2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/20은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 2010. 1. 4. 원고에게 한 2006 사업연도 법인세 중 계산서합계 표 불성실가산세 OOOO원 및 2006년 제1기 부가가치세 중 세금계산서합계표 불성 실가산세 OOOO원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

" 가. 원고는 부동산 개발업을 영위하는 법인으로, 2002년경부터 OO시 OO구 OO동에 소재하는, 한센인 조합인 BB농장이 소유하는 토지 296,770㎡ 및 위 BB농장이 점유 하는 국공유지 116,453㎡ 합계 413,223㎡에서 공동주택 건립 및 관광지(Sea-side) 개발 사업(이하이 사건 사업'이라 한다)의 참여를 추진하였다.", " 나. 그런데 당시 BB농장은 주식회사 CCC(이하CCC'라 한다)를 사업시행자로 선정하고 위 토지 등에 대한 매매계약을 체결하였다가 계약상 의무위반 등의 이유로 위 매매계약을 무효라고 주장하며 원고를 새로운 사업시행자로 선정한 후, 2003. 6. 30. 원고와 사이에, 위 CCC와의 매매계약의 효력이 법적으로 상실되는 것을 조건으로, 이 사건 사업의 추진을 위하여 BB농장 소유 토지 및 그 지상건축 물을 OOOO원에, BB농장 점유 국공유지에 대한 불하매입권 및 BB농장 소유 농장 내에 위치한 교회건물을 OOOO원에 매도하는 내용의 매매계약(이하이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하였고, 당시 DD건설 주식회사(이하DD건설'이라 한다)는 이 사건 매매계약에 따른 원고의 채무를 연대보증 하였다.", 다. 원고와 DD건설은 당시 시공지분 20~30%가 DD건설의 몫이 될 것으로 예상했고, 그러던 중 2003. 7. 2. DD건설과 사이에, DD건설이 원고에게 이 사건 매매계약에 따른 연대보증 및 자금지원을 하기로 하고, 원고는 DD건설을 이 사건 사업의 시공사로 선정하기로 하는 내용을 골자로 하는 약정서를 작성하였는데, 그 주요내용은 아래와 같다. 아울러 DD건설은 아래 약정 제2조 제4항에 따라 원고에게 OOOO원을 대여하여 주었다(이는 이후 변제되었다).

제2조(사업부지 매입)

1. 원고는 이 사건 매매계약 조건에 따라 원고의 책임으로 사업부지 매입대금을 지급하기로 한다. 단 국공유지 불하대금 및 극공유지 이전관련 비용으로 OOOO원을 DD건설이 알선한 금융기관을 통하여 원고에게 대여하여 지급될 수 있도록 한다.

4. 국공유지 소유권 이전일까지 금융기관 대출이 어려워 DD건설의 자체자금 대여가 필요한 경우 DD건설이 알선하고자 한 금융기관의 대출조건과 동일한 조건으로 DD건설은 원고에게 자금을 대여하기로 한다.

제3조(시공사 선정 및 공사비 적용)

" 1. 원고는 이 사건 사업의 공동주택 부분의 시공사로 EE건설, FFF건설 등 도급순위 상위 5위권 이내 업체와 GG산업 주식회사(이하GG산업'이라 한다) 및 DD건설을 선정하기로 하며, 건설사 변경시 DD건설과 혐의처리하기로 한다.", 2. 이 사건 사업에 대한 DD건설과의 공동주택 시공 단가적용은 위의 EE건설, FFF 건설 등 도급순위 상위 5위권 이내 업체와 동일 금액으로 하되 국내 도급순위 10위권 이내의 건설업체의 평균 도급단가 이상으로 한다.

제4조(기타)

2. DD건설은 원고가 BB농장과 체결한 이 사건 매매계약서에 대해 연대보증인으로서 날인한다.

4. 원고와 DD건설 중 일방의 귀책사유로 본 계약이 해지 또는 해제되는 경우 귀책사유가 있는 자는 그 상대방에게 손해배상금으로 도급예정금액의 10%의 금액을 지급하여야 한다.

라. 그리고는 DD건설은 2003. 7. 3. GG산업과 사이에, GG산업은 DD건설이 시공사의 지위를 취득시 공통시공에 참여토록 하고, 시공단가 등의 세부적인 사항은 원고와 합의하여 결정하도록 한다는 내용의 합의를 하였다.

