2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 부동산 임대업을 영위하는 사업자로서, 사업장인 서울 ○○구 ○○동 1130-○○ 소재 지상 6층의 ○○오피스텔 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)을 2002.8.12. 착공하여 2003.1.30. 사용승인을 받으면서, 2002.8.9. 주식회사 ○○종합개발(이하 소외 회사라 한다)꽈 이 사건 건물 신축을 위한 건축공사(이하 이 사건 공사라 한다)에 관한 도급계약을 각 체결하고, 소외 회사로부터 2002.9.30.자 공급가액 350,000,000원, 2002.10.30.자 공급가액 400,000,000원, 2002.12.30.자 공급가액 400,000,000원의 세금계산서(이하 위 3장의 세금계산서를 이 사건 세금계산서라 한다)를 교부받은 다음, 원고 사업장 소재지를 관할하는 피고에게 제출하여 2002년 제2기분 부가가치세 신고ㆍ납부시에 매입세액 공제를 받았다.

나. 피고는 소외 회사의 사업장 소재지를 관할하는 성남세무서장으로부터 소외 회사는 실물거래 없이 이 사건 세금계산서만 원고에게 발행ㆍ교부하여 준 일명 자료상이라는 과세자료통보를 받고, 원고에 대한 세무조사를 실시한 다음 이 사건 세금계산서 중 원고가 소외 회사에게 지급한 것이 확인된 36,019,000원만을 실제거래로 인정하고 나머지 매입세액에 관하여는 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 불공제하여, 2007.7.2. 원고에게 2002년 2기분 부가가치세 222,907,590원을 경정ㆍ부과하였다(이하 이 사건 최초처분이라 한다)

다. 원고가 2007.7.11. 과세전적부심사청구를 함에 따라 피고는 이 사건 최초처분을 취소하고, 2007.8.7. 원고의 청구를 채택하지 아니하는 결정을 한 후, 2007.9.7. 원고에게 2002년 2기분 부가가치세 223,854,480원을 재경정ㆍ부과하였다(이하 이 사건 처분이라 한다)

[인정근거] 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 6-2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 소외 회사와 이 사건 공사에 관한 도급계약을 체결한 후, 위 도급계약에 따라 소외 회사에게 공사대금을 지급하고 이 사건 세금계산서를 교부받았던 것이고, 다만 소외 회사가 2002.8.경 극심한 자금난을 겪어 소외 회사와 하도급업자들의 요구에 따라 소외 회사를 대신하여 현금 등으로 하도급업자들에게 일부 공사대금을 직접 지급하였을 뿐이다.

나. 인정사실

아래 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나 위 인정증거들과 갑 제4, 5, 8-1 내지 12-2호증, 을 제7-1, 7-2호증의 각 기재, 증인 박○운의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

1) 이 사건 공사와 관련하여, 원고는 2002.8.9. 공급가액을 1,150,000,000원으로 하여 소외 회사와 건축공사도급계약(이하 이 사건 도급계약이라 한다)을 체결하고 2002.8.19. 소외 회사를 산업재해보상보험의 보험가입자로 한 보험관계를 성립하였으며, 2002.8.21. 소외 회사와 기술지도계약을 체결하였다.

2) 이 사건 도급계약서에는 공사기간과 도급금액 외에는 기성부분급의 시기 및 방법에 관하여 단순히 3회라고만 기재되어 있을 뿐 하자담보책임 기간, 하자보수보증금률, 지체상금률 등이 전혀 기재되지 않았고, 3회에 걸친 이 사건 세금계산서의 교부와 관련하여서도 기성고에 관한 계산근거 등은 전혀 작성되지 아니하였다.

3) 소외 회사는 1999.8.30. 건설, 건축공사로 사업자등록을 하였다가 2003.4.28. 폐업하였는데, 성남세무서장은 소외 회사가 폐업 직전인 2002년 제2기의 경우 매입금액은 1,175,093,000원, 매출금액은 11,392,853,000원으로 부가가치율이 기형적으로 높게(89.6%) 신고되었다는 점 등에 착안하여 소외 회사에 대하여 세무조사를 실시한 결과 2000년 상반기부터 2003년 상반기까지 이 사건 세금계산서를 비롯하여 공급가액 합계 11,413,930,000원의 허위 세금계산서를 발행ㆍ교부하였다는 혐의로 소외회사의 대표이사를 고발하였으나, 이 사건 공사와 관련하여서는 '공사계약서, 산재보험ㆍ고용 보험가입승인서, 기술지도계약서'가 제출되었다는 이유로 혐의없음 결정이 이루어졌다.

4) 이 사건공사 당시 소외 회사의 이사이자 건축현장책임자였던 박○운은 이 법정에서 "이 사건 공사 외에 소외 회사에서 담당하였던 공사는 원고와 공동으로 ○○○구 ○○동에 ○○빌라트를 건축한 것밖에는 없다.", "소외 회사에서 근로소득은 전혀 지급받은 바가 없다.", "2002.8.경 공사를 시작하자마자 소외 회사의 부도 위기가 와서 돈을 직접 하청업자들에게 지급하기로 하였고, 하청업자들에게 줄 돈과 소외회사가 받을 이익을 구분하여 전부 지급한 것으로 안다."라는 취지로 진술하였다.

5) 원고가 소외 회사를 대신하여 하도급업자들에게 직접 지급하였다고 주장하는 것 중 증거를 제시하고 있는 것은 손○명(동성목재)에 대한 20,000,000원의 입금증 외에는 없다(동성목제의 2002년 제2기 ~ 2003년 제1기 소외 회사에 대한 매출은 공급가액 총 20,225,000원이 신고되었다).

다. 판단

살피건대, 위 인정사실에 나타난 바와 같은 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 도급계약서에는 대금 지급의 방식에 관한 구체적인 기준이 기재되어 있지 아니하고, 원고는 이 사건 세금계산서의 교부와 관련하여서도 구체적인 산정근거를 제시하지 못하며, 원고의 주장 자체로도 이 사건 세금계산서와는 상관 없이 원고가 직접 하도급업자들에게 공사대금을 지급하였다는 것이 점, ② 소외 회사는 폐업 직전인 2002년 제2기에 매출신고가 급격히 증가하였고, 부가가치율도 기형적으로 높게 신고된 점, ③ 박○운은 원고와 함께 한 공사 외에는 소외 회사에서 공사를 한 실적이 없고, 소외 회사로부터 급여도 지급받은 적이 없는 점, ④ 원고가 소외 회사에 직접 지급하였다고 확인된 금액은 36,019,000원으로서 이 사건 도급계약의 공급가액의 약 3.1%에 불과하여 이를 하도급업자들에 대한 지급액을 제외한 공사 전반을 주도하였다는 도급업자인 소외 회사의 수익으로 보기는 어려운 점, ⑤ 원고가 하도급업자에게 직접 지급하였다고 제시하는 증빙은 전체 공급가액에 비하여 극히 일부에 불과한 점 등을 종합하면, 이 사건 공사를 소외 회사가 실제로 수행하였다고 보기 어렵고, 오히려 박○운이 소외 회사의 건축관련 면허 등을 빌려 공사를 수행하였다고 봄이 상당하므로, 원고가 소외 회사로부터 사건 공사 관련 용역을 제공받음을 전제로 한 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.