2. 이 법원에서 경정된 피고 OO지방국세청장에 대한 소 중 주위적 청구 부분을 각하한다.

3. 원고가 이 법원에서 추가한 피고 OO지방국세청장에 대한 예비적 청구를 기각한다.

4. 원고와 피고 OO세무서장 사이의 항소비용과 원고와 피고 OO지방국세청장 사이의 소송비용은 모두 원고가 부담한다.

1. 피고 OO세무서장이 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 법인세(가산세 포함) 191,900,130원의 부과처분, 2007년 귀속 법인세(가산세 포함) 532,455,790원, 농어촌특별세(가산세 포함) 8,602,890원 합계 541,058,680원의 부과처분, 2008년 귀속 법인세(가산세 포함) 723,478,550원의 부과처분, 2009년 귀속 법인세(가산세 포함) 747,939,060원, 농어촌특별세(가산세 포함) 1,551,180원 합계 749,490,240원의 부과처분을 취소한다.

2. 가. 주위적으로 피고 OO지방국세청장이 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 358,871,960원의 소득금액변동통지처분, 2007년 귀속 1,033,621,000원의 소득금액변동통지처분, 2008년 귀속 1,368,619,850원의 소득금액변동통지처분, 2009년 귀속 1,708,118,530원의 소득금액변동통지처분을 취소한다.

나. 피고 OO지방국세청장이 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 358,871,960원의 소득금액변동통지처분, 2007년 귀속 1,033,621,000원의 소득금액변동통지처분, 2008년 귀속 1,368,619,850원의 소득금액변동통지처분, 2009년 귀속 1,708,118,530원의 소득금액변동통지처분은 무효임을 확인한다.

이 법원의 판결 이유는 다음과 같이 일부 내용을 수정하고, 원고가 이 법원에서 추가한 주장에 대하여 제2항과 같은 추가 판단을 덧붙이고, 원고가 이 법원에서 추가한 예비적 청구에 대하여 제3항과 같이 판단을 덧붙이는 외에는 제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다[원고는 이 법원에서도 이 사건 쟁점금액 중 2006년 내지 2009년 사이의 현금매출을 일부 누락한 것은 '사기나 그 밖의 부정한 행위'에 해당하지 않으므로 법인세에 관하여 10년의 부과제척기간이 아니라 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이 사건 부과처분은 그 부과제척기간이 이미 도과한 후에 이루어져서 위법하다고 주장한다. 그러나 원고의 경리상무인 이OO이 영업관리 프로그램상 실제 매출액이 자동적으로 기재되는 매출총괄집계표 외에 일부 현금매출을 누락시킨 허위의 매출총괄집계표를 별도로 작성한 사실 및 이OO이 위 허위의 매출총괄집계표를 근거로 관할세무서인 OO세무서에 세무신고를 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 나아가 을 제3, 4, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정 즉, ① 법인세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식의 조세여서 납세의무자가 스스로 적법한 신고를 하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루사실을 포착하여 과세하기 어려운 점, ② 피고 OO지방국세청장은 현금수입금액 누락 및 적격증빙 미수취 불성실신고 혐의로 원고를 비정기 통합조사 대상자로 선정하여 2015. 9. 15.부터 2015. 11. 23.까지 원고에 대한 통합세무조사 및 범칙조사를 실시하였는데 그 결과 원고가 일부 현금매출을 누락하고 세무신고를 한 사실을 확인한 점, ③ 만일 피고 OO지방국세청장이 원고에 대하여 위 세무조사를 실시하지 않았다면 피고들로서는 원고의 법인세 탈루사실을 포착하지 못하였을 것으로 보이는 점, ④ 원고의 대표이사인 박OO와 원고의 경리상무인 이OO은 2016. 9. 22. CC지방법원 BB지원 2016고합00호 사건에서 조세범처벌법 제3조 제1항 제1호를 위반하였다는 범죄사실 등으로 각 유죄판결을 선고받았고 위 판결은 2016. 11. 16. 항소기각으로 확정된 점(이하 '이 사건 유죄판결'이라 한다), ⑤ 위 법원은 판결 이유에서 박OO와 이OO이 공모하여, 박OO가 이OO에게 원고의 현금 수익금 중 일부를 빼돌려 박OO를 위한 자금을 마련하고 빼돌린 금액 상당을 세무서 소득신고액에서 누락시키라고 지시하고, 이에 이OO이 2007년부터 2014년까지 사이에 원고의 수익금 중 합계 10,950,258,700원을 소득금액에서 누락한 소득신고서를 관할 세무서인 OO세무서에 신고하여 2007년부터 2014년까지 사이에 법인세 합계 2,287,444,067원을 포탈하였다고 인정한 점, ⑥ 원고의 2006년 현금매출 누락행위 또한 이 사건 유죄판결의 범죄사실과 동일 내지 유사한 방법에 의한 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 쟁점금액 중 2006년 내지 2009년 사이의 현금매출을 누락한 행위는 조세범처벌법 제3조 제6항 제1호의 '이중장부의 작성 등 장부의 거짓기장' 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위이고, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 규정된 '사기나 그 밖의 부정한 행위'에 해당하여 부과제척기간은 10년이 된다고 할 수 있다. 따라서 10년의 부과제척기간 내에 이루어진 이 사건 부과처분은 적법하다.].