마. 이후 원고는 종전 사업시행자인 CCC와의 법적분쟁이 계속되자 이를 해소하고자 CCC와 사이에 2003. 12. 16. 이 사건 사업을 공통시행하기로 하는 약정을 체결하였다가, 2004. 3. 11. 이 사건 사업과 관련한 CCC의 권리・의무를 OOOO원에 양수받는 내용의 사업양도・양수약정을 체결하여 단일 시행자가 되었다.

" 바. 원고는 곧이어 2004. 3. 22. HHH건설 주식회사(이하HHH건설'이라 한다), GG산업, DD건설과 사이에 이들을 공동시공사로 하고, 주관시공사는 HHH건설로 하여 이 사건 토지에 지하 1~3층, 지상 21~47층, 아파트(아파트 명칭III') 15개동 및 근린생활시설의 건축공사를 도급주기로 하는 내용의 공사도급 가약정을 체결하였는데, 공동시공사들 사이의 공사시공 분담비율을 HHH건설은 60%, GG산업(DD건설 포함)은 40%로 정하였다. 그리고 같은 날 원고, HHH건설, GG산업, DD건설은 대출 금융기관과 프로젝트파이낸싱 약정서의 변경약정서를 체결하면서 공동시공사간의 공사시공 분담비율을 HHH건설 60%, GG산업 25%, DD건설 15%로 기재하였는데, 그 과정에서 DD건설은 자신에게 보장해 주기로 한 최소한의 시공비율 20%에 못 미친다며 그에 대한 보상을 요구하였고, 이에 원고는 DD건설에게 시공 지분 차이 5%에 대하여 현금보상을 약속하였다.", 사. 그러던 중 2004. 11. 17. 원고와 HHH건설 사이에, HHH건설이 원고에게 사업비용 OOOO원과 선투입비용 OOOO원~OOOO원을 지급하고, 관광지(Sea-side) 개발사업은 제외한 위 아파트 동 신축분양사업의 시행사로서의 실질적인 지위를 양수받기로 하는 내용(대외적으로 시행사의 지위는 여전히 원고가 보유하기로 하되 당 사업으로 발생하는 일체의 손익은 HHH건설에게 귀속됨)의 이행합의가 이루어졌는데, 위 합의에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다.

제10조 (참여시공사 및 협력사 관리)

1. HHH건설과 GG산업/DD건설 간 시공분담에 따라 HHH건설은 GG산업/DD건설에 아래의 시공이익을 문담하며, 원고는 GG산업/DD건설로 하여금 아래의 시공이익 이외는 HHH건설에 대하여 시공참여 및 공사금액 등 당 사업 전반에 대해 어떠한 요구도 하지 않도록 하여야 한다.

- GG산업/DD건설의 공사시공 분담비률 : 40%

- GG산업/DD건설의 시공이익 : 공사도급단가 OOOO원/명 및 분양가 OOOO원/평을 기준으로 한 공사시공 분담비율 40%에 해당하는 도급금액의 12%(단, 분양가 상승 및 공사 도급단가 인상 등에 따른 추가 시공이익 요구는 없는 것으로 함)

아. 이후 시공사를 사실상 단일화한 상태에서 시행사로서의 실질적인 지위를 양수받고자 하였던 HHH건설의 요구에 따른 원고의 조정무로 원고, HHH건설, 그리고 시공권 행사를 고집하던 DD건설 사이에 2004. 11. 19. DD건설의 시공권을 HHH건설에게로 양도하는 내용의 시공권 양수도 가약정이 체결되었는데, 그 주요내용은 아래와 같다. 한편 그 무렵 GG산업은 소정의 시공이익 상당액을 보전받기로 하고 HHH건설에게 자신의 시공권을 위임하였다.

