가. 처분청은 청구법인이 2008.5.15. OOOO OOO OOO OOO OO OOOOOO OOOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 대한 현물출자 및 영업양수도로 인하여 주식소유비율이 36%에서 52.02%로 증가하여 과점주주에 대한 취득세 납세의무가 성립하였음에도 이를 신고납부하지 아니한 사실이 OOOOOO의 세무조사과정에서 확인됨에 따라, 과점주주 납세의무성립일인 2008.5.15. 현재 쟁점법인의 취득세 과세대상물건에 대한 장부가액의 52.02%에 해당하는 가액 10,800,590,138원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 150,923,240원, 농어촌특별세 15,092,310원, 합계 166,015,550원을 2009.10.22. 청구법인에게 부과고지 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인의 경우에는 과점주주 납세의무를 규정하고 있는 「지방세법 시행령」제78조 각 항에 해당하지 아니하므로과점주주 간주취득세 납부할 의무는 없다.

가) 지방세법 제105조 제6항은 과점주주의 간주취득에 대하여 규정하고, 그 취득의 유형에 대하여는 구 「지방세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16673호로 개정되기 전의 것을 말한다)」제78조에서 ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우, ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우, ③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도ㆍ당해 법인의 증자 기타의 사유로 인하여 과점주주에 해당하지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우 등 3가지만 규정하고 있으므로 조세법률주의에 입각하여 위 취득유형 이외에는 과점주주에 대하여 간주취득세를 부과할 수 없다.

나)청구법인은 1997년 쟁점법인의 과점주주이었다가 소유주식 일부를 양도하여 과점주주에 해당하지 아니하다가,5년이 경과한 후인 2008.5.15. 증자로 주식을 취득하여 다시 과점주주가 되었는바,청구법인의 취득유형은 위 개정전 「지방세법 시행령」제78조의 어느 유형에도 해당하지 아니함에도불구하고 처분청은 아무런 법률적 근거 없이 이 건 거래에 대하여청구법인이 보유하고 있는 지분 52.02% 전부에 대하여 취득세를 부과고지한 것으로 명백히 잘못이다.

다)또, 2010.1.1. 「지방세법 시행령」제78조 제3항을 개정하면서종전 규정의 “…그로부터 5년 이내에 다시…”부분을 “…다시…”라고 개정하였는바, 만약 이 건 거래와 같은 유형에 대하여 개정전「지방세법 시행령」을 적용하여 과세하는 것이 적법하였다고 하면 개정할 이유가 없었을 것이며, 과세관청 및 정부 스스로가 이 건 거래의 유형에 대하여 과세를 하는 것이 잘못되었다는 것을 인식하고 「지방세법 시행령」제78조 3항을 개정한 것이므로, 이 건 거래에 대한 과세처분이 잘못된 것임을 스스로 자인하고 있는 것이라 할 것이다.

(2)OOO OOOOOOOOOO(OOOOO OO OOO OO)의 판례에 의하면, 동일 과세물건에 대하여 동일한 납세의무가 이미 납부하였던 과점주주 취득세 상당액 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다고 판시하고 있는바,청구법인은 이 건 거래의 대상인 취득세 과세대상물건에 대하여 과거 이를 취득할 당시 취득세를 납부한바 있으므로,청구법인이 이러한 취득세 과세대상물건을 쟁점법인에게 현물출자 및 사업양도 하고 그 대가로 주식을 교부받음으로써 과점주주가 된 경우에 까지 취득세를 부과하는 것은 위 대법원 판례에서 보는바와 같이 명백히 이중과세에 해당한다 할 것이므로 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

(3) 설사, 청구법인이 쟁점법인에 대한 과점주주로서 취득세 납세의무가 성립되었다고 하더라도, 처분청이 취득세 과세대상으로 보아 과세한 구축물 중에는 취득세 과세대상물건과는 무관한 야적장, 굴뚝, 적치장 및 포장공사비용 등이 포함되어 있으므로, 취득세 과세대상 물건에 해당되지 않는 구축물에 대한 취득세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주는 과점주주가 된 때에 당해 법인의 부동산 등을 취득하는 것으로 보아야 할 것이고, 청구법인이 과점주주 성립 당시인 2008.5.15. 쟁점법인의 과세대상 물건의 장부가액을 기준으로 과점주주에 대한 취득세 납세의무가 성립하고, 청구법인이 쟁점법인의 주식소유 비율이 52.03%가 되어 과점주주가 되었으므로 취득세 납세의무가 있다.