○ 제1심 판결 제2쪽 제11행 및 제17행, 제3쪽 제3행의 "OO지방국세청장"을 "피고 OO지방국세청장"으로 각 변경한다.

○ 제1심 판결 제2쪽 제14행, 15행 및 제20행의 "피고"를 "피고 OO세무서장"으로 각 변경한다.

○ 제1심 판결 제2쪽 제19행의 "3,173,716,010원"을 "10,801,730,660원"으로 변경한다.

○ 제1심 판결 제3쪽 제4행의 "1,459,696,930원"을 "4,469,231,340원"으로 변경한다.

○ 제1심 판결 제3쪽 제17행의 "피고의 주장"을 "피고들의 주장"으로 변경한다.

○ 제1심 판결 제4쪽 제5행부터 제13행까지를 삭제한다.

○ 제1심 판결 제4쪽 제14행의 "나."를 "가."로, 제6쪽 제3행의 "다."를 "나."로 각 변경한다.

○ 제1심 판결 제6쪽 제4행의 "어느모로 보나 부적법하다"를 "부적법하다"로 변경한다.

○ 제1심 판결 제10쪽 별지2를 이 판결의 별지2로 변경한다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

원고는 2016. 2. 26. 피고 OO지방국세청장의 이 사건 소득처분에 관하여 감사원에 심사청구를 제기하였으나 감사원이 3개월의 심리기간이 지나도록 결정을 내리지 않아 2016. 12. 27. 위 심사청구를 취하하였는바, 이 경우 감사원의 결정이 없더라도 원고가 전심절차를 경유한 것으로 보아야 한다.

나. 판단

감사원법 제46조 제3항은 감사원의 심사청구에 대한 결정은 특별한 사유가 없으면 그 청구를 접수한 날부터 3개월 내에 하여야 한다. 고 규정하고 있고, 감사원법 제46조의2는 "청구인은 제43조 및 제46조에 따른 심사청구 및 결정을 거친 행정기관의 장의 처분에 대하여는 해당 처분청을 당사자로 하여 해당 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정소송을 제기할 수 있다."고 규정하고 있다. 한편, 감사원법에는 국세기본법상의 심사, 심판 청구에 대하여 소정의 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있다는 국세기본법 제56조 제3항와 같은 규정이 없고, 위 국세기본법상 규정을 감사원에 대한 심사청구에 유추 적용할 수 있다고 보기도 어렵다. 이와 반대되는 전제에 선 원고의 이 부분 주장을 받아들이지 아니한다.

3. 원고가 이 법원에서 추가한 예비적 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단은 법인세 포탈을 위한 사기나 그 밖의 부정한 행위 외에 소득세 포탈에 관한 독립된 사기나 그 밖의 부정한 행위도 인정되는 경우에 적용된다고 해석하여야 한다. 원고는 소득세 포탈에 관하여는 사기나 그 밖의 부정한 행위를 하지 않았으므로 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단이 적용되지 않고, 그에 따라 소득세에 관하여는 10년의 부과제척기간이 아니라 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 피고 OO지방국세청이 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 이 사건 소득처분은 5년의 부과제척기간이 이미 도과한 후에 이루어진 것이어서 무효이다.

2) 소급입법금지의 원칙 및 신뢰보호의 원칙상 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법에 신설된 제26조의2 제1항 제1호 후단은 개정법률 시행일인 2012. 1. 1. 이후 부과제척기간이 시작되는 귀속 부분부터 적용되어야 하고, 개정법률 시행 당시 부과제척기간이 진행 중인 귀속 부분에는 적용될 수 없다. 따라서 원고의 2006년 내지 2009년 귀속 소득세에 관하여는 10년의 부과제척기간이 아니라 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 피고 OO지방국세청이 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 이 사건 소득처분은 5년의 부과제척기간이 이미 도과한 후에 이루어진 것이어서 무효이다.

나. 판단

1) 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호는 국세의 부과제척기간에 관하여 '납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간'으로, 같은 항 제3호는 '제1호 등에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간'으로 규정하고 있었다.

그런데 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법은 제26조의2 제1항 제1호 후단에 '부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세에 대해서도 그 소득세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다'는 규정(이하 '개정규정'이라 한다)을 신설하였다. 개정규정의 적용과 관련하여 위 개정된 국세기본법 부칙 제2조 제1항은 '제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다'고 규정하고 있다.

