나. 피고 노원세무서장이 2008. 12. 5. 원고에게 한, 2006년 2기분 귀속 부가가치세 25,532,820원의 부과처분 중 4,352,882원을 초과하는 부분과 2007년 1기분 귀속 부가가치세 12,397,300원의 부과처분 중 543,494원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 피고들에 대한 각 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/10은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

가. 원고는 2005. 6. 1.부터 서울 노원구 CC동 26-63에서 'BB주유소'라는 상호로 석유 소매업을 운영하는 개인사업자이다.

나. 원고는 2006년 271 과세기간 중 주식회사 DD에너지(이하 'DD에너지'라 한다) 명의의 공급가액 합계 150,854,546원의 매입세금계산서 5장, 2007년 1기 과세기간 중 DD에너지 명의의 71,854,545원의 매입세금계산서 1장(이하, 위 매입세금계산서 6장을 합하여 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다)을 교부받아 매출세액에서 이에 대한 매입세액을 공제하거나, 사업소득 총수입금액에서 필요경비로 산입하여 부가가치세와 종합소득세를 신고하였다.

다. 중부지방국세청장은 2007. 9. 18.부터 2007. 11. 16.까지 DD에너지에 대한 세무 조사를 한 결과, DD에너지가 2006. 2 ~ 2007. 1기 과세기간 중에 출하전표를 위조하는 등의 수법으로 원고 등 매출 거래처에 실제 유류를 공급하지 아니하고 부가가치세 매출과세표준 714억 255만 원의 약 99.5%에 해당하는 710억 3,247만 원의 세금계산서를 교부하였다고 보아 각 관할세무서장에게 이를 통보하였다.

라. 서울지방국세청장은 2008. 10. 21.부터 2008. 11. 24.까지 원고에 대한 세무조사를 한 결과, 원고가 DD에너지로부터 실제 유류를 공급받지 아니하고 이 사건 각 세금계산서를 교부받았고, 2005 ~ 2007년 동안 매출액(부가사치세 제외)이 14,560,687,712원(2005년 3,110,705,582원, 2006년 5,669,615,835원, 2007년 5,780,366,295원)임에도 종합소득세 신고시 매출액을 14,426,107,108원(2005년 3,080,251,036원, 2006년 5,619,615,836원, 2007년 5,726,240,236원)으로 과소 신고하여 합계 134,580,604원(2005년 30,454,546원, 2006년49,999,999원, 2007년54,126,059원)을 누락하였음을 전제로 계산한 부가가치세, 종합소득세의 세액경정(안)을 피고들에게 각 통보하였다.

마. 이에 피고들은 이 사건 각 세금계산서를 실물 거래 없이 수취한 허위세금계산서로 보고 그밖에 현금매출분의 일부 누락, 필요경비 과다계상 등의 이유로 원고에게, 피고 노원세무서장은 2008. 12. 5. 2006년 2기분 귀속 부가가치세 25,532,820원의 경정 부과처분과 2007년 1기분 귀속 부가가치세 12,397,300원의 경정부과처분(이하 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라 한다)을, 피고 동대문세무서장은 같은 날 2006년 귀속 종합소득세 등 97,672,540원의 경정부과처분과 2007년 귀속 종합소득세 등 67,394,500원의 경정부과처분을 각 하였다(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 4, 6, 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의주장

원고는 2006. 11.경부터 2007. 1.경까지 DD에너지 영업이사 심EE으로부터 부정 유통되는 면세유 합계 240,000£를 구입하고, 그 대금 합계 244,980,000원을 DD에너지 법인계좌로 송금하여 지급하였음에도 피고들이 위 거래가 모두 가공임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다고 주장한다.

2) 피고들의주장

피고들은, DD에너지는 2006년 이후에는 KK탱크터미널 주식회사 남항사업소에서 유류를 입ㆍ출고한 사실이 없고, 2006. 2 - 2007. 1기 과세기간 중에 부가가치세 매입 과세표준 714억 255만 원의 약 99.5%에 해당하는 709억 1,943만 원의 세금계산서를 실제 거래없이 주식회사 동북아에너지, 조일에너지, 주식회사 태형오일마트로부터 교부 받는 등 정상적인 사업자가 아니라 자료상에 불과하므로 원고가 DD에너지로부터 교부받은 이 사건 각 세금계산서도 허위로 보이며, 원고의 남편인 이정섭도 이를 시인한 바 있고, 원고가 실제 거래에 대한 장부 기타 증빙서류를 제출하지 못하고 있는 이상 필요경비로 공제될 수도 없으므로 이 사건 각 처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조).

