중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다.

피고의...

1. 피고의 상고이유에 관하여

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항은 “내국법인이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 과세관청은 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라고 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형으로 제1호에서 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우’를, 제9호에서 ‘기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있다.

나. 이러한 법령 규정의 내용, 그리고 자본거래로 인한 순자산의 증가나 감소를 익금 또는 손금에 산입하지 않도록 규정한 구 법인세법 제15조, 제17조, 제19조, 제20조의 각 규정 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 주주인 법인이 특수관계자인 다른 법인으로부터 그 발행의 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다고 하더라도 이를 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우’ 또는 ‘그에 준하는 경우’에 해당한다고 보아, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 또는 이에 준하는 행위에 관한 제9호를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수는 없다

(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두23488 판결 등 참조). 따라서 원고가 B 주식회사 이하 ‘B’이라고...

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