1. DD건설은 본 공사와 관련하여 가지고 있는 시공권(총 연면적 201,502.45평 중 3,225.37평. 15%)에 대한 권리・의무 일체를 HHH건설에게 앙도키로 하며, 양수도대금은 OOOO원으로 한다.

" 3. 본 시공권 양수도 가약정과 관련하여 DD건설과 원고간의 별도 약정에 따라 원고가 DD건설에게 지급하기로 한 약정금 OOOO원(시공지분과의 차이 5%에 해당하는 수익금 보존합의금 OOOO원과 사업이익 지분 OOOO원, 이하이 사건 약정금' 이라 한다)의 지급은 HHH건설과 원고 사이에 체결된 이행합의서에 따라 원고의 이행합의 사항 이행을 전제로 HHH건설이 원고에게 지급할 금원 중에서 이행합의서상의 지급시기에 DD건설이 지정한 계좌에 HHH건설이 원고를 대위하여 입금키로 하고, 원고는 이의를 제기하지 않키로 한다.", 4. HHH건설은 제2조 약속어음에 해당하는 금액 및 이 사건 약정금을 원고와 체결한 이행합의서(2004. 11. 17 자)의 제2조 제4항 및 제3조에 따라 원고에게 지급하여야 할 금액에서 DD건설에게 직접 지급한다.

자. 원고는 2004. 11. 18. 이사회를 열어 DD건설의 허II 회장에게 OO동 개발 사업의 수주위험을 부담한 대가로 아파트 시행사업 예상수익 30%를 OOOO원으로 정하여 허II 회장이 지정하는 계좌로 입금하고, HHH건설과 DD건설 간의 공사지분에 대한 합의가 DD건설이 당초 요구한 20%에 미달할 경우에는 그 부족분을 위 금액에 포함한다 는 내용의 결의를 하였고, 2004. 11. 25. 다시 이사회를 열어 "HHH건설은 OO동 개발사업 수주에 기여한 DD건설의 공사지분(15%)을 OOOO원에 양수하고, 원고와 HHH건설 간 체결한 이행합의서에 따라 HHH건설이 원고에게 지급할 금원으로 원고가 허II 회장에게 지급할 수익권 지분 OOOO원을 허II 회장이 지정한 계좌로 입금하기로 한다"는 내용의 결의를 하였다.

" 차. DD건설은 이 사건 약정금을, 실제로는 DD건설과 시공권의 일부 참여를 약정한 바 없음에도 마치 약정한 것처럼 위장한 JJ건설 주식회사(이하JJ건설'이라 한다)의 계좌로 지급받기로 마음먹고 이를 원고에게 요청하여, 원고, DD건설, JJ건설은 2004. 11. 26. 원고가 DD건설에게 지급하여야 할 이 사건 약정금을 JJ건설에게 지급하기로 하고, 원고가 2004. 11. 17.자 이행합의에 따라 HHH건설로부터 지급받기로 한 시행권의 대가 중 이 사건 약정금에 해당하는 금액의 채권을 DD건설이 JJ건설에게 양도하는 내용의 채권양수도 계약을 체결하였고, 이에 HHH건설은 2006. 2. 6. 이 사건 약정금을 JJ건설에게 지급하였다.", 카. JJ건설은 2006. 2. 13. 공급가액이 OOOO원인 세금계산서 1매 및 발행금액이 OOOO원인 계산서 1매를 원고에게 발급하였고, 원고는 2006년 제1기 부가가치세 과세기간에 위 세금계산서 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하였으며, 2006 사업연도 법인세 신고시 이 사건 약정금 중 부가가치세 상당액을 제외한 OOOO원을 토목공사비로 계상하여 손금에 산입 하였다.

타. 서울지방국세청장은 이후 원고에 대한 범칙조사를 실시하여, 원고가 JJ건설로부터 교부받은 세금계산서와 계산서는 실물거래 없이 받은 것이고, 이 사건 약정금 중 토목공사비로 계상한 금액은 업무와 무관한 것으로 손금에 해당하지 아니하므로, 세금 계산서와 관련된 매입세액 OOOO원을 불공제하고 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세 OOOO원을 가산하여 2006년 제1기 부가가치세를 경정하여야 하고, 이 사건 약정금을 손금부인 하는 한편, 이 중 부가가치세 상당액 OOOO원을 손금산입 하며, 매출・매입처별 계산서합계표 불성실가산세 OOOO원을 가산하여 2006 사업연도 법인세를 경정하여야 한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

" 파. 이에 피고는 위 통보에 따라 2010. 1. 4. 원고에게 2006 사업연도 법인세 OOOO원(본세 OOOO원, 과소신고가산세 OOOO원, 납부불성실가산세 OOOO원 등 합계 OOOO원, 계산서합계표 불성실가산세 OOOO원, 지급명세표 미제출가산세 OOOO원 포함)을, 2006년 제1기 부가가치세 중 세금계산서합계표 불성실가산세 OOOO원을 각 경정・고지하였다(원고는 위 각 처분 중 법인세 지급명세표 미제출가산세 부분을 다투지 않고 있으므로, 편의상 이를 제외한 나머지 부분을이 사건 각 처분'이라 한다).", 하. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2010. 3. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2012. 12. 21. 이 사건 각 처분에 대한 원고의 주장을 받아들이지 아니하는 내용의 결정을 하였다.

