31.

같은 동 ○○번지 745㎡

1990. 10. 15.

1999. 8. 16. ○○번지 1,582㎡로 합병

같은 동 ○○번지 837㎡

1995. 10. 31.

같은 동 ○○번지 6㎡

1995. 10. 31.

나. 이에 피고는 2006.10.12. 원고에 대하여 이 사건 건물에 관하여는 기준시가를, 이 사건 토지에 관하여는 기준시가의 미고시로 2004년 개별공시지가를 각 양도가액으로 하여 산정한 2005년 귀속 양도소득세 154,935,180원을 결정·고지하였다(이 사건 건물에 관하여는 양도가액이 부(負)이어서 양도소득세가 부과되지 않았다).

다. 이후 피고는 2007. 1. 3. 원고에 대하여, 아래 표의 기재와 같이 이 사건 토지의 기준시가를 산출한 다음 이를 양도가액으로 하여 산정한 2005년 귀속 양도소득세 47,318,730원을 증액경정·고지하였다(이하 전항의 당초처분과 위 증액경정처분을 합하여 '이 사건 처분'이라 한다).

토지

2004년 개별공시지가

2005년 기준시가

○○

감정원

○○감정평가법인

○○번지 토지

172,000원

214,000원

214,000원

214,000원

○○번지 토지

169,000원

210,000원

210,000원

210,000원

○○번지 토지

41,600원

55,200원

55,400원

55,000원

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 1. 8. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2007. 5. 10. 그 청구가 기각되었다.

〔인정근거〕다툼없는 사실, 갑1 내지 4호증, 을1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 실질과세, 신뢰보호, 형평의 원칙 등에 위배된 것으로서 위법하다.

(1) 이 사건 토지에 관하여 2004년 개별공시지가를 기준으로 하였다가 다시 인근 유사지역의 개별공시지가를 기준으로 둘 이상의 감정평가법인이 평가한 감정가액을 기준으로 양도가액을 산정하였는데, 이러한 양도가액의 평가방법에 오류가 있다.

(2) 그렇지 않다고 하더라도, 당초 처분을 받은 후 담당공무원에게 문의하여 추가로 세금이 부과되는 일은 없을 것이라는 확답을 듣고 세금을 납부하였던 것임에도 나중에 다시 증액 경정처분을 함은 원고의 정당한 신뢰를 무시한 것이다.

(3) 정상적인 매매가 아니라 수용으로 인하여 이 사건 토지를 양도하게 된 것이어서 매매의 시점을 선택할 여지가 없었으므로, 이 사건 토지 중 합병 전 ○○번지 토지 및 ○○번지 토지에 관하여 보유기간 10년에서 3개월이 부족하다는 이유로 장기보유특별공제율 15%를 적용하는 것은 부당하다.

(4) 이 사건 건물에 관하여 실제 취득가액 및 양도가액을 명확히 밝힐 수 있으므로, 기준시가에 의하여 양도차익을 산정해서는 아니되고, 설령 기준시가에 의한 양도차익의 산정이 적법하다 하더라도, 기준시가에 의하여 산정한 양도차익은 실지 거래가액에 의하여 산정한 양도차익의 범위를 넘을 수 없다고 할 것이므로, 이 사건 건물에 관하여 양도소득세를 부과하는 것은 부당하다.

(5) 법률지식이 부족하여 양도소득세 확정신고 시점을 알지 못하였고, 수용관련 소송이 계속 중이어서 소송 종료 후 위 신고를 하면 되는 줄로 착각한 것이므로, 가산세를 부과해서는 아니된다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 위 2.가.의 (1)항 주장에 대한 판단

취득 당시 개별공시지가가 없는 양도 토지의 경우 소득세법 제99조(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것), 같은 법 시행령 제164조(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것)에 의하면 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 평가한 감정가액을 참작하여 평가한 가액을 기준시가로 산정할 수 있도록 규정되어 있는데, 앞서 본 바와 같이 피고는 당초 2005년 고시된 기준시가가 없어 2004년의 개별공시지가를 적용하여 양도가액을 산정하였다가, 기준시가 산정의 오류가 발견되어 위 규정에 따라 ○○감정원과 ○○감정평가법인에 감정평가를 의뢰한 결과를 참작하여 2005년의 기준시가를 산정한 다음 증액 경정처분을 한 것이어서, 이러한 양도가액의 평가방법에 어떠한 잘못이 있다고 볼 수 없으므로, 위 주장은 이유 없다.

