2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 2018. 11. 1. 한 2016년 귀속 양도소득세(가산세 포함)1) 부과처분과

2017. 6. 19. 한 2012년 귀속 양도소득세(가산세 포함)2) 경정청구 거부처분을 각 취소

한다.

가. 원고는 1999. 9. 7. 00 00구 00동 00-00 토지 및 지상 건물(이하 '제1부동산'이라 한다)을 취득하였고, 2001. 6. 13. 00 00구 00동 00 0000아 아파트 000동 000호(이하 '제2부동산'이라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2016. 12. 28. 제1부동산을 한00, 한00에게 양도한 후 2017. 2. 27.제1부동산에 관한 양도소득세 신고를 하였다가(신고서상 세액은 00,000,000원이다),

2017. 4. 26. 제1부동산이 조세특례제한법상 양도소득세가 면제되는 장기임대주택에 해당한다고 주장하면서 양도소득세 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 6. 19. 이를 거부하고, 2017. 7. 6. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 '제1-1처분'이라 한다).

다. 한편 원고는 2012. 10. 9. 제2부동산을 변00, 오00주에게 양도한 후, 2012. 12.31. 제2부동산에 관하여 소득세법상 1세대 1주택의 양도에 해당한다는 이유로 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였는데(신고서상 세액은 0,000,000원이다), 2017.2. 16. 위 비과세 대상에 해당하지 않는다는 취지로 2012년 귀속 양도소득세의 수정신고를 하였다가(수정신고서상 세액은 본세 000,000,000원, 가산세 00,000,000원 합계 000,000,000원이다), 2017. 4. 21. 다시 1세대 1주택 비과세대상에 해당한다고 주장하면서 최초 신고와 동일한 내용으로 2012년 귀속 양도소득세 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 6. 19. 이를 거부하고(이하 '제2-1처분'이라 한다), 2017. 6. 20. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 000,000,000원(본세 000,000,000원, 가산세 00,000,000원)을 부과하였다(이하 '제2-2처분'이라 한다).

라. 원고는 제1-1처분 및 제2-1, 2처분에 불복하여 2017. 9. 6. 피고에게 이의신청을 하였으나 2017. 11. 3. 피고로부터 기각결정을 받자, 2018. 1. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2018. 6. 15. "제1-1처분 중 제1부동산 내의 독립된 1구획이 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하는 것으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다."라는 내용의 심판결정을 하였다.

마. 피고는 2018. 6. 22. 제1부동산에 관한 2016년 귀속 양도소득세를 00,000,000원(가산세 포함)으로 감액하는 경정처분을 하였는데(이하 '제1-2처분'이라 한다), 이후 제1-2처분이 조세심판원의 심판결정 취지와 달리 제1부동산 전체가 1세대 1주택 비과세대상임을 전제로 양도소득세액을 계산한 것임을 알게 되어 이 사건 소송계속중인 2018. 11. 1. 조세심판원의 심판결정에 따라 제1부동산에 관한 2016년 귀속 양도소득세를 462,923,335원(가산세 포함)으로 증액하는 경정처분을 하였다(이하 '제1-3처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 16, 17호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고 주장의 요지

제1부동산은 조세특례제한법 제97조 제1항(이하 '이 사건 감면규정'이라 한다)에 따라 양도소득세가 감면되는 장기임대주택에 해당하므로 위 감면규정을 적용하지 아니한 제1-3처분은 위법하고, 제1부동산이 장기임대주택에 해당하는 경우 소득세법상 1세대 1주택 비과세 규정(구 소득세법3) 제89조 제1항 제3호)의 적용과 관련하여 원고 소유 주택으로 보지 않게 되므로(조세특례제한법 제97조 제2항) 제2부동산의 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당하여 비과세규정이 적용되어야 함에도 그 적용을 거부한 제2-1처분 또한 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

2) 조세특례제한법 제97조 제1항, 같은 법 시행령 제97조 제1항의 규정을 종합하면, 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다) 등을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하되, 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다고 규정한다.

3) 피고는 이 사건 감면규정을 적용하기 위해서는 '「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 '민간임대주택법'이라 한다) 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택'(이하 '민간임대주택법상 매입임대주택 등'이라 한다)이어야 하는데, 원고는 이에 해당하는 임대사업자가 아니어서 이 사건 감면규정을 적용할 수 없다고 주장함에 반해, 원고는 이 사건 감면규정은'임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 국민주택 등을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우'에도 적용되고, 이러한 경우 민간임대주택법상 매입임대주택 등일 필요는 없다고 주장한다.

4) 살피건대, 조세특례제한법 제97조 제3항은 이 사건 감면규정에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제97조 제3항은 '위 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다'고 규정하며, 같은 조 제4항 제1호는 위 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 '「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조 제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택 사업자로의 지정을 증명하는 자료'를 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 위와 같은 조세특례제한법령의 규정을 종합하면, 이 사건 감면규정의 적용대상을 민간임대주택법상 매입임대주택 등으로 한정함이 법령의 문언에 충실한 해석이라고 판단되고, 관할세무서장에 대한 임대사업자 등록으로 민간임대주택법상의 임대사업자 등록을 갈음할 수 없다고 봄이 타당하다(민간임대주택법 제5조에서 임대사업자로 하여금 지방자치단체장에게 등록을 하게 하는 것은 임대주택 건설 촉진 및 주거생활 안정을 목적으로 하고 있는 반면에 소득세법상 임대사업자로 하여금 관할 세무서장에게 등록을 하게 하는 것은 세금의 부과를 목적으로 하고 있어 그 등록의 목적을 달리한다).

5) 이 사건의 경우 제1부동산이 민간임대주택법상 매입임대주택 등에 해당한다고 볼 아무런 증거가 없으므로, 원고가 이 사건 감면규정에 따른 감면대상에 해당한다고 볼 수 없다. 또한 제1부동산이 이 사건 감면규정의 적용대상에 해당하지 않게 되면 구소득세법 제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 비과세 규정의 적용과 관련하여 제1부동산을 원고 소유 주택으로 보지 아니할 법률적 근거가 전혀 없게 되므로(즉, 조세특례제한법 제97조 제2항의 적용대상에 해당하지 않는다), 제2부동산이 1세대 1주택으로 양도소득세 비과세 대상에 해당한다고 볼 근거도 전혀 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.