(2) 청구법인은 현물출자 부동산에 부과한 과점주주 취득세는 이중과세(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOO OOOOO)라고 주장하지만, 이 판례는 청구법인이 주장하는 내용과는 달리, 일반주주가 출자법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우 과점주주에게 부과한 취득세와 과점주주가 출자법인의 자산 전부를 새로이 취득하여 부과한 취득세는, 과점주주 입장에서 동일물건에 대해 취득세를 2번 부과한 것으로 이중과세에 해당된다고 판시한 것이지 이 건 현물출자 취득에 따른 납세의무와 과점주주에 대한 납세의무에 대한 사례로 해석 될 수 없다할 것이므로 처분청의 이 건 취득세 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 과점주주이었던 자가 주식양도 등으로 인하여 과점주주에 해당하지 아니하다가 5년이 경과한 후에 다시 과점주주가 된 경우 그 과점비율분에 대하여 취득세를 부과고지한 것이 적법한지 여부

② 과점주주 성립이전에 취득세 과세대상 물건에 대한 취득세를 이미 납부하였음에도 과점주주가 되었다는 사유로 취득세를 다시 부과하는 것은 이중과세에 해당한다는 청구주장의 당부

③ 취득세 과세대상물건이 아닌 구축물에 대한 이 건 부과처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제104조 (정의) 취득세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. 부동산 : 토지 및 건축물을 말한다.

3. 토지 : 「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른 토지를 말한다.

4. 건축물 : 「건축법」제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급·배수시설, 에너지공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설을 포함한다)로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.

제105조(납세의무자 등)⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 구 지방세법 시행령(2010.1.1 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제75조의2 (건축물의 범위) 법 제104조 제4호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 시설물을 말한다.

1. 레저시설 : 풀장, 스케이트장, 골프연습장(「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 의하여 골프연습장업으로 신고된 20타석 이상의 골프연습장에 한한다), 전망대, 옥외스탠드，유원지의 옥외오락시설(유원지의 옥외오락시설과 유사한 오락시설로서 옥내 또는 옥상에 설치하여 사용하는 것을 포함한다)

2. 저장시설 : 수조, 저유조, 사일로, 저장조 등의 옥외저장시설(다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다)

3. 도크시설 및 접안시설 : 도크, 조선대

4. 도관시설(연결시설을 포함한다) : 송유관, 가스관, 열수송관

5. 급ㆍ배수시설 : 송수관(연결시설을 포함한다), 급ㆍ배수시설, 복개설비

6. 에너지 공급시설 : 주유시설, 가스충전시설, 송전철탑(전압 20만볼트 미만을 송전하는 것과 주민들의 요구로 「전기사업법」 제72조의 규정에 의하여 이전ㆍ설치하는 것을 제외한다)

7. 기타 시설 : 잔교, 기계식 또는 철골조립식 주차장, 방송중계탑( 「방송법」 제54조 제1항 제5호의 규정에 의하여 국가가 필요로 하는 대외방송과 사회교육방송중계탑을 제외한다), 무선통신기지국용 철탑

제78조 (과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가그로부터 5년이내에 다시당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다.

(3) 지방세법 시행령(2010.1.1 대통령령 제21975호로 개정된 것)

제78조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는다시과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

(가) OOOOOOOOOO의 주식등변동상황명세서 등에 의하면, 청구법인은 1997.12.31. 기준으로 쟁점법인에 청구법인이 지분 50.0%, 청구법인의 임원 OOO가 1.0%의 지분을 출자하여 최초로 과점주주(51.0%)가 된 후, 1999.12.31. 현재 72.0%의 지분을 보유하고 있다가, 2000.12.31. 이후부터는 주식 양도 등으로 과점주주가 아닌 일반주주가 되었고, 2008.1.1. 현재 지분율이 36.0%로 감소하였다가 쟁점법인에 대한 현물출자 및 사업양수도계약에 의해 2008.5.15. 현재 지분율이 52.02%로 증가하여 과점주주가 되었다.