거. 한편, 서울중앙지방검찰청 소속 검사는 2011. 4. 29. 2010년 형제20741호로 원고의 대표자인 정KK이 이 사건 사업 시행자로 선정되고 동 사업을 추진하는 과정에서 조언과 자문을 해준 DD건설 회장 허II에게 개인적인 사례비로 이 사건 약정금을 지급하기로 약정하였고, 이에 정KK이 운영하는 원고는 지급의무 없는 비용임에도 불구하고 이 사건 약정금을 지급하였으며, 가공비용인 토목공사비로 이를 회계처리 하고 JJ건설로부터 매입세금계산서 및 매입계산서를 수취하여 법인세를 포탈하였다"는 정KK 및 원고에 대한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세), 조세범처벌법위반의 피의사실에 대하여, 이 사건 약정금은 이 사건 사업의 공동 시공사인 DD건설이 원고의 요구에 따라 HHH건설에 시공권을 양도하고, 아울러 원고가 위 사업에 대한 시행권을 획득하는 과정에서 DD건설이 사업부지 매입대금 연대지급보증 및 사업자금 대여 등 원고의 사업시행권 취득을 도와준 대가로 DD건설에게 지급한 것이므로 원고 의 사업과 관련된 비용으로 볼 수 있어, 법인세 포탈로 보기 어렵다"는 이유로 혐의 없음의 불기소처분을 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 25호증, 을 제1호증(가지번호 있는 호증은 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

" (1) 법인세 본세 OOOO원, 과소신고가산세 OOOO원, 납부불성실기산세 OOOO원 등 합계 OOOO원의 부과처분 부분(이하 편의상법인세 본세 등 처분'이라 한다)", 원고는, DD건설에게 지급한 이 사건 약정금은 원고의 HHH건설에 대한 사업시행권 양도의 대가 OOOO원을 보장받기 위하여, DD건설의 HHH건설에 대한 시공권 양도의 승낙을 받는 과정에서 지출한 비용이므로 이는 업무와 관련이 있는 비용으로 법인세법상 손금이라고 할 것임에도, 이와 다른 전제에서 이루어진 법인세 부과처분은 위법하다고 주장한다.

이에 반하여 피고는 이 사건 약정금은 계약상 아무런 지급의무가 없는 돈으로서 원고의 사업과는 무관하므로, 법인세상 손금으로 볼 수 없다고 주장한다.

(2) 계산표합계표 및 세금계산서합계표 각 불성실가산세 부분

원고는, 이 사건 약정금은 부가가치세 대상으로서 재화나 용역을 공급받고 지급한 대가가 아니어서 근원적으로 세금계산서 또는 계산서의 교부대상 거래가 아니므로 이를 전제로 한 계산서합계표 내지 세금계산서합계표 불성실가산세 적용대상이 아니라고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법인세 본세 등 처분 부분

구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제2항은 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다 고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 11. 12 선고 2007두12422 판결 참조).

그런데 위 처분의 경위를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 약정금은 원고가 HHH건설로부터 시행권 양도대가 OOOO원 등을 보장받기 위하여 DD건설로 하여금 HHH건설에게 시공권을 양도하도록 하면서 그 대가로 이 사건 사업 진행과정에서 DD건설에게 약속했던 시공권 관련 이익을 지급한 것이므로, 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이며 수익과 직접 관련된 것, 즉 구 법인세법 제19조 소정의 손금에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 각 처분 중 법인세 본세 퉁 부분은 위법하다

O DD건설이 이 사건 사업부지 매입대금 OOOO원에 대하여 연대보증을 해주지 않았다면 원고로서는 BB농장과의 매매계약 체결 자체가 불가능하였는데, 당시 CCC와의 분쟁이 있어 다른 건설사들이 모두 이를 거절하였음에도 DD건설이 연대보증을 하여 주고 나아가 돈까지 대여하여 줌으로써 원고가 이 사건 사업의 시행자로 선정되는 데 결정적인 역할을 한 점