위와 같은 개정규정은, 판례가 법인의 사기 기타 부정한 행위로 인하여 법인세의 부과제척기간이 10년에 해당하더라도 법인의 대표자가 귀속분명으로 인한 상여처분 또는 귀속불분명으로 인한 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기 어렵다는 이유로 상여처분 또는 인정상여처분으로 인한 종합소득세에 관한 부과제척기간이 원칙적으로 5년이라고 판시하자(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조), 사기 그 밖의 부정한 행위로 포탈한 법인세와 관련하여 상여, 배당 등으로 처분한 금액에 대한 소득세의 부과제척기간도 법인세와 마찬가지로 10년으로 삼기 위하여 마련된 것이다.

살피건대, 원고가 법인세를 포탈하기 위해 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 사실이 인정되는 이상, 소득세 포탈에 관한 독립된 사기나 그 밖의 부정한 행위를 하지 않았더라도 국세기본법 제26조의 제1항 제1호 후단이 적용되어 소득세에 관한 부과제척기간은 10년이 된다. 따라서 피고 OO지방국세청장이 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 이 사건 소득처분은 10년의 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하다.

2) 이미 과거에 완성된 사실ㆍ법률관계를 규율의 대상으로 하는 진정소급입법은 허용되지 않으나, 개정 법률 시행 당시 사실관계가 진행 중이거나 부과제척기간이 진행 중에 있는 것을 대상으로 하는 이른바 부진정소급입법까지 허용되지 않는 것은 아니다(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두2612 판결 등 참조). 개정규정의 부칙규정을 문언대로만 해석하면 법인세법 제67조에 따른 소득처분이 2012. 1. 1. 이후에 있기만 하면 그 소득처분에 따른 소득세나 법인세의 부과제척기간은 언제나 10년이 될 수 있지만, 앞서 본 바와 같이 진정소급입법은 허용되지 않으므로 2012. 1. 1. 이후 소득처분이 이루어진 경우라고 하더라도 개정규정의 시행일 전에 이미 부과제척기간이 도과한 경우에는 개정규정의 부칙규정을 적용할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2014. 3. 27. 선고 2013두25627 판결 등 참조). 그러나 개정규정의 시행일 당시 아직 부과제척기간이 도과하지 아니한 상태에서 2012. 1. 1. 이후 최초로 소득처분이 이루어졌다면 개정규정의 부칙규정이 적용되어 그 포탈한 법인세에 관한 상여처분으로 인한 소득세의 부과제척기간은 10년이 된다고 보아야 할 것이다(대법원 2015. 10. 15.자 2015두45274 판결 등 참조).

또한 법령의 개정이 구 법령의 존속에 대한 당사자의 신뢰를 침해하여 신뢰보호의 원칙을 위배하였는지 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 개정 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교ㆍ형량하여야 한다(대법원 2006. 11. 16. 선고 2003두12899 전원합의체 판결 등 참조). 개정규정으로 인하여 납세의무자의 신뢰가 다소 침해된다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 개정규정은 사기 기타 부정행위로 포탈한 법인세와 관련하여 상여, 배당 등으로 처분한 금액에 대한 소득세의 부과제척기간도 법인세와 마찬가지로 10년으로 삼기 위하여 마련된 것이어서 그 공익적 목적은 뚜렷한 점, 쟁점 규정은 아직 부과제척기간이 만료되지 아니한 상태에서 부과제척기간을 5년에서 10년으로 연장하는 것에 불과하므로 납세의무자에게 새로운 납세의무가 부과되는 것은 아니고, 법인이 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에 이와 관련하여 소득처분된 금액에 대한 소득세 등을 그 대상으로 하고 있어 그 적용대상을 제한하고 있는 점 등에 비추어 보면, 개정규정 시행 전에 형성된 신뢰이익의 손상 정도와 개정규정이 실현하고자 하는 위와 같은 공익을 비교 형량할 때 후자가 전자보다 더 크다고 하지 않을 수 없고, 달리 개정규정의 적용이 신뢰보호의 원칙에 반하여 이를 제한하여야 할 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 보기도 어렵다.

살피건대, 개정규정은 원고에 대한 2006년 내지 2009년 귀속 소득세의 부과제척기간 5년이 만료되기 전인 2012. 1. 1. 시행되었고, 피고 OO지방국세청이 2012. 1. 1. 이후 최초로 원고에 대하여 2006년 내지 2009년 귀속 소득금액 관련하여 이 사건 소득처분을 하였으므로 이 사건 소득처분에 따른 원고의 2006년 내지 2009년 귀속 소득세의 부과제척기간은 개정규정이 적용되어 10년이 된다. 따라서 피고 OO지방국세청장이 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 이 사건 소득처분은 10년의 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고 OO세무서장에 대한 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 피고 OO세무서장에 대한 항소는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이 법원에서 경정된 피고 OO지방국세청장에 대한 소 중 주위적 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고가 이 법원에서 추가한 피고 OO지방국세청장에 대한 예비적 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.