(2) 위 2.가.의 (2)항 주장에 대한 판단

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘재 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다 할 것인바, 피고가 원고에게 당초 처분에 따른 양도소득세를 납부하면 이 사건 토지의 양도와 관련하여 추후에 어떠한 세금부과도 없을 것이라는 공적인 견해를 표명하였음을 인정할 만한 증거가 없으므로, 더 나아가 살필 필요 없이 위 주장도 이유 없다.

(3) 위 2.가.의 (3)항 주장에 대한 판단

소득세법 제95조(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제2항, 제4항은 자산의 보유기간(자산의 취득일부터 양도일까지의 기간)에 따라 장기보유특별공제액을 나누어 규정하고 있고, 같은 법 제98조 , 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호는 자산의 취득 및 양도시기는 대금을 청산한 날이나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이라고 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 위 규정에 따른 이 사건 토지 중 합병 전 ○○번지, ○○번지 토지 및 ○○번지 토지의 취득시기는 1995. 10. 31.이고 양도시기는 수용으로 인한 보상금이 청산되기 전에 소유권이전등기가 마쳐진 날인 2005. 7. 7.이어서, 원고의 위 각 토지 보유기간은 9년 8개월 남짓에 불과하므로, 피고가 위 소득세법 제95조 제2항 제2호에 따라 양도차익의 100분의 15에 해당하는 장기보유특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 산정한 데에 어떠한 잘못이 있다고 볼 수 없으므로, 위 주장도 이유 없다.

(4) 위 2.가.의 (4)항 주장에 대한 판단

소득세법 제96조 제1항(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)에 의하면 토지 또는 건물의 양도가액은 양도 당시의 기준시가로 평가하되, 단서 각호에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도가액을 평가하도록 규정되어 있는데, 이 사건에 있어 위 법조 단서 각호에 해당하는 사유가 존재하지 않음은 당사자 사이에 다툼이 없는 바, 피고가 기준시가에 따라 이 사건 건물의 양도가액을 산정한 데에 어떠한 잘못이 있다고 볼 수 없고, 또한 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 부(負)에 해당하여 실제 이 사건 건물에 관하여는 양도소득세가 부과되지 아니하였으므로, 위 주장도 이유 없다.

(5) 위 2.가.의 (5)항 주장에 대한 판단

가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지도 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것이므로, 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

소득세법

제94조 (양도소득의 범위, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

①양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제95조(양도소득금액, 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것

양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

양도차익의 100분의 15[제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 "기준면적 미만 고가주택"이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

제96조(양도가액, 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

1. 제89조제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조제1항제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

3. 제104조제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산 가격상승률을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 7. 기타 당해 자산의 종류·보유기간·보유수(수)·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우

제98조 (양도 또는 취득의 시기)

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제99조 (기준시가의 산정, 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

① 제96조제1항 본문, 제97조제1항제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조제1항제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격·구조·용도·위치·신축년도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

제99조 의2 (기준시가의 재산정·고시신청

① 제99조제1항제1호 다목의 규정에 의하여 고시한 기준시가에 대하여 이의가 있는 소유자 그 밖의 이해관계인은 기준시가 고시일부터 30일 이내에 서면으로 국세청장에게 재산정·고시를 신청할 수 있다.

② 국세청장은 제1항의 규정에 의한 신청기간이 만료된 날부터 30일 이내에 그 처리결과를 신청인에게 서면으로 통지하여야 한다. 이 경우 국세청장은 신청의 내용이 타당하다고 인정될 때에는 제99조제1항제1호 다목의 규정에 따라 기준시가를 다시 산정·고시하여야 한다.

③ 국세청장은 기준시가 산정·고시가 잘못 되었거나 오기, 그 밖에 대통령령이 정하는 명백한 오류가 있음을 발견한 때에는 지체 없이 이를 다시 산정·고시하여야 한다.

④ 재산정·고시 신청 및 처리절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제110조 (양도소득과세표준 확정신고)

① 당해년도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해년도의 다음 년도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조제1항제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정은 당해년도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

소득세법 시행령

제162조 (양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

제164조 (토지·건물의 기준시가 산정, 2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것)

① 법 제99조제1항제1호 가목 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황등 지가형성요인이유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」제111조제2항제1호 단서의 규정에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 「지적법」에 의한 신규등록토지

2. 「지적법」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「지적법」상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)

국세기본법

제47조 (가산세의 부과, 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당의무가 규정된 세법의 당해 국세의 세목으로 한다. 다만, 당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하지 아니하는 것으로 한다.

-끝-