O 원고는 일련의 사업 진행과정에서 DD건설에게 시공지분 20%를 보장해 주기로 했었던 점

O 시행권 양도와 관련한 원고와 HHH건설 사이의 2004. 11. 17.자 이행합의 시 원고는 HHH건설에 대하여, 다른 시공사인 GG산업과 DD건설이 시공분담 비율 40%에 해당하는 도급금액의 12%에 해당하는 정액의 시공이익을 보장받는 것 외에 시공참여나 추가 시공이익을 요구하지 않도록 할 의무를 지며, 위 시공사들이 이에 협조하지 않을 시 손해배상책임을 부담하기로 한 점

O 그런데 GG산업은 소정의 시공이익 상당액을 보전받기로 하고 HHH건설에게 자신의 시공권을 위임하는 것에 응한 반면, DD건설은 실제로 공사를 하겠다고 고집하였던 점

O 이에 HHH건설의 요청에 따른 원고의 조정에 의하여 2004. 11. 19.자 시공권 양수도 가약정이 체결되기에 이르렀고, 위 가약정에 HHH건설의 시공권 양도대가 조항 이외에 원고가 이 사건 약정금을 DD건설에게 지급하기로 하는 내용의 조항이 함께 포함되어 있는 점

O 위 가약정은 시공권 위임에 그친 GG산업과 달리 DD건설의 시공권을 HHH건설에게 아예 양도하기로 하는 내용인 점

O 관광지(Sea-side) 개발사업권은 여전히 원고에게 유보되어 있는 것인 점

(2) 세금계산서합계표 및 계산서합계표 불성실가산세 부과처분 부분

세금계산서합계표 불성실가산세나 계산서합계표 불성실가산세는 부가가치세나 법인세 등 본세의 납세의무와 무관하게 부가가치세나 법인세의 징수에 관련한 의무를 불이행한 데 대한 제재로서 부과되는 것이므로, 세금계산서 또는 계산서의 교부대상 거래가 아님에도 이를 수수한 후 그에 따라 세금계산서(계산서)합계표를 기재하여 제출한 경우, 원고 주장과 같이 언제나 위와 같은 가산세를 부과할 수 없는 것이 아니고, 다만 위 세금계산서(계산서)상 재화나 용역의 공급자와 공급받는 자 사이에서 실제 세금계산서(계산서)에 기재된 거래사실이 있었음이 확인되는 경우라면 구 부가가치세법 (2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제4항 단서에 비추어 이를 착오에 의한 것으로 볼 수 있어 위 조항 소정의 부가가치세 가산세나 이에 연동하는 구 법인세법 제76조 제9항 소정의 법인세 가산세의 부과대상에서 제외될 수 있다 할 것이다.

" 한편, 구 부가가치세법 제16조 제1항에 의하면 재화 또는 용역(이하재화 등'이라 한다)을 공급하는 자가 세금계산서를 공급받은 자에게 교부하여야 하므로, 재화 등의 공급대금 채권이 타에 양도가 된 때라도 원래 재화 등을 공급한 채권 양도인이 자신을 공급자로 하여 재화 등을 공급받은 자에게 세금계산서를 교부하여야 하며, 채권 양수인은 세금계산서의 발급의무자가 아니다. 그런데 이 사건 약정금을 지급받은 JJ건설은 채권양수인에 불과하여 세금계산서 발급의무자가 아님에도, 실제 하지도 않은 토목공사 용역을 원고에게 공급하였다는 내용의 허위 세금계산서 또는 계산서를 발급 하였고, 원고는 이를 교부받아 이 사건 세금계산서(계산서)합계표를 작성・제출하였으며 나아가 이로써 매입세액 공제까지 받았다.", 사정이 이러하다면 설령 이 사건 약정금의 반대급부가 재화 등이 아니어서 부가가치세법 내지 법인세법상 세금계산서(계산서) 수수의무가 없다고 하더라도, 앞서 설시한 법리에 비추어, 원고와 JJ건설 사이에는 실제 거래가 발생한 바 없음에도 세금계산서의 발급의무자가 아닌 JJ건설로부터 그 내용마저 사실과 다른 세금계산서(계산서)를 교부받아 그에 기하여 공급가액 등이 사실과 다른 합계표를 작성・제출한 원고의 행위는 위 불성실가산세의 부과대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

따라서 이 부분 가산세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.