2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지주문과 같다.

가. 원고는 주택 및 상가 신축ㆍ판매업 등을 영위하는 회사로서 2008년경부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 000일원의 DDDD 도시개발사업구역 중 A3, A5, E4 블럭에서 'FFFFFF아파트(이하 '이 사건 아파트'라고 한다)'를 신축・분양하였고, 2011. 3. 31. 그 작업진행률과 분양률을 기준으로 수입금액을 산정하여 2010년 귀속 법인세를 신고・납부하였다.

나. 그런데 그 후 이 사건 아파트의 수분양자들 중 일부가 잔금을 납부하지 않은데다가, E4 블록 내 신축 중이던 상가의 시공사인 AA건설 주식회사가 부도가 나자, 2011년에는 A3 블록 332세대 및 A5 블록 142세대, 2012년에는 A3 블록 20세대 및 A5 블록 12세대, E4 블록 189세대, 2013년에는 A3 블록 320세대 및 A5 블록 106세대에 관한 분양계약이 해제되었다.

다. 원고는 위 분양계약 해제 건 중 2011년과 2012년에 있었던 000세대에 대한 부분에 관하여 그 계약해제가 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 경정청구사유에 해당된다고 주장하면서, 2013. 3. 27. 피고에게 2010년 귀속 법인세 중 4,409, 906,749원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는, 계약해제와 관련된 분양수입금액의 차이는 분양계약 해제일 이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입하여야 하므로 2010년 귀속 법인세에 대한 경정청구사유가 될 수 없다는 이유로 2013. 5. 16. 원고의 경정청구를 거부하였다. 마. 원고는 피고의 위 거부처분에 대하여 불복하여 2013. 8. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2015. 3. 13. 조세심판원으로부터 2011. 12. 31. 이전에 분양계약이 해제된 세대에 대해서만 당초부터 분양이 없었던 것으로 하여 2010년 귀속 법인세의 과세표준 및 세액을 정정하고, 나머지 심판청구를 기각한다. 라는 결정을 받았다.

바. 피고는 위 조세심판원의 결정을 따라 2014. 4. 8.과 2015. 12. 10. 두 차례에 걸쳐 원고에 대한 2010년 귀속 법인세 합계 4,749,032,380원을 감액경정ㆍ환급하였다. 사. 원고는 다시 2012년과 2013년에 해제된 000세대와 관련하여 그 계약해제 역시 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 경정청구사유에 해당된다고 주장하면서, 2015. 3. 28. 2010년 귀속 법인세 14,958,923,570원의 환급과 함께 같은 사업연도 결손금을 75,458,194,576원으로 증액할 것을 구하는 취지의 경정청구를 하였다(이하 '이 사건 경정청구'라고 한다).

아. 이에 대하여 피고는, 2012. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 분양계약을 해제하는 경우에는 그 손익의 차액을 계약해제일이 속하는 사업연도의 손익에 반영해야한다. 라는 이유로 2015. 4. 16. 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 거부처 분'이라고 한다).

자. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2015. 7. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 12. 14. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 붙은 서증 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

분양계약이 법인세 신고 후 해제된 사정은 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제5호 및 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에 해당하는 후발적 경정청구사유이다. 이 경우 과세관청은 해제로 인한 변동사항을 분양계약 해제일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 반영할 것이 아니라 해제된 분양계약의 익금이 발생한 것으로 신고된 2010년 귀속분에 반영하여 이를 경정하여야 함에도 불구하고, 이와 달리 2012. 2. 2. 신설된 법인세법 시행령 제69조 제3항을 들어 분양계약이 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 이후에 해제된 경우에는 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다는 전제에서 한 이 사건 거부처분은 소급과세금지원칙 및 조세법률주의에 반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임을 받은 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호는 후발적 경정청구사유의 하나로 '최초의 신고・결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때'를 들고 있다.

이러한 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있다.

한편 법인세법 제40조 제1항은, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업 연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 라고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 '권리확정주의'를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다.

그렇다면, 법인세에서도 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 '해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제'는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다고 할 것이다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두12829 판결). 2) 앞서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 보면, 특별한 사정이 없는 한 2010년 귀속 법인세 중 2012. 1. 1. 이후 해제된 분양계약과 관련된 부분도 후발적 경정청구의 대상이 된다고 할 것이다.

3) 다만, ① 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, ② 경상적・반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 계약의 해제가 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 후발적 경정청구사유가 될 수 없다고 할 것인바(위 대법원 2013두12829 판결), 이 사건에 이와 같은 특별한 사정이 있는지 살펴본다.

