1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 부가가치세법시행령 제74조의3 제3항 은 부가가치세법상 과세특례자로 변경되기 이전에 일반과세자로서 이미 적법하게 공제받았던 매입세액을 다시 납부하도록 하는 것으로서 그 공제매입세액을 추징하거나 그 공제매입세액의 납부의무를 새로이 부과하는 것에 다름 아니므로 과세요건 내지 그의 부과징수에 관한 사항을 규정한 것이라고 할 것인데 부가가치세법을 정사하여도 시행령으로 하여금 위와 같은 사항을 규정하도록 위임한 근거규정을 전혀 찾아볼 수 없으므로 부가가치세법시행령 제74조의3 제3항 은 모법인 부가가치세법의 위임근거 없이 제정된 것이어서 무효라 할 것이고 무효인 위 시행령의 규정을 적용하여 재고납부세액 및 그에 대한 신고납부불성실가산세를 가산하여 한 피고의 원판시 이 사건 과세처분은 위법한 것이라고 판시하고 있다.

2. 살피건대, 부가가치세법 제17조 제1항 은 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 매입세액이라 한다)을 공제한 금액으로 한다 고 규정하여 일반과세자의 납부세액을 자기가 공급한 재화에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다는 것을 명시하고 있는바, 위 조항은 과세특례자에게는 적용되지 아니하고( 같은법 제25조 제1항 ) 일반과세자에게만 적용된다는 점과 "재화 또는 용역의 공급"이 부가가치세의 과세대상이 된다는 부가가치세법의 기본 원칙( 같은법 제1조 )에 비추어 볼 때, 위 제17조 제1항 의 취지는 일반과세자의 납부세액은 그가 일반과세자의 지위에서 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다는 것으로 보아야 할 것이므로 위 조항에 의하여 매입세액을 공제할 수 있는 것은 일반과세자로서 재화 또는 용역을 공급한 경우에 한하는 것이고 일반과세자로서 재화를 매입하였다 하더라도 그가 과세특례자로 변경될 때까지 이를 공급하지 아니하였거나 과세특례자로 변경된 후에 이를 공급한 경우에는 위 조항의 매입세액을 공제할 수 없는 것이라 할 것이다. 그러므로 부가가치세법이 각 과세기간 중의 총매출세액에서 총매입세액을 공제하여 산출한 부가가치세액을 신고, 납부하는 제도를 취함으로 인하여( 같은 법제3조 , 제18조 , 제19조 ) 일반과세자가 특정 과세기간내에 매입하고 아직 다른 사람에게 공급하지 아니하고 있는 재화에 대하여 과세관청이 미리 그 매입세액을 공제하여 주었으나, 그가 과세특례자로 변경될 때까지 이를 다른 사람에 공급하지 아니한 경우에는 부가가치세법 제17조 제1항 의 해석상 미리 공제하여 준 매입세액상당액을 추징할 수 있는 것이라고 할 것이다.

부가가치세법시행령 제74조의3 제3항 이 일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다고 규정한 것은 부가가치세법 제36조의 위임에 의하여 같은법 제17조 제1항 의 취지에 따라 공제받을 수 없는 매입세액을 미리 공제하여 준 경우의 매입세액 상당액을 징수한다는 것을 규정한 것에 불과하고 모법의 위임근거 없이 새로운 과세요건을 정한 것은 아니라 할 것이므로 같은법시행령 제74조의3 제3항 의 규정이 같은법 제36조 의 "이 법 시행에 관하여 필요한 사항"의 범위를 넘어서 새로운 법률사항을 규정함으로서 조세법률주의에 위배된 것이라고 할 수 없을 것이다.

원심이 부가가치세법시행령 제74조의3 제3항 의 규정이 모법의 위임없이 법률사항을 규정한 것으로서 무효라 하여 원판시 이 사건 과세처분을 취소하였음은 부가가치세법 제17조 제1항 등의 법리를 오해한 위법이 있다 할 것이므로 논지는 이유있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.