2) 그런데, 을 제3, 4, 9, 11, 12호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, ① 원고 의 남편인 이정섭은 2008. 11. 17. 이 사건 각 세금계산서가 경유의 실제거래와 관련 없는 사실과 다른 세금계산서로써 관련 부가가치세 및 종합소득세를 누락하였음을 확인한다는 내용의 확인서를 작성한 사실, ② 원고가 유류를 공급받았다고 주장하는 태영에너지는 2004. 9.경부터 KK탱크터미널 주식회사 남항사업소로부터 유류보관 탱크 1기(1,000KL)를 임차하여 사용하여 왔는데 2006년 이후에는 여기에서 석유를 입ㆍ출고 한 적은 없고, AA에너지주식회사에 수송장비별 출하현황을 조회한 결과 원고 주장의 차량과 기사가 해당날짜에는 출하내역이 없거나 도착지 등이 서로 다르게 기재되어 있는 점, ③ DD에너지는 2006. 2 - 2007. 1기 과세기간 중에 출하전표를 위조하는 등의 수법으로 원고 등 매출 거래처에 실제 유류를 공급하지 아니하고 부가가치세 매출 과세표준 714억 255만 원의 약 99.5%에 해당하는 710억 3,247만 원의 허위세금계산서를 교부하는 등으로 정상적인 영업을 한 것으로 보이지는 않는 점, ④ 중부지방국세청장은 2007. 11.경 DD에너지에 대한 세무조사 후 의정부지방검찰청 고양지청에 DD에너지 및 그 대표이사 최GG, 김찬중, 천승륜이 이 사건 각 세금계산서를 허위로 발행ㆍ교부하였다는 등의 내용으로 고발한 사실 등을 인정할 수 있고, 이러한 사실을 종합하면 원고가 실제로 DD에너지로부터 유류를 공급받은 것인지 의심이 드는 것은 사실이다.