(나) 청구법인은 2008.2.21. 쟁점법인과 현물출자 및 사업양수도계약을 체결하면서, 양수도일자를 2008.5.1.로 하여 청구법인의 Printed Circuit Bord("PCB")사업을 3,366억원에 현물출자 및 양도하고, 쟁점법인의 PDP Rear Plate("PRP")사업을 1,462억원에 양수하였다.

(다) 청구법인은 위 현물출자 및 영업양수도 정산과 관련하여 종속회사인 OOOOOOOOOO로부터 주식 3,276,324주, 현금 56,859백만원을 수령하였으며, 이로 인하여 청구법인의 OOOOOOOOOO에 대한 지분율은 52.02%로 증가되었다.

(라) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 2008.5.15. 쟁점법인에 대한 주식소유비율이 36%에서 52.02%로 증가하였음에도 취득세 등을 신고납부하지 아니한 사실을 확인하고, 과점주주 납세의무성립일인 2008.5.15. 현재 쟁점법인의 취득세 과세대상물건에 대한 장부가액의 52.02%에 해당하는 가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세와 농어촌특별세를 청구법인에게 각 부과고지 하였다.

<표1> 쟁점법인의 유형자산집계표(2008.5.31. 기준)

(단위 : 원)

※ 과세표준액(5,618,466,989원) = 순장부상가액 × 52.02%(주식비율)

(2) 판 단

(가) 쟁점①에 대하여 본다.

1) 구 「지방세법 시행령」제78조 제3항에서 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

2) 하지만, 구 「지방세법 시행령」제78조 제3항이 5년 이내에 다시 과점주주가 된 경우에는 그 증가된 비율에 한하여 취득세를 부과한다고만 규정하고 있고, 5년이 경과하여 다시 과점주주가 된 경우에 대한 명시적 규정이 없는데도 처분청은 반대해석을 하여 이를 과세한 것으로 보이는바, 위 시행령 규정은 과점주주 이었다가 주식 전체를 양도하여 지분을 전혀 갖고 있지 아니하는 경우와 일정부분의 주식을 계속하여 보유하고 있는 경우와의 본질상 차이가 존재함에도 이를 인정하지 아니한 채 과점주주이었다가 주식의 양도로 일반주주가 된 상황에서 단지 5년이 경과하여 다시 과점주주가 되었다는 사유를 들어 전체 지분에 대하여 다시 취득세를 부과하려는 취지로는 해석되지 아니한다.

3) 또, 과점주주로서 부동산에 대한 간주 취득세를 납부한 후 사업양수도방식에 의하여 부동산을 취득한 경우 간주취득세 상당액 부분은 이중과세에 해당한다는 OOO OO(OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO)의 취지와 2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정 시행된 「지방세법 시행령」제78조 제3항의 개정취지 즉, 5년 이내 다시 과점주주가 된 자와 5년 이후 다시 과점주주가 된 자와의 형평성 문제, 기 납부한 취득세의 세부담과중 및 이중과세 등을 해소하기 위해 5년 경과 여부에 관계 없이 종전 과점비율보다 증가분에 대하여만 취득세를 과세하도록 한 점에 비추어 보아도 위와 같이 해석함이 보다 합리적이라 할 것이다.

4) 따라서, 1999.12.31. 현재 쟁점법인의 지분 72.0%를 보유하고 있던 청구법인이 2000.12.31. 이후부터 주식양도 등으로 과점주주가 아닌 일반주주가 된 후, 그로부터 5년이 경과한 2008.5.15. 지분율이 52.02%로 증가하였다는 사유로 1999.12.31. 현재의 지분비율(72.0%)을 인정하지 아니하고, 2008.5.15. 현재의 지분비율(52.02%) 전체에 대하여 과점주주 취득세를 부과하는 것은 부당하다는 청구법인의 주장은 설득력이 있다고 판단된다.

(나) 쟁점②, ③은 쟁점①이 인용 결정되어 심리의 실익이 없으므로 그 판단을 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.