가) 법인세법 시행령 제69조 제3항이 적용되는지 여부

2012. 2. 2. 신설되어 시행된 법인세법 시행령 제69조 제3항이 도급계약 및 예약매출 등 건설ㆍ제조 기타 용역제공 거래에 있어 작업진행률에 의한 익금과 손금이 그 후 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생할 경우 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 반영한다고 규정하고 있기는 하나, 위 규정은 부칙 (대통령령 제23589호, 2012. 2. 2.) 제2조에 따라 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용되므로, 원고가 2010년 귀속분의 감액경정을 구하는 이 사건에서는 이 규정을 적용할 수는 없다(만약 피고의 주장과 같이 위 부칙 제2조의 '2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도'를 납세자가 신고했던 법인세의 당초 사업연도가 아니라 공사계약의 해약일이 있었던 사업연도에만 적용되는 기준으로 해석한다면, 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정 기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 후발적 경정청구제도의 취지를 무시하는 것일 뿐만 아니라, 이미 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립했던 법인세의 해당 사업연도 및 그 해당 사업연도의 수익과 비용의 산정방식이 같았음에도 불구하고 그 이후의 입법에 의하여 공사계약의 해약일이 언제 있었느냐에 따라 후발적 경정청구사유를 인정하는 범위를 다르게 정함으로써 법인세의 환급에 관하여 불공평한 결과를 초래할 수도 있다는 점에서 사실상 소급과세금지의 원칙을 위반하게 된다).

나) 종전 법인세 신고 방식에 비추어 후발적 경정청구사유가 될 수 없는 특별한 사정이 있는지 여부을 제1호증의 기재에 의하면, 원고가 법인세 신고 시 제출한 2011년 손익계산서상에는 계약해제손실로 40,579,275,609원을, 2012년 손익계산서상에는 계약해제손실로 39, 440,669,852원을 각 계상하고, 연결재무제표상에 연결실체는 공사와 관련한 경제적 효익이유입될 가능성이 매우 높은 경우에만 수익으로 인식하고 있다. 경제적 효익이 기업에 유입될 가능성이 낮은 경우에는 현금의 수입이 있을 때까지 수익으로 인식하지 않는다. 한편, 계약해지와 같이 과거에 이미 수익으로 인식된 금액의 회수가능성에 불확실성이 발생하는 경우에는 이미 인식한 수익을 수정하지 않고 계약해지손실로 처리하고 있다. 라고 기재한 사실은 인정된다.

그러나 기업회계기준상 매출에누리나 환입 또는 매출할인을 그 사유가 발생한 사업연도 매출액에서 차감하는 것은, 그 성격이 거래상의 필요에 따라 이루어지는 대금감액 혹은 반품에 해당하는 것으로서 계속적ㆍ반복적인 사업활동의 수행에 따라 통상적으로 발생하는 경미한 항목에 속하는데다가 기간 대응의 면에서 기업의 경영성과를 회계기간별로 정확하게 분석ㆍ측정하고자 하는 기업회계의 관점에서도 타당하다는 측면에서 정당화 되는 것이므로, 이 사건 아파트의 분양계약 해제와 같이 수분양자의 집중적인 잔금지체와 시공사의 부도와 같은 특수한 사정에 의하여 야기된 비교적 다액의 변동사항은 그러한 경상적・반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제와 같게 볼 수 없다.

더군다나 앞서 든 증거들에 의하면, 위와 같은 회계처리는 재무제표상 이미 인식한 손익을 사후적으로 변경하는 다른 회계상의 방법이 없을뿐더러, 원고가 2008년에 체결된 분양계약 중 일부를 2011년에 해제하면서 이를 2008년 귀속 법인세에 대한 후발적 경정청구사유로 인식하여 2012. 3. 3.경 피고에게 2008년 귀속 법인세의 경정을 청구하였으나 피고가 그 경정을 거부하자, 일단 피고가 지적하는 대로 법인세를 신고하되 향후 심판청구나 행정소송 등으로 이를 바로잡고자 하는 판단에서 행해진 것임을 충분히 인정할 수 있으므로, 앞서 본 사정만으로 원고가 그동안 기업회계기준이나 관행에 따라 계약해제로 인한 손익을 계약해제시점의 사업연도에 반영하는 방식으로 법인세를 신고하여 왔다고 보기도 어렵다.

4) 결국 이 사건 거부처분은 위법하고 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.