3) 그러나, 갑 제2, 3, 5 내지 12호증, 을 제7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변 론 전체의 취지를 종합하면, ① 이FF이 세무조사 당시 이 사건 각 세금계산서가 경유의 실제거래와 관련 없는 허위세금계산서라는 내용의 확인서를 작성하기는 하였으나, 이는 세무조사 과정에서 조사공무원이 원고의 요청에 따라 AA에너지주식회사에 수송장벼별 출하현황을 조회하여 원고 주장의 차량과 기사가 해당날짜에는 출하내역이 없거나 도착지 등이 서로 다르게 기재되어 있는 점과 원고가 DD에너지와 거래한 동안에 DD에너지가 AA에너지주식회사로부터 구입한 석유가 79,450,000원 상당에 불과한 점 등을 제시하면서, DD에너지와 거래내역을 정리하여 이 사건 각 세금계산서가 허위라는 내용으로 이FF에게 원고의 대리인으로서 확인, 서명하도록 하여 작성된 것으로 보이는데, 이정섭은 당시 70세의 노인으로써 당시 조사공무원들의 위세에 눌려 얼떨결에 서명해 주게 되었다고 진술하고 있고, 조세심판 청구시에도 조사공무원들의 강압 등에 의하여 작성되었다고 주장하였던 점 및 뒤에서 보는 여러 사정 등에 비추어 볼 때, 위 확인서의 내용을 그대로 믿기 어려운 점, ② 원고는 2006. 11.경부터 2007. 1.경까지 DD에너지의 영업이사라고 칭하는 심EE으로부터 부정 유통되는 면세유 합계 240,000£를 구입한 것으로 하여 2006. 11. 7.부터 2007. 1. 30.까지 12회에 걸쳐 그 대금 합계 244,980,000원을 자신의 국민은행 계좌에서 DD에 너지 법인계좌(HH 강서지점 및 계양HH 변방지점 계좌)로 각 송금하였고, 이에 대하여 피고들은 DD에너지가 원고로부터 위 대금을 각 송금받은 날 HH 강서지점으로 송금받은 79,000,000원(부가가치세 포함) 상당은 곧바로 주식회사 동북아에너지로 인터넷 출금되었고, 계양HH 변방지점 계좌로 송금받은 166,000,000원(부가가치세 포함) 상당은 직접 현금 인출되었음을 이유로 허위의 세금계산서 수수를 은폐하기 위한 금융거래조작에 불과하다고 하면서도 위와 같이 송금된 돈이 다시 원고에게 반환되었는지 여부에 관하여는 이를 조사하지 않았거나 밝히지 못하고 있는 점, ③ 원고는 AA주유소 대리점을 운영하므로 POS(point of sales management, 판매시점관리) 시스템을 통하여 유류의 입ㆍ출고 및 재고가 관리되는데, 만약 DD에너지와의 유류거래가 허위의 거래라면 POS시스템상 유류의 재고가 (-)가 되는 상태에서 판매가 이루어졌다는 모순이 생기게 되는 점, ④ 중부지방국세청장이 실시한 DD에너지에 대한 세무조사 결과에도 개인사업자인 유류딜러가 거래처에 불법 유류 등을 공급하고 DD에너지 상호로 허위세금계산서를 발행ㆍ교부하였다는 내용이 조사되어 있고, DD에너지의 부장이었던 천승윤은 2008. 7. 25. 의정부지방법원고양 지원 2008고합160, 260(병합) 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(조세) 등 사건의 검찰 조사에서도 거래주유소에서 DD에너지 법인계좌로 유류대금이 입금되면 무자료유류 중간상을 매개로 하여 무자료유류가 공급되었다는 취지로 진술한 사실, ⑤ 위 심EE은 2006. 11.경부터 2007. 1.경까지 DD에너지의 유류를 원고에게 납품하였다는 점을 확인한다는 내용의 확인서를 원고에게 작성해 준바 있고, AA에너지주식회사의 유류를 운송하는 차량기사 이기원은 2006. 11. 6., 같은 달 20., 2006. 12. 19. 및 2007. 1. 9. 총 4회, 같은 차량기사 정형범은 2006. 11. 27., 2006. 12. 6., 같은 달 10., 같은 달 22., 같은 달 28., 2007. 1. 16. 및 같은 달 23. 총 7회, 같은 차량기사 전병호는 2007. 1. 9. 각 원고에게 유류를 실제로 운송하였다는 내용의 확인서를 원고에게 작성해 준 바 있으며, 당시 원고는 위 차량기사들로부터 AADD에너지주식회사 발행의 출하지가 인천저유소로 되어 있는 출하전표(갑 제8호증의 1 내지 12)를 수령한 것으로 보이는 사실, ⑥ DD에너지 대표이사 최GG는 의정부지방법원고양지원 2007고합121 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(허위세금계산서교부 등) 사건에서 원고에게 발행ㆍ교부한 이 사건 각 세금계산서가 허위로 발행ㆍ교부되었다는 내용으로 처벌받지는 않은 점 등을 인정할 수 있는바, 이러한 여려 사정에 비추어 보면, 위에서 살펴본 이정섭의 확인서나 의심스러운 정황만으로는 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없는 허위세금계산서라고 단정하기는 어렵고, 달리 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 볼만한 증거가 없다.

따라서 이 사건 각 처분 중 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 수수된 허위세금계산서임을 전제로 한 부분은 위법하다 할 것이다.

라. 정당한세액

이 사건 각 처분 중 피고들이 이 사건 각 세금계산서를 허위라고 보아 부과한 부분을 제외하고 원고가 납부하여야 할 정당한 세액을 산정하면, ① 2006년 귀속 종합소득세 등은 26,361,667원, ② 2007년 귀속 종합소득세 등은 32,344,880원, ③ 2006년 2기분 귀속 부가가치세는 4,352,882원, ④ 2007년 1기분 귀속 부가가치세는 543,494원이 되므로{별지 부가가치세 경정 결의(2006년2기) 등 참조}, 이 사건 각 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.